MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-F(s)/342

Total Repeats: 287

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021890	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527320618
2	NC_021890	TAGCAA	2	12	10831	10842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527320625
3	NC_021890	AAAGCT	2	12	10962	10973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527320625
4	NC_021890	TAGTGA	2	12	12108	12119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527320626
5	NC_021890	GTTCCT	2	12	19393	19404	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527320632
6	NC_021890	CTTTTT	2	12	21547	21558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527320634
7	NC_021890	GTGAGG	2	12	25478	25489	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527320635
8	NC_021890	GGATTT	2	12	35954	35965	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527320647
9	NC_021890	AATTAG	2	12	37375	37386	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527320648
10	NC_021890	TTCCTG	2	12	37674	37685	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527320648
11	NC_021890	TTTTGA	2	12	44982	44993	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527320656
12	NC_021890	TGAACG	2	12	52440	52451	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527320663
13	NC_021890	GTGATT	2	12	52459	52470	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527320663
14	NC_021890	GATCTG	2	12	55092	55103	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527320665
15	NC_021890	GTGTAA	2	12	55140	55151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527320665
16	NC_021890	GGTTCA	2	12	55229	55240	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527320665
17	NC_021890	TCCTAA	2	12	59497	59508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527320668
18	NC_021890	GTTCTT	2	12	63411	63422	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527320670
19	NC_021890	CTATTT	2	12	71733	71744	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527320677
20	NC_021890	ACTCTT	2	12	72862	72873	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527320678
21	NC_021890	TTTCTG	2	12	73412	73423	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527320679
22	NC_021890	GATCAT	2	12	73542	73553	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527320679
23	NC_021890	TAGTAC	2	12	76536	76547	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527320680
24	NC_021890	GGTTTA	2	12	80186	80197	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527320684
25	NC_021890	TTTAGT	2	12	81959	81970	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527320686
26	NC_021890	GTCTGT	2	12	83230	83241	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527320687
27	NC_021890	TTCTGA	2	12	88844	88855	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527320691
28	NC_021890	AAAAGA	2	12	93907	93918	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527320697
29	NC_021890	AGCTGT	2	12	96001	96012	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527320698
30	NC_021890	TCTTTT	2	12	96666	96677	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527320700
31	NC_021890	GGGGCT	2	12	97614	97625	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	527320700
32	NC_021890	TTTGAG	2	12	99819	99830	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527320702
33	NC_021890	TCAGAA	2	12	106459	106470	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527320706
34	NC_021890	CATAAC	2	12	109503	109514	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527320709
35	NC_021890	TGTTCT	2	12	112270	112281	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527320711
36	NC_021890	ACTTCG	2	12	115563	115574	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527320713
37	NC_021890	TTGCCA	2	12	119102	119113	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527320717
38	NC_021890	AAGGGT	2	12	122787	122798	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527320719
39	NC_021890	GGGTTT	2	12	123750	123761	0 %	50 %	50 %	0 %	527320720
40	NC_021890	TTGCAT	2	12	124032	124043	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527320720
41	NC_021890	AAGAGA	2	12	124401	124412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527320720
42	NC_021890	TTAAAA	2	12	133338	133349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527320727
43	NC_021890	AGGTTG	2	12	134580	134591	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	527320728
44	NC_021890	GAGTTA	2	12	139630	139641	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527320736
45	NC_021890	TGGAAT	2	12	143058	143069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527320741
46	NC_021890	ATGGTT	2	12	143302	143313	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527320741
47	NC_021890	TGCTCT	2	12	145493	145504	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527320744
48	NC_021890	GAAAGG	2	12	149231	149242	50 %	0 %	50 %	0 %	527320746
49	NC_021890	GCTTTG	2	12	149474	149485	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527320746
50	NC_021890	TGTGCG	2	12	153595	153606	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	527320749
51	NC_021890	CCTCAT	2	12	154893	154904	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527320750
52	NC_021890	TGGAGA	2	12	156351	156362	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527320752
53	NC_021890	CTCCAT	2	12	157720	157731	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527320753
54	NC_021890	TCCTTG	2	12	158316	158327	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527320754
55	NC_021890	AACAGC	2	12	160952	160963	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527320757
56	NC_021890	AAAAAG	2	12	173542	173553	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527320764
57	NC_021890	ACTTCT	2	12	187739	187750	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527320773
58	NC_021890	ATTTGC	2	12	195100	195111	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527320774
59	NC_021890	AAACAT	2	12	196194	196205	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527320777
60	NC_021890	AGCAAC	2	12	196529	196540	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527320777
61	NC_021890	TCTGGA	2	12	202799	202810	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527320784
