MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 20007

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
6001	NC_020512	CTC	2	6	313507	313512	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428412
6002	NC_020512	TTC	2	6	313553	313558	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428412
6003	NC_020512	TAT	2	6	313595	313600	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428412
6004	NC_020512	TGG	2	6	313634	313639	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428412
6005	NC_020512	TGG	2	6	313666	313671	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428412
6006	NC_020512	ATGGCT	2	12	313774	313785	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478428412
6007	NC_020512	AGA	2	6	313893	313898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428412
6008	NC_020512	ATT	2	6	314019	314024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428413
6009	NC_020512	GAA	2	6	314030	314035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428413
6010	NC_020512	ATC	2	6	314037	314042	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428413
6011	NC_020512	CTT	2	6	314138	314143	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428413
6012	NC_020512	TAA	2	6	314144	314149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428413
6013	NC_020512	AAG	2	6	314159	314164	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428413
6014	NC_020512	GAT	2	6	314209	314214	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428413
6015	NC_020512	GAAT	2	8	314236	314243	50 %	25 %	25 %	0 %	478428413
6016	NC_020512	AAT	2	6	314270	314275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428413
6017	NC_020512	T	6	6	314277	314282	0 %	100 %	0 %	0 %	478428413
6018	NC_020512	ATA	2	6	314290	314295	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428413
6019	NC_020512	A	8	8	314326	314333	100 %	0 %	0 %	0 %	478428414
6020	NC_020512	CTT	2	6	314334	314339	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428414
6021	NC_020512	ATA	2	6	314385	314390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428414
6022	NC_020512	CAA	2	6	314417	314422	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428414
6023	NC_020512	CTT	2	6	314490	314495	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428414
6024	NC_020512	A	6	6	314577	314582	100 %	0 %	0 %	0 %	478428414
6025	NC_020512	CTAA	2	8	314627	314634	50 %	25 %	0 %	25 %	478428414
6026	NC_020512	CTT	2	6	314676	314681	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428414
6027	NC_020512	TCT	2	6	314711	314716	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428414
6028	NC_020512	T	7	7	314740	314746	0 %	100 %	0 %	0 %	478428414
6029	NC_020512	CTT	2	6	314763	314768	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428414
6030	NC_020512	TGC	2	6	314861	314866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428414
6031	NC_020512	TTC	2	6	314941	314946	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428414
6032	NC_020512	GAA	2	6	315000	315005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428414
6033	NC_020512	AGA	2	6	315073	315078	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428414
6034	NC_020512	TTC	2	6	315112	315117	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428414
6035	NC_020512	GGAA	2	8	315295	315302	50 %	0 %	50 %	0 %	478428414
6036	NC_020512	AGGT	2	8	315317	315324	25 %	25 %	50 %	0 %	478428414
6037	NC_020512	TCT	2	6	315341	315346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428414
6038	NC_020512	AAACT	2	10	315357	315366	60 %	20 %	0 %	20 %	478428414
6039	NC_020512	TA	3	6	315480	315485	50 %	50 %	0 %	0 %	478428414
6040	NC_020512	ATAC	2	8	315499	315506	50 %	25 %	0 %	25 %	478428414
6041	NC_020512	GCT	2	6	315558	315563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428414
6042	NC_020512	CTT	2	6	315642	315647	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428414
6043	NC_020512	AAG	2	6	315651	315656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428414
6044	NC_020512	CTT	2	6	315667	315672	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428414
6045	NC_020512	T	7	7	315671	315677	0 %	100 %	0 %	0 %	478428414
6046	NC_020512	AACAT	2	10	315690	315699	60 %	20 %	0 %	20 %	478428414
6047	NC_020512	AGA	2	6	315712	315717	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428414
6048	NC_020512	GAC	2	6	315819	315824	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428414
6049	NC_020512	T	8	8	315862	315869	0 %	100 %	0 %	0 %	478428414
6050	NC_020512	AGC	2	6	315892	315897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428414
6051	NC_020512	GA	3	6	315909	315914	50 %	0 %	50 %	0 %	478428414
6052	NC_020512	AT	3	6	315936	315941	50 %	50 %	0 %	0 %	478428414
6053	NC_020512	CTT	2	6	315981	315986	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428414
