MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Liberibacter americanus str. Sao Paulo

Total Repeats: 395

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022793	CATCAA	2	12	3979	3990	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	557822174
2	NC_022793	AGTTTC	2	12	5086	5097	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557822175
3	NC_022793	AGTATC	2	12	5464	5475	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557822175
4	NC_022793	AATGAA	2	12	7692	7703	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557822177
5	NC_022793	GTAAAT	2	12	24815	24826	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557822190
6	NC_022793	TAAAGA	2	12	26622	26633	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557822192
7	NC_022793	TTTAAA	2	12	28938	28949	50 %	50 %	0 %	0 %	557822193
8	NC_022793	CCATAA	2	12	30249	30260	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	557822194
9	NC_022793	ATCTGG	2	12	31313	31324	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557822194
10	NC_022793	AATATC	2	12	31451	31462	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	557822194
11	NC_022793	TCATCC	2	12	31656	31667	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	557822194
12	NC_022793	CTCAAC	2	12	31967	31978	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557822194
13	NC_022793	TAATTT	2	12	33587	33598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	557822194
14	NC_022793	TTCTAT	2	12	37182	37193	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	557822197
15	NC_022793	CATAAT	2	12	40880	40891	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	557822200
16	NC_022793	CTTTTG	2	12	41118	41129	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	557822200
17	NC_022793	AAATTG	2	12	45459	45470	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557822205
18	NC_022793	GATAAA	2	12	52573	52584	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557822209
19	NC_022793	TCCAAA	2	12	52942	52953	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	557822209
20	NC_022793	ATAATT	2	12	56910	56921	50 %	50 %	0 %	0 %	557822212
21	NC_022793	TGGAAT	2	12	59261	59272	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557822214
22	NC_022793	GATTAA	2	12	60965	60976	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557822216
23	NC_022793	CAGAAA	2	12	60992	61003	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	557822216
24	NC_022793	TTTGCA	2	12	69970	69981	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557822224
25	NC_022793	TATATC	2	12	74333	74344	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557822228
26	NC_022793	CAGATC	2	12	78324	78335	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557822232
27	NC_022793	ATCGTT	2	12	80367	80378	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557822232
28	NC_022793	AGCAGA	2	12	87139	87150	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	557822237
29	NC_022793	TCAAAA	2	12	88433	88444	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	557822237
30	NC_022793	TAACTT	2	12	88729	88740	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557822237
31	NC_022793	TAGAAA	2	12	89076	89087	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557822237
32	NC_022793	TTATGT	2	12	93583	93594	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	557822240
33	NC_022793	CTAGAT	2	12	95092	95103	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557822241
34	NC_022793	ATCTTT	2	12	99376	99387	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	557822242
35	NC_022793	TGAATT	2	12	104940	104951	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557822246
36	NC_022793	ATGAAA	2	12	105977	105988	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557822246
37	NC_022793	CAACAT	2	12	107530	107541	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	557822247
38	NC_022793	ATAAAA	2	12	116638	116649	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	557822254
39	NC_022793	TATCAT	2	12	119430	119441	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557822256
40	NC_022793	TTTGCT	2	12	119754	119765	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	557822256
41	NC_022793	ACATTG	2	12	121386	121397	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557822257
42	NC_022793	GAAGTT	2	12	131283	131294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557822265
43	NC_022793	TTGATA	2	12	135735	135746	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557822270
44	NC_022793	ATCTAT	2	12	136116	136127	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557822270
45	NC_022793	ATAGAT	2	12	137314	137325	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557822272
46	NC_022793	TTAACA	2	12	137896	137907	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	557822273
47	NC_022793	AAATGA	2	12	139198	139209	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557822273
48	NC_022793	ATTAAA	2	12	142489	142500	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	557822277
49	NC_022793	TCATTA	2	12	146371	146382	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557822280
50	NC_022793	CGCCAG	2	12	153401	153412	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	557822282
51	NC_022793	CTATAT	3	18	153449	153466	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557822282
52	NC_022793	ACCTGT	2	12	154160	154171	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557822283
