MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain E/12-94 genome

Total Repeats: 20379

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_022108	GAT	3	9	28314	28322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351386
502	NC_022108	GAG	2	6	28357	28362	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351386
503	NC_022108	TG	3	6	28389	28394	0 %	50 %	50 %	0 %	532351386
504	NC_022108	GCA	2	6	28413	28418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351386
505	NC_022108	TC	3	6	28442	28447	0 %	50 %	0 %	50 %	532351386
506	NC_022108	AGGGT	2	10	28576	28585	20 %	20 %	60 %	0 %	532351386
507	NC_022108	TTC	2	6	28612	28617	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351386
508	NC_022108	CAG	2	6	28624	28629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351386
509	NC_022108	GAA	2	6	28638	28643	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351386
510	NC_022108	TGA	2	6	28652	28657	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351386
511	NC_022108	TTC	2	6	28685	28690	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351386
512	NC_022108	GC	4	8	28856	28863	0 %	0 %	50 %	50 %	532351386
513	NC_022108	AAG	2	6	28864	28869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351386
514	NC_022108	TA	3	6	28978	28983	50 %	50 %	0 %	0 %	532351386
515	NC_022108	GAA	2	6	29067	29072	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351386
516	NC_022108	TGT	2	6	29099	29104	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351387
517	NC_022108	TCT	2	6	29167	29172	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351387
518	NC_022108	ACA	2	6	29395	29400	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532351387
519	NC_022108	ATG	2	6	29405	29410	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351387
520	NC_022108	CTTT	2	8	29547	29554	0 %	75 %	0 %	25 %	532351387
521	NC_022108	TTTG	2	8	29562	29569	0 %	75 %	25 %	0 %	532351387
522	NC_022108	TTGT	2	8	29597	29604	0 %	75 %	25 %	0 %	532351387
523	NC_022108	CCTAT	2	10	29616	29625	20 %	40 %	0 %	40 %	532351387
524	NC_022108	T	6	6	29632	29637	0 %	100 %	0 %	0 %	532351387
525	NC_022108	ATC	2	6	29711	29716	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351387
526	NC_022108	TGGC	2	8	29760	29767	0 %	25 %	50 %	25 %	532351387
527	NC_022108	T	8	8	29866	29873	0 %	100 %	0 %	0 %	532351387
528	NC_022108	ATG	2	6	29891	29896	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351387
529	NC_022108	GA	3	6	29929	29934	50 %	0 %	50 %	0 %	532351387
530	NC_022108	AG	3	6	30027	30032	50 %	0 %	50 %	0 %	532351388
531	NC_022108	GTT	2	6	30108	30113	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351388
532	NC_022108	GAA	2	6	30117	30122	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351388
533	NC_022108	TC	3	6	30136	30141	0 %	50 %	0 %	50 %	532351388
534	NC_022108	TCT	2	6	30183	30188	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351388
535	NC_022108	ACT	2	6	30273	30278	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351388
536	NC_022108	TTC	2	6	30301	30306	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351388
537	NC_022108	AAAG	2	8	30320	30327	75 %	0 %	25 %	0 %	532351388
538	NC_022108	CCT	2	6	30337	30342	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532351388
539	NC_022108	AAAC	2	8	30390	30397	75 %	0 %	0 %	25 %	532351388
540	NC_022108	T	6	6	30407	30412	0 %	100 %	0 %	0 %	532351388
541	NC_022108	AAGGA	2	10	30416	30425	60 %	0 %	40 %	0 %	532351388
542	NC_022108	GGC	2	6	30443	30448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532351388
543	NC_022108	GAT	2	6	30522	30527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351388
544	NC_022108	GATG	2	8	30533	30540	25 %	25 %	50 %	0 %	532351388
545	NC_022108	TAG	2	6	30544	30549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351388
546	NC_022108	GTT	2	6	30618	30623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351388
547	NC_022108	TAA	2	6	30728	30733	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532351388
548	NC_022108	GA	3	6	30757	30762	50 %	0 %	50 %	0 %	532351388
549	NC_022108	AGA	2	6	30887	30892	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351388
550	NC_022108	TCG	2	6	30950	30955	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351388
551	NC_022108	ATG	2	6	30984	30989	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351388
552	NC_022108	TGG	2	6	30998	31003	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532351388
553	NC_022108	GAA	2	6	31029	31034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351388
554	NC_022108	ATT	2	6	31065	31070	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351388
555	NC_022108	ATG	2	6	31188	31193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351388
556	NC_022108	AAG	2	6	31200	31205	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351388
557	NC_022108	T	6	6	31206	31211	0 %	100 %	0 %	0 %	532351388
558	NC_022108	GA	3	6	31225	31230	50 %	0 %	50 %	0 %	532351388
559	NC_022108	A	7	7	31248	31254	100 %	0 %	0 %	0 %	532351388
560	NC_022108	ACA	2	6	31294	31299	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532351389
561	NC_022108	TGT	2	6	31315	31320	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351389
562	NC_022108	T	6	6	31434	31439	0 %	100 %	0 %	0 %	532351389
563	NC_022108	GAGCT	2	10	31455	31464	20 %	20 %	40 %	20 %	532351389
564	NC_022108	A	6	6	31529	31534	100 %	0 %	0 %	0 %	532351389
565	NC_022108	A	6	6	31560	31565	100 %	0 %	0 %	0 %	532351389
566	NC_022108	TGC	2	6	31588	31593	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351389
567	NC_022108	AGC	2	6	31606	31611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351389
568	NC_022108	GATA	2	8	31642	31649	50 %	25 %	25 %	0 %	532351390