6054	NC_020512	GAA	2	6	315989	315994	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428414
6055	NC_020512	CTC	2	6	316031	316036	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428414
6056	NC_020512	TA	3	6	316067	316072	50 %	50 %	0 %	0 %	478428414
6057	NC_020512	A	6	6	316187	316192	100 %	0 %	0 %	0 %	478428414
6058	NC_020512	AAG	2	6	316201	316206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428414
6059	NC_020512	TTTG	2	8	316270	316277	0 %	75 %	25 %	0 %	478428414
6060	NC_020512	AAAC	2	8	316319	316326	75 %	0 %	0 %	25 %	478428414
6061	NC_020512	CTT	2	6	316351	316356	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428414
6062	NC_020512	A	6	6	316369	316374	100 %	0 %	0 %	0 %	478428414
6063	NC_020512	AAT	2	6	316616	316621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428415
6064	NC_020512	TCA	2	6	316651	316656	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428415
6065	NC_020512	TAC	2	6	316695	316700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428415
6066	NC_020512	CTT	2	6	316718	316723	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428415
6067	NC_020512	AATC	2	8	316727	316734	50 %	25 %	0 %	25 %	478428415
6068	NC_020512	CTT	2	6	316767	316772	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428415
6069	NC_020512	ATC	2	6	316806	316811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428415
6070	NC_020512	TAAT	2	8	316948	316955	50 %	50 %	0 %	0 %	478428415
6071	NC_020512	AGCA	2	8	317045	317052	50 %	0 %	25 %	25 %	478428415
6072	NC_020512	AT	3	6	317067	317072	50 %	50 %	0 %	0 %	478428415
6073	NC_020512	A	6	6	317088	317093	100 %	0 %	0 %	0 %	478428415
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6091	NC_020512	ACA	2	6	317953	317958	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428415
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6094	NC_020512	TTA	2	6	318005	318010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428416
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6098	NC_020512	CTC	2	6	318247	318252	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428416
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6102	NC_020512	TCCAA	2	10	318360	318369	40 %	20 %	0 %	40 %	478428416
6103	NC_020512	ATTG	2	8	318377	318384	25 %	50 %	25 %	0 %	478428416
6104	NC_020512	TAT	2	6	318484	318489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428416
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6106	NC_020512	GAC	2	6	318514	318519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428416
6107	NC_020512	TC	3	6	318563	318568	0 %	50 %	0 %	50 %	478428416
6108	NC_020512	TAA	2	6	318574	318579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428416
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6111	NC_020512	ATT	2	6	318726	318731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428416
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6117	NC_020512	ATTTA	2	10	319426	319435	40 %	60 %	0 %	0 %	478428417
6118	NC_020512	C	7	7	319441	319447	0 %	0 %	0 %	100 %	478428417
6119	NC_020512	TCC	2	6	319451	319456	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428417
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6121	NC_020512	TCT	3	9	319496	319504	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428417
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6123	NC_020512	TTAATT	2	12	319643	319654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428417
6124	NC_020512	GTC	2	6	319659	319664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428417
6125	NC_020512	GAA	2	6	319665	319670	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428417
6126	NC_020512	A	6	6	319669	319674	100 %	0 %	0 %	0 %	478428417
6127	NC_020512	A	6	6	319775	319780	100 %	0 %	0 %	0 %	478428417
6128	NC_020512	GAA	2	6	319841	319846	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428417
6129	NC_020512	GATG	2	8	319861	319868	25 %	25 %	50 %	0 %	478428417
6130	NC_020512	TTAT	2	8	319895	319902	25 %	75 %	0 %	0 %	478428417
6131	NC_020512	TGA	2	6	319903	319908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428417
6132	NC_020512	TTG	2	6	319920	319925	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428417
6133	NC_020512	GCT	2	6	319934	319939	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428417
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6136	NC_020512	GTT	2	6	320081	320086	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428417
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6138	NC_020512	A	6	6	320135	320140	100 %	0 %	0 %	0 %	478428417
6139	NC_020512	TCA	2	6	320163	320168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428417
6140	NC_020512	TGA	2	6	320170	320175	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428417
