MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/Bour complete genome

Total Repeats: 287

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020971	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478461250
2	NC_020971	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461254
3	NC_020971	TAGCAA	2	12	11429	11440	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461260
4	NC_020971	AAAGCT	2	12	11560	11571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461260
5	NC_020971	TAGTGA	2	12	12706	12717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461261
6	NC_020971	GTTCCT	2	12	19991	20002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478461267
7	NC_020971	CTTTTT	2	12	22145	22156	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478461269
8	NC_020971	GTGAGG	2	12	26075	26086	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478461270
9	NC_020971	GGATTT	2	12	36552	36563	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461282
10	NC_020971	AATTAG	2	12	37973	37984	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478461283
11	NC_020971	TTCCTG	2	12	38272	38283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478461283
12	NC_020971	TTTTGA	2	12	45580	45591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478461290
13	NC_020971	TGAACG	2	12	53044	53055	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478461297
14	NC_020971	GTGATT	2	12	53063	53074	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461297
15	NC_020971	GATCTG	2	12	55696	55707	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478461299
16	NC_020971	GTGTAA	2	12	55744	55755	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461299
17	NC_020971	GGTTCA	2	12	55833	55844	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478461299
18	NC_020971	CCAAGA	2	12	58265	58276	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478461301
19	NC_020971	AGTTGT	2	12	58371	58382	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461301
20	NC_020971	TCCTAA	2	12	59744	59755	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478461302
21	NC_020971	GTTCTT	2	12	63658	63669	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478461304
22	NC_020971	CTATTT	2	12	71980	71991	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478461311
23	NC_020971	ACTCTT	2	12	73109	73120	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478461312
24	NC_020971	TTTCTG	2	12	73659	73670	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478461313
25	NC_020971	GATCAT	2	12	73789	73800	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478461313
26	NC_020971	TAGTAC	2	12	76783	76794	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478461314
27	NC_020971	GGTTTA	2	12	80434	80445	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461317
28	NC_020971	GTCTGT	2	12	83478	83489	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478461320
29	NC_020971	TTCTGA	2	12	89092	89103	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478461324
30	NC_020971	AAAAGA	2	12	94155	94166	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478461329
31	NC_020971	AGCTGT	2	12	96249	96260	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478461330
32	NC_020971	TCTTTT	2	12	96908	96919	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478461332
33	NC_020971	GGGGCT	2	12	97856	97867	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478461332
34	NC_020971	TTTGAG	2	12	100060	100071	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461334
35	NC_020971	TCAGAA	2	12	106701	106712	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461339
36	NC_020971	CATAAC	2	12	109745	109756	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478461342
37	NC_020971	TGTTCT	2	12	112512	112523	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478461344
38	NC_020971	ACTTCG	2	12	115805	115816	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478461346
39	NC_020971	TTGGTA	2	12	120885	120896	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461353
40	NC_020971	AGGATC	2	12	121264	121275	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478461353
41	NC_020971	AAGGGT	2	12	123076	123087	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478461356
42	NC_020971	GGGTTT	2	12	124039	124050	0 %	50 %	50 %	0 %	478461357
43	NC_020971	TTGCAT	2	12	124321	124332	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478461357
44	NC_020971	AAGAGA	2	12	124690	124701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478461357
45	NC_020971	TTAAAA	2	12	133627	133638	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478461363
46	NC_020971	AGGTTG	2	12	134869	134880	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478461364
47	NC_020971	GAGTTA	2	12	139922	139933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461373
48	NC_020971	TGGAAT	2	12	143350	143361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461377
49	NC_020971	ATGGTT	2	12	143594	143605	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461377
50	NC_020971	TGCTCT	2	12	145786	145797	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478461380
51	NC_020971	GAAAGG	2	12	149524	149535	50 %	0 %	50 %	0 %	478461382
52	NC_020971	GCTTTG	2	12	149767	149778	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478461382
53	NC_020971	TGTGCG	2	12	153889	153900	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478461386
54	NC_020971	CCTCAT	2	12	155187	155198	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478461387
55	NC_020971	TGGAGA	2	12	156645	156656	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478461389
56	NC_020971	CTCCAT	2	12	158015	158026	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478461390
57	NC_020971	TCCTTG	2	12	158611	158622	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478461391
58	NC_020971	AAGTTT	2	12	158696	158707	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478461391
59	NC_020971	AACAGC	2	12	161248	161259	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478461395
60	NC_020971	AAAAAG	2	12	173838	173849	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478461402
61	NC_020971	ATGTAA	2	12	176668	176679	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478461404
62	NC_020971	ACTTCT	2	12	189526	189537	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478461416
63	NC_020971	ATTTGC	2	12	192219	192230	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478461417
64	NC_020971	AAACAT	2	12	193309	193320	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478461420
65	NC_020971	AGCAAC	2	12	193644	193655	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478461420
66	NC_020971	TCTGGA	2	12	199914	199925	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478461427
67	NC_020971	CTGGAT	2	12	215507	215518	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478461440
68	NC_020971	GAAATA	2	12	215830	215841	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478461440
69	NC_020971	GATGCA	2	12	222684	222695	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478461447
