MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 2517

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020964	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478473868
2	NC_020964	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478473868
3	NC_020964	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478473868
4	NC_020964	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478473868
5	NC_020964	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478473868
6	NC_020964	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478473869
7	NC_020964	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478473870
8	NC_020964	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478473870
9	NC_020964	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478473871
10	NC_020964	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478473871
11	NC_020964	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478473871
12	NC_020964	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478473872
13	NC_020964	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478473872
14	NC_020964	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478473872
15	NC_020964	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478473872
16	NC_020964	TGGA	2	8	5921	5928	25 %	25 %	50 %	0 %	478473873
17	NC_020964	CTTT	2	8	6298	6305	0 %	75 %	0 %	25 %	478473873
18	NC_020964	GGGA	2	8	6813	6820	25 %	0 %	75 %	0 %	478473873
19	NC_020964	GGTG	2	8	7116	7123	0 %	25 %	75 %	0 %	478473874
20	NC_020964	AAAT	2	8	7182	7189	75 %	25 %	0 %	0 %	478473874
21	NC_020964	AAGC	2	8	8420	8427	50 %	0 %	25 %	25 %	478473875
22	NC_020964	ATTG	2	8	8818	8825	25 %	50 %	25 %	0 %	478473876
23	NC_020964	AGCG	2	8	9285	9292	25 %	0 %	50 %	25 %	478473876
24	NC_020964	AAAG	2	8	9306	9313	75 %	0 %	25 %	0 %	478473876
25	NC_020964	CTTT	2	8	9646	9653	0 %	75 %	0 %	25 %	478473876
26	NC_020964	TTCG	2	8	10020	10027	0 %	50 %	25 %	25 %	478473877
27	NC_020964	AATT	2	8	10125	10132	50 %	50 %	0 %	0 %	478473877
28	NC_020964	ATGG	2	8	10184	10191	25 %	25 %	50 %	0 %	478473877
29	NC_020964	CTTT	2	8	10809	10816	0 %	75 %	0 %	25 %	478473878
30	NC_020964	GCAA	2	8	11026	11033	50 %	0 %	25 %	25 %	478473878
31	NC_020964	AGCC	2	8	11256	11263	25 %	0 %	25 %	50 %	478473878
32	NC_020964	GAAA	2	8	11399	11406	75 %	0 %	25 %	0 %	478473878
33	NC_020964	AATG	2	8	12142	12149	50 %	25 %	25 %	0 %	478473879
34	NC_020964	GTTT	2	8	13174	13181	0 %	75 %	25 %	0 %	478473880
35	NC_020964	ATGC	2	8	13604	13611	25 %	25 %	25 %	25 %	478473880
36	NC_020964	TTGT	2	8	14640	14647	0 %	75 %	25 %	0 %	478473881
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38	NC_020964	ATTT	2	8	15017	15024	25 %	75 %	0 %	0 %	478473881
39	NC_020964	TTTC	2	8	15679	15686	0 %	75 %	0 %	25 %	478473882
40	NC_020964	AAAT	2	8	16161	16168	75 %	25 %	0 %	0 %	478473882
41	NC_020964	GTAA	2	8	17003	17010	50 %	25 %	25 %	0 %	478473883
