MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain Ia20-97 genome

Total Repeats: 668

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022120	TGTGA	2	10	3277	3286	20 %	40 %	40 %	0 %	532427124
2	NC_022120	TTGAA	2	10	3633	3642	40 %	40 %	20 %	0 %	532427125
3	NC_022120	GAGAA	2	10	3927	3936	60 %	0 %	40 %	0 %	532427125
4	NC_022120	GAAAA	2	10	4364	4373	80 %	0 %	20 %	0 %	532427125
5	NC_022120	TTACA	2	10	4519	4528	40 %	40 %	0 %	20 %	532427125
6	NC_022120	GTCTT	2	10	5215	5224	0 %	60 %	20 %	20 %	532427126
7	NC_022120	TGGTA	2	10	7687	7696	20 %	40 %	40 %	0 %	532427128
8	NC_022120	CGAAA	2	10	9095	9104	60 %	0 %	20 %	20 %	532427129
9	NC_022120	GGCTG	2	10	9729	9738	0 %	20 %	60 %	20 %	532427130
10	NC_022120	CCTCT	2	10	10521	10530	0 %	40 %	0 %	60 %	532427131
11	NC_022120	AAAGG	2	10	10680	10689	60 %	0 %	40 %	0 %	532427131
12	NC_022120	AAGAA	2	10	11800	11809	80 %	0 %	20 %	0 %	532427132
13	NC_022120	AAAGA	2	10	13198	13207	80 %	0 %	20 %	0 %	532427133
14	NC_022120	GGTGT	2	10	13302	13311	0 %	40 %	60 %	0 %	532427133
15	NC_022120	GATTT	2	10	15044	15053	20 %	60 %	20 %	0 %	532427135
16	NC_022120	CGTTC	2	10	16155	16164	0 %	40 %	20 %	40 %	532427136
17	NC_022120	GCTTC	2	10	16528	16537	0 %	40 %	20 %	40 %	532427136
18	NC_022120	GAAGG	2	10	16898	16907	40 %	0 %	60 %	0 %	532427136
19	NC_022120	GTTGT	2	10	20324	20333	0 %	60 %	40 %	0 %	532427139
20	NC_022120	AAGAT	2	10	21436	21445	60 %	20 %	20 %	0 %	532427140
21	NC_022120	TTTGC	2	10	22047	22056	0 %	60 %	20 %	20 %	532427140
22	NC_022120	GGAAA	2	10	23801	23810	60 %	0 %	40 %	0 %	532427140
23	NC_022120	AGAGG	2	10	25526	25535	40 %	0 %	60 %	0 %	532427141
24	NC_022120	GGAGA	2	10	27305	27314	40 %	0 %	60 %	0 %	532427142
25	NC_022120	GGATA	2	10	27331	27340	40 %	20 %	40 %	0 %	532427142
26	NC_022120	ATCCG	2	10	28056	28065	20 %	20 %	20 %	40 %	532427144
27	NC_022120	AGGGT	2	10	28574	28583	20 %	20 %	60 %	0 %	532427144
28	NC_022120	CCTAT	2	10	29614	29623	20 %	40 %	0 %	40 %	532427145
29	NC_022120	GAAGG	2	10	30413	30422	40 %	0 %	60 %	0 %	532427146
30	NC_022120	GAGCT	2	10	31453	31462	20 %	20 %	40 %	20 %	532427147
31	NC_022120	AAAGA	2	10	33086	33095	80 %	0 %	20 %	0 %	532427149
32	NC_022120	CTATT	2	10	36127	36136	20 %	60 %	0 %	20 %	532427153
33	NC_022120	TCCTA	2	10	36174	36183	20 %	40 %	0 %	40 %	532427153
34	NC_022120	ACGAT	2	10	38088	38097	40 %	20 %	20 %	20 %	532427154
35	NC_022120	TTTGA	2	10	38453	38462	20 %	60 %	20 %	0 %	532427154
36	NC_022120	AGCAA	2	10	42104	42113	60 %	0 %	20 %	20 %	532427157
37	NC_022120	CGATG	2	10	42161	42170	20 %	20 %	40 %	20 %	532427157
38	NC_022120	TGCAA	2	10	42319	42328	40 %	20 %	20 %	20 %	532427961
39	NC_022120	CAAAA	2	10	42638	42647	80 %	0 %	0 %	20 %	532427961
40	NC_022120	TTTAT	2	10	44231	44240	20 %	80 %	0 %	0 %	532427161
41	NC_022120	CTTTC	2	10	46327	46336	0 %	60 %	0 %	40 %	532427163
42	NC_022120	AGTTT	2	10	46866	46875	20 %	60 %	20 %	0 %	532427163
43	NC_022120	CTTTT	2	10	50030	50039	0 %	80 %	0 %	20 %	532427166
