MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 20165

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
19501	NC_022110	TAA	2	6	1006306	1006311	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354014
19502	NC_022110	GGT	2	6	1006376	1006381	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532354014
19503	NC_022110	GTT	2	6	1006416	1006421	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354014
19504	NC_022110	TCA	2	6	1006427	1006432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354014
19505	NC_022110	AGAT	2	8	1006459	1006466	50 %	25 %	25 %	0 %	532354014
19506	NC_022110	CAT	2	6	1006501	1006506	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354014
19507	NC_022110	T	6	6	1006579	1006584	0 %	100 %	0 %	0 %	532354014
19508	NC_022110	ATGA	2	8	1006600	1006607	50 %	25 %	25 %	0 %	532354014
19509	NC_022110	AATTAA	2	12	1006636	1006647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354014
19510	NC_022110	GCT	2	6	1006652	1006657	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354014
19511	NC_022110	AGT	2	6	1006697	1006702	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354014
19512	NC_022110	ATT	2	6	1006730	1006735	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354014
19513	NC_022110	GTT	2	6	1006775	1006780	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354014
19514	NC_022110	AATT	2	8	1006849	1006856	50 %	50 %	0 %	0 %	532354014
19515	NC_022110	GCT	2	6	1006904	1006909	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354014
19516	NC_022110	AGAA	2	8	1006927	1006934	75 %	0 %	25 %	0 %	532354014
19517	NC_022110	TG	3	6	1006986	1006991	0 %	50 %	50 %	0 %	532354014
19518	NC_022110	ATA	2	6	1007090	1007095	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354014
19519	NC_022110	TAAA	2	8	1007157	1007164	75 %	25 %	0 %	0 %	532354014
19520	NC_022110	GAA	2	6	1007285	1007290	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354014
19521	NC_022110	A	6	6	1007289	1007294	100 %	0 %	0 %	0 %	532354014
19522	NC_022110	TGA	2	6	1007295	1007300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354014
19523	NC_022110	TAGT	2	8	1007313	1007320	25 %	50 %	25 %	0 %	532354014
19524	NC_022110	CAC	2	6	1007326	1007331	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532354014
19525	NC_022110	AT	3	6	1007342	1007347	50 %	50 %	0 %	0 %	532354014
19526	NC_022110	TAA	2	6	1007349	1007354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354014
19527	NC_022110	CCT	2	6	1007504	1007509	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354014
19528	NC_022110	AAT	2	6	1007533	1007538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354014
19529	NC_022110	GCAATA	2	12	1007582	1007593	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	532354014
19530	NC_022110	T	6	6	1007641	1007646	0 %	100 %	0 %	0 %	532354014
19531	NC_022110	CTT	2	6	1007667	1007672	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354014
19532	NC_022110	CTG	2	6	1007736	1007741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354014
19533	NC_022110	AG	3	6	1007795	1007800	50 %	0 %	50 %	0 %	532354014
19534	NC_022110	CT	3	6	1007809	1007814	0 %	50 %	0 %	50 %	532354014
19535	NC_022110	AGT	2	6	1007875	1007880	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354014
19536	NC_022110	TCA	2	6	1007892	1007897	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354014
19537	NC_022110	GAG	2	6	1007965	1007970	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354014
19538	NC_022110	G	6	6	1007970	1007975	0 %	0 %	100 %	0 %	532354014
19539	NC_022110	GTT	2	6	1008751	1008756	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354015
19540	NC_022110	TGC	2	6	1008778	1008783	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354015
19541	NC_022110	TTAC	2	8	1008792	1008799	25 %	50 %	0 %	25 %	532354015
19542	NC_022110	CTTT	2	8	1008801	1008808	0 %	75 %	0 %	25 %	532354015
19543	NC_022110	TTTCC	2	10	1008809	1008818	0 %	60 %	0 %	40 %	532354015
19544	NC_022110	ATT	5	15	1008843	1008857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354015
19545	NC_022110	GCT	2	6	1008896	1008901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354015
19546	NC_022110	AGG	2	6	1008935	1008940	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354015
19547	NC_022110	TAT	2	6	1009009	1009014	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354015
19548	NC_022110	TAC	2	6	1009015	1009020	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354015
19549	NC_022110	TTC	2	6	1009026	1009031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354015
19550	NC_022110	ATT	2	6	1009072	1009077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354015
19551	NC_022110	A	7	7	1009081	1009087	100 %	0 %	0 %	0 %	532354015
19552	NC_022110	CGT	2	6	1009088	1009093	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354015
19553	NC_022110	TCC	2	6	1009213	1009218	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354015
19554	NC_022110	TGGT	2	8	1009253	1009260	0 %	50 %	50 %	0 %	532354015
19555	NC_022110	CTC	2	6	1009278	1009283	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354015
19556	NC_022110	TCT	2	6	1009340	1009345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354015
