MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/115 complete genome

Total Repeats: 651

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020929	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478451329
2	NC_020929	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478451330
3	NC_020929	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478451330
4	NC_020929	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478451330
5	NC_020929	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478451330
6	NC_020929	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478451331
7	NC_020929	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478451333
8	NC_020929	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478451334
9	NC_020929	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478451335
10	NC_020929	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478451336
11	NC_020929	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478451336
12	NC_020929	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478451337
13	NC_020929	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478451338
14	NC_020929	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478451340
15	NC_020929	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478451341
16	NC_020929	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478451341
17	NC_020929	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478451341
18	NC_020929	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478451344
19	NC_020929	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478451345
20	NC_020929	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478451345
21	NC_020929	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478451345
22	NC_020929	AGAGG	2	10	26131	26140	40 %	0 %	60 %	0 %	478451346
23	NC_020929	GGAGA	2	10	27910	27919	40 %	0 %	60 %	0 %	478451347
24	NC_020929	GGATA	2	10	27936	27945	40 %	20 %	40 %	0 %	478451347
25	NC_020929	ATCCG	2	10	28661	28670	20 %	20 %	20 %	40 %	478451349
26	NC_020929	AGGGT	2	10	29179	29188	20 %	20 %	60 %	0 %	478451349
27	NC_020929	CCTAT	2	10	30219	30228	20 %	40 %	0 %	40 %	478451350
28	NC_020929	GAAGG	2	10	31018	31027	40 %	0 %	60 %	0 %	478451351
29	NC_020929	GAGCT	2	10	32058	32067	20 %	20 %	40 %	20 %	478451352
30	NC_020929	CTATT	2	10	36732	36741	20 %	60 %	0 %	20 %	478451358
31	NC_020929	TCCTA	2	10	36779	36788	20 %	40 %	0 %	40 %	478451358
32	NC_020929	ACGAT	2	10	38694	38703	40 %	20 %	20 %	20 %	478451359
33	NC_020929	AATTT	2	10	39585	39594	40 %	60 %	0 %	0 %	478451360
34	NC_020929	AGCAA	2	10	42709	42718	60 %	0 %	20 %	20 %	478451362
35	NC_020929	CGATG	2	10	42766	42775	20 %	20 %	40 %	20 %	478451362
36	NC_020929	TTTAT	2	10	44769	44778	20 %	80 %	0 %	0 %	478451365
37	NC_020929	CTTTC	2	10	46865	46874	0 %	60 %	0 %	40 %	478451367
38	NC_020929	AGTTT	2	10	47404	47413	20 %	60 %	20 %	0 %	478451367
39	NC_020929	CTTTT	2	10	50570	50579	0 %	80 %	0 %	20 %	478451370
40	NC_020929	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478451373
41	NC_020929	TTATC	2	10	55807	55816	20 %	60 %	0 %	20 %	478451374
42	NC_020929	GTTGT	2	10	56872	56881	0 %	60 %	40 %	0 %	478451375