44	NC_022120	CCGTA	2	10	53805	53814	20 %	20 %	20 %	40 %	532427169
45	NC_022120	TCAGA	2	10	54697	54706	40 %	20 %	20 %	20 %	532427170
46	NC_022120	TTATC	2	10	55224	55233	20 %	60 %	0 %	20 %	532427170
47	NC_022120	TGAGT	2	10	55245	55254	20 %	40 %	40 %	0 %	532427170
48	NC_022120	GTTGT	2	10	56292	56301	0 %	60 %	40 %	0 %	532427962
49	NC_022120	ATTTT	2	10	58465	58474	20 %	80 %	0 %	0 %	532427963
50	NC_022120	GAGCA	2	10	59808	59817	40 %	0 %	40 %	20 %	532427171
51	NC_022120	TGTGA	2	10	62257	62266	20 %	40 %	40 %	0 %	532427173
52	NC_022120	CCTTC	2	10	64058	64067	0 %	40 %	0 %	60 %	532427174
53	NC_022120	AGGAG	2	10	66286	66295	40 %	0 %	60 %	0 %	532427176
54	NC_022120	GTTAA	2	10	66416	66425	40 %	40 %	20 %	0 %	532427176
55	NC_022120	CAAGC	2	10	68794	68803	40 %	0 %	20 %	40 %	532427178
56	NC_022120	GCGAT	2	10	69854	69863	20 %	20 %	40 %	20 %	532427179
57	NC_022120	CTCTT	2	10	70208	70217	0 %	60 %	0 %	40 %	532427179
58	NC_022120	AGGGG	2	10	70854	70863	20 %	0 %	80 %	0 %	532427179
59	NC_022120	AAGAA	2	10	70896	70905	80 %	0 %	20 %	0 %	532427179
60	NC_022120	ATTGG	2	10	72186	72195	20 %	40 %	40 %	0 %	532427181
61	NC_022120	GAAAA	2	10	73258	73267	80 %	0 %	20 %	0 %	532427181
62	NC_022120	TGGGA	2	10	73675	73684	20 %	20 %	60 %	0 %	532427182
63	NC_022120	TATTT	2	10	76201	76210	20 %	80 %	0 %	0 %	532427183
64	NC_022120	TGTCT	2	10	79994	80003	0 %	60 %	20 %	20 %	532427186
65	NC_022120	TTACT	2	10	80501	80510	20 %	60 %	0 %	20 %	532427186
66	NC_022120	AGAAA	2	10	81891	81900	80 %	0 %	20 %	0 %	532427188
67	NC_022120	GGAAG	2	10	82404	82413	40 %	0 %	60 %	0 %	532427188
68	NC_022120	GATCC	2	10	85955	85964	20 %	20 %	20 %	40 %	532427191
69	NC_022120	AGAGC	2	10	87290	87299	40 %	0 %	40 %	20 %	532427966
70	NC_022120	TTTTC	2	10	91022	91031	0 %	80 %	0 %	20 %	532427194
71	NC_022120	GGATG	2	10	91282	91291	20 %	20 %	60 %	0 %	532427195
72	NC_022120	CAACA	2	10	92821	92830	60 %	0 %	0 %	40 %	532427196
73	NC_022120	ACAGC	2	10	93866	93875	40 %	0 %	20 %	40 %	532427198
74	NC_022120	GGAAC	2	10	94578	94587	40 %	0 %	40 %	20 %	532427199
75	NC_022120	GGATT	2	10	95478	95487	20 %	40 %	40 %	0 %	532427199
76	NC_022120	CAATC	2	10	96580	96589	40 %	20 %	0 %	40 %	532427200
77	NC_022120	TTTGC	2	10	96714	96723	0 %	60 %	20 %	20 %	532427201
78	NC_022120	ATTCA	2	10	96978	96987	40 %	40 %	0 %	20 %	532427201
79	NC_022120	GATCC	2	10	97237	97246	20 %	20 %	20 %	40 %	532427201
80	NC_022120	GTTTT	2	10	97658	97667	0 %	80 %	20 %	0 %	532427201
81	NC_022120	AAGCT	2	10	98860	98869	40 %	20 %	20 %	20 %	532427202
82	NC_022120	AGGGG	2	10	99219	99228	20 %	0 %	80 %	0 %	532427202
83	NC_022120	ATAGC	2	10	99918	99927	40 %	20 %	20 %	20 %	532427203
84	NC_022120	AGCGA	2	10	102846	102855	40 %	0 %	40 %	20 %	532427206
85	NC_022120	TTTCT	2	10	103204	103213	0 %	80 %	0 %	20 %	532427206
86	NC_022120	CTTCT	2	10	103258	103267	0 %	60 %	0 %	40 %	532427206
87	NC_022120	ATCAT	2	10	104410	104419	40 %	40 %	0 %	20 %	532427207
88	NC_022120	GGCAT	2	10	105118	105127	20 %	20 %	40 %	20 %	532427207
