MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 20007

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3501	NC_020512	ATA	2	6	185730	185735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428292
3502	NC_020512	TCTA	2	8	185771	185778	25 %	50 %	0 %	25 %	478428292
3503	NC_020512	TGC	2	6	185972	185977	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428293
3504	NC_020512	CA	3	6	185993	185998	50 %	0 %	0 %	50 %	478428293
3505	NC_020512	AGA	2	6	186108	186113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428293
3506	NC_020512	T	7	7	186464	186470	0 %	100 %	0 %	0 %	478428294
3507	NC_020512	TCT	2	6	186488	186493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428294
3508	NC_020512	TG	3	6	186498	186503	0 %	50 %	50 %	0 %	478428294
3509	NC_020512	GTC	2	6	186589	186594	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428294
3510	NC_020512	ATT	2	6	186659	186664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428294
3511	NC_020512	TCT	2	6	186678	186683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428294
3512	NC_020512	CTT	2	6	186694	186699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428294
3513	NC_020512	AAGC	2	8	186732	186739	50 %	0 %	25 %	25 %	478428294
3514	NC_020512	GAA	2	6	186762	186767	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428294
3515	NC_020512	AAC	2	6	186839	186844	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428294
3516	NC_020512	TA	3	6	186916	186921	50 %	50 %	0 %	0 %	478428294
3517	NC_020512	CTT	2	6	186937	186942	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428294
3518	NC_020512	TAG	2	6	186943	186948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428294
3519	NC_020512	CAT	2	6	186987	186992	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428294
3520	NC_020512	T	6	6	186994	186999	0 %	100 %	0 %	0 %	478428294
3521	NC_020512	GCTT	2	8	187013	187020	0 %	50 %	25 %	25 %	478428294
3522	NC_020512	CAC	2	6	187045	187050	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428294
3523	NC_020512	GAA	2	6	187080	187085	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428294
3524	NC_020512	AAG	2	6	187186	187191	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428294
3525	NC_020512	TGT	2	6	187208	187213	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428294
3526	NC_020512	ACGAT	2	10	187280	187289	40 %	20 %	20 %	20 %	478428294
3527	NC_020512	TTTA	2	8	187298	187305	25 %	75 %	0 %	0 %	478428294
3528	NC_020512	AAG	2	6	187309	187314	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428294
3529	NC_020512	AGA	2	6	187394	187399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428294
3530	NC_020512	CTT	2	6	187431	187436	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428294
3531	NC_020512	A	6	6	187449	187454	100 %	0 %	0 %	0 %	478428294
3532	NC_020512	AGG	2	6	187477	187482	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428294
3533	NC_020512	GCTT	2	8	187505	187512	0 %	50 %	25 %	25 %	478428294
3534	NC_020512	T	7	7	187511	187517	0 %	100 %	0 %	0 %	478428294
3535	NC_020512	A	6	6	187552	187557	100 %	0 %	0 %	0 %	478428294
3536	NC_020512	GCT	2	6	187641	187646	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428294
3537	NC_020512	TTC	2	6	187820	187825	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428294
3538	NC_020512	GCTT	2	8	187946	187953	0 %	50 %	25 %	25 %	478428294
3539	NC_020512	TAG	2	6	187984	187989	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428294
3540	NC_020512	GAT	2	6	188022	188027	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428294
3541	NC_020512	T	7	7	188027	188033	0 %	100 %	0 %	0 %	478428294
3542	NC_020512	TTA	2	6	188057	188062	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428294
3543	NC_020512	TCC	2	6	188125	188130	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428295
3544	NC_020512	ACA	3	9	188131	188139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428295
3545	NC_020512	AGT	2	6	188149	188154	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428295
3546	NC_020512	AAAC	2	8	188174	188181	75 %	0 %	0 %	25 %	478428295
3547	NC_020512	TGC	2	6	188240	188245	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428295
3548	NC_020512	AGT	2	6	188308	188313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428295
3549	NC_020512	AGT	2	6	188331	188336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428295
3550	NC_020512	TTG	2	6	188339	188344	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428295
3551	NC_020512	CTC	2	6	188896	188901	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428296
3552	NC_020512	CAC	2	6	188942	188947	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428296
3553	NC_020512	TAC	2	6	189023	189028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428296
3554	NC_020512	CAT	2	6	189039	189044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428296
3555	NC_020512	GGT	2	6	189086	189091	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428296
3556	NC_020512	CCT	2	6	189147	189152	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428296
3557	NC_020512	CCT	2	6	189162	189167	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428296
3558	NC_020512	CTC	2	6	189255	189260	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428296
3559	NC_020512	TTA	2	6	189279	189284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428296
3560	NC_020512	CAA	2	6	189612	189617	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428297
3561	NC_020512	AGA	2	6	189640	189645	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428297
3562	NC_020512	CAT	2	6	189655	189660	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428297
3563	NC_020512	GAA	2	6	189705	189710	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428297
3564	NC_020512	GAC	2	6	189719	189724	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428297
