MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 20343

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_022109	GAA	2	6	84124	84129	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352354
1502	NC_022109	CAG	2	6	84263	84268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352354
1503	NC_022109	TAA	2	6	84309	84314	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352354
1504	NC_022109	AG	3	6	84358	84363	50 %	0 %	50 %	0 %	532352354
1505	NC_022109	TTC	2	6	84377	84382	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352354
1506	NC_022109	GAAG	2	8	84421	84428	50 %	0 %	50 %	0 %	532352354
1507	NC_022109	A	6	6	84445	84450	100 %	0 %	0 %	0 %	532352354
1508	NC_022109	AGA	2	6	84495	84500	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352354
1509	NC_022109	TTC	2	6	84573	84578	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352354
1510	NC_022109	TAAA	2	8	84587	84594	75 %	25 %	0 %	0 %	532352354
1511	NC_022109	ATCC	2	8	84658	84665	25 %	25 %	0 %	50 %	532352354
1512	NC_022109	TGG	2	6	84686	84691	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352354
1513	NC_022109	TGA	2	6	84719	84724	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352354
1514	NC_022109	TCC	2	6	84726	84731	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352354
1515	NC_022109	ACA	2	6	84750	84755	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352354
1516	NC_022109	TTTC	2	8	84805	84812	0 %	75 %	0 %	25 %	532352354
1517	NC_022109	AGAT	2	8	84846	84853	50 %	25 %	25 %	0 %	532352354
1518	NC_022109	CTT	2	6	84883	84888	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352354
1519	NC_022109	T	6	6	84909	84914	0 %	100 %	0 %	0 %	532352354
1520	NC_022109	GAA	2	6	85036	85041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352354
1521	NC_022109	AAT	2	6	85290	85295	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352355
1522	NC_022109	AT	3	6	85294	85299	50 %	50 %	0 %	0 %	532352355
1523	NC_022109	AGC	2	6	85362	85367	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352355
1524	NC_022109	AG	3	6	85389	85394	50 %	0 %	50 %	0 %	532352355
1525	NC_022109	GAAA	2	8	85427	85434	75 %	0 %	25 %	0 %	532352355
1526	NC_022109	T	6	6	85564	85569	0 %	100 %	0 %	0 %	532352355
1527	NC_022109	TGG	2	6	85665	85670	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352355
1528	NC_022109	CTT	2	6	85721	85726	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352355
1529	NC_022109	CAA	2	6	85732	85737	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352355
1530	NC_022109	TCT	2	6	85810	85815	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352355
1531	NC_022109	CTT	2	6	85816	85821	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352355
1532	NC_022109	GAAA	2	8	85822	85829	75 %	0 %	25 %	0 %	532352355
1533	NC_022109	GCA	2	6	85845	85850	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352355
1534	NC_022109	CTG	2	6	85942	85947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352355
1535	NC_022109	GATCC	2	10	85955	85964	20 %	20 %	20 %	40 %	532352355
1536	NC_022109	TAG	2	6	85985	85990	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352355
1537	NC_022109	ATGG	3	12	86022	86033	25 %	25 %	50 %	0 %	532352355
1538	NC_022109	GTT	2	6	86034	86039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352355
1539	NC_022109	GGT	2	6	86115	86120	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352355
1540	NC_022109	AT	3	6	86247	86252	50 %	50 %	0 %	0 %	532352355
1541	NC_022109	TTG	2	6	86270	86275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352355
1542	NC_022109	AGC	2	6	86444	86449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352355
1543	NC_022109	TTA	2	6	86486	86491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352355
1544	NC_022109	TCT	2	6	86511	86516	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352355
1545	NC_022109	TATT	2	8	86610	86617	25 %	75 %	0 %	0 %	532352355
1546	NC_022109	AG	3	6	86673	86678	50 %	0 %	50 %	0 %	532352355
1547	NC_022109	TTA	2	6	86682	86687	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352355
1548	NC_022109	GGA	2	6	86784	86789	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352355
1549	NC_022109	TA	3	6	86995	87000	50 %	50 %	0 %	0 %	532352355
1550	NC_022109	T	6	6	87094	87099	0 %	100 %	0 %	0 %	532352355
1551	NC_022109	TTG	2	6	87250	87255	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353123
1552	NC_022109	TCT	2	6	87272	87277	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353123
1553	NC_022109	AGAGC	2	10	87290	87299	40 %	0 %	40 %	20 %	532353123
1554	NC_022109	ATG	2	6	87356	87361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353123