19557	NC_022110	CAA	2	6	1009509	1009514	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532354015
19558	NC_022110	GTAT	2	8	1009518	1009525	25 %	50 %	25 %	0 %	532354015
19559	NC_022110	CAG	2	6	1009569	1009574	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532354015
19560	NC_022110	TCA	2	6	1009593	1009598	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354015
19561	NC_022110	CTT	2	6	1009668	1009673	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354015
19562	NC_022110	TG	3	6	1009730	1009735	0 %	50 %	50 %	0 %	532354015
19563	NC_022110	TCT	2	6	1009903	1009908	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354015
19564	NC_022110	T	6	6	1009971	1009976	0 %	100 %	0 %	0 %	532354015
19565	NC_022110	TTA	2	6	1009984	1009989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354015
19566	NC_022110	GGA	2	6	1010134	1010139	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354016
19567	NC_022110	CTTT	2	8	1010165	1010172	0 %	75 %	0 %	25 %	532354016
19568	NC_022110	CCTT	2	8	1010190	1010197	0 %	50 %	0 %	50 %	532354016
19569	NC_022110	A	6	6	1010207	1010212	100 %	0 %	0 %	0 %	532354016
19570	NC_022110	TTC	2	6	1010253	1010258	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354016
19571	NC_022110	GCT	2	6	1010368	1010373	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354016
19572	NC_022110	ACT	2	6	1010431	1010436	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354016
19573	NC_022110	TCG	2	6	1010445	1010450	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354016
19574	NC_022110	TAC	2	6	1010460	1010465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354016
19575	NC_022110	GA	3	6	1010466	1010471	50 %	0 %	50 %	0 %	532354016
19576	NC_022110	AAGA	2	8	1010581	1010588	75 %	0 %	25 %	0 %	532354016
19577	NC_022110	TTC	2	6	1010775	1010780	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354016
19578	NC_022110	CCT	2	6	1010878	1010883	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354016
19579	NC_022110	GAA	2	6	1010887	1010892	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354016
19580	NC_022110	ATT	2	6	1010902	1010907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354016
19581	NC_022110	TCT	2	6	1010917	1010922	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354016
19582	NC_022110	AAC	2	6	1010953	1010958	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532354016
19583	NC_022110	GGT	2	6	1010962	1010967	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532354016
19584	NC_022110	CTTTAT	2	12	1010974	1010985	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	532354016
19585	NC_022110	ACA	2	6	1011134	1011139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532354016
19586	NC_022110	TTG	2	6	1011207	1011212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354016
19587	NC_022110	CTT	2	6	1011345	1011350	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354016
19588	NC_022110	TTG	2	6	1011386	1011391	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354016
19589	NC_022110	AGCTGG	2	12	1011402	1011413	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	532354016
19590	NC_022110	AG	3	6	1011490	1011495	50 %	0 %	50 %	0 %	532354016
19591	NC_022110	A	6	6	1011601	1011606	100 %	0 %	0 %	0 %	532354016
19592	NC_022110	ACG	2	6	1011629	1011634	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532354016
19593	NC_022110	ATT	2	6	1011640	1011645	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354016
19594	NC_022110	TTG	2	6	1011726	1011731	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354016
19595	NC_022110	TAA	2	6	1011743	1011748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354016
19596	NC_022110	ATGC	2	8	1011760	1011767	25 %	25 %	25 %	25 %	532354016
19597	NC_022110	GATT	2	8	1012029	1012036	25 %	50 %	25 %	0 %	532354017
19598	NC_022110	A	6	6	1012097	1012102	100 %	0 %	0 %	0 %	532354017
19599	NC_022110	CAT	2	6	1012111	1012116	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354017
19600	NC_022110	AAAG	2	8	1012128	1012135	75 %	0 %	25 %	0 %	532354017
19601	NC_022110	ATT	2	6	1012145	1012150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354017
19602	NC_022110	GAT	2	6	1012271	1012276	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354017
19603	NC_022110	GCT	2	6	1012277	1012282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354017
19604	NC_022110	TTG	2	6	1012287	1012292	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354017
19605	NC_022110	TTC	2	6	1012336	1012341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354017
19606	NC_022110	TGCTA	2	10	1012346	1012355	20 %	40 %	20 %	20 %	532354017
19607	NC_022110	TCCT	2	8	1012386	1012393	0 %	50 %	0 %	50 %	532354017
19608	NC_022110	TGTA	2	8	1012407	1012414	25 %	50 %	25 %	0 %	532354017
19609	NC_022110	GA	3	6	1012450	1012455	50 %	0 %	50 %	0 %	532354017
19610	NC_022110	AG	3	6	1012462	1012467	50 %	0 %	50 %	0 %	532354017
19611	NC_022110	GAG	2	6	1012470	1012475	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354017
19612	NC_022110	ATC	2	6	1012494	1012499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354017
19613	NC_022110	TGA	2	6	1012501	1012506	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354017
19614	NC_022110	AGA	2	6	1012513	1012518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354017
