MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Canada2 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 648

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020932	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478453142
2	NC_020932	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478453143
3	NC_020932	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478453143
4	NC_020932	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478453143
5	NC_020932	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478453143
6	NC_020932	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478453144
7	NC_020932	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478453146
8	NC_020932	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478453147
9	NC_020932	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478453148
10	NC_020932	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478453149
11	NC_020932	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478453149
12	NC_020932	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478453150
13	NC_020932	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478453151
14	NC_020932	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478453153
15	NC_020932	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478453154
16	NC_020932	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478453154
17	NC_020932	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478453154
18	NC_020932	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478453157
19	NC_020932	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478453158
20	NC_020932	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478453158
21	NC_020932	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478453158
22	NC_020932	AGAGG	2	10	26132	26141	40 %	0 %	60 %	0 %	478453159
23	NC_020932	GGAGA	2	10	27911	27920	40 %	0 %	60 %	0 %	478453160
24	NC_020932	GGATA	2	10	27937	27946	40 %	20 %	40 %	0 %	478453160
25	NC_020932	ATCCG	2	10	28662	28671	20 %	20 %	20 %	40 %	478453162
26	NC_020932	AGGGT	2	10	29180	29189	20 %	20 %	60 %	0 %	478453162
27	NC_020932	CCTAT	2	10	30220	30229	20 %	40 %	0 %	40 %	478453163
28	NC_020932	GAAGG	2	10	31019	31028	40 %	0 %	60 %	0 %	478453164
29	NC_020932	GAGCT	2	10	32059	32068	20 %	20 %	40 %	20 %	478453165
30	NC_020932	CTATT	2	10	36733	36742	20 %	60 %	0 %	20 %	478453171
31	NC_020932	TCCTA	2	10	36780	36789	20 %	40 %	0 %	40 %	478453171
32	NC_020932	ACGAT	2	10	38695	38704	40 %	20 %	20 %	20 %	478453172
33	NC_020932	AATTT	2	10	39586	39595	40 %	60 %	0 %	0 %	478453173
34	NC_020932	AGCAA	2	10	42710	42719	60 %	0 %	20 %	20 %	478453175
35	NC_020932	CGATG	2	10	42767	42776	20 %	20 %	40 %	20 %	478453175
36	NC_020932	TTTAT	2	10	44770	44779	20 %	80 %	0 %	0 %	478453178
37	NC_020932	CTTTC	2	10	46866	46875	0 %	60 %	0 %	40 %	478453180
38	NC_020932	AGTTT	2	10	47405	47414	20 %	60 %	20 %	0 %	478453180
39	NC_020932	CTTTT	2	10	50570	50579	0 %	80 %	0 %	20 %	478453183
40	NC_020932	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478453186
41	NC_020932	TTATC	2	10	55807	55816	20 %	60 %	0 %	20 %	478453187
42	NC_020932	GTTGT	2	10	56872	56881	0 %	60 %	40 %	0 %	478453188
43	NC_020932	GAGCA	2	10	60235	60244	40 %	0 %	40 %	20 %	478453190
44	NC_020932	TGTGA	2	10	62684	62693	20 %	40 %	40 %	0 %	478453192
