MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/7249 complete genome

Total Repeats: 652

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020944	TGTGA	2	10	3875	3884	20 %	40 %	40 %	0 %	478465765
2	NC_020944	TTGAA	2	10	4231	4240	40 %	40 %	20 %	0 %	478465766
3	NC_020944	GAGAA	2	10	4525	4534	60 %	0 %	40 %	0 %	478465766
4	NC_020944	GAAAA	2	10	4962	4971	80 %	0 %	20 %	0 %	478465766
5	NC_020944	TTACA	2	10	5117	5126	40 %	40 %	0 %	20 %	478465766
6	NC_020944	GTCTT	2	10	5813	5822	0 %	60 %	20 %	20 %	478465767
7	NC_020944	TGGTA	2	10	8286	8295	20 %	40 %	40 %	0 %	478465769
8	NC_020944	CGAAA	2	10	9694	9703	60 %	0 %	20 %	20 %	478465770
9	NC_020944	GGCTG	2	10	10327	10336	0 %	20 %	60 %	20 %	478465771
10	NC_020944	CCTCT	2	10	11119	11128	0 %	40 %	0 %	60 %	478465772
11	NC_020944	AAAGG	2	10	11278	11287	60 %	0 %	40 %	0 %	478465772
12	NC_020944	AAGAA	2	10	12397	12406	80 %	0 %	20 %	0 %	478465773
13	NC_020944	AAAGA	2	10	13795	13804	80 %	0 %	20 %	0 %	478465774
14	NC_020944	GATTT	2	10	15642	15651	20 %	60 %	20 %	0 %	478465776
15	NC_020944	CGTTC	2	10	16753	16762	0 %	40 %	20 %	40 %	478465777
16	NC_020944	GCTTC	2	10	17126	17135	0 %	40 %	20 %	40 %	478465777
17	NC_020944	GAAGG	2	10	17497	17506	40 %	0 %	60 %	0 %	478465777
18	NC_020944	GTTGT	2	10	20923	20932	0 %	60 %	40 %	0 %	478465780
19	NC_020944	AAGAT	2	10	22035	22044	60 %	20 %	20 %	0 %	478465781
20	NC_020944	TTTGC	2	10	22646	22655	0 %	60 %	20 %	20 %	478465781
21	NC_020944	GGAAA	2	10	24400	24409	60 %	0 %	40 %	0 %	478465781
22	NC_020944	AGAGG	2	10	26125	26134	40 %	0 %	60 %	0 %	478465782
23	NC_020944	GGAGA	2	10	27904	27913	40 %	0 %	60 %	0 %	478465783
24	NC_020944	GGATA	2	10	27930	27939	40 %	20 %	40 %	0 %	478465783
25	NC_020944	ATCCG	2	10	28655	28664	20 %	20 %	20 %	40 %	478465785
26	NC_020944	AGGGT	2	10	29173	29182	20 %	20 %	60 %	0 %	478465785
27	NC_020944	CCTAT	2	10	30213	30222	20 %	40 %	0 %	40 %	478465786
28	NC_020944	GAAGG	2	10	31012	31021	40 %	0 %	60 %	0 %	478465787
29	NC_020944	GAGCT	2	10	32052	32061	20 %	20 %	40 %	20 %	478465788
30	NC_020944	CTATT	2	10	36725	36734	20 %	60 %	0 %	20 %	478465794
31	NC_020944	TCCTA	2	10	36772	36781	20 %	40 %	0 %	40 %	478465794
32	NC_020944	ACGAT	2	10	38688	38697	40 %	20 %	20 %	20 %	478465795
33	NC_020944	TTTGA	2	10	39053	39062	20 %	60 %	20 %	0 %	478465795
34	NC_020944	AGCAA	2	10	42704	42713	60 %	0 %	20 %	20 %	478465798
35	NC_020944	CGATG	2	10	42761	42770	20 %	20 %	40 %	20 %	478465798
36	NC_020944	TTTAT	2	10	44834	44843	20 %	80 %	0 %	0 %	478465801
37	NC_020944	CTTTC	2	10	46930	46939	0 %	60 %	0 %	40 %	478465803
38	NC_020944	AGTTT	2	10	47469	47478	20 %	60 %	20 %	0 %	478465803
39	NC_020944	CTTTT	2	10	50632	50641	0 %	80 %	0 %	20 %	478465806
40	NC_020944	CCGTA	2	10	54297	54306	20 %	20 %	20 %	40 %	478465809
41	NC_020944	TTATC	2	10	55700	55709	20 %	60 %	0 %	20 %	478465810
42	NC_020944	TGAGT	2	10	55721	55730	20 %	40 %	40 %	0 %	478465810
43	NC_020944	GTTGT	2	10	56756	56765	0 %	60 %	40 %	0 %	478465811
44	NC_020944	GAGCA	2	10	60284	60293	40 %	0 %	40 %	20 %	478465813
45	NC_020944	TGTGA	2	10	62733	62742	20 %	40 %	40 %	0 %	478465815
