MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 645

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020964	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	478473871
2	NC_020964	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	478473872
3	NC_020964	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	478473872
4	NC_020964	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	478473872
5	NC_020964	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	478473872
6	NC_020964	GTCTT	2	10	5817	5826	0 %	60 %	20 %	20 %	478473873
7	NC_020964	TGGTA	2	10	8290	8299	20 %	40 %	40 %	0 %	478473875
8	NC_020964	CGAAA	2	10	9698	9707	60 %	0 %	20 %	20 %	478473876
9	NC_020964	GGCTG	2	10	10334	10343	0 %	20 %	60 %	20 %	478473877
10	NC_020964	CCTCT	2	10	11126	11135	0 %	40 %	0 %	60 %	478473878
11	NC_020964	AAAGG	2	10	11285	11294	60 %	0 %	40 %	0 %	478473878
12	NC_020964	AAGAA	2	10	12405	12414	80 %	0 %	20 %	0 %	478473879
13	NC_020964	AAAGA	2	10	13803	13812	80 %	0 %	20 %	0 %	478473880
14	NC_020964	GATTT	2	10	15650	15659	20 %	60 %	20 %	0 %	478473882
15	NC_020964	CGTTC	2	10	16761	16770	0 %	40 %	20 %	40 %	478473883
16	NC_020964	GCTTC	2	10	17134	17143	0 %	40 %	20 %	40 %	478473883
17	NC_020964	GAAGG	2	10	17505	17514	40 %	0 %	60 %	0 %	478473883
18	NC_020964	GTTGT	2	10	20931	20940	0 %	60 %	40 %	0 %	478473886
19	NC_020964	AAGAT	2	10	22043	22052	60 %	20 %	20 %	0 %	478473887
20	NC_020964	TTTGC	2	10	22654	22663	0 %	60 %	20 %	20 %	478473887
21	NC_020964	GGAAA	2	10	24408	24417	60 %	0 %	40 %	0 %	478473887
22	NC_020964	AGAGG	2	10	26133	26142	40 %	0 %	60 %	0 %	478473888
23	NC_020964	GGAGA	2	10	27912	27921	40 %	0 %	60 %	0 %	478473889
24	NC_020964	ATCCG	2	10	28663	28672	20 %	20 %	20 %	40 %	478473891
25	NC_020964	AGGGT	2	10	29181	29190	20 %	20 %	60 %	0 %	478473891
26	NC_020964	CCTAT	2	10	30221	30230	20 %	40 %	0 %	40 %	478473892
27	NC_020964	AAGGA	2	10	31021	31030	60 %	0 %	40 %	0 %	478473893
28	NC_020964	GAGCT	2	10	32060	32069	20 %	20 %	40 %	20 %	478473894
29	NC_020964	TCAGT	2	10	36300	36309	20 %	40 %	20 %	20 %	478473900
30	NC_020964	CTATT	2	10	36734	36743	20 %	60 %	0 %	20 %	478473900
31	NC_020964	TCCTA	2	10	36781	36790	20 %	40 %	0 %	40 %	478473900
32	NC_020964	ACGAT	2	10	38697	38706	40 %	20 %	20 %	20 %	478473901
33	NC_020964	TTTGA	2	10	39062	39071	20 %	60 %	20 %	0 %	478473901
34	NC_020964	AGCAA	2	10	42713	42722	60 %	0 %	20 %	20 %	478473904
35	NC_020964	CGATG	2	10	42770	42779	20 %	20 %	40 %	20 %	478473904
36	NC_020964	TTTAT	2	10	44843	44852	20 %	80 %	0 %	0 %	478473908
37	NC_020964	CTTTC	2	10	46940	46949	0 %	60 %	0 %	40 %	478473910
38	NC_020964	AGTTT	2	10	47479	47488	20 %	60 %	20 %	0 %	478473910
39	NC_020964	CTTTT	2	10	50644	50653	0 %	80 %	0 %	20 %	478473913
40	NC_020964	CCGTA	2	10	54419	54428	20 %	20 %	20 %	40 %	478473916
41	NC_020964	TTATC	2	10	55828	55837	20 %	60 %	0 %	20 %	478473917
42	NC_020964	TGAGT	2	10	55849	55858	20 %	40 %	40 %	0 %	478473917
43	NC_020964	GTTGT	2	10	56896	56905	0 %	60 %	40 %	0 %	478473918
44	NC_020964	GAGCA	2	10	60344	60353	40 %	0 %	40 %	20 %	478473920
45	NC_020964	TGTGA	2	10	62793	62802	20 %	40 %	40 %	0 %	478473922
46	NC_020964	AGTGA	2	10	64314	64323	40 %	20 %	40 %	0 %	478473923
