MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain E/12-94 genome

Total Repeats: 658

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022108	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	532351366
2	NC_022108	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	532351367
3	NC_022108	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	532351367
4	NC_022108	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	532351367
5	NC_022108	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	532351367
6	NC_022108	GTCTT	2	10	5217	5226	0 %	60 %	20 %	20 %	532351368
7	NC_022108	TGGTA	2	10	7690	7699	20 %	40 %	40 %	0 %	532351370
8	NC_022108	CGAAA	2	10	9098	9107	60 %	0 %	20 %	20 %	532351371
9	NC_022108	GGCTG	2	10	9734	9743	0 %	20 %	60 %	20 %	532351372
10	NC_022108	CCTCT	2	10	10524	10533	0 %	40 %	0 %	60 %	532351373
11	NC_022108	AAAGG	2	10	10683	10692	60 %	0 %	40 %	0 %	532351373
12	NC_022108	AAGAA	2	10	11803	11812	80 %	0 %	20 %	0 %	532351374
13	NC_022108	AAAGA	2	10	13201	13210	80 %	0 %	20 %	0 %	532351375
14	NC_022108	GGTGT	2	10	13305	13314	0 %	40 %	60 %	0 %	532351375
15	NC_022108	GATTT	2	10	15047	15056	20 %	60 %	20 %	0 %	532351377
16	NC_022108	CGTTC	2	10	16158	16167	0 %	40 %	20 %	40 %	532351378
17	NC_022108	GCTTC	2	10	16531	16540	0 %	40 %	20 %	40 %	532351378
18	NC_022108	GAAGG	2	10	16902	16911	40 %	0 %	60 %	0 %	532351378
19	NC_022108	GTTGT	2	10	20328	20337	0 %	60 %	40 %	0 %	532351381
20	NC_022108	AAGAT	2	10	21439	21448	60 %	20 %	20 %	0 %	532351382
21	NC_022108	TTTGC	2	10	22050	22059	0 %	60 %	20 %	20 %	532351382
22	NC_022108	GGAAA	2	10	23804	23813	60 %	0 %	40 %	0 %	532351382
23	NC_022108	AGAGG	2	10	25529	25538	40 %	0 %	60 %	0 %	532351383
24	NC_022108	GGAGA	2	10	27307	27316	40 %	0 %	60 %	0 %	532351384
25	NC_022108	ATCCG	2	10	28058	28067	20 %	20 %	20 %	40 %	532351386
26	NC_022108	AGGGT	2	10	28576	28585	20 %	20 %	60 %	0 %	532351386
27	NC_022108	CCTAT	2	10	29616	29625	20 %	40 %	0 %	40 %	532351387
28	NC_022108	AAGGA	2	10	30416	30425	60 %	0 %	40 %	0 %	532351388
29	NC_022108	GAGCT	2	10	31455	31464	20 %	20 %	40 %	20 %	532351389
30	NC_022108	AAAGA	2	10	33088	33097	80 %	0 %	20 %	0 %	532351391
31	NC_022108	TCAGT	2	10	35695	35704	20 %	40 %	20 %	20 %	532351395
32	NC_022108	CTATT	2	10	36129	36138	20 %	60 %	0 %	20 %	532351395
33	NC_022108	TCCTA	2	10	36176	36185	20 %	40 %	0 %	40 %	532351395
34	NC_022108	ACGAT	2	10	38092	38101	40 %	20 %	20 %	20 %	532351396
35	NC_022108	TTTGA	2	10	38457	38466	20 %	60 %	20 %	0 %	532351396
36	NC_022108	AGCAA	2	10	42107	42116	60 %	0 %	20 %	20 %	532351399
