MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 20343

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
12501	NC_022109	CT	3	6	640156	640161	0 %	50 %	0 %	50 %	532352824
12502	NC_022109	AAG	2	6	640259	640264	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352824
12503	NC_022109	CAGC	2	8	640274	640281	25 %	0 %	25 %	50 %	532352824
12504	NC_022109	TAA	3	9	640344	640352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352824
12505	NC_022109	TC	4	8	640404	640411	0 %	50 %	0 %	50 %	532352824
12506	NC_022109	AGC	2	6	640446	640451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352824
12507	NC_022109	AAG	2	6	640452	640457	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352824
12508	NC_022109	CT	3	6	640458	640463	0 %	50 %	0 %	50 %	532352824
12509	NC_022109	CGT	2	6	640498	640503	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352824
12510	NC_022109	T	6	6	640503	640508	0 %	100 %	0 %	0 %	532352824
12511	NC_022109	CCT	2	6	640552	640557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352824
12512	NC_022109	CGGAA	2	10	640768	640777	40 %	0 %	40 %	20 %	532352825
12513	NC_022109	TAA	2	6	640838	640843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352825
12514	NC_022109	CA	3	6	640865	640870	50 %	0 %	0 %	50 %	532352825
12515	NC_022109	TTG	2	6	640930	640935	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352825
12516	NC_022109	ATA	2	6	640939	640944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352825
12517	NC_022109	CAT	2	6	640993	640998	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352825
12518	NC_022109	GGA	2	6	641196	641201	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352825
12519	NC_022109	TCT	2	6	641202	641207	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352825
12520	NC_022109	TA	3	6	641254	641259	50 %	50 %	0 %	0 %	532352825
12521	NC_022109	GTC	2	6	641265	641270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352825
12522	NC_022109	AGG	2	6	641335	641340	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352825
12523	NC_022109	AGG	2	6	641351	641356	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352825
12524	NC_022109	ACC	2	6	641412	641417	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352825
12525	NC_022109	ATGA	2	8	641426	641433	50 %	25 %	25 %	0 %	532352825
12526	NC_022109	TCC	2	6	641468	641473	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352825
12527	NC_022109	TAA	2	6	641551	641556	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352825
12528	NC_022109	GCTC	2	8	641664	641671	0 %	25 %	25 %	50 %	532352825
12529	NC_022109	AAG	2	6	641738	641743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352825
12530	NC_022109	TA	3	6	641827	641832	50 %	50 %	0 %	0 %	532352825
12531	NC_022109	AAT	2	6	641849	641854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352825
12532	NC_022109	CTT	2	6	641860	641865	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352825
12533	NC_022109	T	7	7	641932	641938	0 %	100 %	0 %	0 %	532352825
12534	NC_022109	GCA	2	6	641983	641988	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352825
12535	NC_022109	AAT	2	6	641989	641994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352825
12536	NC_022109	A	6	6	642003	642008	100 %	0 %	0 %	0 %	532352825
12537	NC_022109	CAT	2	6	642059	642064	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352825
12538	NC_022109	GGA	2	6	642087	642092	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352825
12539	NC_022109	TTC	2	6	642093	642098	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352825
12540	NC_022109	TTTC	2	8	642118	642125	0 %	75 %	0 %	25 %	532352826
12541	NC_022109	AGC	2	6	642138	642143	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352826
12542	NC_022109	CTG	2	6	642144	642149	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352826
12543	NC_022109	CTA	2	6	642155	642160	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352826
12544	NC_022109	ATC	2	6	642174	642179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352826
12545	NC_022109	AGC	2	6	642195	642200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352826
12546	NC_022109	TCT	2	6	642223	642228	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352826
12547	NC_022109	ATAAAC	2	12	642262	642273	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	532352826
12548	NC_022109	AAT	2	6	642310	642315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352826
12549	NC_022109	C	6	6	642387	642392	0 %	0 %	0 %	100 %	532352826
12550	NC_022109	AAT	2	6	642393	642398	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352826
12551	NC_022109	TAA	2	6	642512	642517	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352826
12552	NC_022109	TAA	2	6	642545	642550	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352826
12553	NC_022109	GAA	2	6	642554	642559	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352826
12554	NC_022109	AGA	2	6	642612	642617	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352826
12555	NC_022109	TTC	2	6	642633	642638	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352826
12556	NC_022109	ACG	2	6	642676	642681	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352826
12557	NC_022109	TTTC	2	8	642889	642896	0 %	75 %	0 %	25 %	532352826
12558	NC_022109	T	7	7	642923	642929	0 %	100 %	0 %	0 %	532352826
12559	NC_022109	CAA	2	6	642948	642953	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352826
12560	NC_022109	ATCTTG	2	12	642955	642966	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	532352826
12561	NC_022109	CTT	2	6	642974	642979	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352826
12562	NC_022109	CTT	2	6	643046	643051	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352826
12563	NC_022109	ACT	2	6	643140	643145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352826
12564	NC_022109	AAG	2	6	643191	643196	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352826
12565	NC_022109	CT	3	6	643261	643266	0 %	50 %	0 %	50 %	532352826
12566	NC_022109	AGCG	2	8	643336	643343	25 %	0 %	50 %	25 %	532352826
12567	NC_022109	AGA	2	6	643383	643388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352826
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12569	NC_022109	TCT	2	6	643411	643416	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352826
12570	NC_022109	GCT	2	6	643423	643428	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352826
12571	NC_022109	TGT	2	6	643496	643501	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352826
12572	NC_022109	C	6	6	643572	643577	0 %	0 %	0 %	100 %	532352826