70	NC_020971	ACTCCA	2	12	223574	223585	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478461448
71	NC_020971	CTGCTT	2	12	223806	223817	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478461448
72	NC_020971	ATTGCT	2	12	227115	227126	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478461451
73	NC_020971	TCCTAG	2	12	227405	227416	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478461451
74	NC_020971	GCAACG	2	12	227893	227904	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478461452
75	NC_020971	CTTAGC	2	12	230526	230537	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478461454
76	NC_020971	TTCCTT	2	12	237358	237369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478461459
77	NC_020971	TCTCCT	2	12	240239	240250	0 %	50 %	0 %	50 %	478461460
78	NC_020971	AAACCA	2	12	240814	240825	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478461461
79	NC_020971	CCTGCA	2	12	256196	256207	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478461479
80	NC_020971	ACCTTT	2	12	261391	261402	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478461484
81	NC_020971	TCATAA	2	12	269235	269246	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478461491
82	NC_020971	AAGTGT	2	12	269961	269972	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461491
83	NC_020971	ATCTAA	2	12	273239	273250	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478461494
84	NC_020971	TGGAAT	2	12	275437	275448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461496
85	NC_020971	GGAACA	2	12	279324	279335	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478461498
86	NC_020971	CACGCG	2	12	281697	281708	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478461500
87	NC_020971	TTTCTT	2	12	281876	281887	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478461500
88	NC_020971	CTCCTA	2	12	286038	286049	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478461503
89	NC_020971	GCAATG	2	12	292157	292168	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478461509
90	NC_020971	CGACAT	2	12	292830	292841	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478461510
91	NC_020971	CCCTTA	2	12	294284	294295	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478461512
92	NC_020971	AAAATA	2	12	296382	296393	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478461514
93	NC_020971	ACCACT	2	12	298737	298748	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478461516
94	NC_020971	CATTGC	2	12	301983	301994	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478461519
95	NC_020971	CCAAAA	2	12	303162	303173	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478461520
96	NC_020971	TCTTTT	2	12	305047	305058	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478461522
97	NC_020971	CAAGAC	2	12	306138	306149	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478461523
98	NC_020971	AGCTTA	2	12	307419	307430	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478461525
99	NC_020971	CAAAGA	2	12	312804	312815	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478461530
100	NC_020971	ATGGCT	2	12	313420	313431	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478461531
101	NC_020971	TACAAA	2	12	317610	317621	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478461534
102	NC_020971	TTAATT	2	12	319289	319300	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478461536
103	NC_020971	AAAACA	2	12	322774	322785	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478461538
104	NC_020971	CAGAAC	2	12	344759	344770	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478461557
105	NC_020971	ATTCAA	2	12	349737	349748	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478461562
106	NC_020971	TTCTTA	2	12	361714	361725	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478461570
107	NC_020971	CAGCCT	2	12	373777	373788	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478461585
108	NC_020971	AGCTGA	2	12	373827	373838	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478461585
109	NC_020971	ATGCTA	2	12	377694	377705	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478461587
110	NC_020971	CAATAG	2	12	384300	384311	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461590
111	NC_020971	ACTGAA	2	12	384441	384452	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461590
112	NC_020971	CTGCAC	2	12	384634	384645	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478461590
113	NC_020971	TCCATA	2	12	394993	395004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478461600
114	NC_020971	TTAGGT	2	12	396351	396362	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461602
115	NC_020971	AGGGAA	2	12	397677	397688	50 %	0 %	50 %	0 %	478461603
116	NC_020971	CTGAAG	2	12	398512	398523	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478461604
117	NC_020971	TAATCT	2	12	403928	403939	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478461608
118	NC_020971	GAACAA	2	12	404430	404441	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478461609
119	NC_020971	CTAAAG	2	12	404813	404824	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461610
120	NC_020971	CCTTTC	2	12	405977	405988	0 %	50 %	0 %	50 %	478461611
121	NC_020971	TTTTAA	2	12	409841	409852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478461613
122	NC_020971	ACATGC	2	12	415518	415529	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478461621
123	NC_020971	GGCTCT	2	12	416253	416264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478461622
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125	NC_020971	CCCCCA	2	12	419182	419193	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478461624
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130	NC_020971	AGCTAA	2	12	431681	431692	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461636
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136	NC_020971	CTAAAG	2	12	456633	456644	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461656
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150	NC_020971	GGTTGT	2	12	511373	511384	0 %	50 %	50 %	0 %	478461702
151	NC_020971	TCTCTA	2	12	517232	517243	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478461708
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219	NC_020971	ATGCAA	2	12	765407	765418	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461934
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224	NC_020971	ATGAAG	2	12	784497	784508	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478461948
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227	NC_020971	CCCTGA	2	12	793277	793288	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478461956
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229	NC_020971	AAGCTC	2	12	796438	796449	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478461959
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234	NC_020971	TAGCCT	2	12	807736	807747	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478461967
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.