46	NC_020944	AGTGA	2	10	64254	64263	40 %	20 %	40 %	0 %	478465816
47	NC_020944	CCTTC	2	10	64528	64537	0 %	40 %	0 %	60 %	478465816
48	NC_020944	AGGAG	2	10	66756	66765	40 %	0 %	60 %	0 %	478465818
49	NC_020944	GTTAA	2	10	66886	66895	40 %	40 %	20 %	0 %	478465818
50	NC_020944	CAAGC	2	10	69264	69273	40 %	0 %	20 %	40 %	478465821
51	NC_020944	GGAGC	2	10	70134	70143	20 %	0 %	60 %	20 %	478465822
52	NC_020944	GCGAT	2	10	70324	70333	20 %	20 %	40 %	20 %	478465822
53	NC_020944	CTCTT	2	10	70678	70687	0 %	60 %	0 %	40 %	478465822
54	NC_020944	AGGGG	2	10	71324	71333	20 %	0 %	80 %	0 %	478465822
55	NC_020944	AAGAA	2	10	71366	71375	80 %	0 %	20 %	0 %	478465822
56	NC_020944	ATTGG	2	10	72656	72665	20 %	40 %	40 %	0 %	478465824
57	NC_020944	GAAAA	2	10	73728	73737	80 %	0 %	20 %	0 %	478465824
58	NC_020944	TATTT	2	10	76672	76681	20 %	80 %	0 %	0 %	478465826
59	NC_020944	TGTCT	2	10	80459	80468	0 %	60 %	20 %	20 %	478465829
60	NC_020944	TTACT	2	10	80966	80975	20 %	60 %	0 %	20 %	478465829
61	NC_020944	AGAAA	2	10	82356	82365	80 %	0 %	20 %	0 %	478465831
62	NC_020944	GGAAG	2	10	82869	82878	40 %	0 %	60 %	0 %	478465831
63	NC_020944	GATCC	2	10	86420	86429	20 %	20 %	20 %	40 %	478465834
64	NC_020944	AGAGC	2	10	87755	87764	40 %	0 %	40 %	20 %	478465835
65	NC_020944	TTTTC	2	10	91487	91496	0 %	80 %	0 %	20 %	478465838
66	NC_020944	GGATG	2	10	91747	91756	20 %	20 %	60 %	0 %	478465839
67	NC_020944	CAACA	2	10	93286	93295	60 %	0 %	0 %	40 %	478465840
68	NC_020944	ACAGC	2	10	94330	94339	40 %	0 %	20 %	40 %	478465841
69	NC_020944	GGAAC	2	10	95042	95051	40 %	0 %	40 %	20 %	478465842
70	NC_020944	GGATT	2	10	95942	95951	20 %	40 %	40 %	0 %	478465842
71	NC_020944	CAATC	2	10	97044	97053	40 %	20 %	0 %	40 %	478465844
72	NC_020944	TTTGC	2	10	97178	97187	0 %	60 %	20 %	20 %	478465844
73	NC_020944	ATTCA	2	10	97442	97451	40 %	40 %	0 %	20 %	478465844
74	NC_020944	GATCC	2	10	97701	97710	20 %	20 %	20 %	40 %	478465844
75	NC_020944	GTTTT	2	10	98122	98131	0 %	80 %	20 %	0 %	478465844
76	NC_020944	AAGCT	2	10	99325	99334	40 %	20 %	20 %	20 %	478465845
77	NC_020944	AGGGG	2	10	99684	99693	20 %	0 %	80 %	0 %	478465845
78	NC_020944	ATAGC	2	10	100382	100391	40 %	20 %	20 %	20 %	478465846
79	NC_020944	TTCCC	2	10	100986	100995	0 %	40 %	0 %	60 %	478465847
80	NC_020944	AGCGA	2	10	103310	103319	40 %	0 %	40 %	20 %	478465849
81	NC_020944	TTTCT	2	10	103668	103677	0 %	80 %	0 %	20 %	478465849
82	NC_020944	CTTCT	2	10	103722	103731	0 %	60 %	0 %	40 %	478465849
83	NC_020944	ACAGG	2	10	104071	104080	40 %	0 %	40 %	20 %	478465850
84	NC_020944	ATCAT	2	10	104874	104883	40 %	40 %	0 %	20 %	478465850
85	NC_020944	GGCAT	2	10	105582	105591	20 %	20 %	40 %	20 %	478465850
86	NC_020944	AAAGC	2	10	109308	109317	60 %	0 %	20 %	20 %	478465853
87	NC_020944	GCATT	2	10	110468	110477	20 %	40 %	20 %	20 %	478465855
88	NC_020944	TGTTT	2	10	115145	115154	0 %	80 %	20 %	0 %	478465858
89	NC_020944	CATGT	2	10	115523	115532	20 %	40 %	20 %	20 %	478465858
90	NC_020944	TATCG	2	10	116227	116236	20 %	40 %	20 %	20 %	478465858
91	NC_020944	TTTCT	2	10	116743	116752	0 %	80 %	0 %	20 %	478465859
