MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 12447

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022110	ATG	2	6	1332	1337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353206
2	NC_022110	GTG	2	6	1338	1343	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353206
3	NC_022110	TCC	2	6	1347	1352	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353206
4	NC_022110	AGC	2	6	1361	1366	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353206
5	NC_022110	AGC	2	6	1388	1393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353206
6	NC_022110	AAG	2	6	1399	1404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353206
7	NC_022110	TAC	2	6	1437	1442	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353206
8	NC_022110	GCT	2	6	1447	1452	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353206
9	NC_022110	AAC	2	6	1545	1550	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353206
10	NC_022110	AGA	2	6	1557	1562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353206
11	NC_022110	AGA	2	6	1813	1818	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353207
12	NC_022110	ATC	2	6	1820	1825	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353207
13	NC_022110	TGC	2	6	1840	1845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353207
14	NC_022110	CAT	2	6	1964	1969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353207
15	NC_022110	AGA	2	6	1992	1997	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353207
16	NC_022110	AAG	2	6	2021	2026	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353207
17	NC_022110	GGA	2	6	2056	2061	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353207
18	NC_022110	ATC	2	6	2185	2190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353208
19	NC_022110	ATA	2	6	2335	2340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353208
20	NC_022110	AAC	2	6	2360	2365	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353208
21	NC_022110	GGT	2	6	2414	2419	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353208
22	NC_022110	AAT	2	6	2520	2525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353208
23	NC_022110	TTC	2	6	2555	2560	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353208
24	NC_022110	GCA	2	6	2574	2579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353208
25	NC_022110	GGA	2	6	2622	2627	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353208
26	NC_022110	CAG	2	6	2641	2646	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353208
27	NC_022110	GTT	2	6	2658	2663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353208
28	NC_022110	GGT	2	6	2750	2755	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353208
29	NC_022110	AAG	2	6	2908	2913	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353208
30	NC_022110	ATT	2	6	2970	2975	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353208
31	NC_022110	TTG	2	6	3022	3027	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353208
32	NC_022110	AAG	2	6	3133	3138	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353208
33	NC_022110	AAG	2	6	3148	3153	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353208
34	NC_022110	CAG	2	6	3190	3195	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353208
35	NC_022110	GCT	2	6	3261	3266	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353208
36	NC_022110	AAG	2	6	3427	3432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353208
37	NC_022110	CAG	2	6	3477	3482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353208
38	NC_022110	GGA	2	6	3564	3569	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353208
39	NC_022110	AAT	2	6	3574	3579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353208
40	NC_022110	ATT	2	6	3654	3659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353209
41	NC_022110	TGA	2	6	3684	3689	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353209
42	NC_022110	GTA	2	6	3916	3921	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353209
43	NC_022110	AGA	2	6	3963	3968	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353209
44	NC_022110	GAA	2	6	4147	4152	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353209
45	NC_022110	CGT	2	6	4279	4284	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353209
46	NC_022110	GTT	2	6	4330	4335	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353209
47	NC_022110	TGA	2	6	4467	4472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353209
48	NC_022110	TTG	2	6	4562	4567	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353209
49	NC_022110	TTC	2	6	4703	4708	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353209
50	NC_022110	TCT	2	6	4795	4800	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353209
51	NC_022110	AGA	2	6	4815	4820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353209
52	NC_022110	GTT	2	6	4842	4847	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353209
53	NC_022110	GGT	2	6	4890	4895	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353209
54	NC_022110	CTC	2	6	4994	4999	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353209
55	NC_022110	AGC	2	6	5025	5030	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353209
56	NC_022110	GCA	2	6	5050	5055	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353209
57	NC_022110	TCT	2	6	5157	5162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353210
58	NC_022110	GCT	2	6	5203	5208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353210
59	NC_022110	GAT	2	6	5238	5243	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353210
60	NC_022110	ACG	2	6	5276	5281	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353210
61	NC_022110	GAA	2	6	5300	5305	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353210
62	NC_022110	AGA	3	9	5377	5385	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353210
63	NC_022110	GCT	2	6	5386	5391	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353210
64	NC_022110	AGA	2	6	5395	5400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353210
65	NC_022110	TGG	2	6	5431	5436	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353210
66	NC_022110	AGA	3	9	5449	5457	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353210
67	NC_022110	GGA	2	6	5458	5463	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353210
68	NC_022110	TCA	2	6	5643	5648	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353210
69	NC_022110	GGA	2	6	5680	5685	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353210
70	NC_022110	CTT	2	6	5740	5745	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353210
71	NC_022110	CTG	2	6	5746	5751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353210
72	NC_022110	CAG	2	6	5901	5906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353210
73	NC_022110	AGG	2	6	6430	6435	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353211
74	NC_022110	GAA	2	6	6474	6479	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353211
75	NC_022110	GCA	2	6	6738	6743	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353211
76	NC_022110	AAG	2	6	6779	6784	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353211
77	NC_022110	TGC	2	6	6812	6817	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353211
78	NC_022110	TTA	2	6	7144	7149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354030
79	NC_022110	GAA	2	6	7193	7198	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354030
80	NC_022110	TCG	2	6	7306	7311	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353212
81	NC_022110	TCC	2	6	7349	7354	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353212
82	NC_022110	GTT	2	6	7457	7462	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353212
83	NC_022110	TTA	2	6	7827	7832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353212
84	NC_022110	TTC	2	6	8150	8155	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353212
85	NC_022110	GAA	2	6	8294	8299	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353213
86	NC_022110	ACC	2	6	8422	8427	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532353213
87	NC_022110	CTT	2	6	8475	8480	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353213
88	NC_022110	GAG	2	6	8555	8560	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353213
89	NC_022110	ATA	2	6	8572	8577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353213