12573	NC_022109	AGA	2	6	643656	643661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352826
12574	NC_022109	CTT	2	6	643841	643846	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352826
12575	NC_022109	GAT	2	6	643964	643969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352826
12576	NC_022109	C	9	9	643994	644002	0 %	0 %	0 %	100 %	532352826
12577	NC_022109	GTT	2	6	644048	644053	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352826
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12579	NC_022109	GA	3	6	644118	644123	50 %	0 %	50 %	0 %	532352826
12580	NC_022109	CTT	2	6	644129	644134	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352826
12581	NC_022109	CAT	2	6	644153	644158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352826
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12583	NC_022109	TCC	2	6	644337	644342	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352826
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12588	NC_022109	CTG	2	6	644639	644644	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352827
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12591	NC_022109	CTG	2	6	644745	644750	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352827
12592	NC_022109	TCA	2	6	644753	644758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352827
12593	NC_022109	CAT	2	6	644787	644792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352827
12594	NC_022109	ATC	2	6	644796	644801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352827
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12597	NC_022109	GCT	2	6	645029	645034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352827
12598	NC_022109	GC	4	8	645116	645123	0 %	0 %	50 %	50 %	532352827
12599	NC_022109	CCT	2	6	645145	645150	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352827
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12604	NC_022109	CTT	2	6	645299	645304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352827
12605	NC_022109	A	8	8	645331	645338	100 %	0 %	0 %	0 %	532352827
12606	NC_022109	TTA	2	6	645364	645369	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352827
12607	NC_022109	TTC	2	6	645408	645413	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352827
12608	NC_022109	GCT	2	6	645458	645463	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352827
12609	NC_022109	CTG	2	6	645470	645475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352827
12610	NC_022109	GGC	2	6	645513	645518	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532352827
12611	NC_022109	A	7	7	645536	645542	100 %	0 %	0 %	0 %	532352827
12612	NC_022109	AAC	2	6	645561	645566	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352827
12613	NC_022109	A	6	6	645575	645580	100 %	0 %	0 %	0 %	532352827
12614	NC_022109	TTAAAT	2	12	645726	645737	50 %	50 %	0 %	0 %	532352828
12615	NC_022109	TTCA	2	8	645739	645746	25 %	50 %	0 %	25 %	532352828
12616	NC_022109	CT	3	6	645880	645885	0 %	50 %	0 %	50 %	532352828
12617	NC_022109	ATGA	2	8	645907	645914	50 %	25 %	25 %	0 %	532352828
12618	NC_022109	TCCAT	2	10	645923	645932	20 %	40 %	0 %	40 %	532352828
12619	NC_022109	ATCC	2	8	646035	646042	25 %	25 %	0 %	50 %	532352828
12620	NC_022109	GCT	2	6	646047	646052	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352828
12621	NC_022109	AAT	2	6	646204	646209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352828
12622	NC_022109	GGA	2	6	646211	646216	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352828
12623	NC_022109	T	6	6	646353	646358	0 %	100 %	0 %	0 %	532352828
12624	NC_022109	TTC	2	6	646363	646368	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352828
12625	NC_022109	CA	3	6	646378	646383	50 %	0 %	0 %	50 %	532352828
12626	NC_022109	CAC	2	6	646555	646560	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352828
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12630	NC_022109	GC	3	6	646709	646714	0 %	0 %	50 %	50 %	532352828
12631	NC_022109	ATC	2	6	646803	646808	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352828
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12634	NC_022109	CTT	2	6	646957	646962	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352829
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12644	NC_022109	CAA	2	6	647510	647515	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352829
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12646	NC_022109	GTA	2	6	647563	647568	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352829
12647	NC_022109	T	6	6	647581	647586	0 %	100 %	0 %	0 %	532352829
12648	NC_022109	CAC	2	6	647607	647612	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352829
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12721	NC_022109	TAT	2	6	650867	650872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352832
12722	NC_022109	AAGC	2	8	650943	650950	50 %	0 %	25 %	25 %	532352832
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12727	NC_022109	AAG	2	6	651178	651183	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352832
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12731	NC_022109	CAG	2	6	651291	651296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352832
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12734	NC_022109	GT	3	6	651392	651397	0 %	50 %	50 %	0 %	532352832
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12738	NC_022109	CTTC	2	8	651753	651760	0 %	50 %	0 %	50 %	532352833
12739	NC_022109	GTT	2	6	651786	651791	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352833
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12982	NC_022109	CAA	2	6	664837	664842	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352842
12983	NC_022109	GCT	2	6	664846	664851	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352842
12984	NC_022109	CT	3	6	664850	664855	0 %	50 %	0 %	50 %	532352842
12985	NC_022109	ACAG	2	8	664863	664870	50 %	0 %	25 %	25 %	532352842
12986	NC_022109	TCC	2	6	665037	665042	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352842
12987	NC_022109	AAGC	2	8	665111	665118	50 %	0 %	25 %	25 %	532352842
12988	NC_022109	GA	3	6	665129	665134	50 %	0 %	50 %	0 %	532352842
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12991	NC_022109	TTA	2	6	665301	665306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352842
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12996	NC_022109	GAAAA	2	10	665597	665606	80 %	0 %	20 %	0 %	532352843
12997	NC_022109	T	6	6	665680	665685	0 %	100 %	0 %	0 %	532352843
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