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6142	NC_020512	CT	3	6	320198	320203	0 %	50 %	0 %	50 %	478428417
6143	NC_020512	TTC	2	6	320226	320231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428417
6144	NC_020512	A	6	6	320331	320336	100 %	0 %	0 %	0 %	478428417
6145	NC_020512	GCT	2	6	320384	320389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428417
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6150	NC_020512	TGA	2	6	320482	320487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428417
6151	NC_020512	AGT	2	6	320503	320508	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428417
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6153	NC_020512	CGT	2	6	320642	320647	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428417
6154	NC_020512	TCCT	2	8	320687	320694	0 %	50 %	0 %	50 %	478428417
6155	NC_020512	GCA	2	6	320734	320739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428417
6156	NC_020512	GGA	2	6	320759	320764	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428417
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6159	NC_020512	AT	3	6	320845	320850	50 %	50 %	0 %	0 %	478428417
6160	NC_020512	CGC	2	6	320891	320896	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478428417
6161	NC_020512	TGTGT	2	10	320903	320912	0 %	60 %	40 %	0 %	478428417
6162	NC_020512	TGA	2	6	320917	320922	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428417
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6172	NC_020512	AGA	2	6	321460	321465	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428417
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6184	NC_020512	CTT	2	6	322076	322081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428418
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6188	NC_020512	CTT	2	6	322278	322283	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428418
6189	NC_020512	TAA	2	6	322287	322292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428418
6190	NC_020512	ATGGA	2	10	322415	322424	40 %	20 %	40 %	0 %	478428418
6191	NC_020512	CAA	2	6	322520	322525	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428418
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6216	NC_020512	A	6	6	323772	323777	100 %	0 %	0 %	0 %	478428419
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6228	NC_020512	CAA	2	6	324281	324286	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428419
6229	NC_020512	CTC	2	6	324290	324295	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428419
6230	NC_020512	AGA	2	6	324298	324303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428419
6231	NC_020512	GGC	2	6	324367	324372	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478428419
6232	NC_020512	ATG	2	6	324437	324442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428419
6233	NC_020512	AC	3	6	324467	324472	50 %	0 %	0 %	50 %	478428419
6234	NC_020512	CT	3	6	324488	324493	0 %	50 %	0 %	50 %	478428419
6235	NC_020512	ACA	2	6	324499	324504	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428419
6236	NC_020512	CCT	4	12	324638	324649	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428420
6237	NC_020512	GAG	2	6	324656	324661	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428420
6238	NC_020512	ACC	2	6	324728	324733	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428420
6239	NC_020512	TACA	2	8	324738	324745	50 %	25 %	0 %	25 %	478428420
6240	NC_020512	AAG	2	6	324780	324785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428420
6241	NC_020512	GAA	2	6	324806	324811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428420
6242	NC_020512	TGA	2	6	324824	324829	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428420
6243	NC_020512	TAT	2	6	324855	324860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428420
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6245	NC_020512	TCA	2	6	324947	324952	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428420
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6493	NC_020512	ATA	2	6	337115	337120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428432
6494	NC_020512	AGA	2	6	337220	337225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428432
6495	NC_020512	AAG	2	6	337276	337281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428432
6496	NC_020512	AGG	2	6	337313	337318	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428432
6497	NC_020512	ACA	2	6	337323	337328	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428432
6498	NC_020512	T	7	7	337352	337358	0 %	100 %	0 %	0 %	478428432
6499	NC_020512	AT	3	6	337412	337417	50 %	50 %	0 %	0 %	478428432
6500	NC_020512	T	6	6	337423	337428	0 %	100 %	0 %	0 %	478428432

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