43	NC_020929	GAGCA	2	10	60382	60391	40 %	0 %	40 %	20 %	478451377
44	NC_020929	TGTGA	2	10	62831	62840	20 %	40 %	40 %	0 %	478451379
45	NC_020929	AGTGA	2	10	64352	64361	40 %	20 %	40 %	0 %	478451380
46	NC_020929	CCTTC	2	10	64626	64635	0 %	40 %	0 %	60 %	478451380
47	NC_020929	AGGAG	2	10	66854	66863	40 %	0 %	60 %	0 %	478451382
48	NC_020929	GTTAA	2	10	66984	66993	40 %	40 %	20 %	0 %	478451382
49	NC_020929	CAAGC	2	10	69350	69359	40 %	0 %	20 %	40 %	478451384
50	NC_020929	GGAGC	2	10	70220	70229	20 %	0 %	60 %	20 %	478451385
51	NC_020929	GCGAT	2	10	70410	70419	20 %	20 %	40 %	20 %	478451385
52	NC_020929	CTCTT	2	10	70764	70773	0 %	60 %	0 %	40 %	478451385
53	NC_020929	AGGGG	2	10	71410	71419	20 %	0 %	80 %	0 %	478451385
54	NC_020929	AAGAA	2	10	71452	71461	80 %	0 %	20 %	0 %	478451385
55	NC_020929	ATTGG	2	10	72742	72751	20 %	40 %	40 %	0 %	478451387
56	NC_020929	GAAAA	2	10	73814	73823	80 %	0 %	20 %	0 %	478451387
57	NC_020929	TGGGA	2	10	74231	74240	20 %	20 %	60 %	0 %	478451388
58	NC_020929	TATTT	2	10	76758	76767	20 %	80 %	0 %	0 %	478451389
59	NC_020929	TGTCT	2	10	80553	80562	0 %	60 %	20 %	20 %	478451392
60	NC_020929	TTACT	2	10	81060	81069	20 %	60 %	0 %	20 %	478451392
61	NC_020929	AGAAA	2	10	82450	82459	80 %	0 %	20 %	0 %	478451394
62	NC_020929	GGAAG	2	10	82963	82972	40 %	0 %	60 %	0 %	478451394
63	NC_020929	AGCGA	2	10	85429	85438	40 %	0 %	40 %	20 %	478451396
64	NC_020929	GATCC	2	10	86514	86523	20 %	20 %	20 %	40 %	478451397
65	NC_020929	AGAGC	2	10	87849	87858	40 %	0 %	40 %	20 %	478451398
66	NC_020929	TTTTC	2	10	91581	91590	0 %	80 %	0 %	20 %	478451401
67	NC_020929	GGATG	2	10	91841	91850	20 %	20 %	60 %	0 %	478451402
68	NC_020929	CAACA	2	10	93380	93389	60 %	0 %	0 %	40 %	478451403
69	NC_020929	ACAGC	2	10	94425	94434	40 %	0 %	20 %	40 %	478451404
70	NC_020929	GGAAC	2	10	95137	95146	40 %	0 %	40 %	20 %	478451405
71	NC_020929	GGATT	2	10	96037	96046	20 %	40 %	40 %	0 %	478451405
72	NC_020929	CAATC	2	10	97139	97148	40 %	20 %	0 %	40 %	478451407
73	NC_020929	TTTGC	2	10	97273	97282	0 %	60 %	20 %	20 %	478451407
74	NC_020929	ATTCA	2	10	97537	97546	40 %	40 %	0 %	20 %	478451407
75	NC_020929	GATCC	2	10	97796	97805	20 %	20 %	20 %	40 %	478451407
76	NC_020929	GTTTT	2	10	98217	98226	0 %	80 %	20 %	0 %	478451407
77	NC_020929	AAGCT	2	10	99421	99430	40 %	20 %	20 %	20 %	478451408
78	NC_020929	AGGGG	2	10	99780	99789	20 %	0 %	80 %	0 %	478451408
79	NC_020929	ATAGC	2	10	100473	100482	40 %	20 %	20 %	20 %	478451409
80	NC_020929	TTCCC	2	10	101077	101086	0 %	40 %	0 %	60 %	478451410
81	NC_020929	AGCGA	2	10	103401	103410	40 %	0 %	40 %	20 %	478451412
82	NC_020929	TTTCT	2	10	103759	103768	0 %	80 %	0 %	20 %	478451412
83	NC_020929	CTTCT	2	10	103813	103822	0 %	60 %	0 %	40 %	478451412
84	NC_020929	ATCAT	2	10	104965	104974	40 %	40 %	0 %	20 %	478451413
85	NC_020929	GGCAT	2	10	105673	105682	20 %	20 %	40 %	20 %	478451413
86	NC_020929	AAAGC	2	10	109399	109408	60 %	0 %	20 %	20 %	478451416
87	NC_020929	GCATT	2	10	110559	110568	20 %	40 %	20 %	20 %	478451418
88	NC_020929	TGTTT	2	10	115248	115257	0 %	80 %	20 %	0 %	478451421
89	NC_020929	CATGT	2	10	115626	115635	20 %	40 %	20 %	20 %	478451421
90	NC_020929	TATCG	2	10	116330	116339	20 %	40 %	20 %	20 %	478451421