1555	NC_022109	TG	3	6	87364	87369	0 %	50 %	50 %	0 %	532353123
1556	NC_022109	ATG	2	6	87380	87385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532353123
1557	NC_022109	CAT	2	6	87435	87440	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353123
1558	NC_022109	TCT	3	9	87443	87451	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353123
1559	NC_022109	ACTT	2	8	87468	87475	25 %	50 %	0 %	25 %	532353123
1560	NC_022109	AGA	2	6	87508	87513	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353123
1561	NC_022109	AAG	2	6	87556	87561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353123
1562	NC_022109	AGG	2	6	87643	87648	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353123
1563	NC_022109	T	6	6	87670	87675	0 %	100 %	0 %	0 %	532353123
1564	NC_022109	CTT	2	6	87678	87683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353123
1565	NC_022109	CTC	2	6	87723	87728	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532353123
1566	NC_022109	CAT	2	6	87858	87863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532353123
1567	NC_022109	ACA	2	6	87935	87940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353123
1568	NC_022109	TTC	2	6	87949	87954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353123
1569	NC_022109	TAA	2	6	88051	88056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532353123
1570	NC_022109	A	6	6	88055	88060	100 %	0 %	0 %	0 %	532353123
1571	NC_022109	TTC	2	6	88061	88066	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532353123
1572	NC_022109	GAG	2	6	88237	88242	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352356
1573	NC_022109	TGT	2	6	88286	88291	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352356
1574	NC_022109	TAG	2	6	88312	88317	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352356
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1577	NC_022109	CTT	2	6	88432	88437	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352356
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1579	NC_022109	GTT	2	6	88606	88611	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352356
1580	NC_022109	GTA	2	6	88613	88618	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352356
1581	NC_022109	GA	3	6	88661	88666	50 %	0 %	50 %	0 %	532352356
1582	NC_022109	TAT	2	6	88702	88707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352356
1583	NC_022109	CATT	2	8	88746	88753	25 %	50 %	0 %	25 %	532352356
1584	NC_022109	AAG	2	6	88758	88763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352356
1585	NC_022109	CAAT	2	8	88783	88790	50 %	25 %	0 %	25 %	532352356
1586	NC_022109	TTCTGA	2	12	88815	88826	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	532352356
1587	NC_022109	AG	3	6	88867	88872	50 %	0 %	50 %	0 %	532352356
1588	NC_022109	A	6	6	88920	88925	100 %	0 %	0 %	0 %	532352356
1589	NC_022109	CGA	2	6	88926	88931	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352356
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1592	NC_022109	AG	3	6	89009	89014	50 %	0 %	50 %	0 %	532352356
1593	NC_022109	TCT	2	6	89044	89049	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352356
1594	NC_022109	T	6	6	89054	89059	0 %	100 %	0 %	0 %	532352356
1595	NC_022109	A	6	6	89117	89122	100 %	0 %	0 %	0 %	532352356
1596	NC_022109	ACCT	2	8	89173	89180	25 %	25 %	0 %	50 %	532352356
1597	NC_022109	AAG	2	6	89204	89209	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352356
1598	NC_022109	AAAG	2	8	89307	89314	75 %	0 %	25 %	0 %	532352356
1599	NC_022109	ATG	2	6	89348	89353	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352357
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1601	NC_022109	TCA	2	6	89426	89431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352357
1602	NC_022109	AAG	3	9	89453	89461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352357
1603	NC_022109	AGTT	2	8	89554	89561	25 %	50 %	25 %	0 %	532352357
1604	NC_022109	TTC	2	6	89641	89646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352357
1605	NC_022109	AAT	2	6	89812	89817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352357
1606	NC_022109	TTC	2	6	89818	89823	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352357
1607	NC_022109	GAT	2	6	89839	89844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352357
1608	NC_022109	CT	3	6	89975	89980	0 %	50 %	0 %	50 %	532352357
1609	NC_022109	TCT	2	6	90083	90088	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352357
1610	NC_022109	GAA	2	6	90116	90121	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352357
