MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 656

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022110	TGTGA	2	10	3276	3285	20 %	40 %	40 %	0 %	532353208
2	NC_022110	TTGAA	2	10	3632	3641	40 %	40 %	20 %	0 %	532353209
3	NC_022110	GAGAA	2	10	3926	3935	60 %	0 %	40 %	0 %	532353209
4	NC_022110	GAAAA	2	10	4363	4372	80 %	0 %	20 %	0 %	532353209
5	NC_022110	TTACA	2	10	4518	4527	40 %	40 %	0 %	20 %	532353209
6	NC_022110	GTCTT	2	10	5209	5218	0 %	60 %	20 %	20 %	532353210
7	NC_022110	TGGTA	2	10	7682	7691	20 %	40 %	40 %	0 %	532353212
8	NC_022110	CGAAA	2	10	9090	9099	60 %	0 %	20 %	20 %	532353213
9	NC_022110	GGCTG	2	10	9726	9735	0 %	20 %	60 %	20 %	532353214
10	NC_022110	CCTCT	2	10	10518	10527	0 %	40 %	0 %	60 %	532353215
11	NC_022110	AAAGG	2	10	10677	10686	60 %	0 %	40 %	0 %	532353215
12	NC_022110	AAGAA	2	10	11797	11806	80 %	0 %	20 %	0 %	532353216
13	NC_022110	AAAGA	2	10	13195	13204	80 %	0 %	20 %	0 %	532353217
14	NC_022110	GGTGT	2	10	13299	13308	0 %	40 %	60 %	0 %	532353217
15	NC_022110	GATTT	2	10	15042	15051	20 %	60 %	20 %	0 %	532353219
16	NC_022110	CGTTC	2	10	16153	16162	0 %	40 %	20 %	40 %	532353220
17	NC_022110	GCTTC	2	10	16526	16535	0 %	40 %	20 %	40 %	532353220
18	NC_022110	GAAGG	2	10	16897	16906	40 %	0 %	60 %	0 %	532353220
19	NC_022110	GTTGT	2	10	20323	20332	0 %	60 %	40 %	0 %	532353223
20	NC_022110	AAGAT	2	10	21435	21444	60 %	20 %	20 %	0 %	532353224
21	NC_022110	TTTGC	2	10	22046	22055	0 %	60 %	20 %	20 %	532353224
22	NC_022110	TGCTT	2	10	23365	23374	0 %	60 %	20 %	20 %	532353224
23	NC_022110	GGAAA	2	10	23799	23808	60 %	0 %	40 %	0 %	532353224
24	NC_022110	AGAGG	2	10	25523	25532	40 %	0 %	60 %	0 %	532353225
25	NC_022110	GGAGA	2	10	27302	27311	40 %	0 %	60 %	0 %	532353226
26	NC_022110	ATCCG	2	10	28052	28061	20 %	20 %	20 %	40 %	532353228
27	NC_022110	AGGGT	2	10	28570	28579	20 %	20 %	60 %	0 %	532353228
28	NC_022110	CCTAT	2	10	29610	29619	20 %	40 %	0 %	40 %	532353229
29	NC_022110	GAAGG	2	10	30409	30418	40 %	0 %	60 %	0 %	532353230
30	NC_022110	GAGCT	2	10	31449	31458	20 %	20 %	40 %	20 %	532353231
31	NC_022110	AAAGA	2	10	33082	33091	80 %	0 %	20 %	0 %	532353233
32	NC_022110	TCAGT	2	10	35688	35697	20 %	40 %	20 %	20 %	532353237
33	NC_022110	CTATT	2	10	36122	36131	20 %	60 %	0 %	20 %	532353237
34	NC_022110	TCCTA	2	10	36169	36178	20 %	40 %	0 %	40 %	532353237
35	NC_022110	ACGAT	2	10	38085	38094	40 %	20 %	20 %	20 %	532353238
36	NC_022110	TTTGA	2	10	38450	38459	20 %	60 %	20 %	0 %	532353238
37	NC_022110	AGCAA	2	10	42101	42110	60 %	0 %	20 %	20 %	532353241
38	NC_022110	CGATG	2	10	42158	42167	20 %	20 %	40 %	20 %	532353241
39	NC_022110	TTTAT	2	10	44228	44237	20 %	80 %	0 %	0 %	532353245
40	NC_022110	CTTTC	2	10	46325	46334	0 %	60 %	0 %	40 %	532353247
41	NC_022110	AGTTT	2	10	46864	46873	20 %	60 %	20 %	0 %	532353247
42	NC_022110	GAAGA	2	10	47996	48005	60 %	0 %	40 %	0 %	532353247
