MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 285

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020967	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478472061
2	NC_020967	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472065
3	NC_020967	TAGCAA	2	12	11429	11440	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472071
4	NC_020967	AAAGCT	2	12	11560	11571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472071
5	NC_020967	TAGTGA	2	12	12706	12717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472072
6	NC_020967	GTTCCT	2	12	19991	20002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472078
7	NC_020967	CTTTTT	2	12	22145	22156	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478472080
8	NC_020967	GTGAGG	2	12	26075	26086	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478472081
9	NC_020967	GGATTT	2	12	36552	36563	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472093
10	NC_020967	AATTAG	2	12	37973	37984	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478472094
11	NC_020967	TTCCTG	2	12	38272	38283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472094
12	NC_020967	TTTTGA	2	12	45580	45591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478472101
13	NC_020967	TGAACG	2	12	52930	52941	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478472108
14	NC_020967	GTGATT	2	12	52949	52960	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472108
15	NC_020967	GATCTG	2	12	55588	55599	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478472110
16	NC_020967	GGTTCA	2	12	55725	55736	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478472110
17	NC_020967	AGTTGT	2	12	58266	58277	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472112
18	NC_020967	TTGTTC	2	12	59186	59197	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478472112
19	NC_020967	TCCTAA	2	12	59996	60007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472113
20	NC_020967	GTTCTT	2	12	63916	63927	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478472115
21	NC_020967	CTATTT	2	12	72238	72249	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478472122
22	NC_020967	ACTCTT	2	12	73367	73378	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478472123
23	NC_020967	TTTCTG	2	12	73917	73928	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478472124
24	NC_020967	GATCAT	2	12	74047	74058	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478472124
25	NC_020967	TAGTAC	2	12	77041	77052	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478472125
26	NC_020967	GTCTGT	2	12	83736	83747	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478472131
27	NC_020967	TTCTGA	2	12	89350	89361	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478472135
28	NC_020967	AAAAGA	2	12	94413	94424	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478472140
29	NC_020967	AGCTGT	2	12	96507	96518	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478472141
30	NC_020967	TCTTTT	2	12	97172	97183	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478472143
31	NC_020967	GGGGCT	2	12	98120	98131	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478472143
32	NC_020967	TTTGAG	2	12	100324	100335	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472145
33	NC_020967	TCAGAA	2	12	106965	106976	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472150
34	NC_020967	CATAAC	2	12	110009	110020	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478472153
35	NC_020967	TGTTCT	2	12	112773	112784	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478472155
36	NC_020967	ACTTCG	2	12	116057	116068	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478472157
37	NC_020967	TTGCCA	2	12	119596	119607	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478472162
38	NC_020967	TTGGTA	2	12	121136	121147	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472164
39	NC_020967	AGGATC	2	12	121515	121526	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478472164
40	NC_020967	AAGGGT	2	12	123322	123333	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478472165
41	NC_020967	GGGTTT	2	12	124285	124296	0 %	50 %	50 %	0 %	478472166
42	NC_020967	TTGCAT	2	12	124567	124578	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478472166
43	NC_020967	AAGAGA	2	12	124936	124947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472166
44	NC_020967	TTAAAA	2	12	133872	133883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472172
45	NC_020967	AGGTTG	2	12	135114	135125	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478472173
46	NC_020967	GAGTTA	2	12	140165	140176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472182
47	NC_020967	TGGAAT	2	12	143593	143604	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472186
48	NC_020967	ATGGTT	2	12	143837	143848	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472186
49	NC_020967	TGCTCT	2	12	146028	146039	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472189
50	NC_020967	GAAAGG	2	12	149766	149777	50 %	0 %	50 %	0 %	478472191
51	NC_020967	GCTTTG	2	12	150009	150020	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478472191
52	NC_020967	TGTGCG	2	12	154131	154142	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478472195
53	NC_020967	CCTCAT	2	12	155429	155440	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478472196
54	NC_020967	TGGAGA	2	12	156887	156898	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478472198
55	NC_020967	CTCCAT	2	12	158256	158267	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478472199
56	NC_020967	TCCTTG	2	12	158852	158863	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472200
57	NC_020967	AACAGC	2	12	161488	161499	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478472203
58	NC_020967	AAAAAG	2	12	174078	174089	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478472210
59	NC_020967	ACTTCT	2	12	189763	189774	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478472224
60	NC_020967	ATTTGC	2	12	192456	192467	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478472225
61	NC_020967	AAACAT	2	12	193546	193557	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478472228
62	NC_020967	AGCAAC	2	12	193881	193892	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478472228
63	NC_020967	TTGCCT	2	12	196593	196604	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472232
64	NC_020967	TCTGGA	2	12	199843	199854	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478472236
