MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE8 high quality draft genome

Total Repeats: 20385

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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1002	NC_020942	TTA	2	6	54434	54439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455890
1003	NC_020942	GATT	2	8	54475	54482	25 %	50 %	25 %	0 %	478455890
1004	NC_020942	AATC	2	8	54530	54537	50 %	25 %	0 %	25 %	478455890
1005	NC_020942	A	6	6	54569	54574	100 %	0 %	0 %	0 %	478455890
1006	NC_020942	CTT	2	6	54600	54605	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455890
1007	NC_020942	A	7	7	54707	54713	100 %	0 %	0 %	0 %	478455891
1008	NC_020942	TTC	2	6	54730	54735	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455891
1009	NC_020942	GGAT	2	8	54823	54830	25 %	25 %	50 %	0 %	478455891
1010	NC_020942	CAA	2	6	54899	54904	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455891
1011	NC_020942	GAA	2	6	54926	54931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455891
1012	NC_020942	CT	3	6	54950	54955	0 %	50 %	0 %	50 %	478455891
1013	NC_020942	TCGA	2	8	54985	54992	25 %	25 %	25 %	25 %	478455891
1014	NC_020942	CTTC	2	8	55079	55086	0 %	50 %	0 %	50 %	478455891
1015	NC_020942	GAAT	2	8	55114	55121	50 %	25 %	25 %	0 %	478455891
1016	NC_020942	TGT	2	6	55150	55155	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455891
1017	NC_020942	GAT	2	6	55178	55183	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455891
1018	NC_020942	TTGA	2	8	55184	55191	25 %	50 %	25 %	0 %	478455891
1019	NC_020942	GTA	2	6	55224	55229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455891
1020	NC_020942	CTT	2	6	55238	55243	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455891
1021	NC_020942	A	6	6	55373	55378	100 %	0 %	0 %	0 %	478455891
1022	NC_020942	G	6	6	55429	55434	0 %	0 %	100 %	0 %	478455891
1023	NC_020942	AAT	2	6	55526	55531	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455891
1024	NC_020942	GGAA	2	8	55540	55547	50 %	0 %	50 %	0 %	478455891
1025	NC_020942	GATCTG	2	12	55575	55586	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455891
1026	NC_020942	GGTTCA	2	12	55712	55723	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455891
1027	NC_020942	TTATC	2	10	55813	55822	20 %	60 %	0 %	20 %	478455891
1028	NC_020942	TGAGT	2	10	55834	55843	20 %	40 %	40 %	0 %	478455891
1029	NC_020942	TCA	3	9	55847	55855	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455891
1030	NC_020942	GTT	2	6	55862	55867	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455891
1031	NC_020942	TCT	2	6	55907	55912	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455891
1032	NC_020942	GGA	2	6	55913	55918	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455891
1033	NC_020942	TGC	2	6	55948	55953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455891
1034	NC_020942	AT	3	6	56158	56163	50 %	50 %	0 %	0 %	478455891
1035	NC_020942	TTA	2	6	56173	56178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455891
1036	NC_020942	GTT	2	6	56341	56346	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455892
1037	NC_020942	TGT	2	6	56391	56396	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455892
1038	NC_020942	CTGG	3	12	56451	56462	0 %	25 %	50 %	25 %	478455892
1039	NC_020942	ATT	2	6	56466	56471	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455892
1040	NC_020942	GAT	2	6	56479	56484	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455892
1041	NC_020942	TCT	2	6	56497	56502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455892
1042	NC_020942	TCC	2	6	56532	56537	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455892
1043	NC_020942	TTA	2	6	56545	56550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455892
1044	NC_020942	TTGC	2	8	56588	56595	0 %	50 %	25 %	25 %	478455892
1045	NC_020942	T	6	6	56640	56645	0 %	100 %	0 %	0 %	478455892
1046	NC_020942	GTA	2	6	56671	56676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455892
1047	NC_020942	GTT	2	6	56782	56787	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455892
1048	NC_020942	AG	3	6	56794	56799	50 %	0 %	50 %	0 %	478455892
1049	NC_020942	TGG	2	6	56802	56807	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478455892
1050	NC_020942	GTTGT	2	10	56881	56890	0 %	60 %	40 %	0 %	478455892
1051	NC_020942	T	6	6	56936	56941	0 %	100 %	0 %	0 %	478455892
1052	NC_020942	A	7	7	56978	56984	100 %	0 %	0 %	0 %	478455892
1053	NC_020942	TCC	2	6	56986	56991	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455892
1054	NC_020942	AGT	3	9	57075	57083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455892
1055	NC_020942	AGCT	2	8	57087	57094	25 %	25 %	25 %	25 %	478455892
1056	NC_020942	CT	3	6	57093	57098	0 %	50 %	0 %	50 %	478455892
