MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain E/12-94 genome

Total Repeats: 20379

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_022108	CAC	2	6	54376	54381	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532351412
1002	NC_022108	CAA	2	6	54410	54415	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532351412
1003	NC_022108	GAA	2	6	54437	54442	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351412
1004	NC_022108	CT	3	6	54461	54466	0 %	50 %	0 %	50 %	532351412
1005	NC_022108	TCGA	2	8	54496	54503	25 %	25 %	25 %	25 %	532351412
1006	NC_022108	CTTC	2	8	54590	54597	0 %	50 %	0 %	50 %	532351412
1007	NC_022108	GAAT	2	8	54625	54632	50 %	25 %	25 %	0 %	532351412
1008	NC_022108	TGT	2	6	54661	54666	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351412
1009	NC_022108	TGAT	2	8	54696	54703	25 %	50 %	25 %	0 %	532351412
1010	NC_022108	AGC	2	6	54744	54749	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351412
1011	NC_022108	TCA	2	6	54750	54755	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351412
1012	NC_022108	A	6	6	54884	54889	100 %	0 %	0 %	0 %	532351412
1013	NC_022108	G	6	6	54940	54945	0 %	0 %	100 %	0 %	532351412
1014	NC_022108	GGAA	2	8	55051	55058	50 %	0 %	50 %	0 %	532351412
1015	NC_022108	GATCTG	2	12	55086	55097	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	532351412
1016	NC_022108	GTGTAA	2	12	55134	55145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351412
1017	NC_022108	GCA	2	6	55148	55153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351412
1018	NC_022108	GGTTCA	2	12	55223	55234	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	532351412
1019	NC_022108	TTATC	2	10	55324	55333	20 %	60 %	0 %	20 %	532351412
1020	NC_022108	GGA	2	6	55424	55429	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351412
1021	NC_022108	TGC	2	6	55459	55464	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351412
1022	NC_022108	GTA	2	6	55502	55507	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351412
1023	NC_022108	GAGT	2	8	55620	55627	25 %	25 %	50 %	0 %	532351412
1024	NC_022108	AT	3	6	55669	55674	50 %	50 %	0 %	0 %	532351412
1025	NC_022108	TTA	2	6	55684	55689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351412
1026	NC_022108	GTT	2	6	55852	55857	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352198
1027	NC_022108	TGT	2	6	55902	55907	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352198
1028	NC_022108	CTGG	3	12	55962	55973	0 %	25 %	50 %	25 %	532352198
1029	NC_022108	ATT	2	6	55977	55982	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352198
1030	NC_022108	GAT	2	6	55990	55995	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352198
1031	NC_022108	TCT	2	6	56008	56013	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352198
1032	NC_022108	TCC	2	6	56043	56048	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352198
1033	NC_022108	TTA	2	6	56056	56061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352198
1034	NC_022108	TTGC	2	8	56099	56106	0 %	50 %	25 %	25 %	532352198
1035	NC_022108	CGAG	2	8	56141	56148	25 %	0 %	50 %	25 %	532352198
1036	NC_022108	T	6	6	56151	56156	0 %	100 %	0 %	0 %	532352198
1037	NC_022108	GTA	2	6	56182	56187	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352198
1038	NC_022108	GTT	2	6	56293	56298	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352198
1039	NC_022108	AG	3	6	56305	56310	50 %	0 %	50 %	0 %	532352198
1040	NC_022108	TGG	2	6	56313	56318	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352198
1041	NC_022108	GTTGT	2	10	56392	56401	0 %	60 %	40 %	0 %	532352198
1042	NC_022108	T	6	6	56447	56452	0 %	100 %	0 %	0 %	532352198
1043	NC_022108	A	7	7	56489	56495	100 %	0 %	0 %	0 %	532352198
1044	NC_022108	TCC	2	6	56497	56502	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352198
1045	NC_022108	AGT	3	9	56586	56594	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352198
1046	NC_022108	AGCT	2	8	56598	56605	25 %	25 %	25 %	25 %	532352198
1047	NC_022108	CT	3	6	56604	56609	0 %	50 %	0 %	50 %	532352198
1048	NC_022108	GAG	2	6	56617	56622	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352198
1049	NC_022108	TGG	2	6	56640	56645	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352198
1050	NC_022108	GT	3	6	56654	56659	0 %	50 %	50 %	0 %	532352198
1051	NC_022108	AGT	2	6	56673	56678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352198
1052	NC_022108	GTT	2	6	56766	56771	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352198
1053	NC_022108	T	6	6	56770	56775	0 %	100 %	0 %	0 %	532352198
1054	NC_022108	AGA	2	6	56926	56931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352198
1055	NC_022108	CAG	2	6	57089	57094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352198
1056	NC_022108	TTG	2	6	57111	57116	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352198
1057	NC_022108	TGT	2	6	57189	57194	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352198
1058	NC_022108	TG	3	6	57292	57297	0 %	50 %	50 %	0 %	532352198
1059	NC_022108	GTTG	2	8	57302	57309	0 %	50 %	50 %	0 %	532352198