37	NC_022108	CGATG	2	10	42164	42173	20 %	20 %	40 %	20 %	532351399
38	NC_022108	TTTAT	2	10	44236	44245	20 %	80 %	0 %	0 %	532351403
39	NC_022108	CTTTC	2	10	46333	46342	0 %	60 %	0 %	40 %	532351405
40	NC_022108	AGTTT	2	10	46872	46881	20 %	60 %	20 %	0 %	532351405
41	NC_022108	GAAGA	2	10	48005	48014	60 %	0 %	40 %	0 %	532351405
42	NC_022108	CTTTT	2	10	50041	50050	0 %	80 %	0 %	20 %	532351408
43	NC_022108	CCGTA	2	10	53921	53930	20 %	20 %	20 %	40 %	532351411
44	NC_022108	TTATC	2	10	55324	55333	20 %	60 %	0 %	20 %	532351412
45	NC_022108	GTTGT	2	10	56392	56401	0 %	60 %	40 %	0 %	532352198
46	NC_022108	GAGCA	2	10	59837	59846	40 %	0 %	40 %	20 %	532351413
47	NC_022108	TGTGA	2	10	62286	62295	20 %	40 %	40 %	0 %	532351415
48	NC_022108	AGTGA	2	10	63807	63816	40 %	20 %	40 %	0 %	532351416
49	NC_022108	CCTTC	2	10	64081	64090	0 %	40 %	0 %	60 %	532351416
50	NC_022108	AGGAG	2	10	66308	66317	40 %	0 %	60 %	0 %	532351418
51	NC_022108	GTTAA	2	10	66438	66447	40 %	40 %	20 %	0 %	532351418
52	NC_022108	GGAGC	2	10	69686	69695	20 %	0 %	60 %	20 %	532351421
53	NC_022108	GCGAT	2	10	69876	69885	20 %	20 %	40 %	20 %	532351421
54	NC_022108	CTCTT	2	10	70230	70239	0 %	60 %	0 %	40 %	532351421
55	NC_022108	AGGGG	2	10	70876	70885	20 %	0 %	80 %	0 %	532351421
56	NC_022108	AAGAA	2	10	70918	70927	80 %	0 %	20 %	0 %	532351421
57	NC_022108	CTTGC	2	10	72006	72015	0 %	40 %	20 %	40 %	532352201
58	NC_022108	ATTGG	2	10	72207	72216	20 %	40 %	40 %	0 %	532351423
59	NC_022108	GAAAA	2	10	73279	73288	80 %	0 %	20 %	0 %	532351423
60	NC_022108	TGGGA	2	10	73696	73705	20 %	20 %	60 %	0 %	532351424
61	NC_022108	TATTT	2	10	76223	76232	20 %	80 %	0 %	0 %	532351425
62	NC_022108	TGTCT	2	10	80016	80025	0 %	60 %	20 %	20 %	532351428
63	NC_022108	TTACT	2	10	80523	80532	20 %	60 %	0 %	20 %	532351428
64	NC_022108	AGAAA	2	10	81913	81922	80 %	0 %	20 %	0 %	532351430
65	NC_022108	GGAAG	2	10	82426	82435	40 %	0 %	60 %	0 %	532351430
66	NC_022108	AGCGA	2	10	84892	84901	40 %	0 %	40 %	20 %	532351432
67	NC_022108	GATCC	2	10	85977	85986	20 %	20 %	20 %	40 %	532351433
68	NC_022108	AGAGC	2	10	87312	87321	40 %	0 %	40 %	20 %	532352203
69	NC_022108	TTTTC	2	10	91044	91053	0 %	80 %	0 %	20 %	532351436
70	NC_022108	GGATG	2	10	91304	91313	20 %	20 %	60 %	0 %	532351437
71	NC_022108	CAACA	2	10	92843	92852	60 %	0 %	0 %	40 %	532351438
72	NC_022108	ACAGC	2	10	93887	93896	40 %	0 %	20 %	40 %	532351440
73	NC_022108	GGAAC	2	10	94600	94609	40 %	0 %	40 %	20 %	532351441
74	NC_022108	GGATT	2	10	95500	95509	20 %	40 %	40 %	0 %	532351441
