MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain F/2-93 genome

Total Repeats: 20485

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_022106	CTTC	2	8	54601	54608	0 %	50 %	0 %	50 %	532349556
1002	NC_022106	GAAT	2	8	54636	54643	50 %	25 %	25 %	0 %	532349556
1003	NC_022106	TGT	2	6	54672	54677	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349556
1004	NC_022106	GAT	2	6	54700	54705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532349556
1005	NC_022106	TTGA	2	8	54706	54713	25 %	50 %	25 %	0 %	532349556
1006	NC_022106	GTA	2	6	54746	54751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532349556
1007	NC_022106	CTT	2	6	54760	54765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349556
1008	NC_022106	A	6	6	54895	54900	100 %	0 %	0 %	0 %	532349556
1009	NC_022106	G	6	6	54951	54956	0 %	0 %	100 %	0 %	532349556
1010	NC_022106	AAT	2	6	55048	55053	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532349556
1011	NC_022106	GGAA	2	8	55062	55069	50 %	0 %	50 %	0 %	532349556
1012	NC_022106	GATCTG	2	12	55097	55108	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	532349556
1013	NC_022106	GGTTCA	2	12	55234	55245	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	532349556
1014	NC_022106	TTATC	2	10	55335	55344	20 %	60 %	0 %	20 %	532349556
1015	NC_022106	TGAGT	2	10	55356	55365	20 %	40 %	40 %	0 %	532349556
1016	NC_022106	TCA	3	9	55369	55377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532349556
1017	NC_022106	GTT	2	6	55384	55389	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349556
1018	NC_022106	TCT	2	6	55429	55434	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349556
1019	NC_022106	GGA	2	6	55435	55440	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349556
1020	NC_022106	TGC	2	6	55470	55475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349556
1021	NC_022106	AT	3	6	55680	55685	50 %	50 %	0 %	0 %	532349556
1022	NC_022106	TTA	2	6	55695	55700	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532349556
1023	NC_022106	GTT	2	6	55863	55868	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532350348
1024	NC_022106	TGT	2	6	55913	55918	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532350348
1025	NC_022106	CTGG	3	12	55973	55984	0 %	25 %	50 %	25 %	532350348
1026	NC_022106	ATT	2	6	55988	55993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532350348
1027	NC_022106	GAT	2	6	56001	56006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532350348
1028	NC_022106	TCT	2	6	56019	56024	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532350348
1029	NC_022106	TCC	2	6	56054	56059	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532350348
1030	NC_022106	TTA	2	6	56067	56072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532350348
1031	NC_022106	TTGC	2	8	56110	56117	0 %	50 %	25 %	25 %	532350348
1032	NC_022106	T	6	6	56162	56167	0 %	100 %	0 %	0 %	532350348
1033	NC_022106	GTA	2	6	56193	56198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532350348
1034	NC_022106	GTT	2	6	56304	56309	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532350348
1035	NC_022106	AG	3	6	56316	56321	50 %	0 %	50 %	0 %	532350348
1036	NC_022106	TGG	2	6	56324	56329	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532350348
1037	NC_022106	GTTGT	2	10	56403	56412	0 %	60 %	40 %	0 %	532350348
1038	NC_022106	T	6	6	56458	56463	0 %	100 %	0 %	0 %	532350348
1039	NC_022106	A	7	7	56500	56506	100 %	0 %	0 %	0 %	532350348
1040	NC_022106	TCC	2	6	56508	56513	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532350348
1041	NC_022106	AGT	3	9	56597	56605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532350348
1042	NC_022106	AGCT	2	8	56609	56616	25 %	25 %	25 %	25 %	532350348
1043	NC_022106	CT	3	6	56615	56620	0 %	50 %	0 %	50 %	532350348
1044	NC_022106	TGG	2	6	56651	56656	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532350348
1045	NC_022106	GT	3	6	56665	56670	0 %	50 %	50 %	0 %	532350348
1046	NC_022106	TGT	2	6	56674	56679	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532350348
1047	NC_022106	AGT	2	6	56684	56689	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532350348
1048	NC_022106	GTT	2	6	56777	56782	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532350348
1049	NC_022106	T	6	6	56781	56786	0 %	100 %	0 %	0 %	532350348
1050	NC_022106	AGA	2	6	56937	56942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532350348
1051	NC_022106	CAG	2	6	57100	57105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532350348
1052	NC_022106	TTG	2	6	57122	57127	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532350348
1053	NC_022106	TGT	2	6	57200	57205	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532350348
1054	NC_022106	TG	3	6	57303	57308	0 %	50 %	50 %	0 %	532350348
1055	NC_022106	GGTT	2	8	57312	57319	0 %	50 %	50 %	0 %	532350348
1056	NC_022106	TAA	2	6	57368	57373	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532350348
1057	NC_022106	ACT	2	6	57384	57389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532350348
1058	NC_022106	TTA	2	6	57390	57395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532350348
1059	NC_022106	GAA	3	9	57408	57416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532350348
1060	NC_022106	ATT	2	6	57419	57424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532350348
1061	NC_022106	T	6	6	57423	57428	0 %	100 %	0 %	0 %	532350348
1062	NC_022106	ATT	2	6	57438	57443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532350348
1063	NC_022106	TGA	2	6	57579	57584	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532350349
1064	NC_022106	TGT	2	6	57609	57614	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532350349
1065	NC_022106	GGA	2	6	57616	57621	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532350349
1066	NC_022106	GTT	2	6	57622	57627	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532350349
1067	NC_022106	GCT	2	6	57661	57666	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532350349
