MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 20165

< Previous12...29303132333435363738394041Next >

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
20001	NC_022110	T	6	6	1033647	1033652	0 %	100 %	0 %	0 %	532354026
20002	NC_022110	A	6	6	1033705	1033710	100 %	0 %	0 %	0 %	532354026
20003	NC_022110	AAT	2	6	1033842	1033847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354026
20004	NC_022110	CTT	2	6	1033912	1033917	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354026
20005	NC_022110	CAAG	2	8	1033977	1033984	50 %	0 %	25 %	25 %	532354026
20006	NC_022110	TCT	2	6	1034038	1034043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354026
20007	NC_022110	ATC	2	6	1034123	1034128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354026
20008	NC_022110	GT	3	6	1034181	1034186	0 %	50 %	50 %	0 %	532354026
20009	NC_022110	ATC	2	6	1034194	1034199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354026
20010	NC_022110	GCTA	2	8	1034280	1034287	25 %	25 %	25 %	25 %	532354026
20011	NC_022110	AGG	2	6	1034332	1034337	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354026
20012	NC_022110	ATA	2	6	1034353	1034358	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354026
20013	NC_022110	GA	3	6	1034371	1034376	50 %	0 %	50 %	0 %	532354026
20014	NC_022110	AC	3	6	1034574	1034579	50 %	0 %	0 %	50 %	532354026
20015	NC_022110	TAA	2	6	1034582	1034587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354026
20016	NC_022110	ACA	2	6	1034646	1034651	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532354026
20017	NC_022110	ACA	2	6	1034676	1034681	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532354026
20018	NC_022110	TATG	2	8	1034726	1034733	25 %	50 %	25 %	0 %	532354026
20019	NC_022110	CAT	2	6	1034890	1034895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354026
20020	NC_022110	T	6	6	1034900	1034905	0 %	100 %	0 %	0 %	532354026
20021	NC_022110	TTGT	2	8	1034909	1034916	0 %	75 %	25 %	0 %	532354026
20022	NC_022110	CTC	2	6	1034944	1034949	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354026
20023	NC_022110	CAG	2	6	1035157	1035162	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532354027
20024	NC_022110	GA	3	6	1035163	1035168	50 %	0 %	50 %	0 %	532354027
20025	NC_022110	CTC	2	6	1035340	1035345	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354027
20026	NC_022110	CAGCAC	2	12	1035346	1035357	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	532354027
20027	NC_022110	CTG	2	6	1035364	1035369	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354027
20028	NC_022110	T	6	6	1035418	1035423	0 %	100 %	0 %	0 %	532354027
20029	NC_022110	A	6	6	1035456	1035461	100 %	0 %	0 %	0 %	532354027
20030	NC_022110	ATA	2	6	1035475	1035480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354027
20031	NC_022110	GTAATA	2	12	1035511	1035522	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	532354027
20032	NC_022110	ACA	2	6	1035555	1035560	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532354027
20033	NC_022110	TTTC	2	8	1035595	1035602	0 %	75 %	0 %	25 %	532354027
20034	NC_022110	CCT	2	6	1035616	1035621	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354027
20035	NC_022110	AGT	2	6	1035632	1035637	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354027
20036	NC_022110	AGG	2	6	1035671	1035676	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354027
20037	NC_022110	TTC	2	6	1035681	1035686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354027
20038	NC_022110	GAT	2	6	1035705	1035710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354027
20039	NC_022110	TGC	2	6	1035722	1035727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354027
20040	NC_022110	AGG	2	6	1035755	1035760	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354027
20041	NC_022110	GGA	2	6	1035765	1035770	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354027
20042	NC_022110	GAT	2	6	1035786	1035791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354027
20043	NC_022110	TC	3	6	1035880	1035885	0 %	50 %	0 %	50 %	532354027
20044	NC_022110	GAT	2	6	1035894	1035899	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354027
20045	NC_022110	CAG	2	6	1035922	1035927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532354027
20046	NC_022110	CTA	2	6	1035955	1035960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354027
20047	NC_022110	GGA	2	6	1035978	1035983	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354027
20048	NC_022110	GAAA	2	8	1035995	1036002	75 %	0 %	25 %	0 %	532354027
20049	NC_022110	AGG	2	6	1036015	1036020	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354027
20050	NC_022110	GTGA	2	8	1036031	1036038	25 %	25 %	50 %	0 %	532354027
20051	NC_022110	T	6	6	1036095	1036100	0 %	100 %	0 %	0 %	532354027
20052	NC_022110	AGCGC	2	10	1036131	1036140	20 %	0 %	40 %	40 %	532354027
20053	NC_022110	GTA	2	6	1036217	1036222	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354027
