MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD6 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 650

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020968	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	478459457
2	NC_020968	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	478459458
3	NC_020968	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	478459458
4	NC_020968	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	478459458
5	NC_020968	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	478459458
6	NC_020968	GTCTT	2	10	5819	5828	0 %	60 %	20 %	20 %	478459459
7	NC_020968	TGGTA	2	10	8291	8300	20 %	40 %	40 %	0 %	478459461
8	NC_020968	CGAAA	2	10	9699	9708	60 %	0 %	20 %	20 %	478459462
9	NC_020968	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478459463
10	NC_020968	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478459464
11	NC_020968	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478459464
12	NC_020968	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478459465
13	NC_020968	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478459466
14	NC_020968	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478459468
15	NC_020968	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478459469
16	NC_020968	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478459469
17	NC_020968	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478459469
18	NC_020968	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478459472
19	NC_020968	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478459473
20	NC_020968	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478459473
21	NC_020968	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478459473
22	NC_020968	AGAGG	2	10	26132	26141	40 %	0 %	60 %	0 %	478459474
23	NC_020968	GGAGA	2	10	27911	27920	40 %	0 %	60 %	0 %	478459475
24	NC_020968	GGATA	2	10	27937	27946	40 %	20 %	40 %	0 %	478459475
25	NC_020968	ATCCG	2	10	28662	28671	20 %	20 %	20 %	40 %	478459477
26	NC_020968	AGGGT	2	10	29180	29189	20 %	20 %	60 %	0 %	478459477
27	NC_020968	CCTAT	2	10	30220	30229	20 %	40 %	0 %	40 %	478459478
28	NC_020968	GAAGG	2	10	31019	31028	40 %	0 %	60 %	0 %	478459479
29	NC_020968	GAGCT	2	10	32059	32068	20 %	20 %	40 %	20 %	478459480
30	NC_020968	CTATT	2	10	36733	36742	20 %	60 %	0 %	20 %	478459486
31	NC_020968	TCCTA	2	10	36780	36789	20 %	40 %	0 %	40 %	478459486
32	NC_020968	ACGAT	2	10	38696	38705	40 %	20 %	20 %	20 %	478459487
33	NC_020968	TTTGA	2	10	39061	39070	20 %	60 %	20 %	0 %	478459487
34	NC_020968	AGCAA	2	10	42712	42721	60 %	0 %	20 %	20 %	478459490
35	NC_020968	CGATG	2	10	42769	42778	20 %	20 %	40 %	20 %	478459490
36	NC_020968	TTTAT	2	10	44843	44852	20 %	80 %	0 %	0 %	478459493
37	NC_020968	CTTTC	2	10	46939	46948	0 %	60 %	0 %	40 %	478459495
38	NC_020968	AGTTT	2	10	47478	47487	20 %	60 %	20 %	0 %	478459495
39	NC_020968	CTTTT	2	10	50641	50650	0 %	80 %	0 %	20 %	478459498
40	NC_020968	CCGTA	2	10	54416	54425	20 %	20 %	20 %	40 %	478459501
41	NC_020968	TCAGA	2	10	55307	55316	40 %	20 %	20 %	20 %	478459502
42	NC_020968	TTATC	2	10	55834	55843	20 %	60 %	0 %	20 %	478459502