47	NC_020964	CCTTC	2	10	64588	64597	0 %	40 %	0 %	60 %	478473923
48	NC_020964	AGGAG	2	10	66816	66825	40 %	0 %	60 %	0 %	478473925
49	NC_020964	GTTAA	2	10	66946	66955	40 %	40 %	20 %	0 %	478473925
50	NC_020964	GGAGC	2	10	70194	70203	20 %	0 %	60 %	20 %	478473928
51	NC_020964	GCGAT	2	10	70384	70393	20 %	20 %	40 %	20 %	478473928
52	NC_020964	CTCTT	2	10	70738	70747	0 %	60 %	0 %	40 %	478473928
53	NC_020964	AGGGG	2	10	71384	71393	20 %	0 %	80 %	0 %	478473928
54	NC_020964	AAGAA	2	10	71426	71435	80 %	0 %	20 %	0 %	478473928
55	NC_020964	ATTGG	2	10	72716	72725	20 %	40 %	40 %	0 %	478473930
56	NC_020964	GAAAA	2	10	73788	73797	80 %	0 %	20 %	0 %	478473930
57	NC_020964	TGGGA	2	10	74205	74214	20 %	20 %	60 %	0 %	478473931
58	NC_020964	TATTT	2	10	76732	76741	20 %	80 %	0 %	0 %	478473932
59	NC_020964	TGTCT	2	10	80525	80534	0 %	60 %	20 %	20 %	478473935
60	NC_020964	TTACT	2	10	81032	81041	20 %	60 %	0 %	20 %	478473935
61	NC_020964	AGAAA	2	10	82422	82431	80 %	0 %	20 %	0 %	478473937
62	NC_020964	GGAAG	2	10	82935	82944	40 %	0 %	60 %	0 %	478473937
63	NC_020964	AGCGA	2	10	85401	85410	40 %	0 %	40 %	20 %	478473939
64	NC_020964	GATCC	2	10	86486	86495	20 %	20 %	20 %	40 %	478473940
65	NC_020964	AGAGC	2	10	87821	87830	40 %	0 %	40 %	20 %	478473941
66	NC_020964	TTTTC	2	10	91553	91562	0 %	80 %	0 %	20 %	478473944
67	NC_020964	GGATG	2	10	91813	91822	20 %	20 %	60 %	0 %	478473945
68	NC_020964	CAACA	2	10	93352	93361	60 %	0 %	0 %	40 %	478473946
69	NC_020964	ACAGC	2	10	94396	94405	40 %	0 %	20 %	40 %	478473947
70	NC_020964	GGAAC	2	10	95109	95118	40 %	0 %	40 %	20 %	478473948
71	NC_020964	GGATT	2	10	96009	96018	20 %	40 %	40 %	0 %	478473948
72	NC_020964	CAATC	2	10	97111	97120	40 %	20 %	0 %	40 %	478473950
73	NC_020964	TTTGC	2	10	97245	97254	0 %	60 %	20 %	20 %	478473950
74	NC_020964	ATTCA	2	10	97509	97518	40 %	40 %	0 %	20 %	478473950
75	NC_020964	GATCC	2	10	97768	97777	20 %	20 %	20 %	40 %	478473950
76	NC_020964	GTTTT	2	10	98189	98198	0 %	80 %	20 %	0 %	478473950
77	NC_020964	AAGCT	2	10	99392	99401	40 %	20 %	20 %	20 %	478473951
78	NC_020964	AGGGG	2	10	99751	99760	20 %	0 %	80 %	0 %	478473951
79	NC_020964	ATAGC	2	10	100450	100459	40 %	20 %	20 %	20 %	478473952
80	NC_020964	AGCGA	2	10	103378	103387	40 %	0 %	40 %	20 %	478473955
81	NC_020964	TTTCT	2	10	103736	103745	0 %	80 %	0 %	20 %	478473955
82	NC_020964	ATCAT	2	10	104942	104951	40 %	40 %	0 %	20 %	478473956
83	NC_020964	GGCAT	2	10	105650	105659	20 %	20 %	40 %	20 %	478473956
84	NC_020964	AAAGC	2	10	109376	109385	60 %	0 %	20 %	20 %	478473959
85	NC_020964	GCATT	2	10	110536	110545	20 %	40 %	20 %	20 %	478473961
86	NC_020964	TGTTT	2	10	115213	115222	0 %	80 %	20 %	0 %	478473964
87	NC_020964	CATGT	2	10	115591	115600	20 %	40 %	20 %	20 %	478473964
88	NC_020964	TATCG	2	10	116295	116304	20 %	40 %	20 %	20 %	478473964
89	NC_020964	TTTCT	2	10	116811	116820	0 %	80 %	0 %	20 %	478473965
90	NC_020964	AAAGA	2	10	119056	119065	80 %	0 %	20 %	0 %	478473968
91	NC_020964	GCTTC	2	10	123046	123055	0 %	40 %	20 %	40 %	478473971
92	NC_020964	TACAA	2	10	126834	126843	60 %	20 %	0 %	20 %	478473975
93	NC_020964	ATCCA	2	10	129242	129251	40 %	20 %	0 %	40 %	478473978