1057	NC_020942	TGG	2	6	57129	57134	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478455892
1058	NC_020942	GT	3	6	57143	57148	0 %	50 %	50 %	0 %	478455892
1059	NC_020942	TGT	2	6	57152	57157	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455892
1060	NC_020942	AGT	2	6	57162	57167	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455892
1061	NC_020942	GTT	2	6	57255	57260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455892
1062	NC_020942	T	6	6	57259	57264	0 %	100 %	0 %	0 %	478455892
1063	NC_020942	AGA	2	6	57415	57420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455892
1064	NC_020942	CAG	2	6	57578	57583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455892
1065	NC_020942	TTG	2	6	57600	57605	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455892
1066	NC_020942	TGT	2	6	57678	57683	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455892
1067	NC_020942	TG	3	6	57781	57786	0 %	50 %	50 %	0 %	478455892
1068	NC_020942	GGTT	2	8	57790	57797	0 %	50 %	50 %	0 %	478455892
1069	NC_020942	TAA	2	6	57846	57851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455892
1070	NC_020942	ACT	2	6	57862	57867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455892
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1073	NC_020942	ATT	2	6	57897	57902	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455892
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1075	NC_020942	ATT	2	6	57916	57921	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455892
1076	NC_020942	TGA	2	6	58057	58062	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455893
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1081	NC_020942	GAT	2	6	58157	58162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455893
1082	NC_020942	TGA	2	6	58174	58179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455893
1083	NC_020942	TCC	2	6	58189	58194	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455893
1084	NC_020942	AGTTGT	2	12	58253	58264	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455893
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1086	NC_020942	CTA	2	6	58340	58345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455893
1087	NC_020942	TGA	2	6	58510	58515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455893
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1097	NC_020942	T	6	6	58999	59004	0 %	100 %	0 %	0 %	478455893
1098	NC_020942	GCT	2	6	59081	59086	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455893
1099	NC_020942	ATC	2	6	59119	59124	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455893
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1101	NC_020942	TGT	2	6	59154	59159	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455893
1102	NC_020942	TTGTTC	2	12	59173	59184	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455893
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1104	NC_020942	CTT	2	6	59211	59216	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455893
1105	NC_020942	TTC	2	6	59242	59247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455893
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1107	NC_020942	TCC	2	6	59329	59334	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455893
1108	NC_020942	TAGA	2	8	59370	59377	50 %	25 %	25 %	0 %	478455893
1109	NC_020942	TTA	2	6	59456	59461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455893
1110	NC_020942	TGAA	2	8	59475	59482	50 %	25 %	25 %	0 %	478455893
1111	NC_020942	T	8	8	59552	59559	0 %	100 %	0 %	0 %	478455893
1112	NC_020942	T	6	6	59572	59577	0 %	100 %	0 %	0 %	478455893
1113	NC_020942	T	6	6	59583	59588	0 %	100 %	0 %	0 %	478455893
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1116	NC_020942	T	6	6	59704	59709	0 %	100 %	0 %	0 %	478455894
1117	NC_020942	CGTT	2	8	59855	59862	0 %	50 %	25 %	25 %	478455894
1118	NC_020942	GGAG	2	8	59864	59871	25 %	0 %	75 %	0 %	478455894
1119	NC_020942	GTAA	2	8	59916	59923	50 %	25 %	25 %	0 %	478455894
1120	NC_020942	TCCTAA	2	12	59983	59994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455894
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1122	NC_020942	T	6	6	60044	60049	0 %	100 %	0 %	0 %	478455894
1123	NC_020942	TAG	2	6	60091	60096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455894
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1125	NC_020942	GTC	2	6	60130	60135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455894
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1377	NC_020942	GAA	2	6	73227	73232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455904
1378	NC_020942	CTGG	2	8	73260	73267	0 %	25 %	50 %	25 %	478455904
1379	NC_020942	CTC	2	6	73280	73285	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455904
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