1060	NC_022108	TAA	2	6	57357	57362	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352198
1061	NC_022108	ACT	2	6	57373	57378	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352198
1062	NC_022108	TTA	2	6	57379	57384	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352198
1063	NC_022108	GAA	3	9	57397	57405	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352198
1064	NC_022108	ATT	2	6	57408	57413	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352198
1065	NC_022108	T	6	6	57412	57417	0 %	100 %	0 %	0 %	532352198
1066	NC_022108	ATT	2	6	57427	57432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352198
1067	NC_022108	T	6	6	57436	57441	0 %	100 %	0 %	0 %	532352198
1068	NC_022108	GCT	2	6	57647	57652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352199
1069	NC_022108	CCAAGA	2	12	57655	57666	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	532352199
1070	NC_022108	GAT	2	6	57683	57688	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352199
1071	NC_022108	TCC	2	6	57700	57705	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352199
1072	NC_022108	GAG	2	6	57719	57724	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352199
1073	NC_022108	AGTTGT	2	12	57761	57772	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	532352199
1074	NC_022108	AGA	2	6	57835	57840	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352199
1075	NC_022108	CAT	2	6	57933	57938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352199
1076	NC_022108	CTG	2	6	58026	58031	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352199
1077	NC_022108	TGT	2	6	58093	58098	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352199
1078	NC_022108	TTG	2	6	58131	58136	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352199
1079	NC_022108	GAAA	2	8	58166	58173	75 %	0 %	25 %	0 %	532352199
1080	NC_022108	CT	3	6	58176	58181	0 %	50 %	0 %	50 %	532352199
1081	NC_022108	AGGT	2	8	58205	58212	25 %	25 %	50 %	0 %	532352199
1082	NC_022108	ATT	2	6	58300	58305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352199
1083	NC_022108	CAC	2	6	58318	58323	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352199
1084	NC_022108	AGG	2	6	58369	58374	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352199
1085	NC_022108	CTT	2	6	58383	58388	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352199
1086	NC_022108	T	9	9	58494	58502	0 %	100 %	0 %	0 %	532352199
1087	NC_022108	CAA	2	6	58560	58565	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352199
1088	NC_022108	GCT	2	6	58589	58594	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352199
1089	NC_022108	TGC	2	6	58615	58620	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352199
1090	NC_022108	ATC	2	6	58627	58632	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352199
1091	NC_022108	T	7	7	58635	58641	0 %	100 %	0 %	0 %	532352199
1092	NC_022108	TGT	2	6	58662	58667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352199
1093	NC_022108	T	6	6	58701	58706	0 %	100 %	0 %	0 %	532352199
1094	NC_022108	TCT	3	9	58718	58726	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352199
1095	NC_022108	GGAA	2	8	58753	58760	50 %	0 %	50 %	0 %	532352199
1096	NC_022108	GCT	2	6	58782	58787	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352199
1097	NC_022108	TAGA	2	8	58878	58885	50 %	25 %	25 %	0 %	532352199
1098	NC_022108	TGAA	2	8	58983	58990	50 %	25 %	25 %	0 %	532352199
1099	NC_022108	TGT	2	6	58997	59002	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352199
1100	NC_022108	T	8	8	59060	59067	0 %	100 %	0 %	0 %	532352199
1101	NC_022108	T	6	6	59080	59085	0 %	100 %	0 %	0 %	532352199
1102	NC_022108	T	6	6	59091	59096	0 %	100 %	0 %	0 %	532352199
1103	NC_022108	AGA	2	6	59164	59169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351413
1104	NC_022108	TCT	2	6	59180	59185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351413
1105	NC_022108	T	6	6	59212	59217	0 %	100 %	0 %	0 %	532351413
1106	NC_022108	CGTT	2	8	59363	59370	0 %	50 %	25 %	25 %	532351413
1107	NC_022108	GGAG	2	8	59372	59379	25 %	0 %	75 %	0 %	532351413
1108	NC_022108	GTAA	2	8	59424	59431	50 %	25 %	25 %	0 %	532351413
1109	NC_022108	TCCTAA	2	12	59491	59502	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351413
1110	NC_022108	AGT	2	6	59520	59525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351413
1111	NC_022108	T	6	6	59552	59557	0 %	100 %	0 %	0 %	532351413
1112	NC_022108	TAG	2	6	59599	59604	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351413
1113	NC_022108	GCT	2	6	59612	59617	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351413
1114	NC_022108	GTC	2	6	59638	59643	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351413
1115	NC_022108	ATGG	2	8	59651	59658	25 %	25 %	50 %	0 %	532351413
1116	NC_022108	AGG	2	6	59685	59690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351413
1117	NC_022108	GA	3	6	59737	59742	50 %	0 %	50 %	0 %	532351413
1118	NC_022108	CAA	2	6	59760	59765	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532351413