53	NC_022793	TGCCAG	2	12	156197	156208	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557822284
54	NC_022793	TATCAA	2	12	156351	156362	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	557822284
55	NC_022793	GATATT	2	12	161668	161679	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557822287
56	NC_022793	ATTAGA	2	12	165871	165882	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557822288
57	NC_022793	CAATAA	2	12	166015	166026	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	557822288
58	NC_022793	TAGCAA	2	12	168088	168099	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	557822290
59	NC_022793	AAATTC	2	12	173552	173563	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	557822294
60	NC_022793	AAAAGA	2	12	174709	174720	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	557822296
61	NC_022793	TTTCTT	2	12	177453	177464	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	557822299
62	NC_022793	ATTTTT	2	12	177900	177911	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	557822299
63	NC_022793	AGATTT	2	12	179961	179972	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557822301
64	NC_022793	TTTAGA	2	12	180222	180233	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557822301
65	NC_022793	CAAAAA	2	12	180368	180379	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	557822301
66	NC_022793	GGAATA	2	12	180481	180492	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	557822301
67	NC_022793	AATTTT	2	12	181346	181357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	557822302
68	NC_022793	ATTTTT	2	12	182749	182760	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	557822303
69	NC_022793	AATAGT	2	12	188834	188845	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557822308
70	NC_022793	GTTAAT	2	12	189793	189804	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557822309
71	NC_022793	ATAGCA	2	12	189892	189903	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	557822309
72	NC_022793	ATCTTT	2	12	190435	190446	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	557822310
73	NC_022793	GACCTG	2	12	192009	192020	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557822312
74	NC_022793	TTAATT	2	12	198232	198243	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	557822318
75	NC_022793	ATTTTT	2	12	200593	200604	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	557822321
76	NC_022793	TTAATA	2	12	202114	202125	50 %	50 %	0 %	0 %	557822322
77	NC_022793	TGCCTA	2	12	202303	202314	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557822322
78	NC_022793	TGTTGG	2	12	204739	204750	0 %	50 %	50 %	0 %	557822324
79	NC_022793	AAATGT	2	12	217829	217840	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557822335
80	NC_022793	TCCGGA	2	12	222210	222221	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557822340
81	NC_022793	CCTATG	2	12	223642	223653	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557822342
82	NC_022793	AAATTA	2	12	223802	223813	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	557822342
83	NC_022793	TTTTAG	2	12	225757	225768	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	557822343
84	NC_022793	TTTTAA	2	12	230317	230328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	557822347
85	NC_022793	TGTTGC	2	12	235214	235225	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557822351
86	NC_022793	TTTTAT	2	12	236845	236856	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	557822353
87	NC_022793	TGTTTA	2	12	237303	237314	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	557822354
88	NC_022793	TGTCCG	2	12	239529	239540	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	557822355
89	NC_022793	TCTATT	2	12	241976	241987	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	557822357
90	NC_022793	CTGTTT	2	12	245313	245324	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	557822360
91	NC_022793	ATTAGA	2	12	247325	247336	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557822361
92	NC_022793	TAATTT	2	12	256406	256417	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	557822366
93	NC_022793	ATATTT	2	12	261146	261157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	557822370
94	NC_022793	GTTTAT	2	12	262377	262388	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	557822371
95	NC_022793	TTTATA	2	12	264031	264042	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	557822373
96	NC_022793	GAATTT	2	12	264202	264213	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557822373
97	NC_022793	TGAGAC	2	12	266965	266976	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557822376
98	NC_022793	TAAGCC	6	36	266983	267018	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557822376
99	NC_022793	CTGATG	2	12	269645	269656	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557822379
100	NC_022793	TGCTAT	2	12	275224	275235	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557822384
101	NC_022793	TCAATC	2	12	275389	275400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	557822384
102	NC_022793	TAGAAA	2	12	277957	277968	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557822387
103	NC_022793	TTATGA	2	12	278591	278602	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557822388
104	NC_022793	TGTAGC	2	12	280164	280175	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557822389
105	NC_022793	ATAAGT	2	12	283966	283977	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557822393