45	NC_020932	AGTGA	2	10	64205	64214	40 %	20 %	40 %	0 %	478453193
46	NC_020932	CCTTC	2	10	64479	64488	0 %	40 %	0 %	60 %	478453193
47	NC_020932	AGGAG	2	10	66707	66716	40 %	0 %	60 %	0 %	478453195
48	NC_020932	GTTAA	2	10	66837	66846	40 %	40 %	20 %	0 %	478453195
49	NC_020932	CAAGC	2	10	69203	69212	40 %	0 %	20 %	40 %	478453197
50	NC_020932	GGAGC	2	10	70073	70082	20 %	0 %	60 %	20 %	478453198
51	NC_020932	GCGAT	2	10	70263	70272	20 %	20 %	40 %	20 %	478453198
52	NC_020932	CTCTT	2	10	70617	70626	0 %	60 %	0 %	40 %	478453198
53	NC_020932	AGGGG	2	10	71263	71272	20 %	0 %	80 %	0 %	478453198
54	NC_020932	AAGAA	2	10	71305	71314	80 %	0 %	20 %	0 %	478453198
55	NC_020932	ATTGG	2	10	72595	72604	20 %	40 %	40 %	0 %	478453200
56	NC_020932	GAAAA	2	10	73667	73676	80 %	0 %	20 %	0 %	478453200
57	NC_020932	TGGGA	2	10	74084	74093	20 %	20 %	60 %	0 %	478453201
58	NC_020932	TATTT	2	10	76611	76620	20 %	80 %	0 %	0 %	478453202
59	NC_020932	TGTCT	2	10	80406	80415	0 %	60 %	20 %	20 %	478453205
60	NC_020932	TTACT	2	10	80913	80922	20 %	60 %	0 %	20 %	478453205
61	NC_020932	AGAAA	2	10	82303	82312	80 %	0 %	20 %	0 %	478453207
62	NC_020932	GGAAG	2	10	82816	82825	40 %	0 %	60 %	0 %	478453207
63	NC_020932	AGCGA	2	10	85282	85291	40 %	0 %	40 %	20 %	478453209
64	NC_020932	GATCC	2	10	86367	86376	20 %	20 %	20 %	40 %	478453210
65	NC_020932	AGAGC	2	10	87702	87711	40 %	0 %	40 %	20 %	478453211
66	NC_020932	TTTTC	2	10	91434	91443	0 %	80 %	0 %	20 %	478453214
67	NC_020932	GGATG	2	10	91694	91703	20 %	20 %	60 %	0 %	478453215
68	NC_020932	CAACA	2	10	93233	93242	60 %	0 %	0 %	40 %	478453216
69	NC_020932	ACAGC	2	10	94278	94287	40 %	0 %	20 %	40 %	478453217
70	NC_020932	GGAAC	2	10	94990	94999	40 %	0 %	40 %	20 %	478453218
71	NC_020932	GGATT	2	10	95890	95899	20 %	40 %	40 %	0 %	478453218
72	NC_020932	CAATC	2	10	96992	97001	40 %	20 %	0 %	40 %	478453220
73	NC_020932	TTTGC	2	10	97126	97135	0 %	60 %	20 %	20 %	478453220
74	NC_020932	ATTCA	2	10	97390	97399	40 %	40 %	0 %	20 %	478453220
75	NC_020932	GATCC	2	10	97649	97658	20 %	20 %	20 %	40 %	478453220
76	NC_020932	GTTTT	2	10	98070	98079	0 %	80 %	20 %	0 %	478453220
77	NC_020932	AAGCT	2	10	99275	99284	40 %	20 %	20 %	20 %	478453221
78	NC_020932	AGGGG	2	10	99634	99643	20 %	0 %	80 %	0 %	478453221
79	NC_020932	ATAGC	2	10	100327	100336	40 %	20 %	20 %	20 %	478453222
80	NC_020932	TTCCC	2	10	100931	100940	0 %	40 %	0 %	60 %	478453223
81	NC_020932	AGCGA	2	10	103255	103264	40 %	0 %	40 %	20 %	478453225
82	NC_020932	TTTCT	2	10	103613	103622	0 %	80 %	0 %	20 %	478453225
83	NC_020932	CTTCT	2	10	103667	103676	0 %	60 %	0 %	40 %	478453225
84	NC_020932	ATCAT	2	10	104819	104828	40 %	40 %	0 %	20 %	478453226
85	NC_020932	GGCAT	2	10	105527	105536	20 %	20 %	40 %	20 %	478453226
86	NC_020932	AAAGC	2	10	109253	109262	60 %	0 %	20 %	20 %	478453229
87	NC_020932	GCATT	2	10	110413	110422	20 %	40 %	20 %	20 %	478453231
88	NC_020932	TGTTT	2	10	115102	115111	0 %	80 %	20 %	0 %	478453234
89	NC_020932	CATGT	2	10	115480	115489	20 %	40 %	20 %	20 %	478453234
90	NC_020932	TATCG	2	10	116184	116193	20 %	40 %	20 %	20 %	478453234
91	NC_020932	TTTCT	2	10	116700	116709	0 %	80 %	0 %	20 %	478453235
92	NC_020932	GGAGA	2	10	116896	116905	40 %	0 %	60 %	0 %	478453235
93	NC_020932	AAAGA	2	10	118947	118956	80 %	0 %	20 %	0 %	478453238
94	NC_020932	CCAAT	2	10	121910	121919	40 %	20 %	0 %	40 %	478453241