65	NC_020967	CTGGAT	2	12	215434	215445	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478472249
66	NC_020967	GAAATA	2	12	215757	215768	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478472249
67	NC_020967	ACTCCA	2	12	223503	223514	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478472257
68	NC_020967	CTGCTT	2	12	223735	223746	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472257
69	NC_020967	ATTGCT	2	12	227044	227055	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478472260
70	NC_020967	TCCTAG	2	12	227334	227345	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478472260
71	NC_020967	GCAACG	2	12	227822	227833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472261
72	NC_020967	CTTAGC	2	12	230451	230462	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478472263
73	NC_020967	TTCCTT	2	12	237283	237294	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472268
74	NC_020967	TCTCCT	2	12	240164	240175	0 %	50 %	0 %	50 %	478472269
75	NC_020967	AAACCA	2	12	240739	240750	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472270
76	NC_020967	CCTGCA	2	12	256128	256139	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478472288
77	NC_020967	ACCTTT	2	12	261323	261334	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478472293
78	NC_020967	TCATAA	2	12	269167	269178	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478472300
79	NC_020967	AAGTGT	2	12	269893	269904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472300
80	NC_020967	ATCTAA	2	12	273171	273182	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478472303
81	NC_020967	TGGAAT	2	12	275369	275380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472305
82	NC_020967	GGAACA	2	12	279256	279267	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478472307
83	NC_020967	CACGCG	2	12	281629	281640	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478472309
84	NC_020967	TTTCTT	2	12	281808	281819	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478472309
85	NC_020967	CTCCTA	2	12	285970	285981	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478472312
86	NC_020967	GCAATG	2	12	292089	292100	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478472318
87	NC_020967	CGACAT	2	12	292762	292773	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478472319
88	NC_020967	CCCTTA	2	12	294216	294227	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478472321
89	NC_020967	AAAATA	2	12	296314	296325	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478472323
90	NC_020967	ACCACT	2	12	298669	298680	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478472325
91	NC_020967	CATTGC	2	12	301915	301926	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478472328
92	NC_020967	CCAAAA	2	12	303094	303105	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472329
93	NC_020967	TCTTTT	2	12	304979	304990	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478472331
94	NC_020967	CAAGAC	2	12	306070	306081	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478472332
95	NC_020967	AGCTTA	2	12	307351	307362	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478472334
96	NC_020967	CAAAGA	2	12	312736	312747	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478472339
97	NC_020967	ATGGCT	2	12	313352	313363	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478472340
98	NC_020967	TACAAA	2	12	317542	317553	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478472343
99	NC_020967	TTAATT	2	12	319221	319232	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472345
100	NC_020967	AAAAAT	2	12	322314	322325	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478472347
101	NC_020967	AAAACA	2	12	322706	322717	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478472348
102	NC_020967	CAGAAC	2	12	344702	344713	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478472367
103	NC_020967	ATTCAA	2	12	349679	349690	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478472372
104	NC_020967	TTCTTA	2	12	361656	361667	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478472380
105	NC_020967	CAGCCT	2	12	373717	373728	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478472395
106	NC_020967	AGCTGA	2	12	373767	373778	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478472395
107	NC_020967	ATGCTA	2	12	377634	377645	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478472397
108	NC_020967	ATACAG	2	12	383886	383897	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472400
109	NC_020967	CAATAG	2	12	384240	384251	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472400
110	NC_020967	ACTGAA	2	12	384381	384392	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472400
111	NC_020967	CTGCAC	2	12	384574	384585	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478472400
112	NC_020967	TCCATA	2	12	394933	394944	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472409
113	NC_020967	TTAGGT	2	12	396291	396302	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472411
114	NC_020967	AGGGAA	2	12	397617	397628	50 %	0 %	50 %	0 %	478472412
115	NC_020967	CTGAAG	2	12	398452	398463	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478472413
116	NC_020967	TAATCT	2	12	403869	403880	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478472416
117	NC_020967	GAACAA	2	12	404371	404382	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478472417
118	NC_020967	CTAAAG	2	12	404754	404765	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472418
119	NC_020967	CCTTTC	2	12	405918	405929	0 %	50 %	0 %	50 %	478472419
120	NC_020967	TTTTAA	2	12	409782	409793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472421
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218	NC_020967	ATGCAA	2	12	765330	765341	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472743
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223	NC_020967	ATGAAG	2	12	784396	784407	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478472757
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228	NC_020967	AAGCTC	2	12	796337	796348	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478472768
229	NC_020967	TTTCTT	2	12	799203	799214	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478472770
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231	NC_020967	GAAATT	2	12	804006	804017	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478472775
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.