89	NC_022120	AAAGC	2	10	108844	108853	60 %	0 %	20 %	20 %	532427210
90	NC_022120	GCATT	2	10	110004	110013	20 %	40 %	20 %	20 %	532427211
91	NC_022120	TGTTT	2	10	114681	114690	0 %	80 %	20 %	0 %	532427213
92	NC_022120	CATGT	2	10	115059	115068	20 %	40 %	20 %	20 %	532427213
93	NC_022120	TATCG	2	10	115763	115772	20 %	40 %	20 %	20 %	532427213
94	NC_022120	TTTCT	2	10	116279	116288	0 %	80 %	0 %	20 %	532427214
95	NC_022120	ATGCT	2	10	118202	118211	20 %	40 %	20 %	20 %	532427216
96	NC_022120	AAAGA	2	10	118523	118532	80 %	0 %	20 %	0 %	532427216
97	NC_022120	GCTTC	2	10	122513	122522	0 %	40 %	20 %	40 %	532427219
98	NC_022120	TACAA	2	10	126302	126311	60 %	20 %	0 %	20 %	532427222
99	NC_022120	ATCCA	2	10	128707	128716	40 %	20 %	0 %	40 %	532427225
100	NC_022120	GAAGA	2	10	130257	130266	60 %	0 %	40 %	0 %	532427225
101	NC_022120	AAAAG	2	10	132170	132179	80 %	0 %	20 %	0 %	532427226
102	NC_022120	GATTC	2	10	132501	132510	20 %	40 %	20 %	20 %	532427226
103	NC_022120	GGATA	2	10	135121	135130	40 %	20 %	40 %	0 %	532427228
104	NC_022120	ATTGG	2	10	135786	135795	20 %	40 %	40 %	0 %	532427229
105	NC_022120	ATTGT	2	10	135819	135828	20 %	60 %	20 %	0 %	532427229
106	NC_022120	TGTTT	2	10	136245	136254	0 %	80 %	20 %	0 %	532427230
107	NC_022120	TCCAG	2	10	139990	139999	20 %	20 %	20 %	40 %	532427235
108	NC_022120	GTACA	2	10	140721	140730	40 %	20 %	20 %	20 %	532427236
109	NC_022120	TAGAT	2	10	141094	141103	40 %	40 %	20 %	0 %	532427236
110	NC_022120	AAAAC	2	10	141986	141995	80 %	0 %	0 %	20 %	532427237
111	NC_022120	TGCTA	2	10	143072	143081	20 %	40 %	20 %	20 %	532427239
112	NC_022120	GGAGC	2	10	143119	143128	20 %	0 %	60 %	20 %	532427239
113	NC_022120	CTGGG	2	10	144533	144542	0 %	20 %	60 %	20 %	532427241
114	NC_022120	GTTTT	2	10	145280	145289	0 %	80 %	20 %	0 %	532427242
115	NC_022120	GAACC	2	10	149014	149023	40 %	0 %	20 %	40 %	532427243
116	NC_022120	ATTCT	2	10	152510	152519	20 %	60 %	0 %	20 %	532427247
117	NC_022120	CTGTG	2	10	152714	152723	0 %	40 %	40 %	20 %	532427247
118	NC_022120	TTCTT	2	10	155187	155196	0 %	80 %	0 %	20 %	532427250
119	NC_022120	AGGAA	2	10	159744	159753	60 %	0 %	40 %	0 %	532427254
120	NC_022120	AGAGA	2	10	162974	162983	60 %	0 %	40 %	0 %	532427257
121	NC_022120	AGCAA	2	10	163409	163418	60 %	0 %	20 %	20 %	532427257
122	NC_022120	CAAAA	2	10	166912	166921	80 %	0 %	0 %	20 %	532427259
123	NC_022120	AAGAG	2	10	167745	167754	60 %	0 %	40 %	0 %	532427259
124	NC_022120	GTTTT	2	10	174569	174578	0 %	80 %	20 %	0 %	532427263
125	NC_022120	TATTG	2	10	174592	174601	20 %	60 %	20 %	0 %	532427263
126	NC_022120	CAGCA	2	10	174951	174960	40 %	0 %	20 %	40 %	532427263
127	NC_022120	TAGGA	2	10	175258	175267	40 %	20 %	40 %	0 %	532427264
128	NC_022120	TGATT	2	10	177185	177194	20 %	60 %	20 %	0 %	532427265
129	NC_022120	TCAAT	2	10	177826	177835	40 %	40 %	0 %	20 %	532427265
130	NC_022120	TTTTC	2	10	177865	177874	0 %	80 %	0 %	20 %	532427265
131	NC_022120	GGAAT	2	10	179420	179429	40 %	20 %	40 %	0 %	532427975
132	NC_022120	AGAGT	2	10	180808	180817	40 %	20 %	40 %	0 %	532427266
