MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis IU824 complete genome

Total Repeats: 19948

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
6001	NC_020511	GGAA	2	8	315295	315302	50 %	0 %	50 %	0 %	471328453
6002	NC_020511	AGGT	2	8	315317	315324	25 %	25 %	50 %	0 %	471328453
6003	NC_020511	TCT	2	6	315341	315346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328453
6004	NC_020511	AAACT	2	10	315357	315366	60 %	20 %	0 %	20 %	471328453
6005	NC_020511	TA	3	6	315480	315485	50 %	50 %	0 %	0 %	471328453
6006	NC_020511	ATAC	2	8	315499	315506	50 %	25 %	0 %	25 %	471328453
6007	NC_020511	GCT	2	6	315558	315563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328453
6008	NC_020511	CTT	2	6	315642	315647	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328453
6009	NC_020511	AAG	2	6	315651	315656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328453
6010	NC_020511	CTT	2	6	315667	315672	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328453
6011	NC_020511	T	7	7	315671	315677	0 %	100 %	0 %	0 %	471328453
6012	NC_020511	AACAT	2	10	315690	315699	60 %	20 %	0 %	20 %	471328453
6013	NC_020511	AGA	2	6	315712	315717	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328453
6014	NC_020511	GAC	2	6	315819	315824	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328453
6015	NC_020511	T	8	8	315862	315869	0 %	100 %	0 %	0 %	471328453
6016	NC_020511	AGC	2	6	315892	315897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328453
6017	NC_020511	GA	3	6	315909	315914	50 %	0 %	50 %	0 %	471328453
6018	NC_020511	AT	3	6	315936	315941	50 %	50 %	0 %	0 %	471328453
6019	NC_020511	CTT	2	6	315981	315986	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328453
6020	NC_020511	GAA	2	6	315989	315994	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328453
6021	NC_020511	CTC	2	6	316031	316036	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328453
6022	NC_020511	TA	3	6	316067	316072	50 %	50 %	0 %	0 %	471328453
6023	NC_020511	A	6	6	316187	316192	100 %	0 %	0 %	0 %	471328453
6024	NC_020511	AAG	2	6	316201	316206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328453
6025	NC_020511	TTTG	2	8	316270	316277	0 %	75 %	25 %	0 %	471328453
6026	NC_020511	AAAC	2	8	316319	316326	75 %	0 %	0 %	25 %	471328453
6027	NC_020511	CTT	2	6	316351	316356	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328453
6028	NC_020511	A	6	6	316369	316374	100 %	0 %	0 %	0 %	471328453
6029	NC_020511	AAT	2	6	316616	316621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328454
6030	NC_020511	TCA	2	6	316651	316656	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328454
6031	NC_020511	TAC	2	6	316695	316700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328454
6032	NC_020511	CTT	2	6	316718	316723	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328454
6033	NC_020511	AATC	2	8	316727	316734	50 %	25 %	0 %	25 %	471328454
6034	NC_020511	CTT	2	6	316767	316772	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328454
6035	NC_020511	ATC	2	6	316806	316811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328454
6036	NC_020511	TAAT	2	8	316948	316955	50 %	50 %	0 %	0 %	471328454
6037	NC_020511	AGCA	2	8	317045	317052	50 %	0 %	25 %	25 %	471328454
6038	NC_020511	AT	3	6	317067	317072	50 %	50 %	0 %	0 %	471328454
6039	NC_020511	A	6	6	317088	317093	100 %	0 %	0 %	0 %	471328454
6040	NC_020511	TTC	2	6	317145	317150	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328454
6041	NC_020511	GTT	2	6	317160	317165	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328454
6042	NC_020511	TCCGG	2	10	317173	317182	0 %	20 %	40 %	40 %	471328454
6043	NC_020511	GATT	2	8	317279	317286	25 %	50 %	25 %	0 %	471328454
6044	NC_020511	ATC	2	6	317304	317309	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328454
6045	NC_020511	T	6	6	317313	317318	0 %	100 %	0 %	0 %	471328454
6046	NC_020511	TTC	2	6	317397	317402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328454
6047	NC_020511	CTC	2	6	317450	317455	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328454
6048	NC_020511	CAA	2	6	317558	317563	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328454
6049	NC_020511	TTC	2	6	317680	317685	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328454
6050	NC_020511	ATC	2	6	317694	317699	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328454
6051	NC_020511	CTT	2	6	317744	317749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328454
6052	NC_020511	GCT	2	6	317756	317761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328454
6053	NC_020511	GAA	2	6	317771	317776	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328454
6054	NC_020511	TC	3	6	317789	317794	0 %	50 %	0 %	50 %	471328454
6055	NC_020511	ACT	2	6	317835	317840	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328454
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6057	NC_020511	ACA	2	6	317953	317958	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328454
6058	NC_020511	TACAAA	2	12	317964	317975	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	471328454
6059	NC_020511	A	6	6	317986	317991	100 %	0 %	0 %	0 %	471328454
6060	NC_020511	TTA	2	6	318005	318010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328455
6061	NC_020511	CCT	2	6	318016	318021	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328455
6062	NC_020511	CTT	2	6	318064	318069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328455
6063	NC_020511	A	6	6	318105	318110	100 %	0 %	0 %	0 %	471328455
6064	NC_020511	CTC	2	6	318247	318252	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328455
6065	NC_020511	CGT	2	6	318277	318282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328455
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6067	NC_020511	AGA	2	6	318311	318316	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328455
6068	NC_020511	TCCAA	2	10	318360	318369	40 %	20 %	0 %	40 %	471328455
