MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX chromosome

Total Repeats: 350

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000117	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_000117	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_000117	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000117	GGAG	2	8	6306	6313	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_000117	TATG	2	8	6955	6962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000117	ATTT	2	8	7096	7103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000117	TTTG	2	8	7188	7195	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000117	TATT	2	8	9310	9317	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_000117	AGAA	2	8	11202	11209	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_000117	AAGG	2	8	13438	13445	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_000117	CAAA	2	8	16072	16079	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_000117	TGCG	2	8	18526	18533	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_000117	CGCT	2	8	21268	21275	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_000117	TTAA	2	8	21289	21296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_000117	GTTA	2	8	21326	21333	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_000117	GATC	2	8	21381	21388	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_000117	ATTG	2	8	27938	27945	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_000117	TGTT	2	8	43817	43824	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_000117	AATA	2	8	44056	44063	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_000117	AAGT	2	8	47978	47985	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_000117	TATT	2	8	52180	52187	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000117	GTTT	2	8	54040	54047	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_000117	TGTT	2	8	54048	54055	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_000117	TAAT	2	8	54092	54099	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000117	CAGA	2	8	60637	60644	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_000117	ACAA	2	8	67287	67294	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_000117	AAGG	2	8	67385	67392	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_000117	GATA	2	8	71866	71873	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000117	TCTA	2	8	76525	76532	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_000117	GTTT	2	8	79300	79307	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000117	ATTC	2	8	79503	79510	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_000117	GGTT	2	8	79653	79660	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_000117	GTTT	2	8	87958	87965	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000117	TTTA	2	8	87981	87988	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000117	GTTT	2	8	87993	88000	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_000117	GTTT	2	8	88044	88051	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000117	AACA	2	8	88057	88064	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_000117	AAAT	2	8	93589	93596	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000117	CATT	2	8	94236	94243	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_000117	TATT	2	8	97619	97626	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000117	AAGA	2	8	106606	106613	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_000117	CTGG	2	8	120307	120314	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_000117	GTTT	2	8	134805	134812	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_000117	TACA	2	8	144259	144266	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_000117	ATCT	2	8	151524	151531	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_000117	GCTG	2	8	151563	151570	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_000117	TGTT	2	8	157139	157146	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000117	AAAG	2	8	157982	157989	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000117	TTTA	2	8	157991	157998	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_000117	TAAT	2	8	158108	158115	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_000117	TAAT	2	8	158944	158951	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000117	GCTT	2	8	161580	161587	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_000117	CTTC	2	8	165651	165658	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_000117	TTAG	2	8	170059	170066	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_000117	AAAC	2	8	171806	171813	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_000117	GTAT	2	8	172988	172995	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_000117	GGAA	2	8	178176	178183	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000117	AAAC	2	8	180684	180691	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_000117	AAGA	2	8	181992	181999	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_000117	AAAC	2	8	187430	187437	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_000117	GGAC	2	8	187789	187796	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_000117	ATTT	2	8	196194	196201	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000117	ACGA	2	8	202312	202319	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_000117	GAAA	2	8	202598	202605	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_000117	CCTT	2	8	215732	215739	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_000117	CTAT	2	8	219459	219466	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_000117	GCAA	2	8	219702	219709	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_000117	AATT	2	8	221037	221044	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_000117	CTTG	2	8	221386	221393	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_000117	AAAC	2	8	225116	225123	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_000117	TCCT	2	8	227741	227748	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_000117	AAAT	2	8	243356	243363	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_000117	AAGA	2	8	243375	243382	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_000117	TTTC	2	8	245976	245983	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_000117	TAAA	2	8	246810	246817	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_000117	AATA	2	8	250469	250476	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000117	GAAA	2	8	252089	252096	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_000117	GCAG	2	8	252138	252145	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_000117	AGAA	2	8	252171	252178	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_000117	CCAA	2	8	254054	254061	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_000117	AAAC	2	8	254652	254659	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_000117	TAAA	2	8	264060	264067	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000117	CAAA	2	8	266995	267002	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_000117	ATTT	2	8	273508	273515	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_000117	GTTT	2	8	279350	279357	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_000117	AAAG	2	8	279385	279392	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_000117	TGCC	2	8	279873	279880	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_000117	GGGA	2	8	283721	283728	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
89	NC_000117	TAAA	2	8	284863	284870	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_000117	GATA	2	8	286524	286531	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_000117	AATC	2	8	291649	291656	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_000117	ACAA	2	8	297420	297427	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_000117	GCTT	2	8	298750	298757	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_000117	CCCT	2	8	299317	299324	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
95	NC_000117	ACTA	2	8	301566	301573	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_000117	TAAA	2	8	301789	301796	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_000117	TCCA	2	8	304948	304955	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_000117	TCCC	2	8	305150	305157	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
99	NC_000117	ATTG	2	8	306335	306342	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_000117	AATA	2	8	317711	317718	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000117	TAAA	2	8	317732	317739	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000117	CAGA	2	8	317740	317747	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_000117	AATA	2	8	317807	317814	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000117	CAAT	2	8	327413	327420	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_000117	GCTA	2	8	328103	328110	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_000117	TTAA	2	8	333446	333453	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_000117	CAGT	2	8	333792	333799	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_000117	CAAG	2	8	339978	339985	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_000117	TTTA	2	8	363485	363492	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_000117	CAAA	2	8	363779	363786	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_000117	TAGT	2	8	364089	364096	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_000117	GCTT	2	8	368037	368044	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_000117	TAAA	2	8	368315	368322	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_000117	AAAT	2	8	369234	369241	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000117	CCTT	2	8	369256	369263	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_000117	ATCT	2	8	369289	369296	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_000117	CAAC	2	8	371788	371795	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_000117	TAAA	2	8	381068	381075	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_000117	TTTA	2	8	391035	391042	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_000117	GATT	2	8	391794	391801	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000117	AATT	2	8	391843	391850	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_000117	ATAA	2	8	391903	391910	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_000117	TTAT	2	8	395236	395243	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_000117	GCAA	2	8	395289	395296	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_000117	TCAT	2	8	404574	404581	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_000117	CAAA	2	8	406710	406717	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_000117	ATGC	2	8	411248	411255	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_000117	ATTT	2	8	416129	416136	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_000117	AGAA	2	8	416139	416146	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_000117	ATTA	2	8	417928	417935	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_000117	ACTG	2	8	424422	424429	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_000117	CTTT	2	8	424441	424448	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_000117	TTCT	2	8	427986	427993	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_000117	AACT	2	8	430218	430225	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_000117	CAAA	2	8	430566	430573	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_000117	ACTC	2	8	435257	435264	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_000117	AAAC	2	8	440289	440296	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_000117	AAAT	2	8	440431	440438	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_000117	TAAC	2	8	442997	443004	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_000117	AATT	2	8	447861	447868	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_000117	AAAC	2	8	447874	447881	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_000117	CTTC	2	8	448016	448023	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_000117	TCTT	2	8	453681	453688	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_000117	TAAT	2	8	453694	453701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_000117	GCAA	2	8	457348	457355	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_000117	CTTT	2	8	464897	464904	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_000117	TTCT	2	8	466338	466345	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_000117	CAAA	2	8	466363	466370	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_000117	AGAA	2	8	485387	485394	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_000117	AACA	2	8	488984	488991	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_000117	TAAA	2	8	489047	489054	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_000117	ATTT	2	8	502575	502582	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.