MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain Ia20-97 genome

Total Repeats: 20530

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_022120	TG	3	6	28387	28392	0 %	50 %	50 %	0 %	532427144
502	NC_022120	GCA	2	6	28411	28416	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427144
503	NC_022120	TC	3	6	28440	28445	0 %	50 %	0 %	50 %	532427144
504	NC_022120	AGGGT	2	10	28574	28583	20 %	20 %	60 %	0 %	532427144
505	NC_022120	TTC	2	6	28610	28615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427144
506	NC_022120	CAG	2	6	28622	28627	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427144
507	NC_022120	GAA	2	6	28636	28641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427144
508	NC_022120	TGA	2	6	28650	28655	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427144
509	NC_022120	TTC	2	6	28683	28688	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427144
510	NC_022120	GC	4	8	28854	28861	0 %	0 %	50 %	50 %	532427144
511	NC_022120	AAG	2	6	28862	28867	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427144
512	NC_022120	TA	3	6	28976	28981	50 %	50 %	0 %	0 %	532427144
513	NC_022120	GAA	2	6	29065	29070	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427144
514	NC_022120	TGT	2	6	29097	29102	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427145
515	NC_022120	TCT	2	6	29165	29170	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427145
516	NC_022120	ACA	2	6	29393	29398	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532427145
517	NC_022120	ATG	2	6	29403	29408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427145
518	NC_022120	CTTT	2	8	29545	29552	0 %	75 %	0 %	25 %	532427145
519	NC_022120	TTTG	2	8	29560	29567	0 %	75 %	25 %	0 %	532427145
520	NC_022120	TTGT	2	8	29595	29602	0 %	75 %	25 %	0 %	532427145
521	NC_022120	CCTAT	2	10	29614	29623	20 %	40 %	0 %	40 %	532427145
522	NC_022120	T	6	6	29630	29635	0 %	100 %	0 %	0 %	532427145
523	NC_022120	ATC	2	6	29709	29714	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427145
524	NC_022120	TGGC	2	8	29758	29765	0 %	25 %	50 %	25 %	532427145
525	NC_022120	T	8	8	29864	29871	0 %	100 %	0 %	0 %	532427145
526	NC_022120	ATG	2	6	29889	29894	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427145
527	NC_022120	GA	3	6	29927	29932	50 %	0 %	50 %	0 %	532427145
528	NC_022120	AG	3	6	30025	30030	50 %	0 %	50 %	0 %	532427146
529	NC_022120	GTT	2	6	30106	30111	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427146
530	NC_022120	GAA	2	6	30115	30120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427146
531	NC_022120	TC	3	6	30134	30139	0 %	50 %	0 %	50 %	532427146
532	NC_022120	TCT	2	6	30181	30186	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427146
533	NC_022120	ACT	2	6	30271	30276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427146
534	NC_022120	TTC	2	6	30299	30304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427146
535	NC_022120	AAAG	2	8	30318	30325	75 %	0 %	25 %	0 %	532427146
536	NC_022120	CCT	2	6	30335	30340	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532427146
537	NC_022120	AAAC	2	8	30388	30395	75 %	0 %	0 %	25 %	532427146
538	NC_022120	T	6	6	30405	30410	0 %	100 %	0 %	0 %	532427146
539	NC_022120	GAAGG	2	10	30413	30422	40 %	0 %	60 %	0 %	532427146
540	NC_022120	GGC	2	6	30441	30446	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532427146
541	NC_022120	GAT	2	6	30520	30525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427146
542	NC_022120	GATG	2	8	30531	30538	25 %	25 %	50 %	0 %	532427146
543	NC_022120	TAG	2	6	30542	30547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427146
544	NC_022120	GTT	2	6	30616	30621	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427146
545	NC_022120	TAA	2	6	30726	30731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532427146
546	NC_022120	GA	3	6	30755	30760	50 %	0 %	50 %	0 %	532427146
547	NC_022120	GAA	2	6	30865	30870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427146
548	NC_022120	AGA	2	6	30885	30890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427146
549	NC_022120	TCG	2	6	30948	30953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427146
550	NC_022120	ATG	2	6	30982	30987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427146
551	NC_022120	TGG	2	6	30996	31001	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532427146
552	NC_022120	GAA	2	6	31027	31032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427146
553	NC_022120	ATT	2	6	31063	31068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427146
554	NC_022120	ATG	2	6	31186	31191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427146
555	NC_022120	AAG	2	6	31198	31203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427146
556	NC_022120	T	6	6	31204	31209	0 %	100 %	0 %	0 %	532427146
557	NC_022120	GA	3	6	31223	31228	50 %	0 %	50 %	0 %	532427146
558	NC_022120	A	7	7	31246	31252	100 %	0 %	0 %	0 %	532427146
559	NC_022120	ACA	2	6	31292	31297	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532427147
560	NC_022120	TGT	2	6	31313	31318	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427147
561	NC_022120	AT	3	6	31364	31369	50 %	50 %	0 %	0 %	532427147
562	NC_022120	T	6	6	31432	31437	0 %	100 %	0 %	0 %	532427147
563	NC_022120	GAGCT	2	10	31453	31462	20 %	20 %	40 %	20 %	532427147
564	NC_022120	A	6	6	31527	31532	100 %	0 %	0 %	0 %	532427147
565	NC_022120	A	6	6	31558	31563	100 %	0 %	0 %	0 %	532427147
566	NC_022120	TGC	2	6	31586	31591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427147
567	NC_022120	AGC	2	6	31604	31609	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427147
568	NC_022120	GATA	2	8	31640	31647	50 %	25 %	25 %	0 %	532427148