91	NC_020929	TTTCT	2	10	116846	116855	0 %	80 %	0 %	20 %	478451422
92	NC_020929	GGAGA	2	10	117042	117051	40 %	0 %	60 %	0 %	478451422
93	NC_020929	AAAGA	2	10	119093	119102	80 %	0 %	20 %	0 %	478451425
94	NC_020929	CCAAT	2	10	122056	122065	40 %	20 %	0 %	40 %	478451428
95	NC_020929	GCTTC	2	10	123157	123166	0 %	40 %	20 %	40 %	478451428
96	NC_020929	TACAA	2	10	126946	126955	60 %	20 %	0 %	20 %	478451432
97	NC_020929	ATCCA	2	10	129353	129362	40 %	20 %	0 %	40 %	478451436
98	NC_020929	GAAGA	2	10	130903	130912	60 %	0 %	40 %	0 %	478451436
99	NC_020929	AAAAG	2	10	132815	132824	80 %	0 %	20 %	0 %	478451437
100	NC_020929	GATTC	2	10	133146	133155	20 %	40 %	20 %	20 %	478451437
101	NC_020929	GGATA	2	10	135764	135773	40 %	20 %	40 %	0 %	478451439
102	NC_020929	ATTGT	2	10	136461	136470	20 %	60 %	20 %	0 %	478451440
103	NC_020929	TGTTT	2	10	136887	136896	0 %	80 %	20 %	0 %	478451441
104	NC_020929	TCCAG	2	10	140633	140642	20 %	20 %	20 %	40 %	478451447
105	NC_020929	GTACA	2	10	141364	141373	40 %	20 %	20 %	20 %	478451448
106	NC_020929	TAGAT	2	10	141737	141746	40 %	40 %	20 %	0 %	478451448
107	NC_020929	AAAAC	2	10	142629	142638	80 %	0 %	0 %	20 %	478451449
108	NC_020929	TGCTA	2	10	143715	143724	20 %	40 %	20 %	20 %	478451451
109	NC_020929	GGAGC	2	10	143762	143771	20 %	0 %	60 %	20 %	478451451
110	NC_020929	CTGGG	2	10	145177	145186	0 %	20 %	60 %	20 %	478451453
111	NC_020929	GTTTT	2	10	145924	145933	0 %	80 %	20 %	0 %	478451454
112	NC_020929	GAACC	2	10	149658	149667	40 %	0 %	20 %	40 %	478451455
113	NC_020929	ATTCT	2	10	153155	153164	20 %	60 %	0 %	20 %	478451459
114	NC_020929	CTGTG	2	10	153359	153368	0 %	40 %	40 %	20 %	478451459
115	NC_020929	TTCTT	2	10	155832	155841	0 %	80 %	0 %	20 %	478451462
116	NC_020929	AGGAA	2	10	160391	160400	60 %	0 %	40 %	0 %	478451466
117	NC_020929	AGAGA	2	10	163631	163640	60 %	0 %	40 %	0 %	478451469
118	NC_020929	AGCAA	2	10	164066	164075	60 %	0 %	20 %	20 %	478451469
119	NC_020929	TATGA	2	10	164490	164499	40 %	40 %	20 %	0 %	478451470
120	NC_020929	CAAAA	2	10	167569	167578	80 %	0 %	0 %	20 %	478451471
121	NC_020929	AAGAG	2	10	168402	168411	60 %	0 %	40 %	0 %	478451471
122	NC_020929	GATTG	2	10	168747	168756	20 %	40 %	40 %	0 %	478451471
123	NC_020929	GTTTT	2	10	175226	175235	0 %	80 %	20 %	0 %	478451475
124	NC_020929	TATTG	2	10	175249	175258	20 %	60 %	20 %	0 %	478451475
125	NC_020929	CAGCA	2	10	175608	175617	40 %	0 %	20 %	40 %	478451475
126	NC_020929	TAGGA	2	10	175913	175922	40 %	20 %	40 %	0 %	478451476
127	NC_020929	TGATT	2	10	177840	177849	20 %	60 %	20 %	0 %	478451477
128	NC_020929	TCAAT	2	10	178481	178490	40 %	40 %	0 %	20 %	478451477
129	NC_020929	TTTTC	2	10	178520	178529	0 %	80 %	0 %	20 %	478451477
130	NC_020929	GGAAT	2	10	180028	180037	40 %	20 %	40 %	0 %	478451479
131	NC_020929	AGAGT	2	10	181415	181424	40 %	20 %	40 %	0 %	478451480
132	NC_020929	TTGAA	2	10	182105	182114	40 %	40 %	20 %	0 %	478451481
133	NC_020929	TGAGT	2	10	182919	182928	20 %	40 %	40 %	0 %	478451481
134	NC_020929	AGGGG	2	10	183116	183125	20 %	0 %	80 %	0 %	478451481
135	NC_020929	TTGAG	2	10	183666	183675	20 %	40 %	40 %	0 %	478451482
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