94	NC_020964	GAAGA	2	10	130792	130801	60 %	0 %	40 %	0 %	478473978
95	NC_020964	AAAAG	2	10	132705	132714	80 %	0 %	20 %	0 %	478473979
96	NC_020964	GATTC	2	10	133036	133045	20 %	40 %	20 %	20 %	478473979
97	NC_020964	ATTGG	2	10	136321	136330	20 %	40 %	40 %	0 %	478473982
98	NC_020964	TGTTT	2	10	136780	136789	0 %	80 %	20 %	0 %	478473983
99	NC_020964	TCCAG	2	10	140526	140535	20 %	20 %	20 %	40 %	478473989
100	NC_020964	GTACA	2	10	141257	141266	40 %	20 %	20 %	20 %	478473990
101	NC_020964	TAGAT	2	10	141630	141639	40 %	40 %	20 %	0 %	478473990
102	NC_020964	AAAAC	2	10	142522	142531	80 %	0 %	0 %	20 %	478473991
103	NC_020964	TGCTA	2	10	143608	143617	20 %	40 %	20 %	20 %	478473993
104	NC_020964	GGAGC	2	10	143655	143664	20 %	0 %	60 %	20 %	478473993
105	NC_020964	CTGGG	2	10	145069	145078	0 %	20 %	60 %	20 %	478473995
106	NC_020964	GTTTT	2	10	145816	145825	0 %	80 %	20 %	0 %	478473996
107	NC_020964	GAACC	2	10	149550	149559	40 %	0 %	20 %	40 %	478473997
108	NC_020964	ATTCT	2	10	153046	153055	20 %	60 %	0 %	20 %	478474001
109	NC_020964	CTGTG	2	10	153250	153259	0 %	40 %	40 %	20 %	478474001
110	NC_020964	TTCTT	2	10	155723	155732	0 %	80 %	0 %	20 %	478474004
111	NC_020964	AGGAA	2	10	160281	160290	60 %	0 %	40 %	0 %	478474008
112	NC_020964	AGAGA	2	10	163512	163521	60 %	0 %	40 %	0 %	478474011
113	NC_020964	AGCAA	2	10	163947	163956	60 %	0 %	20 %	20 %	478474011
114	NC_020964	CAAAA	2	10	167450	167459	80 %	0 %	0 %	20 %	478474013
115	NC_020964	AAGAG	2	10	168283	168292	60 %	0 %	40 %	0 %	478474013
116	NC_020964	GATTG	2	10	168628	168637	20 %	40 %	40 %	0 %	478474013
117	NC_020964	GTTTT	2	10	175107	175116	0 %	80 %	20 %	0 %	478474017
118	NC_020964	TATTG	2	10	175130	175139	20 %	60 %	20 %	0 %	478474017
119	NC_020964	CAGCA	2	10	175489	175498	40 %	0 %	20 %	40 %	478474017
120	NC_020964	TAGGA	2	10	175796	175805	40 %	20 %	40 %	0 %	478474018
121	NC_020964	TGATT	2	10	177723	177732	20 %	60 %	20 %	0 %	478474019
122	NC_020964	TCAAT	2	10	178364	178373	40 %	40 %	0 %	20 %	478474019
123	NC_020964	TTTTC	2	10	178403	178412	0 %	80 %	0 %	20 %	478474019
124	NC_020964	GGAAT	2	10	179963	179972	40 %	20 %	40 %	0 %	478474020
125	NC_020964	AGAGT	2	10	180921	180930	40 %	20 %	40 %	0 %	478474021
126	NC_020964	TTGAA	2	10	181454	181463	40 %	40 %	20 %	0 %	478474022
127	NC_020964	AGGGG	2	10	182465	182474	20 %	0 %	80 %	0 %	478474022
128	NC_020964	TTGAG	2	10	183028	183037	20 %	40 %	40 %	0 %	478474023
129	NC_020964	GAATG	2	10	183053	183062	40 %	20 %	40 %	0 %	478474023
130	NC_020964	AGAGA	2	10	185138	185147	60 %	0 %	40 %	0 %	478474026
131	NC_020964	ACGAT	2	10	187210	187219	40 %	20 %	20 %	20 %	478474028
132	NC_020964	GGATC	2	10	190301	190310	20 %	20 %	40 %	20 %	478474030
133	NC_020964	CAGAT	2	10	190416	190425	40 %	20 %	20 %	20 %	478474030
134	NC_020964	ACGAT	2	10	191335	191344	40 %	20 %	20 %	20 %	478474031
135	NC_020964	TTGTA	2	10	192313	192322	20 %	60 %	20 %	0 %	478474031
136	NC_020964	TATGC	2	10	192718	192727	20 %	40 %	20 %	20 %	478474032
137	NC_020964	AAGAA	2	10	192884	192893	80 %	0 %	20 %	0 %	478474032
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139	NC_020964	TATCA	2	10	193086	193095	40 %	40 %	0 %	20 %	478474033
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