MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/1322/p2 high quality draft genome

Total Repeats: 652

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020972	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478468473
2	NC_020972	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478468474
3	NC_020972	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478468474
4	NC_020972	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478468474
5	NC_020972	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478468474
6	NC_020972	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478468475
7	NC_020972	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478468477
8	NC_020972	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478468478
9	NC_020972	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478468479
10	NC_020972	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478468480
11	NC_020972	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478468480
12	NC_020972	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478468481
13	NC_020972	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478468482
14	NC_020972	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478468484
15	NC_020972	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478468485
16	NC_020972	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478468485
17	NC_020972	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478468485
18	NC_020972	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478468488
19	NC_020972	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478468489
20	NC_020972	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478468489
21	NC_020972	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478468489
22	NC_020972	AGAGG	2	10	26131	26140	40 %	0 %	60 %	0 %	478468490
23	NC_020972	GGAGA	2	10	27910	27919	40 %	0 %	60 %	0 %	478468491
24	NC_020972	GGATA	2	10	27936	27945	40 %	20 %	40 %	0 %	478468491
25	NC_020972	ATCCG	2	10	28661	28670	20 %	20 %	20 %	40 %	478468493
26	NC_020972	AGGGT	2	10	29179	29188	20 %	20 %	60 %	0 %	478468493
27	NC_020972	CCTAT	2	10	30219	30228	20 %	40 %	0 %	40 %	478468494
28	NC_020972	GAAGG	2	10	31018	31027	40 %	0 %	60 %	0 %	478468495
29	NC_020972	GAGCT	2	10	32058	32067	20 %	20 %	40 %	20 %	478468496
30	NC_020972	CTATT	2	10	36732	36741	20 %	60 %	0 %	20 %	478468502
31	NC_020972	TCCTA	2	10	36779	36788	20 %	40 %	0 %	40 %	478468502
32	NC_020972	ACGAT	2	10	38694	38703	40 %	20 %	20 %	20 %	478468503
33	NC_020972	AATTT	2	10	39585	39594	40 %	60 %	0 %	0 %	478468504
34	NC_020972	AGCAA	2	10	42709	42718	60 %	0 %	20 %	20 %	478468506
35	NC_020972	CGATG	2	10	42766	42775	20 %	20 %	40 %	20 %	478468506
36	NC_020972	TTTAT	2	10	44769	44778	20 %	80 %	0 %	0 %	478468509
37	NC_020972	CTTTC	2	10	46865	46874	0 %	60 %	0 %	40 %	478468511
38	NC_020972	AGTTT	2	10	47404	47413	20 %	60 %	20 %	0 %	478468511
39	NC_020972	CTTTT	2	10	50570	50579	0 %	80 %	0 %	20 %	478468514
40	NC_020972	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478468517
41	NC_020972	TTATC	2	10	55807	55816	20 %	60 %	0 %	20 %	478468518
42	NC_020972	GTTGT	2	10	56872	56881	0 %	60 %	40 %	0 %	478468519