62	NC_021890	CTGGAT	2	12	218392	218403	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527320797
63	NC_021890	GAAATA	2	12	218715	218726	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527320797
64	NC_021890	ACTCCA	2	12	226461	226472	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527320805
65	NC_021890	CTGCTT	2	12	226693	226704	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527320805
66	NC_021890	ATTGCT	2	12	230002	230013	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527320808
67	NC_021890	TCCTAG	2	12	230292	230303	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527320808
68	NC_021890	GCAACG	2	12	230780	230791	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527320809
69	NC_021890	CTTAGC	2	12	233409	233420	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527320811
70	NC_021890	TTCCTT	2	12	240241	240252	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527320816
71	NC_021890	TCTCCT	2	12	243123	243134	0 %	50 %	0 %	50 %	527320817
72	NC_021890	AAACCA	2	12	243698	243709	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527320818
73	NC_021890	CCTGCA	2	12	259093	259104	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527320837
74	NC_021890	ACCTTT	2	12	264288	264299	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527320842
75	NC_021890	TCATAA	2	12	272132	272143	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527320850
76	NC_021890	AAGTGT	2	12	272858	272869	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527320850
77	NC_021890	ATCTAA	2	12	276136	276147	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527320853
78	NC_021890	TGGAAT	2	12	278334	278345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527320855
79	NC_021890	GGAACA	2	12	282221	282232	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527320857
80	NC_021890	CACGCG	2	12	284594	284605	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	527320859
81	NC_021890	TTTCTT	2	12	284773	284784	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527320859
82	NC_021890	CTCCTA	2	12	288935	288946	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527320862
83	NC_021890	GCAATG	2	12	295054	295065	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527320868
84	NC_021890	CGACAT	2	12	295727	295738	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527320870
85	NC_021890	CCCTTA	2	12	297181	297192	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527320872
86	NC_021890	AAAATA	2	12	299279	299290	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527320874
87	NC_021890	ACCACT	2	12	301634	301645	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527320876
88	NC_021890	CATTGC	2	12	304880	304891	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527320879
89	NC_021890	CCAAAA	2	12	306059	306070	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527320880
90	NC_021890	TCTTTT	2	12	307944	307955	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527320882
91	NC_021890	CAAGAC	2	12	309035	309046	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527320883
92	NC_021890	AGCTTA	2	12	310316	310327	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527320885
93	NC_021890	CAAAGA	2	12	315701	315712	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527320890
94	NC_021890	ATGGCT	2	12	316317	316328	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527320891
95	NC_021890	TACAAA	2	12	320508	320519	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527320894
96	NC_021890	TTAATT	2	12	322187	322198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527320896
97	NC_021890	AAAACA	2	12	325676	325687	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	527320899
98	NC_021890	CAGAAC	2	12	347660	347671	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527320917
99	NC_021890	ATTCAA	2	12	352637	352648	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527320922
100	NC_021890	TTCTTA	2	12	364614	364625	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527320930
101	NC_021890	CAGCCT	2	12	376671	376682	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527320945
102	NC_021890	AGCTGA	2	12	376721	376732	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527320945
103	NC_021890	ATGCTA	2	12	380588	380599	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527320947
104	NC_021890	CAATAG	2	12	387194	387205	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527320950
105	NC_021890	ACTGAA	2	12	387335	387346	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527320950
106	NC_021890	CTGCAC	2	12	387528	387539	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527320950
107	NC_021890	TCCATA	2	12	397887	397898	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527320959
108	NC_021890	TTAGGT	2	12	399245	399256	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527320961
109	NC_021890	AGGGAA	2	12	400571	400582	50 %	0 %	50 %	0 %	527320962
110	NC_021890	CTGAAG	2	12	401406	401417	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527320963
111	NC_021890	TAATCT	2	12	406823	406834	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527320966
112	NC_021890	GAACAA	2	12	407325	407336	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527320967
113	NC_021890	CTAAAG	2	12	407708	407719	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527320968
114	NC_021890	CCTTTC	2	12	408872	408883	0 %	50 %	0 %	50 %	527320969
115	NC_021890	ACATGC	2	12	418413	418424	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527320980
116	NC_021890	GGCTCT	2	12	419148	419159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527320981
117	NC_021890	ATCTTG	2	12	420742	420753	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527320982
118	NC_021890	CCCCCA	2	12	422075	422086	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	527320983
119	NC_021890	TTCCTC	2	12	426140	426151	0 %	50 %	0 %	50 %	527320987
120	NC_021890	CTCTAC	2	12	429388	429399	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527320989
121	NC_021890	ACATCA	2	12	430033	430044	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527320990
122	NC_021890	CGGAAT	2	12	430295	430306	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527320991
123	NC_021890	AGCTAA	2	12	434575	434586	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527320995