42	NC_020964	CTAA	2	8	17196	17203	50 %	25 %	0 %	25 %	478473883
43	NC_020964	AGAA	2	8	17459	17466	75 %	0 %	25 %	0 %	478473883
44	NC_020964	ATTT	2	8	17605	17612	25 %	75 %	0 %	0 %	478473883
45	NC_020964	TGCG	2	8	19127	19134	0 %	25 %	50 %	25 %	478473885
46	NC_020964	GAAG	2	8	20111	20118	50 %	0 %	50 %	0 %	478473885
47	NC_020964	TTTG	2	8	20137	20144	0 %	75 %	25 %	0 %	478473885
48	NC_020964	TGTA	2	8	20829	20836	25 %	50 %	25 %	0 %	478473886
49	NC_020964	TGGG	2	8	22247	22254	0 %	25 %	75 %	0 %	478473887
50	NC_020964	CATT	2	8	23304	23311	25 %	50 %	0 %	25 %	478473887
51	NC_020964	GCTT	2	8	23647	23654	0 %	50 %	25 %	25 %	478473887
52	NC_020964	GGTT	2	8	23695	23702	0 %	50 %	50 %	0 %	478473887
53	NC_020964	TTCT	2	8	24065	24072	0 %	75 %	0 %	25 %	478473887
54	NC_020964	TAAC	2	8	24167	24174	50 %	25 %	0 %	25 %	478473887
55	NC_020964	CATT	2	8	24290	24297	25 %	50 %	0 %	25 %	478473887
56	NC_020964	GGTA	2	8	24660	24667	25 %	25 %	50 %	0 %	478473887
57	NC_020964	TTGA	2	8	25655	25662	25 %	50 %	25 %	0 %	478473888
58	NC_020964	TTCG	2	8	25800	25807	0 %	50 %	25 %	25 %	478473888
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60	NC_020964	TTCC	2	8	26003	26010	0 %	50 %	0 %	50 %	478473888
61	NC_020964	TAGG	2	8	26117	26124	25 %	25 %	50 %	0 %	478473888
62	NC_020964	TTTC	2	8	26552	26559	0 %	75 %	0 %	25 %	478473888
63	NC_020964	GCTT	2	8	26889	26896	0 %	50 %	25 %	25 %	478473888
64	NC_020964	GGAA	2	8	27472	27479	50 %	0 %	50 %	0 %	478473889
65	NC_020964	TTAA	2	8	27545	27552	50 %	50 %	0 %	0 %	478473889
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67	NC_020964	GGGC	2	8	27875	27882	0 %	0 %	75 %	25 %	478473889
68	NC_020964	GTTT	2	8	28158	28165	0 %	75 %	25 %	0 %	478473890
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70	NC_020964	CTTT	2	8	30152	30159	0 %	75 %	0 %	25 %	478473892
71	NC_020964	TTTG	2	8	30167	30174	0 %	75 %	25 %	0 %	478473892
72	NC_020964	TTGT	2	8	30202	30209	0 %	75 %	25 %	0 %	478473892
73	NC_020964	TGGC	2	8	30365	30372	0 %	25 %	50 %	25 %	478473892
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77	NC_020964	GATA	2	8	32247	32254	50 %	25 %	25 %	0 %	478473895
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80	NC_020964	AAGC	2	8	35090	35097	50 %	0 %	25 %	25 %	478473899
81	NC_020964	GTTC	2	8	35123	35130	0 %	50 %	25 %	25 %	478473899
82	NC_020964	GGCA	2	8	35502	35509	25 %	0 %	50 %	25 %	478473900
83	NC_020964	TCGA	2	8	35759	35766	25 %	25 %	25 %	25 %	478473900
84	NC_020964	TGCT	2	8	35912	35919	0 %	50 %	25 %	25 %	478473900
85	NC_020964	TTGG	2	8	36144	36151	0 %	50 %	50 %	0 %	478473900
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88	NC_020964	ATGA	2	8	37727	37734	50 %	25 %	25 %	0 %	478473901
89	NC_020964	TAGG	2	8	37886	37893	25 %	25 %	50 %	0 %	478473901
90	NC_020964	CAAT	2	8	38070	38077	50 %	25 %	0 %	25 %	478473901
91	NC_020964	AATG	2	8	38857	38864	50 %	25 %	25 %	0 %	478473901