75	NC_022108	CAATC	2	10	96595	96604	40 %	20 %	0 %	40 %	532351442
76	NC_022108	TTTGC	2	10	96729	96738	0 %	60 %	20 %	20 %	532351443
77	NC_022108	ATTCA	2	10	96993	97002	40 %	40 %	0 %	20 %	532351443
78	NC_022108	GATCC	2	10	97252	97261	20 %	20 %	20 %	40 %	532351443
79	NC_022108	GTTTT	2	10	97673	97682	0 %	80 %	20 %	0 %	532351443
80	NC_022108	AAGCT	2	10	98876	98885	40 %	20 %	20 %	20 %	532351444
81	NC_022108	AGGGG	2	10	99235	99244	20 %	0 %	80 %	0 %	532351444
82	NC_022108	ATAGC	2	10	99934	99943	40 %	20 %	20 %	20 %	532351445
83	NC_022108	AGCGA	2	10	102862	102871	40 %	0 %	40 %	20 %	532351448
84	NC_022108	TTTCT	2	10	103220	103229	0 %	80 %	0 %	20 %	532351448
85	NC_022108	ATCAT	2	10	104426	104435	40 %	40 %	0 %	20 %	532351449
86	NC_022108	GGCAT	2	10	105134	105143	20 %	20 %	40 %	20 %	532351449
87	NC_022108	AAAGC	2	10	108860	108869	60 %	0 %	20 %	20 %	532351452
88	NC_022108	GCATT	2	10	110020	110029	20 %	40 %	20 %	20 %	532351453
89	NC_022108	TGTTT	2	10	114707	114716	0 %	80 %	20 %	0 %	532351455
90	NC_022108	CATGT	2	10	115085	115094	20 %	40 %	20 %	20 %	532351455
91	NC_022108	TATCG	2	10	115789	115798	20 %	40 %	20 %	20 %	532351455
92	NC_022108	TTTCT	2	10	116305	116314	0 %	80 %	0 %	20 %	532351456
93	NC_022108	AAAGA	2	10	118548	118557	80 %	0 %	20 %	0 %	532351458
94	NC_022108	GCTTC	2	10	122537	122546	0 %	40 %	20 %	40 %	532351461
95	NC_022108	TACAA	2	10	126324	126333	60 %	20 %	0 %	20 %	532351465
96	NC_022108	ATCCA	2	10	128731	128740	40 %	20 %	0 %	40 %	532351468
97	NC_022108	GAAGA	2	10	130280	130289	60 %	0 %	40 %	0 %	532351468
98	NC_022108	AAAAG	2	10	132193	132202	80 %	0 %	20 %	0 %	532351469
99	NC_022108	GATTC	2	10	132524	132533	20 %	40 %	20 %	20 %	532351469
100	NC_022108	ATTGG	2	10	135808	135817	20 %	40 %	40 %	0 %	532351472
101	NC_022108	TGTTT	2	10	136267	136276	0 %	80 %	20 %	0 %	532351473
102	NC_022108	TCCAG	2	10	140013	140022	20 %	20 %	20 %	40 %	532351478
103	NC_022108	GTACA	2	10	140744	140753	40 %	20 %	20 %	20 %	532351479
104	NC_022108	TAGAT	2	10	141117	141126	40 %	40 %	20 %	0 %	532351479
105	NC_022108	AAAAG	2	10	141529	141538	80 %	0 %	20 %	0 %	532352210
106	NC_022108	AAAAC	2	10	142009	142018	80 %	0 %	0 %	20 %	532351480
107	NC_022108	TGCTA	2	10	143095	143104	20 %	40 %	20 %	20 %	532351482
108	NC_022108	GGAGC	2	10	143142	143151	20 %	0 %	60 %	20 %	532351482
109	NC_022108	CTGGG	2	10	144556	144565	0 %	20 %	60 %	20 %	532351484
110	NC_022108	GTTTT	2	10	145303	145312	0 %	80 %	20 %	0 %	532351485
111	NC_022108	GAACC	2	10	149035	149044	40 %	0 %	20 %	40 %	532351486
112	NC_022108	ATTCT	2	10	152530	152539	20 %	60 %	0 %	20 %	532351490