569	NC_022120	TC	3	6	31649	31654	0 %	50 %	0 %	50 %	532427148
570	NC_022120	AAG	2	6	31853	31858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427148
571	NC_022120	AAG	2	6	31860	31865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427148
572	NC_022120	CTT	2	6	31899	31904	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427148
573	NC_022120	CGT	2	6	31930	31935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427148
574	NC_022120	TGA	2	6	31976	31981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427148
575	NC_022120	GAG	2	6	32007	32012	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427148
576	NC_022120	GCG	2	6	32049	32054	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532427148
577	NC_022120	GC	3	6	32079	32084	0 %	0 %	50 %	50 %	532427148
578	NC_022120	CT	3	6	32129	32134	0 %	50 %	0 %	50 %	532427148
579	NC_022120	AGA	2	6	32227	32232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427148
580	NC_022120	AG	3	6	32261	32266	50 %	0 %	50 %	0 %	532427148
581	NC_022120	AAG	2	6	32415	32420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427148
582	NC_022120	ATT	2	6	32465	32470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427148
583	NC_022120	T	6	6	32570	32575	0 %	100 %	0 %	0 %	532427148
584	NC_022120	AGG	2	6	32820	32825	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427149
585	NC_022120	GGT	2	6	32875	32880	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532427149
586	NC_022120	GCT	2	6	33037	33042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427149
587	NC_022120	GCT	2	6	33070	33075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427149
588	NC_022120	AAAGA	2	10	33086	33095	80 %	0 %	20 %	0 %	532427149
589	NC_022120	GAA	2	6	33181	33186	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427150
590	NC_022120	A	6	6	33185	33190	100 %	0 %	0 %	0 %	532427150
591	NC_022120	TGT	2	6	33276	33281	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427150
592	NC_022120	TGA	2	6	33327	33332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427150
593	NC_022120	AGG	2	6	33464	33469	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427150
594	NC_022120	CTT	2	6	33488	33493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532427150
595	NC_022120	T	6	6	33510	33515	0 %	100 %	0 %	0 %	532427150
596	NC_022120	GTT	2	6	33528	33533	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427150
597	NC_022120	CAG	2	6	33698	33703	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532427150
598	NC_022120	TC	3	6	33758	33763	0 %	50 %	0 %	50 %	532427150
599	NC_022120	AG	3	6	33771	33776	50 %	0 %	50 %	0 %	532427150
600	NC_022120	CTG	2	6	33868	33873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427151
601	NC_022120	ACA	2	6	33885	33890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532427151
602	NC_022120	AG	3	6	33909	33914	50 %	0 %	50 %	0 %	532427151
603	NC_022120	GTC	2	6	33941	33946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427151
604	NC_022120	ATT	2	6	33988	33993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427151
605	NC_022120	T	6	6	34040	34045	0 %	100 %	0 %	0 %	532427151
606	NC_022120	TTA	2	6	34070	34075	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427151
607	NC_022120	TGAT	2	8	34135	34142	25 %	50 %	25 %	0 %	532427151
608	NC_022120	GAA	2	6	34163	34168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427151
609	NC_022120	AAG	2	6	34210	34215	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427151
610	NC_022120	AGA	2	6	34261	34266	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427151
611	NC_022120	AAGA	3	12	34263	34274	75 %	0 %	25 %	0 %	532427151
612	NC_022120	TGC	2	6	34298	34303	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532427151
613	NC_022120	TGT	2	6	34322	34327	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427151
614	NC_022120	ATG	2	6	34333	34338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427151
615	NC_022120	AAG	2	6	34364	34369	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427151
616	NC_022120	GAA	2	6	34383	34388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427151
617	NC_022120	AAGC	2	8	34483	34490	50 %	0 %	25 %	25 %	532427152
618	NC_022120	GTTC	2	8	34516	34523	0 %	50 %	25 %	25 %	532427152
619	NC_022120	GAT	2	6	34594	34599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427152
620	NC_022120	GA	4	8	34601	34608	50 %	0 %	50 %	0 %	532427152
621	NC_022120	GA	4	8	34625	34632	50 %	0 %	50 %	0 %	532427152
622	NC_022120	AGA	2	6	34660	34665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427152
623	NC_022120	TTA	2	6	34723	34728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532427153
624	NC_022120	TGA	2	6	34856	34861	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532427153
625	NC_022120	GGCA	2	8	34895	34902	25 %	0 %	50 %	25 %	532427153
626	NC_022120	ATC	2	6	35005	35010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532427153
627	NC_022120	GAA	2	6	35094	35099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532427153
628	NC_022120	TGT	2	6	35123	35128	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427153
629	NC_022120	TCGA	2	8	35152	35159	25 %	25 %	25 %	25 %	532427153
630	NC_022120	GAG	2	6	35164	35169	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532427153
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754	NC_022120	CGG	2	6	42134	42139	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532427157
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756	NC_022120	A	6	6	42199	42204	100 %	0 %	0 %	0 %	532427157
757	NC_022120	GTT	2	6	42219	42224	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532427157
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