20054	NC_022110	CAG	2	6	1036233	1036238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532354027
20055	NC_022110	ACCATC	2	12	1036252	1036263	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	532354027
20056	NC_022110	TTC	3	9	1036264	1036272	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354027
20057	NC_022110	CCG	2	6	1036326	1036331	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	532354027
20058	NC_022110	AGG	2	6	1036405	1036410	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354027
20059	NC_022110	GTTG	2	8	1036414	1036421	0 %	50 %	50 %	0 %	532354027
20060	NC_022110	ACT	2	6	1036442	1036447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354027
20061	NC_022110	TGC	2	6	1036516	1036521	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354027
20062	NC_022110	ATA	2	6	1036524	1036529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354027
20063	NC_022110	GATT	2	8	1036558	1036565	25 %	50 %	25 %	0 %	532354027
20064	NC_022110	TCT	2	6	1036730	1036735	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354027
20065	NC_022110	AGT	2	6	1036736	1036741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354027
20066	NC_022110	A	6	6	1036759	1036764	100 %	0 %	0 %	0 %	532354027
20067	NC_022110	ATG	2	6	1036779	1036784	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354027
20068	NC_022110	CCT	2	6	1036871	1036876	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354027
20069	NC_022110	CT	3	6	1036972	1036977	0 %	50 %	0 %	50 %	532354027
20070	NC_022110	GAT	2	6	1037102	1037107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354027
20071	NC_022110	TGT	2	6	1037259	1037264	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354027
20072	NC_022110	GAA	2	6	1037274	1037279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354027
20073	NC_022110	CAA	2	6	1037413	1037418	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532354027
20074	NC_022110	TAT	2	6	1037423	1037428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354027
20075	NC_022110	GGA	2	6	1037529	1037534	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354027
20076	NC_022110	TCGC	2	8	1037578	1037585	0 %	25 %	25 %	50 %	532354027
20077	NC_022110	ATA	2	6	1037596	1037601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354027
20078	NC_022110	TCC	2	6	1037654	1037659	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354027
20079	NC_022110	ATT	2	6	1037730	1037735	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354027
20080	NC_022110	CTT	3	9	1037785	1037793	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354027
20081	NC_022110	TCA	2	6	1037818	1037823	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354027
20082	NC_022110	TCG	3	9	1037860	1037868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354027
20083	NC_022110	TTC	2	6	1037967	1037972	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354027
20084	NC_022110	GTT	2	6	1037984	1037989	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354027
20085	NC_022110	GAT	2	6	1038000	1038005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354027
20086	NC_022110	A	6	6	1038027	1038032	100 %	0 %	0 %	0 %	532354027
20087	NC_022110	CT	3	6	1038040	1038045	0 %	50 %	0 %	50 %	532354027
20088	NC_022110	AG	3	6	1038054	1038059	50 %	0 %	50 %	0 %	532354027
20089	NC_022110	CAAA	2	8	1038079	1038086	75 %	0 %	0 %	25 %	532354027
20090	NC_022110	CTTT	2	8	1038095	1038102	0 %	75 %	0 %	25 %	532354027
20091	NC_022110	A	6	6	1038106	1038111	100 %	0 %	0 %	0 %	532354027
20092	NC_022110	AAG	2	6	1038190	1038195	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354027
20093	NC_022110	A	7	7	1038527	1038533	100 %	0 %	0 %	0 %	532354119
20094	NC_022110	TGT	2	6	1038546	1038551	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354119
20095	NC_022110	AGA	2	6	1038557	1038562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354119
20096	NC_022110	TA	3	6	1038649	1038654	50 %	50 %	0 %	0 %	532354120
20097	NC_022110	GA	3	6	1038689	1038694	50 %	0 %	50 %	0 %	532354120
20098	NC_022110	AG	3	6	1038712	1038717	50 %	0 %	50 %	0 %	532354120
20099	NC_022110	TC	3	6	1038790	1038795	0 %	50 %	0 %	50 %	532354120
20100	NC_022110	AAG	2	6	1038805	1038810	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354120
20101	NC_022110	A	7	7	1038916	1038922	100 %	0 %	0 %	0 %	532354120
20102	NC_022110	AG	4	8	1038934	1038941	50 %	0 %	50 %	0 %	532354120
20103	NC_022110	TC	3	6	1039326	1039331	0 %	50 %	0 %	50 %	532354028
20104	NC_022110	CTC	2	6	1039339	1039344	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354028
20105	NC_022110	CTT	2	6	1039485	1039490	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354028
20106	NC_022110	AG	3	6	1039565	1039570	50 %	0 %	50 %	0 %	532354028
20107	NC_022110	TA	3	6	1039597	1039602	50 %	50 %	0 %	0 %	532354028
20108	NC_022110	TAA	2	6	1039623	1039628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354028
20109	NC_022110	AGAA	2	8	1039671	1039678	75 %	0 %	25 %	0 %	532354028