92	NC_020964	AGAA	2	8	39694	39701	75 %	0 %	25 %	0 %	478473902
93	NC_020964	AAGA	2	8	39746	39753	75 %	0 %	25 %	0 %	478473902
94	NC_020964	ATCC	2	8	39754	39761	25 %	25 %	0 %	50 %	478473902
95	NC_020964	TAAT	2	8	39965	39972	50 %	50 %	0 %	0 %	478473902
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98	NC_020964	GGAT	2	8	42625	42632	25 %	25 %	50 %	0 %	478473904
99	NC_020964	AAAC	2	8	43833	43840	75 %	0 %	0 %	25 %	478473907
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101	NC_020964	ATTT	2	8	44794	44801	25 %	75 %	0 %	0 %	478473908
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104	NC_020964	TTGA	2	8	45844	45851	25 %	50 %	25 %	0 %	478473909
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107	NC_020964	TGTT	2	8	46075	46082	0 %	75 %	25 %	0 %	478473909
108	NC_020964	CTAT	2	8	46371	46378	25 %	50 %	0 %	25 %	478473909
109	NC_020964	AAGA	2	8	46867	46874	75 %	0 %	25 %	0 %	478473910
110	NC_020964	AAGA	2	8	46924	46931	75 %	0 %	25 %	0 %	478473910
111	NC_020964	AAAG	2	8	46964	46971	75 %	0 %	25 %	0 %	478473910
112	NC_020964	AAGA	2	8	47079	47086	75 %	0 %	25 %	0 %	478473910
113	NC_020964	ACTT	2	8	47340	47347	25 %	50 %	0 %	25 %	478473910
114	NC_020964	ATGG	2	8	47966	47973	25 %	25 %	50 %	0 %	478473910
115	NC_020964	AGGA	2	8	47997	48004	50 %	0 %	50 %	0 %	478473910
116	NC_020964	GAAC	2	8	48544	48551	50 %	0 %	25 %	25 %	478473910
117	NC_020964	AACA	2	8	48790	48797	75 %	0 %	0 %	25 %	478473911
118	NC_020964	CTTT	2	8	48986	48993	0 %	75 %	0 %	25 %	478473911
119	NC_020964	CTTT	2	8	49871	49878	0 %	75 %	0 %	25 %	478473912
120	NC_020964	GTAG	2	8	49889	49896	25 %	25 %	50 %	0 %	478473912
121	NC_020964	GAAG	2	8	51317	51324	50 %	0 %	50 %	0 %	478473913
122	NC_020964	TTCA	2	8	51739	51746	25 %	50 %	0 %	25 %	478473913
123	NC_020964	TCTA	2	8	51956	51963	25 %	50 %	0 %	25 %	478473913
124	NC_020964	GGAA	2	8	53014	53021	50 %	0 %	50 %	0 %	478473915
125	NC_020964	TTAA	2	8	53755	53762	50 %	50 %	0 %	0 %	478473915
126	NC_020964	CCTT	2	8	53962	53969	0 %	50 %	0 %	50 %	478473916
127	NC_020964	TTTA	2	8	54129	54136	25 %	75 %	0 %	0 %	478473916
128	NC_020964	AAAG	2	8	54353	54360	75 %	0 %	25 %	0 %	478473916
129	NC_020964	GATT	2	8	54490	54497	25 %	50 %	25 %	0 %	478473916
130	NC_020964	AATC	2	8	54545	54552	50 %	25 %	0 %	25 %	478473916
131	NC_020964	GGAT	2	8	54838	54845	25 %	25 %	50 %	0 %	478473917
132	NC_020964	TCGA	2	8	55000	55007	25 %	25 %	25 %	25 %	478473917
133	NC_020964	CTTC	2	8	55094	55101	0 %	50 %	0 %	50 %	478473917
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135	NC_020964	TTGA	2	8	55199	55206	25 %	50 %	25 %	0 %	478473917
136	NC_020964	GGAA	2	8	55555	55562	50 %	0 %	50 %	0 %	478473917
137	NC_020964	CTGG	3	12	56466	56477	0 %	25 %	50 %	25 %	478473918
138	NC_020964	TTGC	2	8	56603	56610	0 %	50 %	25 %	25 %	478473918
139	NC_020964	AGCT	2	8	57102	57109	25 %	25 %	25 %	25 %	478473918
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