124	NC_021890	TTCTCC	2	12	446616	446627	0 %	50 %	0 %	50 %	527321005
125	NC_021890	ATGAAG	2	12	455663	455674	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527321013
126	NC_021890	TAACTC	2	12	456180	456191	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527321013
127	NC_021890	ATCCGC	2	12	457105	457116	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527321013
128	NC_021890	CTGTAT	2	12	458455	458466	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527321014
129	NC_021890	CTAAAG	2	12	459523	459534	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527321014
130	NC_021890	CCAATA	2	12	464508	464519	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527321018
131	NC_021890	ATCGGC	2	12	470355	470366	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527321026
132	NC_021890	TATTGG	2	12	470948	470959	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527321026
133	NC_021890	AAATAC	2	12	481292	481303	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527321030
134	NC_021890	TCTTCA	2	12	483731	483742	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527321031
135	NC_021890	CTACAA	2	12	487536	487547	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527321031
136	NC_021890	CCAATC	2	12	492004	492015	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527321035
137	NC_021890	TTCTTT	2	12	495825	495836	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527321042
138	NC_021890	CTGAAG	2	12	498884	498895	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527321044
139	NC_021890	TGAGTA	2	12	499338	499349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527321044
140	NC_021890	AAACTG	2	12	502785	502796	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527321048
141	NC_021890	GGTAAT	2	12	511122	511133	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527321057
142	NC_021890	AGTTTT	2	12	512130	512141	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527321059
143	NC_021890	GGTTGT	2	12	514259	514270	0 %	50 %	50 %	0 %	527321061
144	NC_021890	GCTGTT	2	12	516618	516629	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527321064
145	NC_021890	TCTCTA	2	12	520054	520065	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527321068
146	NC_021890	TGAACT	2	12	520562	520573	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527321068
147	NC_021890	TAATTC	2	12	521892	521903	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527321069
148	NC_021890	ACTCCT	2	12	522161	522172	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527321069
149	NC_021890	GATGAA	2	12	522681	522692	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527321069
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151	NC_021890	CAGGAA	2	12	530030	530041	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527321077
152	NC_021890	ACTGTA	2	12	534816	534827	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527321081
153	NC_021890	AGCCAC	2	12	534851	534862	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	527321081
154	NC_021890	AATGTC	2	12	536028	536039	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527321081
155	NC_021890	CAAATC	2	12	538497	538508	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527321083
156	NC_021890	AGGGAA	2	12	542938	542949	50 %	0 %	50 %	0 %	527321088
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159	NC_021890	ACAAGA	2	12	546946	546957	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527321093
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185	NC_021890	CCTTAG	2	12	626762	626773	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527321185
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190	NC_021890	ATAAAC	2	12	645678	645689	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527321204
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192	NC_021890	TTAAAT	2	12	649142	649153	50 %	50 %	0 %	0 %	527321206
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210	NC_021890	ATGCAA	2	12	768220	768231	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527321308
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214	NC_021890	ATGAAG	2	12	787295	787306	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527321323
215	NC_021890	ATTAGG	2	12	793079	793090	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527321330
216	NC_021890	TAAACC	2	12	793918	793929	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527321331
217	NC_021890	CCCTGA	2	12	796075	796086	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527321333
218	NC_021890	AGAATT	2	12	798997	799008	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527321336
219	NC_021890	AAGCTC	2	12	799236	799247	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527321336
220	NC_021890	TTTCTT	2	12	802102	802113	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527321338
221	NC_021890	AGAAAT	2	12	805292	805303	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527321341
222	NC_021890	GAAATT	2	12	806905	806916	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527321343
223	NC_021890	GCTGAG	2	12	807587	807598	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	527321343
224	NC_021890	TAGCCT	2	12	810534	810545	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527321344
225	NC_021890	AAGAGG	2	12	830975	830986	50 %	0 %	50 %	0 %	527321359
226	NC_021890	GAAAGG	2	12	835852	835863	50 %	0 %	50 %	0 %	527321365
227	NC_021890	AGCTTC	2	12	837306	837317	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527321366
228	NC_021890	ATCACA	2	12	841411	841422	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527321372
229	NC_021890	GATCCG	2	12	846020	846031	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527321376
230	NC_021890	TTATGC	2	12	852958	852969	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527321382
231	NC_021890	ATGGGG	2	12	855992	856003	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527321385
232	NC_021890	AAAGAA	2	12	856471	856482	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527321385
233	NC_021890	GGCTAG	2	12	856854	856865	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	527321385
234	NC_021890	GAGAAA	2	12	856901	856912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527321385
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.