43	NC_022110	CTTTT	2	10	50026	50035	0 %	80 %	0 %	20 %	532353250
44	NC_022110	CCGTA	2	10	53799	53808	20 %	20 %	20 %	40 %	532353253
45	NC_022110	GTTGT	2	10	56266	56275	0 %	60 %	40 %	0 %	532354032
46	NC_022110	GAGCA	2	10	59711	59720	40 %	0 %	40 %	20 %	532353254
47	NC_022110	TGTGA	2	10	62155	62164	20 %	40 %	40 %	0 %	532353256
48	NC_022110	AGTGA	2	10	63680	63689	40 %	20 %	40 %	0 %	532353257
49	NC_022110	CCTTC	2	10	63954	63963	0 %	40 %	0 %	60 %	532353257
50	NC_022110	AGGAG	2	10	66182	66191	40 %	0 %	60 %	0 %	532353259
51	NC_022110	GTTAA	2	10	66312	66321	40 %	40 %	20 %	0 %	532353259
52	NC_022110	AAAAG	2	10	68930	68939	80 %	0 %	20 %	0 %	532353261
53	NC_022110	GGAGC	2	10	69552	69561	20 %	0 %	60 %	20 %	532353262
54	NC_022110	GCGAT	2	10	69742	69751	20 %	20 %	40 %	20 %	532353262
55	NC_022110	CTCTT	2	10	70096	70105	0 %	60 %	0 %	40 %	532353262
56	NC_022110	AGGGG	2	10	70742	70751	20 %	0 %	80 %	0 %	532353262
57	NC_022110	AAGAA	2	10	70784	70793	80 %	0 %	20 %	0 %	532353262
58	NC_022110	ATTGG	2	10	72073	72082	20 %	40 %	40 %	0 %	532353264
59	NC_022110	GAAAA	2	10	73145	73154	80 %	0 %	20 %	0 %	532353264
60	NC_022110	TGGGA	2	10	73562	73571	20 %	20 %	60 %	0 %	532353265
61	NC_022110	TATTT	2	10	76089	76098	20 %	80 %	0 %	0 %	532353266
62	NC_022110	TGTCT	2	10	79881	79890	0 %	60 %	20 %	20 %	532353269
63	NC_022110	TTACT	2	10	80388	80397	20 %	60 %	0 %	20 %	532353269
64	NC_022110	AGAAA	2	10	81778	81787	80 %	0 %	20 %	0 %	532353271
65	NC_022110	GGAAG	2	10	82291	82300	40 %	0 %	60 %	0 %	532353271
66	NC_022110	AGCGA	2	10	84757	84766	40 %	0 %	40 %	20 %	532353273
67	NC_022110	GATCC	2	10	85842	85851	20 %	20 %	20 %	40 %	532353274
68	NC_022110	AGAGC	2	10	87177	87186	40 %	0 %	40 %	20 %	532354034
69	NC_022110	TTTTC	2	10	90909	90918	0 %	80 %	0 %	20 %	532353277
70	NC_022110	GGATG	2	10	91169	91178	20 %	20 %	60 %	0 %	532353278
71	NC_022110	CAACA	2	10	92708	92717	60 %	0 %	0 %	40 %	532353279
72	NC_022110	ACAGC	2	10	93752	93761	40 %	0 %	20 %	40 %	532353281
73	NC_022110	GGAAC	2	10	94465	94474	40 %	0 %	40 %	20 %	532353282
74	NC_022110	GGATT	2	10	95365	95374	20 %	40 %	40 %	0 %	532353282
75	NC_022110	CAATC	2	10	96464	96473	40 %	20 %	0 %	40 %	532353283
76	NC_022110	TTTGC	2	10	96598	96607	0 %	60 %	20 %	20 %	532353284
77	NC_022110	ATTCA	2	10	96862	96871	40 %	40 %	0 %	20 %	532353284
78	NC_022110	GATCC	2	10	97121	97130	20 %	20 %	20 %	40 %	532353284
79	NC_022110	GTTTT	2	10	97542	97551	0 %	80 %	20 %	0 %	532353284
80	NC_022110	AAGCT	2	10	98742	98751	40 %	20 %	20 %	20 %	532353285
81	NC_022110	AGGGG	2	10	99101	99110	20 %	0 %	80 %	0 %	532353285
82	NC_022110	ATAGC	2	10	99796	99805	40 %	20 %	20 %	20 %	532353286
83	NC_022110	TTCCC	2	10	100399	100408	0 %	40 %	0 %	60 %	532353287
84	NC_022110	AGCGA	2	10	102719	102728	40 %	0 %	40 %	20 %	532353289
85	NC_022110	TTTCT	2	10	103077	103086	0 %	80 %	0 %	20 %	532353289
86	NC_022110	CTTCT	2	10	103131	103140	0 %	60 %	0 %	40 %	532353289