6069	NC_020511	ATTG	2	8	318377	318384	25 %	50 %	25 %	0 %	471328455
6070	NC_020511	TAT	2	6	318484	318489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328455
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6072	NC_020511	GAC	2	6	318514	318519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328455
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6074	NC_020511	TAA	2	6	318574	318579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328455
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6079	NC_020511	GAA	2	6	319246	319251	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328456
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6081	NC_020511	GCT	2	6	319277	319282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328456
6082	NC_020511	TCAA	2	8	319332	319339	50 %	25 %	0 %	25 %	471328456
6083	NC_020511	ATTTA	2	10	319426	319435	40 %	60 %	0 %	0 %	471328456
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6089	NC_020511	TTAATT	2	12	319643	319654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328456
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6093	NC_020511	A	6	6	319775	319780	100 %	0 %	0 %	0 %	471328456
6094	NC_020511	GAA	2	6	319841	319846	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328456
6095	NC_020511	GATG	2	8	319861	319868	25 %	25 %	50 %	0 %	471328456
6096	NC_020511	TTAT	2	8	319895	319902	25 %	75 %	0 %	0 %	471328456
6097	NC_020511	TGA	2	6	319903	319908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328456
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6102	NC_020511	GTT	2	6	320081	320086	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328456
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6104	NC_020511	A	6	6	320135	320140	100 %	0 %	0 %	0 %	471328456
6105	NC_020511	TCA	2	6	320163	320168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328456
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6107	NC_020511	TGC	2	6	320185	320190	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328456
6108	NC_020511	CT	3	6	320198	320203	0 %	50 %	0 %	50 %	471328456
6109	NC_020511	TTC	2	6	320226	320231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328456
6110	NC_020511	A	6	6	320331	320336	100 %	0 %	0 %	0 %	471328456
6111	NC_020511	GCT	2	6	320384	320389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328456
6112	NC_020511	TGA	2	6	320398	320403	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328456
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6114	NC_020511	ACA	2	6	320440	320445	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328456
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6116	NC_020511	TGA	2	6	320482	320487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328456
6117	NC_020511	AGT	2	6	320503	320508	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328456
6118	NC_020511	AAAG	2	8	320590	320597	75 %	0 %	25 %	0 %	471328456
6119	NC_020511	CGT	2	6	320642	320647	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328456
6120	NC_020511	TCCT	2	8	320687	320694	0 %	50 %	0 %	50 %	471328456
6121	NC_020511	GCA	2	6	320734	320739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328456
6122	NC_020511	GGA	2	6	320759	320764	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328456
6123	NC_020511	GAT	2	6	320824	320829	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328456
6124	NC_020511	TCC	2	6	320836	320841	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328456
6125	NC_020511	AT	3	6	320845	320850	50 %	50 %	0 %	0 %	471328456
6126	NC_020511	CGC	2	6	320891	320896	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	471328456
6127	NC_020511	TGTGT	2	10	320903	320912	0 %	60 %	40 %	0 %	471328456
6128	NC_020511	TGA	2	6	320917	320922	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328456
6129	NC_020511	CAT	3	9	321025	321033	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328456
6130	NC_020511	GTG	2	6	321072	321077	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328456
6131	NC_020511	TGC	2	6	321136	321141	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328456
6132	NC_020511	AAG	2	6	321146	321151	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328456
6133	NC_020511	AAG	2	6	321213	321218	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328456
6134	NC_020511	TAA	2	6	321247	321252	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328456
6135	NC_020511	GGA	2	6	321385	321390	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328456
6136	NC_020511	AAG	2	6	321429	321434	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328456
6137	NC_020511	CG	4	8	321446	321453	0 %	0 %	50 %	50 %	471328456
6138	NC_020511	AGA	2	6	321460	321465	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328456
6139	NC_020511	GTT	2	6	321470	321475	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328456
6140	NC_020511	AGA	3	9	321484	321492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328456
6141	NC_020511	TGA	2	6	321544	321549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328456
6142	NC_020511	CTC	3	9	321569	321577	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328457
6143	NC_020511	TAAAG	2	10	321790	321799	60 %	20 %	20 %	0 %	471328457
6144	NC_020511	GAT	2	6	321800	321805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328457
6145	NC_020511	TCC	2	6	321876	321881	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328457
6146	NC_020511	TAA	2	6	321913	321918	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328457
6147	NC_020511	TGT	2	6	321946	321951	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328457
6148	NC_020511	AAT	2	6	321963	321968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328457
6149	NC_020511	T	7	7	322050	322056	0 %	100 %	0 %	0 %	471328457
6150	NC_020511	CTT	2	6	322076	322081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328457
