MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 20007

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_020512	G	6	6	55549	55554	0 %	0 %	100 %	0 %	478428185
1002	NC_020512	GGAA	2	8	55660	55667	50 %	0 %	50 %	0 %	478428185
1003	NC_020512	GATCTG	2	12	55695	55706	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478428185
1004	NC_020512	GTGTAA	2	12	55743	55754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428185
1005	NC_020512	GCA	2	6	55757	55762	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428185
1006	NC_020512	GGTTCA	2	12	55832	55843	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478428185
1007	NC_020512	TTATC	2	10	55933	55942	20 %	60 %	0 %	20 %	478428185
1008	NC_020512	GGA	2	6	56033	56038	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428185
1009	NC_020512	TGC	2	6	56068	56073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428185
1010	NC_020512	GTA	2	6	56111	56116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428185
1011	NC_020512	GAGT	2	8	56229	56236	25 %	25 %	50 %	0 %	478428185
1012	NC_020512	AT	3	6	56278	56283	50 %	50 %	0 %	0 %	478428185
1013	NC_020512	TTA	2	6	56293	56298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428185
1014	NC_020512	GTT	2	6	56461	56466	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428186
1015	NC_020512	TGT	2	6	56511	56516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428186
1016	NC_020512	CTGG	3	12	56571	56582	0 %	25 %	50 %	25 %	478428186
1017	NC_020512	ATT	2	6	56586	56591	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428186
1018	NC_020512	GAT	2	6	56599	56604	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428186
1019	NC_020512	TCT	2	6	56617	56622	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428186
1020	NC_020512	TCC	2	6	56652	56657	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428186
1021	NC_020512	TTA	2	6	56665	56670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428186
1022	NC_020512	TTGC	2	8	56708	56715	0 %	50 %	25 %	25 %	478428186
1023	NC_020512	CGAG	2	8	56750	56757	25 %	0 %	50 %	25 %	478428186
1024	NC_020512	T	6	6	56760	56765	0 %	100 %	0 %	0 %	478428186
1025	NC_020512	GTA	2	6	56791	56796	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428186
1026	NC_020512	GTT	2	6	56902	56907	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428186
1027	NC_020512	AG	3	6	56914	56919	50 %	0 %	50 %	0 %	478428186
1028	NC_020512	TGG	2	6	56922	56927	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428186
1029	NC_020512	GTTGT	2	10	57001	57010	0 %	60 %	40 %	0 %	478428186
1030	NC_020512	T	6	6	57056	57061	0 %	100 %	0 %	0 %	478428186
1031	NC_020512	A	7	7	57098	57104	100 %	0 %	0 %	0 %	478428186
1032	NC_020512	TCC	2	6	57106	57111	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428186
1033	NC_020512	AGT	3	9	57195	57203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428186
1034	NC_020512	AGCT	2	8	57207	57214	25 %	25 %	25 %	25 %	478428186
1035	NC_020512	CT	3	6	57213	57218	0 %	50 %	0 %	50 %	478428186
1036	NC_020512	GAG	2	6	57226	57231	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428186
1037	NC_020512	TGG	2	6	57249	57254	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428186
1038	NC_020512	GT	3	6	57263	57268	0 %	50 %	50 %	0 %	478428186
1039	NC_020512	AGT	2	6	57282	57287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428186
1040	NC_020512	GTT	2	6	57375	57380	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428186
1041	NC_020512	T	6	6	57379	57384	0 %	100 %	0 %	0 %	478428186
1042	NC_020512	AGA	2	6	57535	57540	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428186
1043	NC_020512	CAG	2	6	57698	57703	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428186
1044	NC_020512	TTG	2	6	57720	57725	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428186
1045	NC_020512	TGT	2	6	57798	57803	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428186
1046	NC_020512	TG	3	6	57901	57906	0 %	50 %	50 %	0 %	478428186
1047	NC_020512	GTTG	2	8	57911	57918	0 %	50 %	50 %	0 %	478428186
1048	NC_020512	TAA	2	6	57966	57971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428186
1049	NC_020512	ACT	2	6	57982	57987	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428186
1050	NC_020512	TTA	2	6	57988	57993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428186
1051	NC_020512	GAA	3	9	58006	58014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428186
1052	NC_020512	ATT	2	6	58017	58022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428186
1053	NC_020512	T	6	6	58021	58026	0 %	100 %	0 %	0 %	478428186
1054	NC_020512	ATT	2	6	58036	58041	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428186
1055	NC_020512	GCT	2	6	58256	58261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428187
1056	NC_020512	CCAAGA	2	12	58264	58275	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478428187
1057	NC_020512	GAT	2	6	58292	58297	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428187
1058	NC_020512	TCC	2	6	58309	58314	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428187
1059	NC_020512	GAG	2	6	58328	58333	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428187
1060	NC_020512	AGTTGT	2	12	58370	58381	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478428187
1061	NC_020512	AGA	2	6	58444	58449	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428187
1062	NC_020512	CAT	2	6	58542	58547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428187
1063	NC_020512	CTG	2	6	58635	58640	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428187