3565	NC_020512	ATC	2	6	189792	189797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428297
3566	NC_020512	ACTTCT	2	12	189880	189891	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478428297
3567	NC_020512	GCA	2	6	189912	189917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428297
3568	NC_020512	GAA	2	6	189938	189943	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428297
3569	NC_020512	AAAG	2	8	190043	190050	75 %	0 %	25 %	0 %	478428297
3570	NC_020512	GAC	2	6	190058	190063	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428297
3571	NC_020512	TGA	2	6	190133	190138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428297
3572	NC_020512	TTG	2	6	190180	190185	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428297
3573	NC_020512	TGCT	2	8	190209	190216	0 %	50 %	25 %	25 %	478428297
3574	NC_020512	AGAA	2	8	190264	190271	75 %	0 %	25 %	0 %	478428297
3575	NC_020512	GAG	2	6	190287	190292	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428297
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3578	NC_020512	GGATC	2	10	190371	190380	20 %	20 %	40 %	20 %	478428297
3579	NC_020512	AAGC	2	8	190419	190426	50 %	0 %	25 %	25 %	478428297
3580	NC_020512	CAGAT	2	10	190486	190495	40 %	20 %	20 %	20 %	478428297
3581	NC_020512	GTAT	2	8	190498	190505	25 %	50 %	25 %	0 %	478428297
3582	NC_020512	GGA	2	6	190511	190516	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428297
3583	NC_020512	ATG	2	6	190545	190550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428297
3584	NC_020512	ACA	2	6	190677	190682	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428297
3585	NC_020512	AGA	2	6	190730	190735	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428297
3586	NC_020512	ATC	2	6	190906	190911	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428297
3587	NC_020512	TC	3	6	190960	190965	0 %	50 %	0 %	50 %	478428297
3588	NC_020512	CTG	2	6	190987	190992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428297
3589	NC_020512	AGC	2	6	191027	191032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428297
3590	NC_020512	ATC	2	6	191116	191121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428297
3591	NC_020512	TCG	2	6	191122	191127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428297
3592	NC_020512	ATT	2	6	191131	191136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428297
3593	NC_020512	T	6	6	191151	191156	0 %	100 %	0 %	0 %	478428297
3594	NC_020512	CAA	2	6	191399	191404	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428298
3595	NC_020512	ACGAT	2	10	191405	191414	40 %	20 %	20 %	20 %	478428298
3596	NC_020512	ACT	2	6	191557	191562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428298
3597	NC_020512	AAG	2	6	191744	191749	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428298
3598	NC_020512	A	6	6	191767	191772	100 %	0 %	0 %	0 %	478428298
3599	NC_020512	TTC	2	6	191815	191820	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428298
3600	NC_020512	AT	3	6	191850	191855	50 %	50 %	0 %	0 %	478428298
3601	NC_020512	TGT	2	6	191949	191954	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428298
3602	NC_020512	GAA	2	6	191980	191985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428298
3603	NC_020512	TTG	2	6	192004	192009	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428298
3604	NC_020512	TGA	2	6	192023	192028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428298
3605	NC_020512	TTA	2	6	192066	192071	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428298
3606	NC_020512	TA	3	6	192098	192103	50 %	50 %	0 %	0 %	478428298
3607	NC_020512	TTA	2	6	192145	192150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428298
3608	NC_020512	GTGC	2	8	192208	192215	0 %	25 %	50 %	25 %	478428298
3609	NC_020512	CTT	2	6	192300	192305	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428298
3610	NC_020512	AG	4	8	192333	192340	50 %	0 %	50 %	0 %	478428298
3611	NC_020512	TCA	2	6	192343	192348	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428298
3612	NC_020512	TTGTA	2	10	192383	192392	20 %	60 %	20 %	0 %	478428298
3613	NC_020512	AG	3	6	192476	192481	50 %	0 %	50 %	0 %	478428298
3614	NC_020512	ATTTGC	2	12	192573	192584	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478428298
3615	NC_020512	CTGG	2	8	193043	193050	0 %	25 %	50 %	25 %	478428299
3616	NC_020512	AAAAG	2	10	193083	193092	80 %	0 %	20 %	0 %	478428299
3617	NC_020512	T	6	6	193106	193111	0 %	100 %	0 %	0 %	478428299
3618	NC_020512	TATCA	2	10	193156	193165	40 %	40 %	0 %	20 %	478428299
3619	NC_020512	CTCA	2	8	193189	193196	25 %	25 %	0 %	50 %	478428299
3620	NC_020512	AG	3	6	193198	193203	50 %	0 %	50 %	0 %	478428299
3621	NC_020512	GATCT	2	10	193302	193311	20 %	40 %	20 %	20 %	478428299
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3623	NC_020512	TTCC	2	8	193690	193697	0 %	50 %	0 %	50 %	478428300
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3749	NC_020512	TCTGGA	2	12	200268	200279	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478428307
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3993	NC_020512	TTC	3	9	212880	212888	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428319
3994	NC_020512	AAC	2	6	213028	213033	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428319
3995	NC_020512	T	6	6	213049	213054	0 %	100 %	0 %	0 %	478428319
3996	NC_020512	ATTT	2	8	213165	213172	25 %	75 %	0 %	0 %	478428319
3997	NC_020512	AAT	2	6	213196	213201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428319
3998	NC_020512	GC	3	6	213245	213250	0 %	0 %	50 %	50 %	478428319
3999	NC_020512	AAT	2	6	213307	213312	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428319
4000	NC_020512	CCT	2	6	213314	213319	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428319

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