MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Ams5 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 281

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020936	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478450426
2	NC_020936	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478450430
3	NC_020936	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478450436
4	NC_020936	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478450436
5	NC_020936	TAGTGA	2	12	12690	12701	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478450437
6	NC_020936	ATATAC	2	12	16557	16568	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478450440
7	NC_020936	GTTCCT	2	12	19975	19986	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478450443
8	NC_020936	CTTTTT	2	12	22129	22140	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478450445
9	NC_020936	GTGAGG	2	12	26059	26070	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478450446
10	NC_020936	GGATTT	2	12	36536	36547	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478450458
11	NC_020936	AATTAG	2	12	37956	37967	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478450459
12	NC_020936	TTCCTG	2	12	38255	38266	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478450459
13	NC_020936	TTTTGA	2	12	45492	45503	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478450465
14	NC_020936	TGAACG	2	12	52902	52913	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478450472
15	NC_020936	GTGATT	2	12	52921	52932	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478450472
16	NC_020936	GGTTCA	2	12	55691	55702	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478450474
17	NC_020936	GAAAAG	2	12	56947	56958	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478450475
18	NC_020936	AGTTGT	2	12	58152	58163	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478450476
19	NC_020936	AGTTGT	2	12	58296	58307	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478450476
20	NC_020936	TCTTGT	2	12	59205	59216	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478450476
21	NC_020936	TCCTAA	2	12	60018	60029	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478450477
22	NC_020936	GTTCTT	2	12	63932	63943	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478450479
23	NC_020936	CTATTT	2	12	72242	72253	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478450486
24	NC_020936	ACTCTT	2	12	73371	73382	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478450487
25	NC_020936	TTTCTG	2	12	73921	73932	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478450488
26	NC_020936	GATCAT	2	12	74051	74062	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478450488
27	NC_020936	TAGTAC	2	12	77045	77056	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478450489
28	NC_020936	GGTTTA	2	12	80698	80709	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478450492
29	NC_020936	GTCTGT	2	12	83742	83753	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478450495
30	NC_020936	TTCTGA	2	12	89356	89367	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478450499
31	NC_020936	AAAAGA	2	12	94420	94431	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478450504
32	NC_020936	AGCTGT	2	12	96513	96524	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478450505
33	NC_020936	TCTTTT	2	12	97178	97189	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478450507
34	NC_020936	GGGGCT	2	12	98126	98137	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478450507
35	NC_020936	TTTGAG	2	12	100326	100337	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478450509
36	NC_020936	TCAGAA	2	12	106967	106978	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478450514
37	NC_020936	CATAAC	2	12	110011	110022	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478450517
38	NC_020936	TGTTCT	2	12	112778	112789	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478450519
39	NC_020936	ACTTCG	2	12	116071	116082	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478450521
40	NC_020936	TTGCCA	2	12	119612	119623	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478450526
41	NC_020936	TTGGTA	2	12	121226	121237	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478450528
42	NC_020936	AGGATC	2	12	121605	121616	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478450528
43	NC_020936	AAGGGT	2	12	123412	123423	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478450529
44	NC_020936	GGGTTT	2	12	124375	124386	0 %	50 %	50 %	0 %	478450530
45	NC_020936	TTGCAT	2	12	124657	124668	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478450530
46	NC_020936	AAGAGA	2	12	125026	125037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478450530
47	NC_020936	TTAAAA	2	12	133961	133972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478450537
48	NC_020936	AGGTTG	2	12	135203	135214	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478450538
49	NC_020936	GAGTTA	2	12	140251	140262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478450547
50	NC_020936	TGGAAA	2	12	142804	142815	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478450550
51	NC_020936	TGGAAT	2	12	143679	143690	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478450551
52	NC_020936	ATGGTT	2	12	143923	143934	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478450551
53	NC_020936	TGCTCT	2	12	146115	146126	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478450554
54	NC_020936	GAAAGG	2	12	149853	149864	50 %	0 %	50 %	0 %	478450556
55	NC_020936	GCTTTG	2	12	150096	150107	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478450556
56	NC_020936	TGTGCG	2	12	154219	154230	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478450560
57	NC_020936	CCTCAT	2	12	155517	155528	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478450561
58	NC_020936	TGGAGA	2	12	156975	156986	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478450563
59	NC_020936	CTCCAT	2	12	158344	158355	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478450564
60	NC_020936	TCCTTG	2	12	158940	158951	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478450565
61	NC_020936	AACAGC	2	12	161577	161588	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478450568
62	NC_020936	TAAAAA	2	12	174006	174017	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478450574
63	NC_020936	AAAAAG	2	12	174173	174184	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478450575
64	NC_020936	ATTTGC	2	12	189295	189306	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478450589
65	NC_020936	AAACAT	2	12	190389	190400	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478450591
66	NC_020936	AGCAAC	2	12	190724	190735	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478450591
67	NC_020936	TCTGGA	2	12	195995	196006	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478450597
68	NC_020936	CTGGAT	2	12	211586	211597	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478450610
69	NC_020936	GAAATA	2	12	211909	211920	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478450610
70	NC_020936	GATGCA	2	12	218802	218813	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478450617
71	NC_020936	ACTCCA	2	12	219692	219703	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478450618
72	NC_020936	CTGCTT	2	12	219924	219935	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478450618
73	NC_020936	ATTGCT	2	12	223233	223244	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478450621
74	NC_020936	TCCTAG	2	12	223523	223534	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478450621
75	NC_020936	GCAACG	2	12	224011	224022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478450622
76	NC_020936	CTTAGC	2	12	226643	226654	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478450624
