MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/224 complete genome

Total Repeats: 651

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020973	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478462168
2	NC_020973	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478462169
3	NC_020973	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478462169
4	NC_020973	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478462169
5	NC_020973	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478462169
6	NC_020973	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478462170
7	NC_020973	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478462172
8	NC_020973	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478462173
9	NC_020973	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478462174
10	NC_020973	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478462175
11	NC_020973	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478462175
12	NC_020973	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478462176
13	NC_020973	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478462177
14	NC_020973	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478462179
15	NC_020973	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478462180
16	NC_020973	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478462180
17	NC_020973	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478462180
18	NC_020973	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478462183
19	NC_020973	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478462184
20	NC_020973	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478462184
21	NC_020973	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478462184
22	NC_020973	AGAGG	2	10	26131	26140	40 %	0 %	60 %	0 %	478462185
23	NC_020973	GGAGA	2	10	27910	27919	40 %	0 %	60 %	0 %	478462186
24	NC_020973	GGATA	2	10	27936	27945	40 %	20 %	40 %	0 %	478462186
25	NC_020973	ATCCG	2	10	28661	28670	20 %	20 %	20 %	40 %	478462188
26	NC_020973	AGGGT	2	10	29179	29188	20 %	20 %	60 %	0 %	478462188
27	NC_020973	CCTAT	2	10	30219	30228	20 %	40 %	0 %	40 %	478462189
28	NC_020973	GAAGG	2	10	31018	31027	40 %	0 %	60 %	0 %	478462190
29	NC_020973	GAGCT	2	10	32058	32067	20 %	20 %	40 %	20 %	478462191
30	NC_020973	CTATT	2	10	36732	36741	20 %	60 %	0 %	20 %	478462197
31	NC_020973	TCCTA	2	10	36779	36788	20 %	40 %	0 %	40 %	478462197
32	NC_020973	ACGAT	2	10	38694	38703	40 %	20 %	20 %	20 %	478462198
33	NC_020973	AATTT	2	10	39585	39594	40 %	60 %	0 %	0 %	478462199
34	NC_020973	AGCAA	2	10	42709	42718	60 %	0 %	20 %	20 %	478462201
35	NC_020973	CGATG	2	10	42766	42775	20 %	20 %	40 %	20 %	478462201
36	NC_020973	TTTAT	2	10	44769	44778	20 %	80 %	0 %	0 %	478462204
37	NC_020973	CTTTC	2	10	46865	46874	0 %	60 %	0 %	40 %	478462206
38	NC_020973	AGTTT	2	10	47404	47413	20 %	60 %	20 %	0 %	478462206
39	NC_020973	CTTTT	2	10	50570	50579	0 %	80 %	0 %	20 %	478462209
40	NC_020973	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478462212
41	NC_020973	TTATC	2	10	55807	55816	20 %	60 %	0 %	20 %	478462213
42	NC_020973	GTTGT	2	10	56872	56881	0 %	60 %	40 %	0 %	478462214