43	NC_020968	TGAGT	2	10	55855	55864	20 %	40 %	40 %	0 %	478459502
44	NC_020968	GTTGT	2	10	56902	56911	0 %	60 %	40 %	0 %	478459503
45	NC_020968	GAGCA	2	10	60418	60427	40 %	0 %	40 %	20 %	478459505
46	NC_020968	TGTGA	2	10	62867	62876	20 %	40 %	40 %	0 %	478459507
47	NC_020968	AGTGA	2	10	64394	64403	40 %	20 %	40 %	0 %	478459508
48	NC_020968	CCTTC	2	10	64668	64677	0 %	40 %	0 %	60 %	478459508
49	NC_020968	AGGAG	2	10	66896	66905	40 %	0 %	60 %	0 %	478459510
50	NC_020968	GTTAA	2	10	67026	67035	40 %	40 %	20 %	0 %	478459510
51	NC_020968	CAAGC	2	10	69404	69413	40 %	0 %	20 %	40 %	478459512
52	NC_020968	GCGAT	2	10	70464	70473	20 %	20 %	40 %	20 %	478459513
53	NC_020968	CTCTT	2	10	70818	70827	0 %	60 %	0 %	40 %	478459513
54	NC_020968	AGGGG	2	10	71464	71473	20 %	0 %	80 %	0 %	478459513
55	NC_020968	AAGAA	2	10	71506	71515	80 %	0 %	20 %	0 %	478459513
56	NC_020968	ATTGG	2	10	72796	72805	20 %	40 %	40 %	0 %	478459515
57	NC_020968	GAAAA	2	10	73868	73877	80 %	0 %	20 %	0 %	478459515
58	NC_020968	TGGGA	2	10	74285	74294	20 %	20 %	60 %	0 %	478459516
59	NC_020968	TATTT	2	10	76812	76821	20 %	80 %	0 %	0 %	478459517
60	NC_020968	TGTCT	2	10	80604	80613	0 %	60 %	20 %	20 %	478459520
61	NC_020968	TTACT	2	10	81111	81120	20 %	60 %	0 %	20 %	478459520
62	NC_020968	AGAAA	2	10	82501	82510	80 %	0 %	20 %	0 %	478459522
63	NC_020968	GGAAG	2	10	83014	83023	40 %	0 %	60 %	0 %	478459522
64	NC_020968	GATCC	2	10	86565	86574	20 %	20 %	20 %	40 %	478459525
65	NC_020968	AGAGC	2	10	87900	87909	40 %	0 %	40 %	20 %	478459526
66	NC_020968	TTTTC	2	10	91512	91521	0 %	80 %	0 %	20 %	478459529
67	NC_020968	GGATG	2	10	91772	91781	20 %	20 %	60 %	0 %	478459530
68	NC_020968	CAACA	2	10	93311	93320	60 %	0 %	0 %	40 %	478459531
69	NC_020968	ACAGC	2	10	94356	94365	40 %	0 %	20 %	40 %	478459533
70	NC_020968	GGAAC	2	10	95068	95077	40 %	0 %	40 %	20 %	478459534
71	NC_020968	GGATT	2	10	95968	95977	20 %	40 %	40 %	0 %	478459534
72	NC_020968	AGCAT	2	10	95989	95998	40 %	20 %	20 %	20 %	478459534
73	NC_020968	CAATC	2	10	97070	97079	40 %	20 %	0 %	40 %	478459536
74	NC_020968	TTTGC	2	10	97204	97213	0 %	60 %	20 %	20 %	478459536
75	NC_020968	ATTCA	2	10	97468	97477	40 %	40 %	0 %	20 %	478459536
76	NC_020968	GATCC	2	10	97727	97736	20 %	20 %	20 %	40 %	478459536
77	NC_020968	GTTTT	2	10	98148	98157	0 %	80 %	20 %	0 %	478459536
78	NC_020968	AAGCT	2	10	99351	99360	40 %	20 %	20 %	20 %	478459537
79	NC_020968	AGGGG	2	10	99710	99719	20 %	0 %	80 %	0 %	478459537
80	NC_020968	ATAGC	2	10	100409	100418	40 %	20 %	20 %	20 %	478459538
81	NC_020968	AGCGA	2	10	103337	103346	40 %	0 %	40 %	20 %	478459541
82	NC_020968	TTTCT	2	10	103695	103704	0 %	80 %	0 %	20 %	478459541
83	NC_020968	ATCAT	2	10	104901	104910	40 %	40 %	0 %	20 %	478459542
84	NC_020968	GGCAT	2	10	105609	105618	20 %	20 %	40 %	20 %	478459542
85	NC_020968	AAAGC	2	10	109335	109344	60 %	0 %	20 %	20 %	478459545
86	NC_020968	GCATT	2	10	110495	110504	20 %	40 %	20 %	20 %	478459547
87	NC_020968	TGTTT	2	10	115172	115181	0 %	80 %	20 %	0 %	478459550
88	NC_020968	CATGT	2	10	115550	115559	20 %	40 %	20 %	20 %	478459550
89	NC_020968	TATCG	2	10	116254	116263	20 %	40 %	20 %	20 %	478459550
90	NC_020968	TTTCT	2	10	116770	116779	0 %	80 %	0 %	20 %	478459551