95	NC_020932	GCTTC	2	10	123011	123020	0 %	40 %	20 %	40 %	478453241
96	NC_020932	TACAA	2	10	126800	126809	60 %	20 %	0 %	20 %	478453245
97	NC_020932	ATCCA	2	10	129207	129216	40 %	20 %	0 %	40 %	478453249
98	NC_020932	GAAGA	2	10	130757	130766	60 %	0 %	40 %	0 %	478453249
99	NC_020932	AAAAG	2	10	132669	132678	80 %	0 %	20 %	0 %	478453250
100	NC_020932	GATTC	2	10	133000	133009	20 %	40 %	20 %	20 %	478453250
101	NC_020932	GGATA	2	10	135618	135627	40 %	20 %	40 %	0 %	478453252
102	NC_020932	ATTGT	2	10	136315	136324	20 %	60 %	20 %	0 %	478453253
103	NC_020932	TCCAG	2	10	140487	140496	20 %	20 %	20 %	40 %	478453260
104	NC_020932	GTACA	2	10	141218	141227	40 %	20 %	20 %	20 %	478453261
105	NC_020932	TAGAT	2	10	141591	141600	40 %	40 %	20 %	0 %	478453261
106	NC_020932	AAAAC	2	10	142483	142492	80 %	0 %	0 %	20 %	478453262
107	NC_020932	TGCTA	2	10	143569	143578	20 %	40 %	20 %	20 %	478453264
108	NC_020932	GGAGC	2	10	143616	143625	20 %	0 %	60 %	20 %	478453264
109	NC_020932	CTGGG	2	10	145031	145040	0 %	20 %	60 %	20 %	478453266
110	NC_020932	GTTTT	2	10	145778	145787	0 %	80 %	20 %	0 %	478453267
111	NC_020932	GAACC	2	10	149512	149521	40 %	0 %	20 %	40 %	478453268
112	NC_020932	ATTCT	2	10	153009	153018	20 %	60 %	0 %	20 %	478453272
113	NC_020932	CTGTG	2	10	153213	153222	0 %	40 %	40 %	20 %	478453272
114	NC_020932	TTCTT	2	10	155686	155695	0 %	80 %	0 %	20 %	478453275
115	NC_020932	AGGAA	2	10	160245	160254	60 %	0 %	40 %	0 %	478453279
116	NC_020932	AGAGA	2	10	163485	163494	60 %	0 %	40 %	0 %	478453282
117	NC_020932	AGCAA	2	10	163920	163929	60 %	0 %	20 %	20 %	478453282
118	NC_020932	TATGA	2	10	164344	164353	40 %	40 %	20 %	0 %	478453283
119	NC_020932	CAAAA	2	10	167423	167432	80 %	0 %	0 %	20 %	478453284
120	NC_020932	AAGAG	2	10	168256	168265	60 %	0 %	40 %	0 %	478453284
121	NC_020932	GATTG	2	10	168601	168610	20 %	40 %	40 %	0 %	478453284
122	NC_020932	GTTTT	2	10	175080	175089	0 %	80 %	20 %	0 %	478453288
123	NC_020932	TATTG	2	10	175103	175112	20 %	60 %	20 %	0 %	478453288
124	NC_020932	CAGCA	2	10	175462	175471	40 %	0 %	20 %	40 %	478453288
125	NC_020932	TAGGA	2	10	175767	175776	40 %	20 %	40 %	0 %	478453289
126	NC_020932	TGATT	2	10	177694	177703	20 %	60 %	20 %	0 %	478453290
127	NC_020932	TCAAT	2	10	178335	178344	40 %	40 %	0 %	20 %	478453290
128	NC_020932	TTTTC	2	10	178374	178383	0 %	80 %	0 %	20 %	478453290
129	NC_020932	GGAAT	2	10	179933	179942	40 %	20 %	40 %	0 %	478453292
130	NC_020932	AGAGT	2	10	181320	181329	40 %	20 %	40 %	0 %	478453294
131	NC_020932	TTGAA	2	10	182010	182019	40 %	40 %	20 %	0 %	478453295
132	NC_020932	TGAGT	2	10	182824	182833	20 %	40 %	40 %	0 %	478453295
133	NC_020932	AGGGG	2	10	183021	183030	20 %	0 %	80 %	0 %	478453295
134	NC_020932	TTGAG	2	10	183571	183580	20 %	40 %	40 %	0 %	478453296
135	NC_020932	ATAGA	2	10	183593	183602	60 %	20 %	20 %	0 %	478453296
136	NC_020932	AGAGA	2	10	185676	185685	60 %	0 %	40 %	0 %	478453299
137	NC_020932	ACGAT	2	10	187622	187631	40 %	20 %	20 %	20 %	478453301
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140	NC_020932	AAAAG	2	10	189680	189689	80 %	0 %	20 %	0 %	478453303
141	NC_020932	TATCA	2	10	189753	189762	40 %	40 %	0 %	20 %	478453303
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157	NC_020932	TTTTC	2	10	221198	221207	0 %	80 %	0 %	20 %	478453332
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