113	NC_022108	CTGTG	2	10	152734	152743	0 %	40 %	40 %	20 %	532351490
114	NC_022108	TTCTT	2	10	155207	155216	0 %	80 %	0 %	20 %	532351493
115	NC_022108	AGGAA	2	10	159763	159772	60 %	0 %	40 %	0 %	532351497
116	NC_022108	AGAGA	2	10	162994	163003	60 %	0 %	40 %	0 %	532351500
117	NC_022108	AGCAA	2	10	163429	163438	60 %	0 %	20 %	20 %	532351500
118	NC_022108	CAAAA	2	10	166932	166941	80 %	0 %	0 %	20 %	532351502
119	NC_022108	AAGAG	2	10	167765	167774	60 %	0 %	40 %	0 %	532351502
120	NC_022108	GATTG	2	10	168110	168119	20 %	40 %	40 %	0 %	532351502
121	NC_022108	GTTTT	2	10	174590	174599	0 %	80 %	20 %	0 %	532351506
122	NC_022108	TATTG	2	10	174613	174622	20 %	60 %	20 %	0 %	532351506
123	NC_022108	CAGCA	2	10	174972	174981	40 %	0 %	20 %	40 %	532351506
124	NC_022108	TAGGA	2	10	175277	175286	40 %	20 %	40 %	0 %	532351507
125	NC_022108	TGATT	2	10	177204	177213	20 %	60 %	20 %	0 %	532351508
126	NC_022108	TCAAT	2	10	177845	177854	40 %	40 %	0 %	20 %	532351508
127	NC_022108	TTTTC	2	10	177884	177893	0 %	80 %	0 %	20 %	532351508
128	NC_022108	GGAAT	2	10	179449	179458	40 %	20 %	40 %	0 %	532352211
129	NC_022108	AGAGT	2	10	180407	180416	40 %	20 %	40 %	0 %	532351509
130	NC_022108	TTGAA	2	10	180940	180949	40 %	40 %	20 %	0 %	532351510
131	NC_022108	TTGAG	2	10	182500	182509	20 %	40 %	40 %	0 %	532352212
132	NC_022108	GAATG	2	10	182525	182534	40 %	20 %	40 %	0 %	532352212
133	NC_022108	AGAGA	2	10	184567	184576	60 %	0 %	40 %	0 %	532351512
134	NC_022108	ACGAT	2	10	186639	186648	40 %	20 %	20 %	20 %	532351514
135	NC_022108	CGATA	2	10	187451	187460	40 %	20 %	20 %	20 %	532351514
136	NC_022108	GGATC	2	10	189728	189737	20 %	20 %	40 %	20 %	532352215
137	NC_022108	CAGAT	2	10	189843	189852	40 %	20 %	20 %	20 %	532352215
138	NC_022108	ACGAT	2	10	190762	190771	40 %	20 %	20 %	20 %	532352216
139	NC_022108	TTGTA	2	10	191740	191749	20 %	60 %	20 %	0 %	532352216
140	NC_022108	TATGC	2	10	192145	192154	20 %	40 %	20 %	20 %	532352217
141	NC_022108	AAGAA	2	10	192311	192320	80 %	0 %	20 %	0 %	532352217
142	NC_022108	AAAAG	2	10	192440	192449	80 %	0 %	20 %	0 %	532351515
143	NC_022108	TATCA	2	10	192513	192522	40 %	40 %	0 %	20 %	532351515
144	NC_022108	GATCT	2	10	192659	192668	20 %	40 %	20 %	20 %	532351515
145	NC_022108	GATTA	2	10	193912	193921	40 %	40 %	20 %	0 %	532351516
146	NC_022108	AGAAA	2	10	196920	196929	80 %	0 %	20 %	0 %	532351518
147	NC_022108	CTCTA	2	10	201288	201297	20 %	40 %	0 %	40 %	532351522
148	NC_022108	CAAGA	2	10	203517	203526	60 %	0 %	20 %	20 %	532351525