19615	NC_022110	AGA	2	6	1012570	1012575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354017
19616	NC_022110	TGT	2	6	1012576	1012581	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354017
19617	NC_022110	AGA	3	9	1012648	1012656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354017
19618	NC_022110	CAT	2	6	1012762	1012767	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354017
19619	NC_022110	AAG	2	6	1012791	1012796	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354017
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19624	NC_022110	TTG	2	6	1013003	1013008	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354018
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19647	NC_022110	CT	3	6	1013624	1013629	0 %	50 %	0 %	50 %	532354018
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19731	NC_022110	GA	3	6	1017231	1017236	50 %	0 %	50 %	0 %	532354020
19732	NC_022110	GTT	2	6	1017270	1017275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354020
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19735	NC_022110	TCT	2	6	1017431	1017436	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354020
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19845	NC_022110	TC	3	6	1023065	1023070	0 %	50 %	0 %	50 %	532354023
19846	NC_022110	TTC	2	6	1023224	1023229	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354023
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19849	NC_022110	CGA	2	6	1024568	1024573	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532354024
19850	NC_022110	TAGC	2	8	1024629	1024636	25 %	25 %	25 %	25 %	532354024
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19852	NC_022110	GTT	2	6	1024709	1024714	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532354024
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19967	NC_022110	AAT	2	6	1032315	1032320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354026
19968	NC_022110	AGT	2	6	1032458	1032463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354026
19969	NC_022110	TGC	2	6	1032542	1032547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354026
19970	NC_022110	GCA	2	6	1032560	1032565	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532354026
19971	NC_022110	TCA	2	6	1032573	1032578	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532354026
19972	NC_022110	AGA	2	6	1032590	1032595	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532354026
19973	NC_022110	AGT	2	6	1032599	1032604	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354026
19974	NC_022110	AGG	3	9	1032656	1032664	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354026
19975	NC_022110	AAT	2	6	1032696	1032701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532354026
19976	NC_022110	CAA	2	6	1032719	1032724	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532354026
19977	NC_022110	TGC	2	6	1032746	1032751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354026
19978	NC_022110	CAAC	2	8	1032756	1032763	50 %	0 %	0 %	50 %	532354026
19979	NC_022110	GGA	2	6	1032804	1032809	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532354026
19980	NC_022110	TCT	2	6	1032814	1032819	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354026
19981	NC_022110	AGC	2	6	1032836	1032841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532354026
19982	NC_022110	AGT	2	6	1032884	1032889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354026
19983	NC_022110	TAG	2	6	1032896	1032901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354026
19984	NC_022110	GCT	2	6	1032909	1032914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354026
19985	NC_022110	ATG	2	6	1032994	1032999	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532354026
19986	NC_022110	ATTT	2	8	1033008	1033015	25 %	75 %	0 %	0 %	532354026
19987	NC_022110	CTG	2	6	1033042	1033047	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354026
19988	NC_022110	ATT	2	6	1033059	1033064	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532354026
19989	NC_022110	TGC	2	6	1033100	1033105	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354026
19990	NC_022110	GGGA	2	8	1033154	1033161	25 %	0 %	75 %	0 %	532354026
19991	NC_022110	CCAG	2	8	1033238	1033245	25 %	0 %	25 %	50 %	532354026
19992	NC_022110	AAGG	2	8	1033351	1033358	50 %	0 %	50 %	0 %	532354026
19993	NC_022110	TTC	2	6	1033363	1033368	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532354026
19994	NC_022110	ACC	2	6	1033463	1033468	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532354026
19995	NC_022110	ACA	2	6	1033469	1033474	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532354026
19996	NC_022110	CCT	2	6	1033476	1033481	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354026
19997	NC_022110	TCTT	2	8	1033523	1033530	0 %	75 %	0 %	25 %	532354026
19998	NC_022110	TCC	2	6	1033559	1033564	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354026
19999	NC_022110	TCC	2	6	1033571	1033576	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532354026
20000	NC_022110	CTG	2	6	1033615	1033620	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532354026

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