1068	NC_022106	GAT	2	6	57679	57684	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532350349
1069	NC_022106	TGA	2	6	57696	57701	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532350349
1070	NC_022106	TCC	2	6	57711	57716	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532350349
1071	NC_022106	AGTTGT	2	12	57775	57786	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	532350349
1072	NC_022106	AGA	2	6	57846	57851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532350349
1073	NC_022106	CTA	2	6	57862	57867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532350349
1074	NC_022106	TGA	2	6	58032	58037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532350349
1075	NC_022106	TGT	2	6	58104	58109	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532350349
1076	NC_022106	AGAA	2	8	58173	58180	75 %	0 %	25 %	0 %	532350349
1077	NC_022106	CT	3	6	58184	58189	0 %	50 %	0 %	50 %	532350349
1078	NC_022106	GTT	2	6	58193	58198	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532350349
1079	NC_022106	AGGT	2	8	58213	58220	25 %	25 %	50 %	0 %	532350349
1080	NC_022106	CAC	2	6	58326	58331	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532350349
1081	NC_022106	AGG	2	6	58377	58382	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532350349
1082	NC_022106	TCT	2	6	58393	58398	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532350349
1083	NC_022106	TCT	2	6	58513	58518	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532350349
1084	NC_022106	T	6	6	58521	58526	0 %	100 %	0 %	0 %	532350349
1085	NC_022106	GCT	2	6	58603	58608	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532350349
1086	NC_022106	ATC	2	6	58641	58646	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532350349
1087	NC_022106	TCT	2	6	58652	58657	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532350349
1088	NC_022106	TGT	2	6	58676	58681	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532350349
1089	NC_022106	TTGTTC	2	12	58695	58706	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	532350349
1090	NC_022106	T	6	6	58715	58720	0 %	100 %	0 %	0 %	532350349
1091	NC_022106	CTT	2	6	58733	58738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532350349
1092	NC_022106	TTC	2	6	58764	58769	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532350349
1093	NC_022106	TGG	2	6	58790	58795	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532350349
1094	NC_022106	TCC	2	6	58851	58856	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532350349
1095	NC_022106	TAGA	2	8	58892	58899	50 %	25 %	25 %	0 %	532350349
1096	NC_022106	TTA	2	6	58978	58983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532350349
1097	NC_022106	TGAA	2	8	58997	59004	50 %	25 %	25 %	0 %	532350349
1098	NC_022106	T	8	8	59074	59081	0 %	100 %	0 %	0 %	532350349
1099	NC_022106	T	6	6	59094	59099	0 %	100 %	0 %	0 %	532350349
1100	NC_022106	T	6	6	59105	59110	0 %	100 %	0 %	0 %	532350349
1101	NC_022106	AGA	2	6	59178	59183	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349557
1102	NC_022106	TCT	2	6	59194	59199	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349557
1103	NC_022106	T	6	6	59226	59231	0 %	100 %	0 %	0 %	532349557
1104	NC_022106	CGTT	2	8	59377	59384	0 %	50 %	25 %	25 %	532349557
1105	NC_022106	GGAG	2	8	59386	59393	25 %	0 %	75 %	0 %	532349557
1106	NC_022106	GTAA	2	8	59438	59445	50 %	25 %	25 %	0 %	532349557
1107	NC_022106	TCCTAA	2	12	59505	59516	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532349557
1108	NC_022106	AGT	2	6	59534	59539	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532349557
1109	NC_022106	T	6	6	59566	59571	0 %	100 %	0 %	0 %	532349557
1110	NC_022106	TAG	2	6	59613	59618	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532349557
1111	NC_022106	GCT	2	6	59626	59631	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349557
1112	NC_022106	GTC	2	6	59652	59657	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349557
1113	NC_022106	ATGG	2	8	59665	59672	25 %	25 %	50 %	0 %	532349557
1114	NC_022106	AGG	2	6	59699	59704	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349557
1115	NC_022106	GA	3	6	59751	59756	50 %	0 %	50 %	0 %	532349557
1116	NC_022106	CAA	2	6	59774	59779	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532349557
1117	NC_022106	ATAA	2	8	59811	59818	75 %	25 %	0 %	0 %	532349557
1118	NC_022106	GAGCA	2	10	59851	59860	40 %	0 %	40 %	20 %	532349557
1119	NC_022106	GT	3	6	59889	59894	0 %	50 %	50 %	0 %	532349557
1120	NC_022106	TAG	2	6	59901	59906	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532349557
1121	NC_022106	AAG	2	6	60086	60091	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349557
1122	NC_022106	AAC	2	6	60131	60136	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532349557
1123	NC_022106	T	7	7	60150	60156	0 %	100 %	0 %	0 %	532349557
1124	NC_022106	CTT	2	6	60200	60205	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349557
1125	NC_022106	AAT	2	6	60230	60235	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532349557
1126	NC_022106	TTC	2	6	60241	60246	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349557
1127	NC_022106	ATGT	2	8	60261	60268	25 %	50 %	25 %	0 %	532349557
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1248	NC_022106	AGGAG	2	10	66323	66332	40 %	0 %	60 %	0 %	532349562
1249	NC_022106	GAA	2	6	66412	66417	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349562
1250	NC_022106	GTTAA	2	10	66453	66462	40 %	40 %	20 %	0 %	532349562
1251	NC_022106	AGG	2	6	66488	66493	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349562
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1373	NC_022106	GATT	2	8	72674	72681	25 %	50 %	25 %	0 %	532349567
1374	NC_022106	GAA	2	6	72749	72754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349567
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1376	NC_022106	CTC	2	6	72802	72807	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532349567
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