87	NC_022110	ATCAT	2	10	104283	104292	40 %	40 %	0 %	20 %	532353290
88	NC_022110	GGCAT	2	10	104989	104998	20 %	20 %	40 %	20 %	532353290
89	NC_022110	AAAGC	2	10	108715	108724	60 %	0 %	20 %	20 %	532353293
90	NC_022110	GCATT	2	10	109875	109884	20 %	40 %	20 %	20 %	532353294
91	NC_022110	TGTTT	2	10	114549	114558	0 %	80 %	20 %	0 %	532353296
92	NC_022110	CATGT	2	10	114927	114936	20 %	40 %	20 %	20 %	532353296
93	NC_022110	TATCG	2	10	115631	115640	20 %	40 %	20 %	20 %	532353296
94	NC_022110	TTTCT	2	10	116147	116156	0 %	80 %	0 %	20 %	532353297
95	NC_022110	AAAGA	2	10	118391	118400	80 %	0 %	20 %	0 %	532353299
96	NC_022110	GCAAA	2	10	121347	121356	60 %	0 %	20 %	20 %	532353302
97	NC_022110	GCTTC	2	10	122381	122390	0 %	40 %	20 %	40 %	532353302
98	NC_022110	TACAA	2	10	126165	126174	60 %	20 %	0 %	20 %	532353306
99	NC_022110	ATCCA	2	10	128573	128582	40 %	20 %	0 %	40 %	532353309
100	NC_022110	GAAGA	2	10	130123	130132	60 %	0 %	40 %	0 %	532353309
101	NC_022110	AAAAG	2	10	132036	132045	80 %	0 %	20 %	0 %	532353310
102	NC_022110	GATTC	2	10	132367	132376	20 %	40 %	20 %	20 %	532353310
103	NC_022110	ATTGG	2	10	135652	135661	20 %	40 %	40 %	0 %	532353313
104	NC_022110	TGTTT	2	10	136111	136120	0 %	80 %	20 %	0 %	532353314
105	NC_022110	TCCAG	2	10	139855	139864	20 %	20 %	20 %	40 %	532353318
106	NC_022110	GTACA	2	10	140586	140595	40 %	20 %	20 %	20 %	532353319
107	NC_022110	TAGAT	2	10	140959	140968	40 %	40 %	20 %	0 %	532353319
108	NC_022110	AAAAG	2	10	141361	141370	80 %	0 %	20 %	0 %	532354042
109	NC_022110	AAAAC	2	10	141841	141850	80 %	0 %	0 %	20 %	532353320
110	NC_022110	TGCTA	2	10	142927	142936	20 %	40 %	20 %	20 %	532353322
111	NC_022110	GGAGC	2	10	142974	142983	20 %	0 %	60 %	20 %	532353322
112	NC_022110	CTGGG	2	10	144388	144397	0 %	20 %	60 %	20 %	532353324
113	NC_022110	GTTTT	2	10	145135	145144	0 %	80 %	20 %	0 %	532353325
114	NC_022110	GAACC	2	10	148867	148876	40 %	0 %	20 %	40 %	532353326
115	NC_022110	ATTCT	2	10	152363	152372	20 %	60 %	0 %	20 %	532353330
116	NC_022110	CTGTG	2	10	152567	152576	0 %	40 %	40 %	20 %	532353330
117	NC_022110	TTCTT	2	10	155040	155049	0 %	80 %	0 %	20 %	532353333
118	NC_022110	TTCTA	2	10	157145	157154	20 %	60 %	0 %	20 %	532353334
119	NC_022110	AGGAA	2	10	159598	159607	60 %	0 %	40 %	0 %	532353337
120	NC_022110	CAAAA	2	10	161601	161610	80 %	0 %	0 %	20 %	532353339
121	NC_022110	AGAGA	2	10	162829	162838	60 %	0 %	40 %	0 %	532353340
122	NC_022110	AGCAA	2	10	163264	163273	60 %	0 %	20 %	20 %	532353340
123	NC_022110	CAAAA	2	10	166767	166776	80 %	0 %	0 %	20 %	532353342
124	NC_022110	AAGAG	2	10	167600	167609	60 %	0 %	40 %	0 %	532353342
125	NC_022110	GATTG	2	10	167945	167954	20 %	40 %	40 %	0 %	532353342
126	NC_022110	GTTTT	2	10	174427	174436	0 %	80 %	20 %	0 %	532353346
127	NC_022110	TATTG	2	10	174450	174459	20 %	60 %	20 %	0 %	532353346
