MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain Ia20-97 genome

Total Repeats: 20530

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_022120	CTTC	2	8	54499	54506	0 %	50 %	0 %	50 %	532427170
1002	NC_022120	GAAT	2	8	54534	54541	50 %	25 %	25 %	0 %	532427170
1003	NC_022120	TGT	2	6	54570	54575	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427170
1004	NC_022120	GAT	2	6	54598	54603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427170
1005	NC_022120	TTGA	2	8	54604	54611	25 %	50 %	25 %	0 %	532427170
1006	NC_022120	GTA	2	6	54644	54649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427170
1007	NC_022120	TCA	2	6	54659	54664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427170
1008	NC_022120	GAG	2	6	54682	54687	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427170
1009	NC_022120	TCAGA	2	10	54697	54706	40 %	20 %	20 %	20 %	532427170
1010	NC_022120	A	6	6	54796	54801	100 %	0 %	0 %	0 %	532427170
1011	NC_022120	G	6	6	54852	54857	0 %	0 %	100 %	0 %	532427170
1012	NC_022120	GGAA	2	8	54963	54970	50 %	0 %	50 %	0 %	532427170
1013	NC_022120	GATCTG	2	12	54986	54997	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	532427170
1014	NC_022120	GTGTAA	2	12	55034	55045	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427170
1015	NC_022120	GCA	2	6	55048	55053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427170
1016	NC_022120	TGG	2	6	55100	55105	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532427170
1017	NC_022120	GGTTCA	2	12	55123	55134	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	532427170
1018	NC_022120	TTATC	2	10	55224	55233	20 %	60 %	0 %	20 %	532427170
1019	NC_022120	TGAGT	2	10	55245	55254	20 %	40 %	40 %	0 %	532427170
1020	NC_022120	TCA	3	9	55258	55266	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427170
1021	NC_022120	GTT	2	6	55273	55278	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427170
1022	NC_022120	CTG	2	6	55319	55324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427170
1023	NC_022120	GAG	2	6	55325	55330	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427170
1024	NC_022120	TGC	2	6	55359	55364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427170
1025	NC_022120	AT	3	6	55569	55574	50 %	50 %	0 %	0 %	532427170
1026	NC_022120	TTA	2	6	55584	55589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427170
1027	NC_022120	TGG	2	6	55760	55765	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532427962
1028	NC_022120	TGT	2	6	55802	55807	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427962
1029	NC_022120	CTGG	3	12	55862	55873	0 %	25 %	50 %	25 %	532427962
1030	NC_022120	ATT	2	6	55877	55882	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427962
1031	NC_022120	GAT	2	6	55890	55895	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427962
1032	NC_022120	TCT	2	6	55908	55913	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427962
1033	NC_022120	TCC	2	6	55943	55948	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532427962
1034	NC_022120	TTA	2	6	55956	55961	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427962
1035	NC_022120	TTGC	2	8	55999	56006	0 %	50 %	25 %	25 %	532427962
1036	NC_022120	AGCG	2	8	56039	56046	25 %	0 %	50 %	25 %	532427962
1037	NC_022120	T	6	6	56051	56056	0 %	100 %	0 %	0 %	532427962
1038	NC_022120	GTA	2	6	56082	56087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427962
1039	NC_022120	GTT	2	6	56193	56198	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427962
1040	NC_022120	TGG	2	6	56213	56218	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532427962
1041	NC_022120	GTTGT	2	10	56292	56301	0 %	60 %	40 %	0 %	532427962
1042	NC_022120	T	6	6	56347	56352	0 %	100 %	0 %	0 %	532427962
1043	NC_022120	GAAAAG	2	12	56382	56393	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427962
1044	NC_022120	TCC	2	6	56397	56402	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532427962
1045	NC_022120	AGT	3	9	56486	56494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427962
1046	NC_022120	AGCT	2	8	56498	56505	25 %	25 %	25 %	25 %	532427962
1047	NC_022120	CT	3	6	56504	56509	0 %	50 %	0 %	50 %	532427962