90	NC_022110	AGG	2	6	8596	8601	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353213
91	NC_022110	GAA	2	6	8776	8781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353213
92	NC_022110	CAG	2	6	8792	8797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353213
93	NC_022110	TGT	2	6	8863	8868	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353213
94	NC_022110	GAG	2	6	8878	8883	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353213
95	NC_022110	TAC	2	6	8946	8951	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353213
96	NC_022110	GTT	2	6	9050	9055	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353213
97	NC_022110	AAG	2	6	9074	9079	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353213
98	NC_022110	GAG	2	6	9100	9105	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353213
99	NC_022110	TTA	2	6	9390	9395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353214
100	NC_022110	AGA	2	6	9425	9430	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353214
101	NC_022110	TGC	2	6	9655	9660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353214
102	NC_022110	GAA	2	6	9682	9687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353214
103	NC_022110	TCG	2	6	9742	9747	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353214
104	NC_022110	TGG	2	6	9765	9770	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353214
105	NC_022110	GTA	2	6	9816	9821	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353215
106	NC_022110	AGC	2	6	9976	9981	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353215
107	NC_022110	TCT	2	6	9992	9997	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353215
108	NC_022110	ATG	2	6	10151	10156	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353215
109	NC_022110	GTT	2	6	10179	10184	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353215
110	NC_022110	GAC	2	6	10348	10353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353215
111	NC_022110	GGT	2	6	10435	10440	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353215
112	NC_022110	GAA	2	6	10481	10486	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353215
113	NC_022110	CAA	2	6	10503	10508	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353215
114	NC_022110	GGA	2	6	10565	10570	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353215
115	NC_022110	CGA	2	6	10622	10627	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353215
116	NC_022110	CTT	2	6	10728	10733	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353215
117	NC_022110	TTG	2	6	10768	10773	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353215
118	NC_022110	CTT	2	6	10782	10787	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353215
119	NC_022110	ATC	2	6	10892	10897	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353215
120	NC_022110	TGT	2	6	10898	10903	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353215
121	NC_022110	AGA	2	6	11004	11009	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353215
122	NC_022110	AGG	2	6	11043	11048	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353215
123	NC_022110	GAT	2	6	11103	11108	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353215
124	NC_022110	CGA	2	6	11109	11114	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353215
125	NC_022110	AAT	2	6	11322	11327	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353216
126	NC_022110	AGG	2	6	11565	11570	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353216
127	NC_022110	ATA	3	9	11575	11583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353216
128	NC_022110	TAT	2	6	11594	11599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353216
129	NC_022110	ACA	2	6	11605	11610	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353216
130	NC_022110	TAG	2	6	11704	11709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353216
131	NC_022110	TAC	2	6	11898	11903	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353216
132	NC_022110	TCA	2	6	11905	11910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353216
133	NC_022110	TTC	2	6	11943	11948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353216
134	NC_022110	TTA	2	6	11959	11964	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353216
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137	NC_022110	ATC	2	6	12325	12330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353216
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139	NC_022110	ATA	2	6	12558	12563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353217
140	NC_022110	TAC	2	6	12686	12691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353217
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252	NC_022110	TGC	2	6	23520	23525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532353224
253	NC_022110	GCA	2	6	23626	23631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532353224
254	NC_022110	AGA	2	6	23700	23705	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353224
255	NC_022110	GAG	2	6	23723	23728	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353224
256	NC_022110	TTC	2	6	23786	23791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353224
257	NC_022110	GAA	2	6	24045	24050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353224
258	NC_022110	GTT	2	6	24139	24144	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353224
259	NC_022110	CTT	2	6	24233	24238	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353224
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261	NC_022110	GAA	2	6	24326	24331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353224
262	NC_022110	AAG	2	6	24467	24472	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353224
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264	NC_022110	TAA	2	6	24870	24875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353225
265	NC_022110	GGA	3	9	24902	24910	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353225
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377	NC_022110	GAA	2	6	34378	34383	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353235
378	NC_022110	GAT	2	6	34589	34594	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353236
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382	NC_022110	GAA	2	6	34950	34955	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353237
383	NC_022110	ATC	2	6	35000	35005	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353237
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410	NC_022110	GAG	2	6	37611	37616	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353238
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453	NC_022110	CTT	2	6	41638	41643	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353241
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460	NC_022110	ACC	2	6	42522	42527	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532354031
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484	NC_022110	TGA	2	6	44609	44614	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353245
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487	NC_022110	TGA	2	6	44866	44871	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353245
488	NC_022110	AGG	2	6	44885	44890	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353245
489	NC_022110	GAA	2	6	45066	45071	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353245
490	NC_022110	GTG	2	6	45116	45121	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532353246
491	NC_022110	TAC	2	6	45219	45224	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353246
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493	NC_022110	GCG	2	6	45307	45312	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532353246
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496	NC_022110	TCT	2	6	45594	45599	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353246
497	NC_022110	GGA	2	6	45652	45657	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353246
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499	NC_022110	GAT	2	6	45868	45873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353246
500	NC_022110	AAG	2	6	45900	45905	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353246

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