1064	NC_020512	TGT	2	6	58702	58707	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428187
1065	NC_020512	TTG	2	6	58740	58745	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428187
1066	NC_020512	GAAA	2	8	58775	58782	75 %	0 %	25 %	0 %	478428187
1067	NC_020512	CT	3	6	58785	58790	0 %	50 %	0 %	50 %	478428187
1068	NC_020512	AGGT	2	8	58814	58821	25 %	25 %	50 %	0 %	478428187
1069	NC_020512	ATT	2	6	58909	58914	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428187
1070	NC_020512	CAC	2	6	58927	58932	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428187
1071	NC_020512	AGG	2	6	58978	58983	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428187
1072	NC_020512	CTT	2	6	58992	58997	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428187
1073	NC_020512	T	9	9	59103	59111	0 %	100 %	0 %	0 %	478428187
1074	NC_020512	CAA	2	6	59169	59174	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428187
1075	NC_020512	GCT	2	6	59198	59203	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428187
1076	NC_020512	TGC	2	6	59224	59229	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428187
1077	NC_020512	ATC	2	6	59236	59241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428187
1078	NC_020512	T	7	7	59244	59250	0 %	100 %	0 %	0 %	478428187
1079	NC_020512	TGT	2	6	59271	59276	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428187
1080	NC_020512	T	6	6	59310	59315	0 %	100 %	0 %	0 %	478428187
1081	NC_020512	TCT	3	9	59327	59335	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428187
1082	NC_020512	GGAA	2	8	59362	59369	50 %	0 %	50 %	0 %	478428187
1083	NC_020512	GCT	2	6	59391	59396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428187
1084	NC_020512	TAGA	2	8	59487	59494	50 %	25 %	25 %	0 %	478428187
1085	NC_020512	TGAA	2	8	59592	59599	50 %	25 %	25 %	0 %	478428187
1086	NC_020512	TGT	2	6	59606	59611	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428187
1087	NC_020512	T	8	8	59669	59676	0 %	100 %	0 %	0 %	478428187
1088	NC_020512	T	6	6	59689	59694	0 %	100 %	0 %	0 %	478428187
1089	NC_020512	T	6	6	59700	59705	0 %	100 %	0 %	0 %	478428187
1090	NC_020512	AGA	2	6	59773	59778	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428188
1091	NC_020512	TCT	2	6	59789	59794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428188
1092	NC_020512	T	6	6	59821	59826	0 %	100 %	0 %	0 %	478428188
1093	NC_020512	CGTT	2	8	59972	59979	0 %	50 %	25 %	25 %	478428188
1094	NC_020512	GGAG	2	8	59981	59988	25 %	0 %	75 %	0 %	478428188
1095	NC_020512	GTAA	2	8	60033	60040	50 %	25 %	25 %	0 %	478428188
1096	NC_020512	TCCTAA	2	12	60100	60111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428188
1097	NC_020512	AGT	2	6	60129	60134	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428188
1098	NC_020512	T	6	6	60161	60166	0 %	100 %	0 %	0 %	478428188
1099	NC_020512	TAG	2	6	60208	60213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428188
1100	NC_020512	GCT	2	6	60221	60226	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428188
1101	NC_020512	GTC	2	6	60247	60252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428188
1102	NC_020512	ATGG	2	8	60260	60267	25 %	25 %	50 %	0 %	478428188
1103	NC_020512	AGG	2	6	60294	60299	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428188
1104	NC_020512	GA	3	6	60346	60351	50 %	0 %	50 %	0 %	478428188
1105	NC_020512	CAA	2	6	60369	60374	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428188
1106	NC_020512	ATAA	2	8	60406	60413	75 %	25 %	0 %	0 %	478428188
1107	NC_020512	GAGCA	2	10	60446	60455	40 %	0 %	40 %	20 %	478428188
1108	NC_020512	GT	3	6	60484	60489	0 %	50 %	50 %	0 %	478428188
1109	NC_020512	TAG	2	6	60496	60501	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428188
1110	NC_020512	AAG	2	6	60681	60686	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428188
1111	NC_020512	CTC	2	6	60693	60698	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428188
1112	NC_020512	AAC	2	6	60726	60731	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428188
1113	NC_020512	T	7	7	60745	60751	0 %	100 %	0 %	0 %	478428188
1114	NC_020512	CTT	2	6	60795	60800	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428188
1115	NC_020512	AAT	2	6	60825	60830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428188
1116	NC_020512	TTC	2	6	60836	60841	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428188
1117	NC_020512	ATGT	2	8	60856	60863	25 %	50 %	25 %	0 %	478428188
1118	NC_020512	CATT	2	8	60885	60892	25 %	50 %	0 %	25 %	478428188
1119	NC_020512	ATG	2	6	60906	60911	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428189
1120	NC_020512	CCT	2	6	60912	60917	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428189
1121	NC_020512	AGT	2	6	60967	60972	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428189
1122	NC_020512	TCT	2	6	60990	60995	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428189
1123	NC_020512	TCA	2	6	61002	61007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428189
1124	NC_020512	TTC	2	6	61123	61128	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428189
1125	NC_020512	CTTT	2	8	61158	61165	0 %	75 %	0 %	25 %	478428189
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1127	NC_020512	TTC	2	6	61220	61225	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428189
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1499	NC_020512	GA	3	6	81168	81173	50 %	0 %	50 %	0 %	478428203
1500	NC_020512	TAT	2	6	81248	81253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428203

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