92	NC_020944	AAAGA	2	10	118989	118998	80 %	0 %	20 %	0 %	478465862
93	NC_020944	GCTTC	2	10	122979	122988	0 %	40 %	20 %	40 %	478465866
94	NC_020944	TACAA	2	10	126768	126777	60 %	20 %	0 %	20 %	478465870
95	NC_020944	ATCCA	2	10	129173	129182	40 %	20 %	0 %	40 %	478465873
96	NC_020944	GAAGA	2	10	130723	130732	60 %	0 %	40 %	0 %	478465873
97	NC_020944	AAAAG	2	10	132636	132645	80 %	0 %	20 %	0 %	478465874
98	NC_020944	GATTC	2	10	132967	132976	20 %	40 %	20 %	20 %	478465874
99	NC_020944	GGATA	2	10	135573	135582	40 %	20 %	40 %	0 %	478465876
100	NC_020944	ATTGG	2	10	136238	136247	20 %	40 %	40 %	0 %	478465877
101	NC_020944	ATTGT	2	10	136271	136280	20 %	60 %	20 %	0 %	478465877
102	NC_020944	TGTTT	2	10	136697	136706	0 %	80 %	20 %	0 %	478465878
103	NC_020944	TCCAG	2	10	140441	140450	20 %	20 %	20 %	40 %	478465884
104	NC_020944	GTACA	2	10	141172	141181	40 %	20 %	20 %	20 %	478465885
105	NC_020944	TAGAT	2	10	141545	141554	40 %	40 %	20 %	0 %	478465885
106	NC_020944	AAAAC	2	10	142437	142446	80 %	0 %	0 %	20 %	478465886
107	NC_020944	TGCTA	2	10	143523	143532	20 %	40 %	20 %	20 %	478465888
108	NC_020944	GGAGC	2	10	143570	143579	20 %	0 %	60 %	20 %	478465888
109	NC_020944	CTGGG	2	10	144984	144993	0 %	20 %	60 %	20 %	478465890
110	NC_020944	GTTTT	2	10	145731	145740	0 %	80 %	20 %	0 %	478465891
111	NC_020944	GAACC	2	10	149465	149474	40 %	0 %	20 %	40 %	478465892
112	NC_020944	ATTCT	2	10	152962	152971	20 %	60 %	0 %	20 %	478465896
113	NC_020944	CTGTG	2	10	153166	153175	0 %	40 %	40 %	20 %	478465896
114	NC_020944	TTCTT	2	10	155639	155648	0 %	80 %	0 %	20 %	478465899
115	NC_020944	AGGAA	2	10	160199	160208	60 %	0 %	40 %	0 %	478465903
116	NC_020944	AGAGA	2	10	163430	163439	60 %	0 %	40 %	0 %	478465906
117	NC_020944	AGCAA	2	10	163865	163874	60 %	0 %	20 %	20 %	478465906
118	NC_020944	CAAAA	2	10	167365	167374	80 %	0 %	0 %	20 %	478465908
119	NC_020944	AAGAG	2	10	168198	168207	60 %	0 %	40 %	0 %	478465908
120	NC_020944	GATTG	2	10	168543	168552	20 %	40 %	40 %	0 %	478465908
121	NC_020944	GTTTT	2	10	175025	175034	0 %	80 %	20 %	0 %	478465912
122	NC_020944	TATTG	2	10	175048	175057	20 %	60 %	20 %	0 %	478465912
123	NC_020944	CAGCA	2	10	175407	175416	40 %	0 %	20 %	40 %	478465912
124	NC_020944	TAGGA	2	10	175712	175721	40 %	20 %	40 %	0 %	478465913
125	NC_020944	TGATT	2	10	177639	177648	20 %	60 %	20 %	0 %	478465914
126	NC_020944	TTTTC	2	10	178319	178328	0 %	80 %	0 %	20 %	478465914
127	NC_020944	GGAAT	2	10	179879	179888	40 %	20 %	40 %	0 %	478465915
128	NC_020944	AGAGT	2	10	181267	181276	40 %	20 %	40 %	0 %	478465916
129	NC_020944	TTGAA	2	10	181957	181966	40 %	40 %	20 %	0 %	478465917
130	NC_020944	TTTGC	2	10	182833	182842	0 %	60 %	20 %	20 %	478465917
131	NC_020944	TTGAG	2	10	183528	183537	20 %	40 %	40 %	0 %	478465918
132	NC_020944	GAATG	2	10	183553	183562	40 %	20 %	40 %	0 %	478465918
133	NC_020944	ACGAT	2	10	187709	187718	40 %	20 %	20 %	20 %	478465924
134	NC_020944	GGATC	2	10	190814	190823	20 %	20 %	40 %	20 %	478465927
135	NC_020944	GCAAG	2	10	191176	191185	40 %	0 %	40 %	20 %	478465928
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