20110	NC_022110	ATG	2	6	1039729	1039734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354028
20111	NC_022110	CAG	2	6	1039788	1039793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532354028
20112	NC_022110	ATAG	2	8	1039809	1039816	50 %	25 %	25 %	0 %	532354028
20113	NC_022110	CTC	2	6	1039818	1039823	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354028
20114	NC_022110	TGT	2	6	1039831	1039836	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354028
20115	NC_022110	ATC	2	6	1039841	1039846	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354028
20116	NC_022110	TCA	2	6	1039967	1039972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354028
20117	NC_022110	AG	3	6	1040020	1040025	50 %	0 %	50 %	0 %	532354028
20118	NC_022110	AG	4	8	1040062	1040069	50 %	0 %	50 %	0 %	532354028
20119	NC_022110	AG	3	6	1040143	1040148	50 %	0 %	50 %	0 %	532354028
20120	NC_022110	T	6	6	1040193	1040198	0 %	100 %	0 %	0 %	532354028
20121	NC_022110	AAG	2	6	1040262	1040267	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354028
20122	NC_022110	GAG	2	6	1040284	1040289	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354028
20123	NC_022110	GA	5	10	1040304	1040313	50 %	0 %	50 %	0 %	532354028
20124	NC_022110	GCT	2	6	1040373	1040378	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354028
20125	NC_022110	T	6	6	1040406	1040411	0 %	100 %	0 %	0 %	532354028
20126	NC_022110	CTT	2	6	1040412	1040417	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354028
20127	NC_022110	AGG	2	6	1040523	1040528	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354028
20128	NC_022110	TGC	2	6	1040544	1040549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354028
20129	NC_022110	AAAGA	2	10	1040572	1040581	80 %	0 %	20 %	0 %	532354028
20130	NC_022110	GAA	2	6	1040606	1040611	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354028
20131	NC_022110	GAACA	2	10	1040686	1040695	60 %	0 %	20 %	20 %	532354028
20132	NC_022110	AG	3	6	1040716	1040721	50 %	0 %	50 %	0 %	532354028
20133	NC_022110	CTCC	2	8	1040723	1040730	0 %	25 %	0 %	75 %	532354028
20134	NC_022110	TGT	2	6	1040766	1040771	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354028
20135	NC_022110	TTGC	2	8	1040849	1040856	0 %	50 %	25 %	25 %	532354028
20136	NC_022110	CAAG	2	8	1040876	1040883	50 %	0 %	25 %	25 %	532354028
20137	NC_022110	AG	6	12	1040882	1040893	50 %	0 %	50 %	0 %	532354028
20138	NC_022110	ACA	2	6	1040923	1040928	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532354028
20139	NC_022110	AG	3	6	1040967	1040972	50 %	0 %	50 %	0 %	532354028
20140	NC_022110	TAC	2	6	1041000	1041005	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354028
20141	NC_022110	GCC	2	6	1041016	1041021	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	532354028
20142	NC_022110	GAAA	2	8	1041046	1041053	75 %	0 %	25 %	0 %	532354028
20143	NC_022110	AGA	2	6	1041115	1041120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354028
20144	NC_022110	CTC	2	6	1041183	1041188	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354028
20145	NC_022110	ATT	2	6	1041229	1041234	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354028
20146	NC_022110	TGA	2	6	1041260	1041265	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354028
20147	NC_022110	ATA	2	6	1041266	1041271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354028
20148	NC_022110	AAGGA	2	10	1041305	1041314	60 %	0 %	40 %	0 %	532354028
20149	NC_022110	TACA	2	8	1041418	1041425	50 %	25 %	0 %	25 %	532354028
20150	NC_022110	ATC	2	6	1041430	1041435	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354028
20151	NC_022110	A	6	6	1041490	1041495	100 %	0 %	0 %	0 %	532354028
20152	NC_022110	GAC	2	6	1041502	1041507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532354028
20153	NC_022110	GAG	2	6	1041526	1041531	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354028
20154	NC_022110	AGC	2	6	1041586	1041591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532354028
20155	NC_022110	ACA	2	6	1041598	1041603	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532354028
20156	NC_022110	AGA	2	6	1041651	1041656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354028
20157	NC_022110	A	8	8	1041666	1041673	100 %	0 %	0 %	0 %	532354028
20158	NC_022110	TAA	2	6	1041675	1041680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354028
20159	NC_022110	A	6	6	1041795	1041800	100 %	0 %	0 %	0 %	532354028
20160	NC_022110	AAT	2	6	1041804	1041809	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354028
20161	NC_022110	TATT	2	8	1041826	1041833	25 %	75 %	0 %	0 %	532354028
20162	NC_022110	T	7	7	1041839	1041845	0 %	100 %	0 %	0 %	532354028
20163	NC_022110	TAAAAT	2	12	1041858	1041869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354028
20164	NC_022110	TTTTA	2	10	1041874	1041883	20 %	80 %	0 %	0 %	532354028
20165	NC_022110	GGTT	2	8	1041890	1041897	0 %	50 %	50 %	0 %	532354028

< Previous12...29303132333435363738394041Next >

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.