106	NC_022793	TTGATG	2	12	288264	288275	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	557822397
107	NC_022793	TTCTGG	2	12	289808	289819	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557822398
108	NC_022793	TCTTTA	2	12	295597	295608	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	557822403
109	NC_022793	ATTTCA	2	12	310864	310875	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557822416
110	NC_022793	TCAGCC	2	12	312013	312024	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557822417
111	NC_022793	TGATAA	2	12	312031	312042	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557822417
112	NC_022793	AAAAAG	2	12	313147	313158	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	557822418
113	NC_022793	TGCTAA	2	12	313988	313999	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557822419
114	NC_022793	CTGATT	2	12	321132	321143	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557822429
115	NC_022793	ATTTAG	2	12	324783	324794	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557822432
116	NC_022793	TTATGA	2	12	326581	326592	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557822433
117	NC_022793	CATAAA	2	12	327232	327243	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	557822434
118	NC_022793	TATAGA	2	12	329362	329373	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557822436
119	NC_022793	ATAAAA	2	12	329387	329398	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	557822436
120	NC_022793	TCCTAT	2	12	331657	331668	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	557822438
121	NC_022793	AGTAAA	2	12	335172	335183	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557822442
122	NC_022793	GCTTCT	2	12	335415	335426	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	557822442
123	NC_022793	ATTATC	3	18	341667	341684	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557822448
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125	NC_022793	TTTTAT	2	12	343144	343155	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	557822450
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132	NC_022793	CTGTTA	2	12	366451	366462	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557822470
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137	NC_022793	ATCATG	2	12	377230	377241	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557822476
138	NC_022793	ATTTAA	2	12	384565	384576	50 %	50 %	0 %	0 %	557822482
139	NC_022793	TGTTAT	2	12	387077	387088	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	557822487
140	NC_022793	CTTTGG	2	12	389597	389608	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557822489
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148	NC_022793	TAATGC	2	12	404120	404131	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557822502
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154	NC_022793	CTATTG	2	12	416803	416814	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557822512
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231	NC_022793	ATTCGA	2	12	653087	653098	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557822702
232	NC_022793	ATGCAT	2	12	662496	662507	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557822708
233	NC_022793	ATTTTT	2	12	663774	663785	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	557822710
234	NC_022793	TATTAA	2	12	665393	665404	50 %	50 %	0 %	0 %	557822711
235	NC_022793	AGTGAT	2	12	667224	667235	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557822712
236	NC_022793	GATATT	2	12	667407	667418	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557822712
237	NC_022793	ACTGGT	2	12	668236	668247	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557822713
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239	NC_022793	TTAATT	2	12	672479	672490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	557822716
240	NC_022793	ATTATA	2	12	687822	687833	50 %	50 %	0 %	0 %	557822725
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244	NC_022793	TCATGT	2	12	698186	698197	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557822733
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246	NC_022793	TCTCCT	2	12	701614	701625	0 %	50 %	0 %	50 %	557822737
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248	NC_022793	CTGTAA	2	12	703130	703141	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557822737
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253	NC_022793	CATTGG	2	12	725869	725880	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557822752
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262	NC_022793	TTTGCA	2	12	762188	762199	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557822790
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266	NC_022793	GCTAAG	2	12	776252	776263	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557822805
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339	NC_022793	ACTTGT	2	12	1007348	1007359	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557822990
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344	NC_022793	GCAATC	2	12	1014457	1014468	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557822995
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347	NC_022793	ACTATA	2	12	1020606	1020617	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	557823000
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.