1119	NC_022108	ATAA	2	8	59797	59804	75 %	25 %	0 %	0 %	532351413
1120	NC_022108	GAGCA	2	10	59837	59846	40 %	0 %	40 %	20 %	532351413
1121	NC_022108	GT	3	6	59875	59880	0 %	50 %	50 %	0 %	532351413
1122	NC_022108	TAG	2	6	59887	59892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351413
1123	NC_022108	AAG	2	6	60072	60077	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351413
1124	NC_022108	CTC	2	6	60084	60089	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532351413
1125	NC_022108	AAC	2	6	60117	60122	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532351413
1126	NC_022108	T	7	7	60136	60142	0 %	100 %	0 %	0 %	532351413
1127	NC_022108	CTT	2	6	60186	60191	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351413
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1248	NC_022108	TCT	2	6	66261	66266	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351418
1249	NC_022108	TTA	2	6	66267	66272	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351418
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1251	NC_022108	AGGAG	2	10	66308	66317	40 %	0 %	60 %	0 %	532351418
1252	NC_022108	GAA	2	6	66397	66402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351418
1253	NC_022108	GTTAA	2	10	66438	66447	40 %	40 %	20 %	0 %	532351418
1254	NC_022108	AGG	2	6	66473	66478	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351418
1255	NC_022108	GTT	2	6	66505	66510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351418
1256	NC_022108	GAA	2	6	66513	66518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351418
1257	NC_022108	TGT	2	6	66566	66571	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351418
1258	NC_022108	AG	3	6	66624	66629	50 %	0 %	50 %	0 %	532351418
1259	NC_022108	AAG	2	6	66659	66664	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351418
1260	NC_022108	CCA	2	6	66790	66795	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532351418
1261	NC_022108	CAT	2	6	66832	66837	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351418
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1263	NC_022108	TCA	2	6	67009	67014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351418
1264	NC_022108	TCA	2	6	67041	67046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351418
1265	NC_022108	GAAA	2	8	67147	67154	75 %	0 %	25 %	0 %	532351418
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1269	NC_022108	TGG	2	6	67318	67323	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532351418
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1273	NC_022108	T	6	6	67650	67655	0 %	100 %	0 %	0 %	532351419
1274	NC_022108	T	6	6	67661	67666	0 %	100 %	0 %	0 %	532351419
1275	NC_022108	AGC	2	6	67749	67754	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351419
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1289	NC_022108	CAG	2	6	68519	68524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351419
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1330	NC_022108	GT	3	6	70699	70704	0 %	50 %	50 %	0 %	532351421
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1332	NC_022108	GA	3	6	70801	70806	50 %	0 %	50 %	0 %	532351421
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1350	NC_022108	TCA	2	6	71707	71712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351422
1351	NC_022108	A	7	7	71714	71720	100 %	0 %	0 %	0 %	532351422
1352	NC_022108	CTATTT	2	12	71725	71736	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	532351422
1353	NC_022108	TGA	2	6	71759	71764	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351422
1354	NC_022108	ATG	2	6	71797	71802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351422
1355	NC_022108	CGT	2	6	71975	71980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352201
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1361	NC_022108	ATTGG	2	10	72207	72216	20 %	40 %	40 %	0 %	532351423
1362	NC_022108	T	6	6	72223	72228	0 %	100 %	0 %	0 %	532351423
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1367	NC_022108	GCTA	2	8	72380	72387	25 %	25 %	25 %	25 %	532351423
1368	NC_022108	AAT	2	6	72410	72415	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532351423
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1370	NC_022108	T	6	6	72448	72453	0 %	100 %	0 %	0 %	532351423
1371	NC_022108	AGC	2	6	72510	72515	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351423
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1374	NC_022108	TGT	2	6	72607	72612	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351423
1375	NC_022108	GGAG	2	8	72623	72630	25 %	0 %	75 %	0 %	532351423
1376	NC_022108	GATT	2	8	72658	72665	25 %	50 %	25 %	0 %	532351423
1377	NC_022108	GAA	2	6	72733	72738	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351423
1378	NC_022108	CTGG	2	8	72766	72773	0 %	25 %	50 %	25 %	532351423
1379	NC_022108	CTC	2	6	72786	72791	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532351423
1380	NC_022108	ACTCTT	2	12	72854	72865	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	532351423
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