MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L3/404/LN complete genome

Total Repeats: 279

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020974	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478463064
2	NC_020974	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478463068
3	NC_020974	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478463074
4	NC_020974	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478463074
5	NC_020974	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463075
6	NC_020974	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478463078
7	NC_020974	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478463081
8	NC_020974	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478463083
9	NC_020974	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478463084
10	NC_020974	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478463096
11	NC_020974	AATTAG	2	12	37971	37982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478463097
12	NC_020974	TTCCTG	2	12	38270	38281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478463097
13	NC_020974	TTTTGA	2	12	45507	45518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478463103
14	NC_020974	TGAACG	2	12	52920	52931	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478463110
15	NC_020974	GTGATT	2	12	52939	52950	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478463110
16	NC_020974	GGTTCA	2	12	55709	55720	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478463112
17	NC_020974	GAAAAG	2	12	56965	56976	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463113
18	NC_020974	AGTTGT	2	12	58182	58193	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478463114
19	NC_020974	AGTTGT	2	12	58326	58337	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478463114
20	NC_020974	TCTTGT	2	12	59235	59246	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478463114
21	NC_020974	TCCTAA	2	12	60048	60059	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463115
22	NC_020974	GTTCTT	2	12	63962	63973	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478463117
23	NC_020974	CTATTT	2	12	72272	72283	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478463124
24	NC_020974	ACTCTT	2	12	73401	73412	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478463125
25	NC_020974	TTTCTG	2	12	73951	73962	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478463126
26	NC_020974	GATCAT	2	12	74081	74092	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478463126
27	NC_020974	TAGTAC	2	12	77075	77086	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478463127
28	NC_020974	GGTTTA	2	12	80728	80739	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478463130
29	NC_020974	GTCTGT	2	12	83772	83783	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478463133
30	NC_020974	TTCTGA	2	12	89386	89397	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478463137
31	NC_020974	AAAAGA	2	12	94450	94461	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478463142
32	NC_020974	AGCTGT	2	12	96543	96554	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478463143
33	NC_020974	TCTTTT	2	12	97208	97219	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478463145
34	NC_020974	GGGGCT	2	12	98156	98167	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478463145
35	NC_020974	TTTGAG	2	12	100356	100367	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478463147
36	NC_020974	TCAGAA	2	12	106997	107008	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478463152
37	NC_020974	CATAAC	2	12	110041	110052	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478463155
38	NC_020974	TGTTCT	2	12	112808	112819	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478463157
39	NC_020974	ACTTCG	2	12	116101	116112	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478463159
40	NC_020974	TTGCCA	2	12	119642	119653	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478463164
41	NC_020974	TTGGTA	2	12	121256	121267	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478463166
42	NC_020974	AGGATC	2	12	121635	121646	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478463166
43	NC_020974	AAGGGT	2	12	123442	123453	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478463167
44	NC_020974	GGGTTT	2	12	124405	124416	0 %	50 %	50 %	0 %	478463168
45	NC_020974	TTGCAT	2	12	124687	124698	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478463168
46	NC_020974	AAGAGA	2	12	125056	125067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463168
47	NC_020974	TTAAAA	2	12	133991	134002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463175
48	NC_020974	AGGTTG	2	12	135233	135244	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478463176
49	NC_020974	GAGTTA	2	12	140281	140292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463185
50	NC_020974	TGGAAA	2	12	142834	142845	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478463188
51	NC_020974	TGGAAT	2	12	143707	143718	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463189
52	NC_020974	ATGGTT	2	12	143951	143962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478463189
53	NC_020974	TGCTCT	2	12	146143	146154	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478463192
54	NC_020974	GAAAGG	2	12	149881	149892	50 %	0 %	50 %	0 %	478463194
55	NC_020974	GCTTTG	2	12	150124	150135	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478463194
56	NC_020974	TGTGCG	2	12	154247	154258	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478463198
57	NC_020974	CCTCAT	2	12	155545	155556	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478463199
58	NC_020974	TGGAGA	2	12	157003	157014	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478463201
59	NC_020974	CTCCAT	2	12	158372	158383	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478463202
60	NC_020974	TCCTTG	2	12	158968	158979	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478463203
61	NC_020974	AACAGC	2	12	161605	161616	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478463206
62	NC_020974	TAAAAA	2	12	174034	174045	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478463212
63	NC_020974	AAAAAG	2	12	174201	174212	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478463213
64	NC_020974	ATTTGC	2	12	189274	189285	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478463226
65	NC_020974	AAACAT	2	12	190378	190389	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478463228
66	NC_020974	AGCAAC	2	12	190713	190724	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478463228
67	NC_020974	TCTGGA	2	12	195983	195994	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478463234
68	NC_020974	CTGGAT	2	12	211574	211585	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478463247
69	NC_020974	GAAATA	2	12	211897	211908	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478463247
70	NC_020974	GATGCA	2	12	218790	218801	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478463254
71	NC_020974	ACTCCA	2	12	219680	219691	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478463255