1048	NC_022120	GAG	2	6	56517	56522	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427962
1049	NC_022120	TGG	2	6	56540	56545	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532427962
1050	NC_022120	GT	3	6	56554	56559	0 %	50 %	50 %	0 %	532427962
1051	NC_022120	TGT	2	6	56563	56568	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427962
1052	NC_022120	AGT	2	6	56573	56578	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427962
1053	NC_022120	GAA	2	6	56616	56621	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427962
1054	NC_022120	GTT	2	6	56732	56737	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427962
1055	NC_022120	T	6	6	56736	56741	0 %	100 %	0 %	0 %	532427962
1056	NC_022120	TTTG	2	8	56810	56817	0 %	75 %	25 %	0 %	532427962
1057	NC_022120	CAG	2	6	57055	57060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427962
1058	NC_022120	CAT	2	6	57064	57069	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427962
1059	NC_022120	TTG	2	6	57077	57082	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427962
1060	NC_022120	TGT	2	6	57158	57163	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427962
1061	NC_022120	TG	3	6	57261	57266	0 %	50 %	50 %	0 %	532427962
1062	NC_022120	GGTT	2	8	57270	57277	0 %	50 %	50 %	0 %	532427962
1063	NC_022120	TAA	2	6	57326	57331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427962
1064	NC_022120	ACT	2	6	57342	57347	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427962
1065	NC_022120	TTA	2	6	57348	57353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427962
1066	NC_022120	GAA	3	9	57366	57374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427962
1067	NC_022120	ATT	2	6	57377	57382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427962
1068	NC_022120	T	6	6	57381	57386	0 %	100 %	0 %	0 %	532427962
1069	NC_022120	ATT	2	6	57396	57401	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427962
1070	NC_022120	TGA	2	6	57537	57542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427963
1071	NC_022120	TGT	2	6	57567	57572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427963
1072	NC_022120	GGA	2	6	57574	57579	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427963
1073	NC_022120	GTT	2	6	57580	57585	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427963
1074	NC_022120	GCT	2	6	57619	57624	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427963
1075	NC_022120	GAT	2	6	57637	57642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427963
1076	NC_022120	TGA	2	6	57654	57659	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427963
1077	NC_022120	TCC	2	6	57669	57674	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532427963
1078	NC_022120	AGTTGT	2	12	57733	57744	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	532427963
1079	NC_022120	AGA	2	6	57804	57809	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427963
1080	NC_022120	CTA	2	6	57820	57825	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427963
1081	NC_022120	TGA	2	6	57990	57995	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427963
1082	NC_022120	TGT	2	6	58062	58067	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427963
1083	NC_022120	AGAA	2	8	58131	58138	75 %	0 %	25 %	0 %	532427963
1084	NC_022120	CT	3	6	58142	58147	0 %	50 %	0 %	50 %	532427963
1085	NC_022120	GTT	2	6	58151	58156	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427963
1086	NC_022120	AGGT	2	8	58171	58178	25 %	25 %	50 %	0 %	532427963
1087	NC_022120	CAC	2	6	58284	58289	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532427963
1088	NC_022120	AGG	2	6	58335	58340	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427963
1089	NC_022120	TCT	2	6	58351	58356	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427963
1090	NC_022120	ATTTT	2	10	58465	58474	20 %	80 %	0 %	0 %	532427963
1091	NC_022120	T	6	6	58479	58484	0 %	100 %	0 %	0 %	532427963
1092	NC_022120	GCT	2	6	58561	58566	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427963
1093	NC_022120	ATC	2	6	58599	58604	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427963
1094	NC_022120	TCT	2	6	58610	58615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427963
