MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 20343

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_022109	CCTAT	2	10	29614	29623	20 %	40 %	0 %	40 %	532352310
502	NC_022109	T	6	6	29630	29635	0 %	100 %	0 %	0 %	532352310
503	NC_022109	ATC	2	6	29709	29714	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352310
504	NC_022109	TGGC	2	8	29758	29765	0 %	25 %	50 %	25 %	532352310
505	NC_022109	T	8	8	29864	29871	0 %	100 %	0 %	0 %	532352310
506	NC_022109	ATG	2	6	29889	29894	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352310
507	NC_022109	GA	3	6	29927	29932	50 %	0 %	50 %	0 %	532352310
508	NC_022109	AG	3	6	30025	30030	50 %	0 %	50 %	0 %	532352311
509	NC_022109	GTT	2	6	30106	30111	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352311
510	NC_022109	GAA	2	6	30115	30120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352311
511	NC_022109	TC	3	6	30134	30139	0 %	50 %	0 %	50 %	532352311
512	NC_022109	TCT	2	6	30181	30186	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352311
513	NC_022109	ACT	2	6	30271	30276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352311
514	NC_022109	TTC	2	6	30299	30304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352311
515	NC_022109	AAAG	2	8	30318	30325	75 %	0 %	25 %	0 %	532352311
516	NC_022109	CCT	2	6	30335	30340	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352311
517	NC_022109	AAAC	2	8	30388	30395	75 %	0 %	0 %	25 %	532352311
518	NC_022109	T	6	6	30405	30410	0 %	100 %	0 %	0 %	532352311
519	NC_022109	GAAGG	2	10	30413	30422	40 %	0 %	60 %	0 %	532352311
520	NC_022109	GGC	2	6	30441	30446	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532352311
521	NC_022109	GAT	2	6	30520	30525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352311
522	NC_022109	GATG	2	8	30531	30538	25 %	25 %	50 %	0 %	532352311
523	NC_022109	TAG	2	6	30542	30547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352311
524	NC_022109	GTT	2	6	30616	30621	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352311
525	NC_022109	TAA	2	6	30726	30731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352311
526	NC_022109	GA	3	6	30755	30760	50 %	0 %	50 %	0 %	532352311
527	NC_022109	GAA	2	6	30865	30870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352311
528	NC_022109	AGA	2	6	30885	30890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352311
529	NC_022109	TCG	2	6	30948	30953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352311
530	NC_022109	ATG	2	6	30982	30987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352311
531	NC_022109	TGG	2	6	30996	31001	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352311
532	NC_022109	GAA	2	6	31027	31032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352311
533	NC_022109	ATT	2	6	31063	31068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352311
534	NC_022109	ATG	2	6	31186	31191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352311
535	NC_022109	AAG	2	6	31198	31203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352311
536	NC_022109	T	6	6	31204	31209	0 %	100 %	0 %	0 %	532352311
537	NC_022109	GA	3	6	31223	31228	50 %	0 %	50 %	0 %	532352311
538	NC_022109	A	7	7	31246	31252	100 %	0 %	0 %	0 %	532352311
539	NC_022109	ACA	2	6	31292	31297	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352312
540	NC_022109	TGT	2	6	31313	31318	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352312
541	NC_022109	AT	3	6	31364	31369	50 %	50 %	0 %	0 %	532352312
542	NC_022109	T	6	6	31432	31437	0 %	100 %	0 %	0 %	532352312
543	NC_022109	GAGCT	2	10	31453	31462	20 %	20 %	40 %	20 %	532352312
544	NC_022109	A	6	6	31527	31532	100 %	0 %	0 %	0 %	532352312
545	NC_022109	A	6	6	31558	31563	100 %	0 %	0 %	0 %	532352312
546	NC_022109	TGC	2	6	31586	31591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352312
547	NC_022109	AGC	2	6	31604	31609	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352312
548	NC_022109	GATA	2	8	31640	31647	50 %	25 %	25 %	0 %	532352313
549	NC_022109	TC	3	6	31649	31654	0 %	50 %	0 %	50 %	532352313
550	NC_022109	AAG	2	6	31853	31858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352313
551	NC_022109	AAG	2	6	31860	31865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352313
552	NC_022109	CTT	2	6	31899	31904	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352313
553	NC_022109	CGT	2	6	31930	31935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352313
554	NC_022109	TGA	2	6	31976	31981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352313
555	NC_022109	GAG	2	6	32007	32012	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352313
556	NC_022109	GCG	2	6	32049	32054	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532352313
557	NC_022109	GC	3	6	32079	32084	0 %	0 %	50 %	50 %	532352313
558	NC_022109	CT	3	6	32129	32134	0 %	50 %	0 %	50 %	532352313
559	NC_022109	AGA	2	6	32227	32232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352313
560	NC_022109	AG	3	6	32261	32266	50 %	0 %	50 %	0 %	532352313
561	NC_022109	AAG	2	6	32415	32420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352313
562	NC_022109	ATT	2	6	32465	32470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352313
563	NC_022109	T	6	6	32570	32575	0 %	100 %	0 %	0 %	532352313
564	NC_022109	AGG	2	6	32820	32825	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352314
565	NC_022109	GGT	2	6	32875	32880	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352314
566	NC_022109	GCT	2	6	33037	33042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352314
567	NC_022109	GCT	2	6	33070	33075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352314
568	NC_022109	AAAGA	2	10	33086	33095	80 %	0 %	20 %	0 %	532352314
569	NC_022109	GAA	2	6	33181	33186	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352315
570	NC_022109	A	6	6	33185	33190	100 %	0 %	0 %	0 %	532352315
571	NC_022109	TGT	2	6	33276	33281	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352315
572	NC_022109	TGA	2	6	33327	33332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352315