128	NC_022110	CAGCA	2	10	174809	174818	40 %	0 %	20 %	40 %	532353346
129	NC_022110	TAGGA	2	10	175114	175123	40 %	20 %	40 %	0 %	532353347
130	NC_022110	TGATT	2	10	177041	177050	20 %	60 %	20 %	0 %	532353348
131	NC_022110	TCAAT	2	10	177682	177691	40 %	40 %	0 %	20 %	532353348
132	NC_022110	TTTTC	2	10	177721	177730	0 %	80 %	0 %	20 %	532353348
133	NC_022110	GGAAT	2	10	179287	179296	40 %	20 %	40 %	0 %	532354043
134	NC_022110	TTGAG	2	10	182334	182343	20 %	40 %	40 %	0 %	532354044
135	NC_022110	GAATG	2	10	182359	182368	40 %	20 %	40 %	0 %	532354044
136	NC_022110	AGAGA	2	10	184399	184408	60 %	0 %	40 %	0 %	532353350
137	NC_022110	ACGAT	2	10	186470	186479	40 %	20 %	20 %	20 %	532353352
138	NC_022110	GATAT	2	10	187283	187292	40 %	40 %	20 %	0 %	532353352
139	NC_022110	ACGAT	2	10	190592	190601	40 %	20 %	20 %	20 %	532354048
140	NC_022110	TTGTA	2	10	191565	191574	20 %	60 %	20 %	0 %	532354048
141	NC_022110	GAAAT	2	10	191588	191597	60 %	20 %	20 %	0 %	532354048
142	NC_022110	TATGC	2	10	191970	191979	20 %	40 %	20 %	20 %	532354049
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144	NC_022110	TATCA	2	10	192336	192345	40 %	40 %	0 %	20 %	532353353
145	NC_022110	GATCT	2	10	192482	192491	20 %	40 %	20 %	20 %	532353353
146	NC_022110	GATTA	2	10	193735	193744	40 %	40 %	20 %	0 %	532353354
147	NC_022110	CTCTT	2	10	198344	198353	0 %	60 %	0 %	40 %	532353356
148	NC_022110	CTCTA	2	10	200835	200844	20 %	40 %	0 %	40 %	532353359
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150	NC_022110	CTTTA	2	10	204113	204122	20 %	60 %	0 %	20 %	532353363
151	NC_022110	AAACC	2	10	204938	204947	60 %	0 %	0 %	40 %	532353364
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153	NC_022110	CTCTG	2	10	206865	206874	0 %	40 %	20 %	40 %	532353366
154	NC_022110	TGTTT	2	10	214247	214256	0 %	80 %	20 %	0 %	532353371
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156	NC_022110	TTTCT	2	10	215278	215287	0 %	80 %	0 %	20 %	532353371
157	NC_022110	AAATA	2	10	220461	220470	80 %	20 %	0 %	0 %	532353376
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161	NC_022110	TTTTC	2	10	224459	224468	0 %	80 %	0 %	20 %	532353380
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178	NC_022110	GTATG	2	10	250150	250159	20 %	40 %	40 %	0 %	532353402
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193	NC_022110	ATCCT	2	10	274317	274326	20 %	40 %	0 %	40 %	532353426
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199	NC_022110	ATGCT	2	10	278643	278652	20 %	40 %	20 %	20 %	532353429
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214	NC_022110	TCCGG	2	10	316058	316067	0 %	20 %	40 %	40 %	532353465
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254	NC_022110	ATTTT	2	10	386972	386981	20 %	80 %	0 %	0 %	532353519
255	NC_022110	TGGCA	2	10	392263	392272	20 %	20 %	40 %	20 %	532353524
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