43	NC_020972	GAGCA	2	10	60382	60391	40 %	0 %	40 %	20 %	478468521
44	NC_020972	TGTGA	2	10	62831	62840	20 %	40 %	40 %	0 %	478468523
45	NC_020972	AGTGA	2	10	64352	64361	40 %	20 %	40 %	0 %	478468524
46	NC_020972	CCTTC	2	10	64626	64635	0 %	40 %	0 %	60 %	478468524
47	NC_020972	AGGAG	2	10	66854	66863	40 %	0 %	60 %	0 %	478468526
48	NC_020972	GTTAA	2	10	66984	66993	40 %	40 %	20 %	0 %	478468526
49	NC_020972	CAAGC	2	10	69350	69359	40 %	0 %	20 %	40 %	478468528
50	NC_020972	GGAGC	2	10	70220	70229	20 %	0 %	60 %	20 %	478468529
51	NC_020972	GCGAT	2	10	70410	70419	20 %	20 %	40 %	20 %	478468529
52	NC_020972	CTCTT	2	10	70764	70773	0 %	60 %	0 %	40 %	478468529
53	NC_020972	AGGGG	2	10	71410	71419	20 %	0 %	80 %	0 %	478468529
54	NC_020972	AAGAA	2	10	71452	71461	80 %	0 %	20 %	0 %	478468529
55	NC_020972	ATTGG	2	10	72742	72751	20 %	40 %	40 %	0 %	478468531
56	NC_020972	GAAAA	2	10	73814	73823	80 %	0 %	20 %	0 %	478468531
57	NC_020972	TGGGA	2	10	74231	74240	20 %	20 %	60 %	0 %	478468532
58	NC_020972	TATTT	2	10	76758	76767	20 %	80 %	0 %	0 %	478468533
59	NC_020972	TGTCT	2	10	80553	80562	0 %	60 %	20 %	20 %	478468536
60	NC_020972	TTACT	2	10	81060	81069	20 %	60 %	0 %	20 %	478468536
61	NC_020972	AGAAA	2	10	82450	82459	80 %	0 %	20 %	0 %	478468538
62	NC_020972	GGAAG	2	10	82963	82972	40 %	0 %	60 %	0 %	478468538
63	NC_020972	AGCGA	2	10	85429	85438	40 %	0 %	40 %	20 %	478468540
64	NC_020972	GATCC	2	10	86514	86523	20 %	20 %	20 %	40 %	478468541
65	NC_020972	AGAGC	2	10	87849	87858	40 %	0 %	40 %	20 %	478468542
66	NC_020972	TTTTC	2	10	91581	91590	0 %	80 %	0 %	20 %	478468545
67	NC_020972	GGATG	2	10	91841	91850	20 %	20 %	60 %	0 %	478468546
68	NC_020972	CAACA	2	10	93380	93389	60 %	0 %	0 %	40 %	478468547
69	NC_020972	ACAGC	2	10	94425	94434	40 %	0 %	20 %	40 %	478468548
70	NC_020972	GGAAC	2	10	95137	95146	40 %	0 %	40 %	20 %	478468549
71	NC_020972	GGATT	2	10	96037	96046	20 %	40 %	40 %	0 %	478468549
72	NC_020972	CAATC	2	10	97139	97148	40 %	20 %	0 %	40 %	478468551
73	NC_020972	TTTGC	2	10	97273	97282	0 %	60 %	20 %	20 %	478468551
74	NC_020972	ATTCA	2	10	97537	97546	40 %	40 %	0 %	20 %	478468551
75	NC_020972	GATCC	2	10	97796	97805	20 %	20 %	20 %	40 %	478468551
76	NC_020972	GTTTT	2	10	98217	98226	0 %	80 %	20 %	0 %	478468551
77	NC_020972	AAGCT	2	10	99421	99430	40 %	20 %	20 %	20 %	478468552
78	NC_020972	AGGGG	2	10	99780	99789	20 %	0 %	80 %	0 %	478468552
79	NC_020972	ATAGC	2	10	100473	100482	40 %	20 %	20 %	20 %	478468553
80	NC_020972	TTCCC	2	10	101077	101086	0 %	40 %	0 %	60 %	478468554
81	NC_020972	AGCGA	2	10	103401	103410	40 %	0 %	40 %	20 %	478468556
82	NC_020972	TTTCT	2	10	103759	103768	0 %	80 %	0 %	20 %	478468556
83	NC_020972	CTTCT	2	10	103813	103822	0 %	60 %	0 %	40 %	478468556
84	NC_020972	ATCAT	2	10	104965	104974	40 %	40 %	0 %	20 %	478468557
85	NC_020972	GGCAT	2	10	105673	105682	20 %	20 %	40 %	20 %	478468557
86	NC_020972	AAAGC	2	10	109399	109408	60 %	0 %	20 %	20 %	478468560
87	NC_020972	GCATT	2	10	110559	110568	20 %	40 %	20 %	20 %	478468562
88	NC_020972	TGTTT	2	10	115248	115257	0 %	80 %	20 %	0 %	478468565
89	NC_020972	CATGT	2	10	115626	115635	20 %	40 %	20 %	20 %	478468565
90	NC_020972	TATCG	2	10	116330	116339	20 %	40 %	20 %	20 %	478468565