1095	NC_022120	TGT	2	6	58634	58639	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427963
1096	NC_022120	TTGTTC	2	12	58653	58664	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	532427963
1097	NC_022120	T	6	6	58673	58678	0 %	100 %	0 %	0 %	532427963
1098	NC_022120	CTT	2	6	58691	58696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427963
1099	NC_022120	TTC	2	6	58722	58727	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427963
1100	NC_022120	TGG	2	6	58748	58753	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532427963
1101	NC_022120	TCC	2	6	58809	58814	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532427963
1102	NC_022120	TAGA	2	8	58850	58857	50 %	25 %	25 %	0 %	532427963
1103	NC_022120	TGAA	2	8	58955	58962	50 %	25 %	25 %	0 %	532427963
1104	NC_022120	TGT	2	6	58969	58974	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427963
1105	NC_022120	T	8	8	59032	59039	0 %	100 %	0 %	0 %	532427963
1106	NC_022120	T	6	6	59052	59057	0 %	100 %	0 %	0 %	532427963
1107	NC_022120	T	6	6	59063	59068	0 %	100 %	0 %	0 %	532427963
1108	NC_022120	TGAAAA	2	12	59123	59134	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	532427171
1109	NC_022120	AGA	2	6	59135	59140	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427171
1110	NC_022120	TCT	2	6	59151	59156	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427171
1111	NC_022120	T	6	6	59183	59188	0 %	100 %	0 %	0 %	532427171
1112	NC_022120	CGTT	2	8	59334	59341	0 %	50 %	25 %	25 %	532427171
1113	NC_022120	GGAG	2	8	59343	59350	25 %	0 %	75 %	0 %	532427171
1114	NC_022120	GTAA	2	8	59395	59402	50 %	25 %	25 %	0 %	532427171
1115	NC_022120	TCCTAA	2	12	59462	59473	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427171
1116	NC_022120	AGT	2	6	59491	59496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427171
1117	NC_022120	T	6	6	59523	59528	0 %	100 %	0 %	0 %	532427171
1118	NC_022120	TAG	2	6	59570	59575	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427171
1119	NC_022120	GCT	2	6	59583	59588	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427171
1120	NC_022120	GTC	2	6	59609	59614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427171
1121	NC_022120	ATGG	2	8	59622	59629	25 %	25 %	50 %	0 %	532427171
1122	NC_022120	AGG	2	6	59656	59661	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427171
1123	NC_022120	GA	3	6	59708	59713	50 %	0 %	50 %	0 %	532427171
1124	NC_022120	CAA	2	6	59731	59736	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532427171
1125	NC_022120	ATAA	2	8	59768	59775	75 %	25 %	0 %	0 %	532427171
1126	NC_022120	GAGCA	2	10	59808	59817	40 %	0 %	40 %	20 %	532427171
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1255	NC_022120	GAA	2	6	66375	66380	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427176
1256	NC_022120	GTTAA	2	10	66416	66425	40 %	40 %	20 %	0 %	532427176
1257	NC_022120	AGG	2	6	66451	66456	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427176
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1262	NC_022120	AAG	2	6	66637	66642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427176
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1277	NC_022120	T	6	6	67639	67644	0 %	100 %	0 %	0 %	532427177
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1359	NC_022120	ATTGG	2	10	72186	72195	20 %	40 %	40 %	0 %	532427181
1360	NC_022120	T	6	6	72202	72207	0 %	100 %	0 %	0 %	532427181
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1368	NC_022120	AGC	2	6	72489	72494	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427181
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1370	NC_022120	TGC	2	6	72543	72548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427181
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1373	NC_022120	GATT	2	8	72637	72644	25 %	50 %	25 %	0 %	532427181
1374	NC_022120	GAA	2	6	72712	72717	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427181
1375	NC_022120	CTGG	2	8	72745	72752	0 %	25 %	50 %	25 %	532427181
1376	NC_022120	CTC	2	6	72765	72770	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532427181
1377	NC_022120	ACTCTT	2	12	72833	72844	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	532427181
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