1611	NC_022109	GCT	2	6	90155	90160	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352357
1612	NC_022109	GAA	2	6	90199	90204	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352357
1613	NC_022109	AAC	2	6	90253	90258	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352357
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1615	NC_022109	T	6	6	90376	90381	0 %	100 %	0 %	0 %	532352357
1616	NC_022109	ATT	2	6	90422	90427	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352357
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1621	NC_022109	CTT	2	6	90943	90948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352358
1622	NC_022109	TTTTC	2	10	91022	91031	0 %	80 %	0 %	20 %	532352358
1623	NC_022109	GAA	2	6	91071	91076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352358
1624	NC_022109	AT	3	6	91158	91163	50 %	50 %	0 %	0 %	532352358
1625	NC_022109	CTT	2	6	91198	91203	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352359
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1627	NC_022109	GGATG	2	10	91282	91291	20 %	20 %	60 %	0 %	532352359
1628	NC_022109	GCT	2	6	91292	91297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352359
1629	NC_022109	TCT	2	6	91299	91304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352359
1630	NC_022109	TGT	2	6	91348	91353	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352359
1631	NC_022109	TCG	2	6	91384	91389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352359
1632	NC_022109	GAA	2	6	91411	91416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352359
1633	NC_022109	TGA	2	6	91430	91435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352359
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1650	NC_022109	ATA	2	6	92479	92484	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352360
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1656	NC_022109	CAACA	2	10	92821	92830	60 %	0 %	0 %	40 %	532352360
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1666	NC_022109	AG	3	6	93187	93192	50 %	0 %	50 %	0 %	532352361
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1669	NC_022109	AG	3	6	93284	93289	50 %	0 %	50 %	0 %	532352361
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1734	NC_022109	CAATC	2	10	96580	96589	40 %	20 %	0 %	40 %	532352364
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1740	NC_022109	TTTGC	2	10	96714	96723	0 %	60 %	20 %	20 %	532352365
1741	NC_022109	TCT	2	6	96757	96762	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352365
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1744	NC_022109	AG	3	6	96876	96881	50 %	0 %	50 %	0 %	532352365
1745	NC_022109	CGA	2	6	96938	96943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352365
1746	NC_022109	ATTCA	2	10	96978	96987	40 %	40 %	0 %	20 %	532352365
1747	NC_022109	AAT	2	6	96990	96995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352365
1748	NC_022109	TGGA	2	8	97027	97034	25 %	25 %	50 %	0 %	532352365
1749	NC_022109	GAA	2	6	97058	97063	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352365
1750	NC_022109	AGC	2	6	97074	97079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352365
1751	NC_022109	C	6	6	97086	97091	0 %	0 %	0 %	100 %	532352365
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1753	NC_022109	TAA	2	6	97154	97159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352365
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1880	NC_022109	CGAA	2	8	103097	103104	50 %	0 %	25 %	25 %	532352370
1881	NC_022109	TCT	2	6	103123	103128	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352370
1882	NC_022109	TCT	2	6	103147	103152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352370
1883	NC_022109	TTTCT	2	10	103203	103212	0 %	80 %	0 %	20 %	532352370
1884	NC_022109	CGA	2	6	103234	103239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352370
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1988	NC_022109	A	6	6	108836	108841	100 %	0 %	0 %	0 %	532352374
1989	NC_022109	AAAGC	2	10	108843	108852	60 %	0 %	20 %	20 %	532352374
1990	NC_022109	A	6	6	108878	108883	100 %	0 %	0 %	0 %	532352374
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1996	NC_022109	CTTT	2	8	109249	109256	0 %	75 %	0 %	25 %	532353125
1997	NC_022109	AGG	2	6	109268	109273	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532353125
1998	NC_022109	TTG	2	6	109277	109282	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532353125
1999	NC_022109	T	6	6	109337	109342	0 %	100 %	0 %	0 %	532353125
2000	NC_022109	CAA	2	6	109351	109356	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532353125

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