569	NC_022108	TC	3	6	31651	31656	0 %	50 %	0 %	50 %	532351390
570	NC_022108	AAG	2	6	31855	31860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351390
571	NC_022108	AAG	2	6	31862	31867	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351390
572	NC_022108	CTT	2	6	31901	31906	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351390
573	NC_022108	CGT	2	6	31932	31937	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351390
574	NC_022108	TGA	2	6	31978	31983	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351390
575	NC_022108	GAG	2	6	32009	32014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351390
576	NC_022108	GCG	2	6	32051	32056	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	532351390
577	NC_022108	CT	3	6	32131	32136	0 %	50 %	0 %	50 %	532351390
578	NC_022108	AGA	2	6	32229	32234	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351390
579	NC_022108	AG	3	6	32263	32268	50 %	0 %	50 %	0 %	532351390
580	NC_022108	AAG	2	6	32417	32422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351390
581	NC_022108	ATT	2	6	32467	32472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351390
582	NC_022108	T	6	6	32572	32577	0 %	100 %	0 %	0 %	532351390
583	NC_022108	GGA	2	6	32597	32602	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351390
584	NC_022108	AGG	2	6	32822	32827	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351391
585	NC_022108	GGT	2	6	32877	32882	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532351391
586	NC_022108	GCT	2	6	33039	33044	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351391
587	NC_022108	GCT	2	6	33072	33077	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351391
588	NC_022108	AAAGA	2	10	33088	33097	80 %	0 %	20 %	0 %	532351391
589	NC_022108	GAA	2	6	33183	33188	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351392
590	NC_022108	A	6	6	33187	33192	100 %	0 %	0 %	0 %	532351392
591	NC_022108	TGT	2	6	33278	33283	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351392
592	NC_022108	TGA	2	6	33329	33334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351392
593	NC_022108	GTT	2	6	33417	33422	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351392
594	NC_022108	AGG	2	6	33466	33471	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351392
595	NC_022108	CTT	2	6	33490	33495	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351392
596	NC_022108	T	6	6	33512	33517	0 %	100 %	0 %	0 %	532351392
597	NC_022108	GTT	2	6	33530	33535	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351392
598	NC_022108	TGA	2	6	33637	33642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351392
599	NC_022108	CAG	2	6	33700	33705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351392
600	NC_022108	TC	3	6	33760	33765	0 %	50 %	0 %	50 %	532351392
601	NC_022108	AG	3	6	33773	33778	50 %	0 %	50 %	0 %	532351392
602	NC_022108	CTG	2	6	33870	33875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351393
603	NC_022108	ACA	2	6	33887	33892	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532351393
604	NC_022108	AG	3	6	33911	33916	50 %	0 %	50 %	0 %	532351393
605	NC_022108	GTC	2	6	33943	33948	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351393
606	NC_022108	ATT	2	6	33990	33995	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351393
607	NC_022108	T	6	6	34042	34047	0 %	100 %	0 %	0 %	532351393
608	NC_022108	TTA	2	6	34072	34077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351393
609	NC_022108	TGAT	2	8	34137	34144	25 %	50 %	25 %	0 %	532351393
610	NC_022108	GAA	2	6	34165	34170	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351393
611	NC_022108	AAG	2	6	34212	34217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351393
612	NC_022108	AGA	2	6	34263	34268	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351393
613	NC_022108	AAGA	3	12	34265	34276	75 %	0 %	25 %	0 %	532351393
614	NC_022108	TGC	2	6	34300	34305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351393
615	NC_022108	TGT	2	6	34324	34329	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351393
616	NC_022108	ATG	2	6	34335	34340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351393
617	NC_022108	AAG	2	6	34366	34371	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351393
618	NC_022108	GAA	2	6	34385	34390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351393
619	NC_022108	AAGC	2	8	34485	34492	50 %	0 %	25 %	25 %	532351394
620	NC_022108	GTTC	2	8	34518	34525	0 %	50 %	25 %	25 %	532351394
621	NC_022108	GAT	2	6	34596	34601	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351394
622	NC_022108	AG	3	6	34604	34609	50 %	0 %	50 %	0 %	532351394
623	NC_022108	GA	4	8	34627	34634	50 %	0 %	50 %	0 %	532351394
624	NC_022108	AGA	2	6	34662	34667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351394
625	NC_022108	TTA	2	6	34725	34730	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351395
626	NC_022108	TGA	2	6	34858	34863	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351395
627	NC_022108	GGCA	2	8	34897	34904	25 %	0 %	50 %	25 %	532351395
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629	NC_022108	ATC	2	6	35007	35012	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351395
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663	NC_022108	TTA	2	6	36988	36993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351396
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754	NC_022108	GA	4	8	42009	42016	50 %	0 %	50 %	0 %	532351399
755	NC_022108	GGAT	2	8	42019	42026	25 %	25 %	50 %	0 %	532351399
756	NC_022108	A	7	7	42080	42086	100 %	0 %	0 %	0 %	532351399
757	NC_022108	AGCAA	2	10	42107	42116	60 %	0 %	20 %	20 %	532351399
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