91	NC_020972	TTTCT	2	10	116846	116855	0 %	80 %	0 %	20 %	478468566
92	NC_020972	GGAGA	2	10	117042	117051	40 %	0 %	60 %	0 %	478468566
93	NC_020972	AAAGA	2	10	119093	119102	80 %	0 %	20 %	0 %	478468569
94	NC_020972	CCAAT	2	10	122056	122065	40 %	20 %	0 %	40 %	478468572
95	NC_020972	GCTTC	2	10	123157	123166	0 %	40 %	20 %	40 %	478468572
96	NC_020972	TACAA	2	10	126946	126955	60 %	20 %	0 %	20 %	478468576
97	NC_020972	ATCCA	2	10	129353	129362	40 %	20 %	0 %	40 %	478468580
98	NC_020972	GAAGA	2	10	130903	130912	60 %	0 %	40 %	0 %	478468580
99	NC_020972	AAAAG	2	10	132815	132824	80 %	0 %	20 %	0 %	478468581
100	NC_020972	GATTC	2	10	133146	133155	20 %	40 %	20 %	20 %	478468581
101	NC_020972	GGATA	2	10	135764	135773	40 %	20 %	40 %	0 %	478468583
102	NC_020972	ATTGT	2	10	136461	136470	20 %	60 %	20 %	0 %	478468584
103	NC_020972	TGTTT	2	10	136887	136896	0 %	80 %	20 %	0 %	478468585
104	NC_020972	TCCAG	2	10	140634	140643	20 %	20 %	20 %	40 %	478468591
105	NC_020972	GTACA	2	10	141365	141374	40 %	20 %	20 %	20 %	478468592
106	NC_020972	TAGAT	2	10	141738	141747	40 %	40 %	20 %	0 %	478468592
107	NC_020972	AAAAC	2	10	142630	142639	80 %	0 %	0 %	20 %	478468593
108	NC_020972	TGCTA	2	10	143716	143725	20 %	40 %	20 %	20 %	478468595
109	NC_020972	GGAGC	2	10	143763	143772	20 %	0 %	60 %	20 %	478468595
110	NC_020972	CTGGG	2	10	145178	145187	0 %	20 %	60 %	20 %	478468597
111	NC_020972	GTTTT	2	10	145925	145934	0 %	80 %	20 %	0 %	478468598
112	NC_020972	GAAGA	2	10	148208	148217	60 %	0 %	40 %	0 %	478468599
113	NC_020972	GAACC	2	10	149659	149668	40 %	0 %	20 %	40 %	478468599
114	NC_020972	ATTCT	2	10	153156	153165	20 %	60 %	0 %	20 %	478468603
115	NC_020972	CTGTG	2	10	153360	153369	0 %	40 %	40 %	20 %	478468603
116	NC_020972	TTCTT	2	10	155833	155842	0 %	80 %	0 %	20 %	478468606
117	NC_020972	AGGAA	2	10	160392	160401	60 %	0 %	40 %	0 %	478468610
118	NC_020972	AGAGA	2	10	163632	163641	60 %	0 %	40 %	0 %	478468613
119	NC_020972	AGCAA	2	10	164067	164076	60 %	0 %	20 %	20 %	478468613
120	NC_020972	TATGA	2	10	164491	164500	40 %	40 %	20 %	0 %	478468614
121	NC_020972	CAAAA	2	10	167570	167579	80 %	0 %	0 %	20 %	478468615
122	NC_020972	AAGAG	2	10	168403	168412	60 %	0 %	40 %	0 %	478468615
123	NC_020972	GATTG	2	10	168748	168757	20 %	40 %	40 %	0 %	478468615
124	NC_020972	GTTTT	2	10	175227	175236	0 %	80 %	20 %	0 %	478468619
125	NC_020972	TATTG	2	10	175250	175259	20 %	60 %	20 %	0 %	478468619
126	NC_020972	CAGCA	2	10	175609	175618	40 %	0 %	20 %	40 %	478468619
127	NC_020972	TAGGA	2	10	175914	175923	40 %	20 %	40 %	0 %	478468620
128	NC_020972	TGATT	2	10	177841	177850	20 %	60 %	20 %	0 %	478468621
129	NC_020972	TCAAT	2	10	178482	178491	40 %	40 %	0 %	20 %	478468621
130	NC_020972	TTTTC	2	10	178521	178530	0 %	80 %	0 %	20 %	478468621
131	NC_020972	GGAAT	2	10	180080	180089	40 %	20 %	40 %	0 %	478468623
132	NC_020972	AGAGT	2	10	181467	181476	40 %	20 %	40 %	0 %	478468624
133	NC_020972	TTGAA	2	10	182157	182166	40 %	40 %	20 %	0 %	478468625
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135	NC_020972	AGGGG	2	10	183168	183177	20 %	0 %	80 %	0 %	478468625
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