573	NC_022109	AGG	2	6	33464	33469	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352315
574	NC_022109	CTT	2	6	33488	33493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352315
575	NC_022109	T	6	6	33510	33515	0 %	100 %	0 %	0 %	532352315
576	NC_022109	GTT	2	6	33528	33533	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352315
577	NC_022109	CAG	2	6	33698	33703	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352315
578	NC_022109	TC	3	6	33758	33763	0 %	50 %	0 %	50 %	532352315
579	NC_022109	AG	3	6	33771	33776	50 %	0 %	50 %	0 %	532352315
580	NC_022109	CTG	2	6	33868	33873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352316
581	NC_022109	ACA	2	6	33885	33890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352316
582	NC_022109	AG	3	6	33909	33914	50 %	0 %	50 %	0 %	532352316
583	NC_022109	GTC	2	6	33941	33946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352316
584	NC_022109	ATT	2	6	33988	33993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352316
585	NC_022109	T	6	6	34040	34045	0 %	100 %	0 %	0 %	532352316
586	NC_022109	TTA	2	6	34070	34075	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352316
587	NC_022109	TGAT	2	8	34135	34142	25 %	50 %	25 %	0 %	532352316
588	NC_022109	GAA	2	6	34163	34168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352316
589	NC_022109	AAG	2	6	34210	34215	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352316
590	NC_022109	AGA	2	6	34261	34266	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352316
591	NC_022109	AAGA	3	12	34263	34274	75 %	0 %	25 %	0 %	532352316
592	NC_022109	TGC	2	6	34298	34303	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352316
593	NC_022109	TGT	2	6	34322	34327	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352316
594	NC_022109	ATG	2	6	34333	34338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352316
595	NC_022109	AAG	2	6	34364	34369	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352316
596	NC_022109	GAA	2	6	34383	34388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352316
597	NC_022109	AAGC	2	8	34483	34490	50 %	0 %	25 %	25 %	532352317
598	NC_022109	GTTC	2	8	34516	34523	0 %	50 %	25 %	25 %	532352317
599	NC_022109	GAT	2	6	34594	34599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352317
600	NC_022109	GA	4	8	34601	34608	50 %	0 %	50 %	0 %	532352317
601	NC_022109	GA	4	8	34625	34632	50 %	0 %	50 %	0 %	532352317
602	NC_022109	AGA	2	6	34660	34665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352317
603	NC_022109	TTA	2	6	34723	34728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352318
604	NC_022109	TGA	2	6	34856	34861	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352318
605	NC_022109	GGCA	2	8	34895	34902	25 %	0 %	50 %	25 %	532352318
606	NC_022109	ATC	2	6	35005	35010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352318
607	NC_022109	GAA	2	6	35094	35099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352318
608	NC_022109	TGT	2	6	35123	35128	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352318
609	NC_022109	TCGA	2	8	35152	35159	25 %	25 %	25 %	25 %	532352318
610	NC_022109	GAG	2	6	35164	35169	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352318
611	NC_022109	CAG	2	6	35178	35183	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352318
612	NC_022109	AGA	2	6	35297	35302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352318
613	NC_022109	TGCT	2	8	35305	35312	0 %	50 %	25 %	25 %	532352318
614	NC_022109	TATG	2	8	35448	35455	25 %	50 %	25 %	0 %	532352318
615	NC_022109	GCA	2	6	35499	35504	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352318
616	NC_022109	GAA	2	6	35528	35533	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352318
617	NC_022109	TTGG	2	8	35537	35544	0 %	50 %	50 %	0 %	532352318
618	NC_022109	ATA	2	6	35581	35586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352318
619	NC_022109	CTT	2	6	35587	35592	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352318
620	NC_022109	TCT	2	6	35922	35927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352318
621	NC_022109	GGATTT	2	12	35945	35956	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	532352318
622	NC_022109	GCT	2	6	36048	36053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352318
623	NC_022109	ATG	2	6	36073	36078	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352318
624	NC_022109	CTATT	2	10	36127	36136	20 %	60 %	0 %	20 %	532352318
625	NC_022109	TCCTA	2	10	36174	36183	20 %	40 %	0 %	40 %	532352318
626	NC_022109	AGAT	2	8	36257	36264	50 %	25 %	25 %	0 %	532352318
627	NC_022109	T	6	6	36288	36293	0 %	100 %	0 %	0 %	532352318
628	NC_022109	ATT	2	6	36332	36337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352318
629	NC_022109	GA	3	6	36528	36533	50 %	0 %	50 %	0 %	532352319
630	NC_022109	AAG	2	6	36553	36558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352319
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640	NC_022109	TTA	2	6	36986	36991	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352319
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746	NC_022109	ACC	2	6	42529	42534	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532353120
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748	NC_022109	GA	5	10	42586	42595	50 %	0 %	50 %	0 %	532353120
749	NC_022109	A	7	7	42625	42631	100 %	0 %	0 %	0 %	532353120
750	NC_022109	CAAAA	2	10	42640	42649	80 %	0 %	0 %	20 %	532353120
751	NC_022109	A	7	7	42646	42652	100 %	0 %	0 %	0 %	532353120
752	NC_022109	GAT	2	6	42867	42872	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352323
753	NC_022109	T	6	6	42882	42887	0 %	100 %	0 %	0 %	532352323
754	NC_022109	T	6	6	42906	42911	0 %	100 %	0 %	0 %	532352323
755	NC_022109	ATC	2	6	42970	42975	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352323
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757	NC_022109	CTT	2	6	43020	43025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352323
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