91	NC_020968	AAAGA	2	10	119015	119024	80 %	0 %	20 %	0 %	478459554
92	NC_020968	GCTTC	2	10	123005	123014	0 %	40 %	20 %	40 %	478459557
93	NC_020968	TACAA	2	10	126793	126802	60 %	20 %	0 %	20 %	478459561
94	NC_020968	ATCCA	2	10	129198	129207	40 %	20 %	0 %	40 %	478459564
95	NC_020968	GAAGA	2	10	130748	130757	60 %	0 %	40 %	0 %	478459564
96	NC_020968	AAAAG	2	10	132661	132670	80 %	0 %	20 %	0 %	478459565
97	NC_020968	GATTC	2	10	132992	133001	20 %	40 %	20 %	20 %	478459565
98	NC_020968	GGATA	2	10	135612	135621	40 %	20 %	40 %	0 %	478459567
99	NC_020968	ATTGG	2	10	136277	136286	20 %	40 %	40 %	0 %	478459568
100	NC_020968	ATTGT	2	10	136310	136319	20 %	60 %	20 %	0 %	478459568
101	NC_020968	TGTTT	2	10	136736	136745	0 %	80 %	20 %	0 %	478459569
102	NC_020968	TCCAG	2	10	140481	140490	20 %	20 %	20 %	40 %	478459575
103	NC_020968	GTACA	2	10	141212	141221	40 %	20 %	20 %	20 %	478459576
104	NC_020968	TAGAT	2	10	141585	141594	40 %	40 %	20 %	0 %	478459576
105	NC_020968	AAAAC	2	10	142477	142486	80 %	0 %	0 %	20 %	478459577
106	NC_020968	TGCTA	2	10	143563	143572	20 %	40 %	20 %	20 %	478459579
107	NC_020968	GGAGC	2	10	143610	143619	20 %	0 %	60 %	20 %	478459579
108	NC_020968	CTGGG	2	10	145025	145034	0 %	20 %	60 %	20 %	478459581
109	NC_020968	GTTTT	2	10	145772	145781	0 %	80 %	20 %	0 %	478459582
110	NC_020968	GAACC	2	10	149506	149515	40 %	0 %	20 %	40 %	478459583
111	NC_020968	ATTCT	2	10	153002	153011	20 %	60 %	0 %	20 %	478459587
112	NC_020968	CTGTG	2	10	153206	153215	0 %	40 %	40 %	20 %	478459587
113	NC_020968	TTCTT	2	10	155679	155688	0 %	80 %	0 %	20 %	478459590
114	NC_020968	AGGAA	2	10	160239	160248	60 %	0 %	40 %	0 %	478459594
115	NC_020968	AGAGA	2	10	163470	163479	60 %	0 %	40 %	0 %	478459597
116	NC_020968	AGCAA	2	10	163905	163914	60 %	0 %	20 %	20 %	478459597
117	NC_020968	CAAAA	2	10	167408	167417	80 %	0 %	0 %	20 %	478459599
118	NC_020968	AAGAG	2	10	168241	168250	60 %	0 %	40 %	0 %	478459599
119	NC_020968	GATTG	2	10	168586	168595	20 %	40 %	40 %	0 %	478459599
120	NC_020968	GTTTT	2	10	175065	175074	0 %	80 %	20 %	0 %	478459603
121	NC_020968	TATTG	2	10	175088	175097	20 %	60 %	20 %	0 %	478459603
122	NC_020968	CAGCA	2	10	175447	175456	40 %	0 %	20 %	40 %	478459603
123	NC_020968	TAGGA	2	10	175754	175763	40 %	20 %	40 %	0 %	478459604
124	NC_020968	TGATT	2	10	177681	177690	20 %	60 %	20 %	0 %	478459605
125	NC_020968	TCAAT	2	10	178322	178331	40 %	40 %	0 %	20 %	478459605
126	NC_020968	TTTTC	2	10	178361	178370	0 %	80 %	0 %	20 %	478459605
127	NC_020968	GGAAT	2	10	179921	179930	40 %	20 %	40 %	0 %	478459606
128	NC_020968	AGAGT	2	10	180879	180888	40 %	20 %	40 %	0 %	478459607
129	NC_020968	TTGAA	2	10	181412	181421	40 %	40 %	20 %	0 %	478459608
130	NC_020968	AGGGG	2	10	182423	182432	20 %	0 %	80 %	0 %	478459608
131	NC_020968	TTGAG	2	10	182986	182995	20 %	40 %	40 %	0 %	478459609
132	NC_020968	GAATG	2	10	183011	183020	40 %	20 %	40 %	0 %	478459609
133	NC_020968	AGAGA	2	10	185096	185105	60 %	0 %	40 %	0 %	478459612
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135	NC_020968	GGATC	2	10	190258	190267	20 %	20 %	40 %	20 %	478459616
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