72	NC_020974	CTGCTT	2	12	219912	219923	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478463255
73	NC_020974	ATTGCT	2	12	223221	223232	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478463258
74	NC_020974	TCCTAG	2	12	223511	223522	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478463258
75	NC_020974	GCAACG	2	12	223999	224010	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463259
76	NC_020974	CTTAGC	2	12	226631	226642	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478463261
77	NC_020974	TTCCTT	2	12	233463	233474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463266
78	NC_020974	TCTCCT	2	12	236344	236355	0 %	50 %	0 %	50 %	478463267
79	NC_020974	CCTGCA	2	12	252319	252330	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478463286
80	NC_020974	ACCTTT	2	12	257514	257525	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478463291
81	NC_020974	TCATAA	2	12	265360	265371	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478463298
82	NC_020974	AAGTGT	2	12	266086	266097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463298
83	NC_020974	ATCTAA	2	12	269362	269373	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478463301
84	NC_020974	TGGAAT	2	12	271560	271571	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463303
85	NC_020974	GGAACA	2	12	275447	275458	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478463305
86	NC_020974	CACGCG	2	12	277820	277831	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478463307
87	NC_020974	TTTCTT	2	12	277999	278010	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478463307
88	NC_020974	CTCCTA	2	12	282161	282172	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478463310
89	NC_020974	GCAATG	2	12	288280	288291	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478463316
90	NC_020974	CGACAT	2	12	288953	288964	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478463317
91	NC_020974	CCCTTA	2	12	290407	290418	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478463319
92	NC_020974	AAAATA	2	12	292505	292516	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478463321
93	NC_020974	ACCACT	2	12	294860	294871	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478463323
94	NC_020974	CATTGC	2	12	298106	298117	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478463326
95	NC_020974	CCAAAA	2	12	299285	299296	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463327
96	NC_020974	TCTTTT	2	12	301170	301181	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478463329
97	NC_020974	CAAGAC	2	12	302261	302272	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478463330
98	NC_020974	AGCTTA	2	12	303541	303552	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478463332
99	NC_020974	CAAAGA	2	12	308926	308937	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478463337
100	NC_020974	ATGGCT	2	12	309542	309553	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478463338
101	NC_020974	TACAAA	2	12	313732	313743	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478463341
102	NC_020974	TTAATT	2	12	315411	315422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463343
103	NC_020974	AAAACA	2	12	318897	318908	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478463345
104	NC_020974	ATTCAA	2	12	345852	345863	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478463369
105	NC_020974	AGACCG	2	12	345926	345937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463369
106	NC_020974	TTCTTA	2	12	357829	357840	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478463377
107	NC_020974	CAGCCT	2	12	369907	369918	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478463391
108	NC_020974	ATGCTA	2	12	373824	373835	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478463393
109	NC_020974	CAATAG	2	12	380394	380405	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478463396
110	NC_020974	ACTGAA	2	12	380535	380546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478463396
111	NC_020974	CTGCAC	2	12	380728	380739	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478463396
112	NC_020974	TCCATA	2	12	391087	391098	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463405
113	NC_020974	TTAGGT	2	12	392438	392449	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478463407
114	NC_020974	AGGGAA	2	12	393764	393775	50 %	0 %	50 %	0 %	478463408
115	NC_020974	CTGAAG	2	12	394599	394610	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478463409
116	NC_020974	TAATCT	2	12	400019	400030	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478463412
117	NC_020974	GAACAA	2	12	400521	400532	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478463413
118	NC_020974	CTAAAG	2	12	400904	400915	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478463414
119	NC_020974	CCTTTC	2	12	402068	402079	0 %	50 %	0 %	50 %	478463415
120	NC_020974	TTTTAA	2	12	405932	405943	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463417
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122	NC_020974	GGCTCT	2	12	412344	412355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463426
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125	NC_020974	TTCCTC	2	12	419337	419348	0 %	50 %	0 %	50 %	478463432
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130	NC_020974	TTCTCC	2	12	439812	439823	0 %	50 %	0 %	50 %	478463451
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137	NC_020974	TATTGG	2	12	464148	464159	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478463472
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219	NC_020974	CCCTGA	2	12	789920	789931	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478463761
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221	NC_020974	AAGCTC	2	12	793092	793103	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478463764
222	NC_020974	TTTCTT	2	12	795955	795966	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478463766
223	NC_020974	AGAAAT	2	12	799145	799156	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478463769
224	NC_020974	GAAATT	2	12	800759	800770	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478463771
225	NC_020974	TAGCCT	2	12	804388	804399	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478463772
226	NC_020974	CACCTA	2	12	818950	818961	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478463782
227	NC_020974	AAGAGG	2	12	824830	824841	50 %	0 %	50 %	0 %	478463786
228	NC_020974	GAAAGG	2	12	829707	829718	50 %	0 %	50 %	0 %	478463791
229	NC_020974	AGCTTC	2	12	831161	831172	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478463792
230	NC_020974	ATCACA	2	12	835265	835276	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478463797
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232	NC_020974	TTATGC	2	12	846812	846823	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478463807
233	NC_020974	ATGGGG	2	12	849846	849857	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478463810
234	NC_020974	AAAGAA	2	12	850325	850336	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478463810
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.