77	NC_020936	TTCCTT	2	12	233475	233486	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478450629
78	NC_020936	TCTCCT	2	12	236356	236367	0 %	50 %	0 %	50 %	478450630
79	NC_020936	CCTGCA	2	12	252331	252342	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478450649
80	NC_020936	ACCTTT	2	12	257526	257537	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478450654
81	NC_020936	TCATAA	2	12	265372	265383	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478450661
82	NC_020936	AAGTGT	2	12	266098	266109	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478450661
83	NC_020936	ATCTAA	2	12	269374	269385	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478450664
84	NC_020936	TGGAAT	2	12	271572	271583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478450666
85	NC_020936	GGAACA	2	12	275459	275470	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478450668
86	NC_020936	CACGCG	2	12	277832	277843	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478450670
87	NC_020936	TTTCTT	2	12	278011	278022	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478450670
88	NC_020936	CTCCTA	2	12	282173	282184	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478450673
89	NC_020936	GCAATG	2	12	288292	288303	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478450679
90	NC_020936	CGACAT	2	12	288965	288976	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478450680
91	NC_020936	CCCTTA	2	12	290419	290430	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478450682
92	NC_020936	AAAATA	2	12	292517	292528	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478450684
93	NC_020936	ACCACT	2	12	294872	294883	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478450686
94	NC_020936	CATTGC	2	12	298118	298129	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478450689
95	NC_020936	CCAAAA	2	12	299297	299308	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478450690
96	NC_020936	TCTTTT	2	12	301182	301193	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478450692
97	NC_020936	CAAGAC	2	12	302273	302284	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478450693
98	NC_020936	AGCTTA	2	12	303553	303564	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478450695
99	NC_020936	CAAAGA	2	12	308938	308949	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478450700
100	NC_020936	ATGGCT	2	12	309554	309565	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478450701
101	NC_020936	TACAAA	2	12	313744	313755	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478450704
102	NC_020936	TTAATT	2	12	315423	315434	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478450706
103	NC_020936	AAAACA	2	12	318908	318919	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478450708
104	NC_020936	CAGGAC	2	12	340883	340894	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478450727
105	NC_020936	ATTCAA	2	12	345860	345871	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478450732
106	NC_020936	AGACCG	2	12	345934	345945	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478450732
107	NC_020936	TTCTTA	2	12	357837	357848	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478450740
108	NC_020936	CAGCCT	2	12	369914	369925	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478450753
109	NC_020936	ATGCTA	2	12	373831	373842	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478450755
110	NC_020936	CAATAG	2	12	380437	380448	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478450758
111	NC_020936	ACTGAA	2	12	380578	380589	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478450758
112	NC_020936	CTGCAC	2	12	380771	380782	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478450758
113	NC_020936	TCCATA	2	12	391130	391141	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478450767
114	NC_020936	TTAGGT	2	12	392481	392492	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478450769
115	NC_020936	AGGGAA	2	12	393807	393818	50 %	0 %	50 %	0 %	478450770
116	NC_020936	CTGAAG	2	12	394642	394653	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478450771
117	NC_020936	TAATCT	2	12	400062	400073	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478450774
118	NC_020936	GAACAA	2	12	400564	400575	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478450775
119	NC_020936	CTAAAG	2	12	400947	400958	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478450776
120	NC_020936	CCTTTC	2	12	402111	402122	0 %	50 %	0 %	50 %	478450777
121	NC_020936	TTTTAA	2	12	405975	405986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478450779
122	NC_020936	ACATGC	2	12	411652	411663	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478450787
123	NC_020936	GGCTCT	2	12	412387	412398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478450788
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125	NC_020936	CCCCCA	2	12	415315	415326	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478450790
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131	NC_020936	TTCTCC	2	12	439855	439866	0 %	50 %	0 %	50 %	478450813
132	NC_020936	ATGAAG	2	12	448906	448917	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478450821
133	NC_020936	TAACTC	2	12	449423	449434	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478450821
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138	NC_020936	TATTGG	2	12	464191	464202	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478450834
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140	NC_020936	TCTTCA	2	12	476964	476975	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478450839
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146	NC_020936	AAACTG	2	12	495990	496001	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478450856
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215	NC_020936	ATGCAA	2	12	761602	761613	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451101
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219	NC_020936	ATGAAG	2	12	780708	780719	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478451116
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226	NC_020936	GAAATT	2	12	800316	800327	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478451134
227	NC_020936	TAGCCT	2	12	803945	803956	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478451135
228	NC_020936	CACCTA	2	12	818507	818518	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478451145
229	NC_020936	AAGAGG	2	12	824387	824398	50 %	0 %	50 %	0 %	478451149
230	NC_020936	GAAAGG	2	12	829264	829275	50 %	0 %	50 %	0 %	478451154
231	NC_020936	AGCTTC	2	12	830718	830729	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478451155
232	NC_020936	ATCACA	2	12	834822	834833	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478451160
233	NC_020936	GATCCG	2	12	839431	839442	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478451164
234	NC_020936	TTATGC	2	12	846381	846392	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478451170
235	NC_020936	ATGGGG	2	12	849415	849426	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478451173
236	NC_020936	AAAGAA	2	12	849894	849905	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478451173
237	NC_020936	GGCTAG	2	12	850277	850288	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478451173
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240	NC_020936	GACCTG	2	12	863185	863196	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478451179
241	NC_020936	GAAGAG	2	12	883650	883661	50 %	0 %	50 %	0 %	478451189
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244	NC_020936	GTTTTT	2	12	887007	887018	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	478451191
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.