133	NC_022120	TTGAA	2	10	181341	181350	40 %	40 %	20 %	0 %	532427267
134	NC_022120	TTGAG	2	10	182901	182910	20 %	40 %	40 %	0 %	532427976
135	NC_022120	GAATG	2	10	182926	182935	40 %	20 %	40 %	0 %	532427976
136	NC_022120	AGAGA	2	10	184969	184978	60 %	0 %	40 %	0 %	532427269
137	NC_022120	ACGAT	2	10	187030	187039	40 %	20 %	20 %	20 %	532427271
138	NC_022120	GGATC	2	10	190135	190144	20 %	20 %	40 %	20 %	532427980
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140	NC_022120	ACGAT	2	10	191169	191178	40 %	20 %	20 %	20 %	532427981
141	NC_022120	TTGTA	2	10	192146	192155	20 %	60 %	20 %	0 %	532427982
142	NC_022120	TATGC	2	10	192551	192560	20 %	40 %	20 %	20 %	532427983
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144	NC_022120	AAAAG	2	10	192846	192855	80 %	0 %	20 %	0 %	532427272
145	NC_022120	TATCA	2	10	192919	192928	40 %	40 %	0 %	20 %	532427272
146	NC_022120	GATCT	2	10	193065	193074	20 %	40 %	20 %	20 %	532427272
147	NC_022120	GATTA	2	10	194318	194327	40 %	40 %	20 %	0 %	532427273
148	NC_022120	AGAAA	2	10	197016	197025	80 %	0 %	20 %	0 %	532427275
149	NC_022120	CTCTA	2	10	201387	201396	20 %	40 %	0 %	40 %	532427279
150	NC_022120	CAAGA	2	10	203619	203628	60 %	0 %	20 %	20 %	532427282
151	NC_022120	CTTTA	2	10	204666	204675	20 %	60 %	0 %	20 %	532427283
152	NC_022120	AAACC	2	10	205491	205500	60 %	0 %	0 %	40 %	532427284
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154	NC_022120	CTCTG	2	10	207418	207427	0 %	40 %	20 %	40 %	532427286
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157	NC_022120	TGTTT	2	10	214799	214808	0 %	80 %	20 %	0 %	532427291
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252	NC_022120	TATTC	2	10	387419	387428	20 %	60 %	0 %	20 %	532427440
253	NC_022120	ATTTT	2	10	387558	387567	20 %	80 %	0 %	0 %	532427440
254	NC_022120	GTCTT	2	10	392934	392943	0 %	60 %	20 %	20 %	532427445
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256	NC_022120	TTGTT	2	10	395474	395483	0 %	80 %	20 %	0 %	532427446
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262	NC_022120	AAAGT	2	10	401188	401197	60 %	20 %	20 %	0 %	532427451
263	NC_022120	CCTCT	2	10	403675	403684	0 %	40 %	0 %	60 %	532427452
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382	NC_022120	ATTTC	2	10	585264	585273	20 %	60 %	0 %	20 %	532427602
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384	NC_022120	AAATA	2	10	588029	588038	80 %	20 %	0 %	0 %	532427605
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388	NC_022120	ATCAC	2	10	592023	592032	40 %	20 %	0 %	40 %	532427613
389	NC_022120	ATCCA	2	10	602377	602386	40 %	20 %	0 %	40 %	532427627
390	NC_022120	AAACC	2	10	602546	602555	60 %	0 %	0 %	40 %	532427627
391	NC_022120	AGCCC	2	10	603163	603172	20 %	0 %	20 %	60 %	532427627
392	NC_022120	AAAGT	2	10	603472	603481	60 %	20 %	20 %	0 %	532427628
393	NC_022120	ACTTC	2	10	607485	607494	20 %	40 %	0 %	40 %	532427634
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