43	NC_020973	GAGCA	2	10	60235	60244	40 %	0 %	40 %	20 %	478462216
44	NC_020973	TGTGA	2	10	62684	62693	20 %	40 %	40 %	0 %	478462218
45	NC_020973	AGTGA	2	10	64205	64214	40 %	20 %	40 %	0 %	478462219
46	NC_020973	CCTTC	2	10	64479	64488	0 %	40 %	0 %	60 %	478462219
47	NC_020973	AGGAG	2	10	66707	66716	40 %	0 %	60 %	0 %	478462221
48	NC_020973	GTTAA	2	10	66837	66846	40 %	40 %	20 %	0 %	478462221
49	NC_020973	CAAGC	2	10	69203	69212	40 %	0 %	20 %	40 %	478462223
50	NC_020973	GGAGC	2	10	70073	70082	20 %	0 %	60 %	20 %	478462224
51	NC_020973	GCGAT	2	10	70263	70272	20 %	20 %	40 %	20 %	478462224
52	NC_020973	CTCTT	2	10	70617	70626	0 %	60 %	0 %	40 %	478462224
53	NC_020973	AGGGG	2	10	71263	71272	20 %	0 %	80 %	0 %	478462224
54	NC_020973	AAGAA	2	10	71305	71314	80 %	0 %	20 %	0 %	478462224
55	NC_020973	ATTGG	2	10	72595	72604	20 %	40 %	40 %	0 %	478462226
56	NC_020973	GAAAA	2	10	73667	73676	80 %	0 %	20 %	0 %	478462226
57	NC_020973	TGGGA	2	10	74084	74093	20 %	20 %	60 %	0 %	478462227
58	NC_020973	TATTT	2	10	76611	76620	20 %	80 %	0 %	0 %	478462228
59	NC_020973	TGTCT	2	10	80406	80415	0 %	60 %	20 %	20 %	478462231
60	NC_020973	TTACT	2	10	80913	80922	20 %	60 %	0 %	20 %	478462231
61	NC_020973	AGAAA	2	10	82303	82312	80 %	0 %	20 %	0 %	478462233
62	NC_020973	GGAAG	2	10	82816	82825	40 %	0 %	60 %	0 %	478462233
63	NC_020973	AGCGA	2	10	85282	85291	40 %	0 %	40 %	20 %	478462235
64	NC_020973	GATCC	2	10	86367	86376	20 %	20 %	20 %	40 %	478462236
65	NC_020973	AGAGC	2	10	87702	87711	40 %	0 %	40 %	20 %	478462237
66	NC_020973	TTTTC	2	10	91434	91443	0 %	80 %	0 %	20 %	478462240
67	NC_020973	GGATG	2	10	91694	91703	20 %	20 %	60 %	0 %	478462241
68	NC_020973	CAACA	2	10	93233	93242	60 %	0 %	0 %	40 %	478462242
69	NC_020973	ACAGC	2	10	94278	94287	40 %	0 %	20 %	40 %	478462243
70	NC_020973	GGAAC	2	10	94990	94999	40 %	0 %	40 %	20 %	478462244
71	NC_020973	GGATT	2	10	95890	95899	20 %	40 %	40 %	0 %	478462244
72	NC_020973	CAATC	2	10	96992	97001	40 %	20 %	0 %	40 %	478462246
73	NC_020973	TTTGC	2	10	97126	97135	0 %	60 %	20 %	20 %	478462246
74	NC_020973	ATTCA	2	10	97390	97399	40 %	40 %	0 %	20 %	478462246
75	NC_020973	GATCC	2	10	97649	97658	20 %	20 %	20 %	40 %	478462246
76	NC_020973	GTTTT	2	10	98070	98079	0 %	80 %	20 %	0 %	478462246
77	NC_020973	AAGCT	2	10	99274	99283	40 %	20 %	20 %	20 %	478462247
78	NC_020973	AGGGG	2	10	99633	99642	20 %	0 %	80 %	0 %	478462247
79	NC_020973	ATAGC	2	10	100326	100335	40 %	20 %	20 %	20 %	478462248
80	NC_020973	TTCCC	2	10	100930	100939	0 %	40 %	0 %	60 %	478462249
81	NC_020973	AGCGA	2	10	103254	103263	40 %	0 %	40 %	20 %	478462251
82	NC_020973	TTTCT	2	10	103612	103621	0 %	80 %	0 %	20 %	478462251
83	NC_020973	CTTCT	2	10	103666	103675	0 %	60 %	0 %	40 %	478462251
84	NC_020973	ATCAT	2	10	104818	104827	40 %	40 %	0 %	20 %	478462252
85	NC_020973	GGCAT	2	10	105526	105535	20 %	20 %	40 %	20 %	478462252
86	NC_020973	AAAGC	2	10	109252	109261	60 %	0 %	20 %	20 %	478462255
87	NC_020973	GCATT	2	10	110412	110421	20 %	40 %	20 %	20 %	478462257
88	NC_020973	TGTTT	2	10	115101	115110	0 %	80 %	20 %	0 %	478462260
89	NC_020973	CATGT	2	10	115479	115488	20 %	40 %	20 %	20 %	478462260
90	NC_020973	TATCG	2	10	116183	116192	20 %	40 %	20 %	20 %	478462260