149	NC_022108	CTTTA	2	10	204567	204576	20 %	60 %	0 %	20 %	532351526
150	NC_022108	AAACC	2	10	205392	205401	60 %	0 %	0 %	40 %	532351527
151	NC_022108	GGGAA	2	10	205905	205914	40 %	0 %	60 %	0 %	532351527
152	NC_022108	CTCTG	2	10	207319	207328	0 %	40 %	20 %	40 %	532351529
153	NC_022108	TGTTT	2	10	214699	214708	0 %	80 %	20 %	0 %	532351534
154	NC_022108	CTTGT	2	10	214880	214889	0 %	60 %	20 %	20 %	532351534
155	NC_022108	TTTCT	2	10	215730	215739	0 %	80 %	0 %	20 %	532351534
156	NC_022108	AAATA	2	10	220913	220922	80 %	20 %	0 %	0 %	532351539
157	NC_022108	AAAAC	2	10	221028	221037	80 %	0 %	0 %	20 %	532351539
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160	NC_022108	TTTTC	2	10	224911	224920	0 %	80 %	0 %	20 %	532351543
161	NC_022108	TCCTC	2	10	228901	228910	0 %	40 %	0 %	60 %	532351547
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234	NC_022108	ATGTC	2	10	353523	353532	20 %	40 %	20 %	20 %	532351657
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244	NC_022108	CGTCT	2	10	371474	371483	0 %	40 %	20 %	40 %	532351672
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247	NC_022108	CCCTC	2	10	376334	376343	0 %	20 %	0 %	80 %	532351677
248	NC_022108	TACAC	2	10	376533	376542	40 %	20 %	0 %	40 %	532351677
249	NC_022108	CCAAT	2	10	380163	380172	40 %	20 %	0 %	40 %	532351677
250	NC_022108	ACAGC	2	10	382452	382461	40 %	0 %	20 %	40 %	532351678
251	NC_022108	AAATC	2	10	382896	382905	60 %	20 %	0 %	20 %	532351678
252	NC_022108	TATTC	2	10	387289	387298	20 %	60 %	0 %	20 %	532351683
253	NC_022108	ATTTT	2	10	387428	387437	20 %	80 %	0 %	0 %	532351683
254	NC_022108	TGGCA	2	10	392719	392728	20 %	20 %	40 %	20 %	532351688
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256	NC_022108	AACAA	2	10	394004	394013	80 %	0 %	0 %	20 %	532351688
257	NC_022108	TTGTT	2	10	395344	395353	0 %	80 %	20 %	0 %	532351689
258	NC_022108	GCTTT	2	10	398329	398338	0 %	60 %	20 %	20 %	532351692
259	NC_022108	TGAAA	2	10	398526	398535	60 %	20 %	20 %	0 %	532351692
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261	NC_022108	CAAGT	2	10	398636	398645	40 %	20 %	20 %	20 %	532351692
262	NC_022108	GTCAA	2	10	398924	398933	40 %	20 %	20 %	20 %	532351692
263	NC_022108	AAAGT	2	10	401058	401067	60 %	20 %	20 %	0 %	532351694
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391	NC_022108	ATTTC	2	10	585038	585047	20 %	60 %	0 %	20 %	532351847
392	NC_022108	TTCTC	2	10	585275	585284	0 %	60 %	0 %	40 %	532351847
393	NC_022108	AAATA	2	10	587803	587812	80 %	20 %	0 %	0 %	532351850
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