91	NC_020973	TTTCT	2	10	116699	116708	0 %	80 %	0 %	20 %	478462261
92	NC_020973	GGAGA	2	10	116895	116904	40 %	0 %	60 %	0 %	478462261
93	NC_020973	AAAGA	2	10	118946	118955	80 %	0 %	20 %	0 %	478462264
94	NC_020973	CCAAT	2	10	121909	121918	40 %	20 %	0 %	40 %	478462267
95	NC_020973	GCTTC	2	10	123010	123019	0 %	40 %	20 %	40 %	478462267
96	NC_020973	TACAA	2	10	126799	126808	60 %	20 %	0 %	20 %	478462271
97	NC_020973	ATCCA	2	10	129206	129215	40 %	20 %	0 %	40 %	478462275
98	NC_020973	GAAGA	2	10	130756	130765	60 %	0 %	40 %	0 %	478462275
99	NC_020973	AAAAG	2	10	132668	132677	80 %	0 %	20 %	0 %	478462276
100	NC_020973	GATTC	2	10	132999	133008	20 %	40 %	20 %	20 %	478462276
101	NC_020973	GGATA	2	10	135617	135626	40 %	20 %	40 %	0 %	478462278
102	NC_020973	ATTGT	2	10	136314	136323	20 %	60 %	20 %	0 %	478462279
103	NC_020973	TGTTT	2	10	136740	136749	0 %	80 %	20 %	0 %	478462280
104	NC_020973	TCCAG	2	10	140486	140495	20 %	20 %	20 %	40 %	478462286
105	NC_020973	GTACA	2	10	141217	141226	40 %	20 %	20 %	20 %	478462287
106	NC_020973	TAGAT	2	10	141590	141599	40 %	40 %	20 %	0 %	478462287
107	NC_020973	AAAAC	2	10	142482	142491	80 %	0 %	0 %	20 %	478462288
108	NC_020973	TGCTA	2	10	143568	143577	20 %	40 %	20 %	20 %	478462290
109	NC_020973	GGAGC	2	10	143615	143624	20 %	0 %	60 %	20 %	478462290
110	NC_020973	CTGGG	2	10	145030	145039	0 %	20 %	60 %	20 %	478462292
111	NC_020973	GTTTT	2	10	145777	145786	0 %	80 %	20 %	0 %	478462293
112	NC_020973	GAACC	2	10	149511	149520	40 %	0 %	20 %	40 %	478462294
113	NC_020973	ATTCT	2	10	153008	153017	20 %	60 %	0 %	20 %	478462298
114	NC_020973	CTGTG	2	10	153212	153221	0 %	40 %	40 %	20 %	478462298
115	NC_020973	TTCTT	2	10	155685	155694	0 %	80 %	0 %	20 %	478462301
116	NC_020973	AGGAA	2	10	160244	160253	60 %	0 %	40 %	0 %	478462305
117	NC_020973	AGAGA	2	10	163484	163493	60 %	0 %	40 %	0 %	478462308
118	NC_020973	AGCAA	2	10	163919	163928	60 %	0 %	20 %	20 %	478462308
119	NC_020973	TATGA	2	10	164343	164352	40 %	40 %	20 %	0 %	478462309
120	NC_020973	CAAAA	2	10	167422	167431	80 %	0 %	0 %	20 %	478462310
121	NC_020973	AAGAG	2	10	168255	168264	60 %	0 %	40 %	0 %	478462310
122	NC_020973	GATTG	2	10	168600	168609	20 %	40 %	40 %	0 %	478462310
123	NC_020973	GTTTT	2	10	175079	175088	0 %	80 %	20 %	0 %	478462314
124	NC_020973	TATTG	2	10	175102	175111	20 %	60 %	20 %	0 %	478462314
125	NC_020973	CAGCA	2	10	175461	175470	40 %	0 %	20 %	40 %	478462314
126	NC_020973	TAGGA	2	10	175766	175775	40 %	20 %	40 %	0 %	478462315
127	NC_020973	TGATT	2	10	177693	177702	20 %	60 %	20 %	0 %	478462316
128	NC_020973	TCAAT	2	10	178334	178343	40 %	40 %	0 %	20 %	478462316
129	NC_020973	TTTTC	2	10	178373	178382	0 %	80 %	0 %	20 %	478462316
130	NC_020973	GGAAT	2	10	179881	179890	40 %	20 %	40 %	0 %	478462318
131	NC_020973	AGAGT	2	10	181268	181277	40 %	20 %	40 %	0 %	478462319
132	NC_020973	TTGAA	2	10	181958	181967	40 %	40 %	20 %	0 %	478462320
133	NC_020973	TGAGT	2	10	182772	182781	20 %	40 %	40 %	0 %	478462320
134	NC_020973	AGGGG	2	10	182969	182978	20 %	0 %	80 %	0 %	478462320
135	NC_020973	TTGAG	2	10	183519	183528	20 %	40 %	40 %	0 %	478462321
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