6151	NC_020511	CTC	2	6	322226	322231	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328457
6152	NC_020511	AAT	2	6	322235	322240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328457
6153	NC_020511	A	6	6	322252	322257	100 %	0 %	0 %	0 %	471328457
6154	NC_020511	CTT	2	6	322278	322283	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328457
6155	NC_020511	TAA	2	6	322287	322292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328457
6156	NC_020511	ATGGA	2	10	322415	322424	40 %	20 %	40 %	0 %	471328457
6157	NC_020511	CAA	2	6	322520	322525	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328457
6158	NC_020511	CTT	2	6	322542	322547	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328457
6159	NC_020511	CAA	2	6	322559	322564	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328457
6160	NC_020511	CTC	2	6	322577	322582	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328457
6161	NC_020511	CAA	2	6	322592	322597	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328457
6162	NC_020511	TCA	2	6	322861	322866	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328458
6163	NC_020511	GAG	2	6	323022	323027	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328458
6164	NC_020511	TGG	2	6	323050	323055	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328458
6165	NC_020511	TGC	2	6	323059	323064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328458
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6168	NC_020511	AAAACA	2	12	323128	323139	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	471328458
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6171	NC_020511	AAG	2	6	323298	323303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328458
6172	NC_020511	CT	4	8	323372	323379	0 %	50 %	0 %	50 %	471328458
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6177	NC_020511	TA	3	6	323562	323567	50 %	50 %	0 %	0 %	471328458
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6182	NC_020511	A	6	6	323772	323777	100 %	0 %	0 %	0 %	471328458
6183	NC_020511	GAGC	2	8	323878	323885	25 %	0 %	50 %	25 %	471328458
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6189	NC_020511	TAA	2	6	324037	324042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328458
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6192	NC_020511	ACG	2	6	324148	324153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328458
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6195	NC_020511	CTC	2	6	324290	324295	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328458
6196	NC_020511	AGA	2	6	324298	324303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328458
6197	NC_020511	GGC	2	6	324367	324372	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	471328458
6198	NC_020511	ATG	2	6	324437	324442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328458
6199	NC_020511	AC	3	6	324467	324472	50 %	0 %	0 %	50 %	471328458
6200	NC_020511	CT	3	6	324488	324493	0 %	50 %	0 %	50 %	471328458
6201	NC_020511	ACA	2	6	324499	324504	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328458
6202	NC_020511	CCT	4	12	324638	324649	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328459
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6204	NC_020511	ACC	2	6	324728	324733	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	471328459
6205	NC_020511	TACA	2	8	324738	324745	50 %	25 %	0 %	25 %	471328459
6206	NC_020511	AAG	2	6	324780	324785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328459
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6208	NC_020511	TGA	2	6	324824	324829	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328459
6209	NC_020511	TAT	2	6	324855	324860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328459
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6211	NC_020511	TCA	2	6	324947	324952	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328459
6212	NC_020511	CAT	2	6	325086	325091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328459
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6215	NC_020511	AGC	3	9	325237	325245	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328459
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6218	NC_020511	CTTT	2	8	325318	325325	0 %	75 %	0 %	25 %	471328459
6219	NC_020511	ATC	2	6	325327	325332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328459
6220	NC_020511	TTCT	2	8	325363	325370	0 %	75 %	0 %	25 %	471328459
6221	NC_020511	T	6	6	325390	325395	0 %	100 %	0 %	0 %	471328459
6222	NC_020511	ACT	2	6	325409	325414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328459
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6224	NC_020511	GCT	2	6	325461	325466	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328459
6225	NC_020511	AAGAA	2	10	325500	325509	80 %	0 %	20 %	0 %	471328459
6226	NC_020511	AAG	2	6	325524	325529	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328459
6227	NC_020511	T	7	7	325560	325566	0 %	100 %	0 %	0 %	471328459
6228	NC_020511	T	6	6	325573	325578	0 %	100 %	0 %	0 %	471328459
6229	NC_020511	TAG	2	6	325641	325646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328459
6230	NC_020511	CAT	2	6	325741	325746	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328459
6231	NC_020511	AAGA	2	8	325909	325916	75 %	0 %	25 %	0 %	471328460
6232	NC_020511	AAG	2	6	325994	325999	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328460
6233	NC_020511	AAT	2	6	326068	326073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328460
6234	NC_020511	AAG	2	6	326093	326098	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328460
6235	NC_020511	TTA	2	6	326201	326206	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328460
6236	NC_020511	TA	3	6	326209	326214	50 %	50 %	0 %	0 %	471328460
6237	NC_020511	AGC	2	6	326218	326223	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328460
6238	NC_020511	CCTT	2	8	326237	326244	0 %	50 %	0 %	50 %	471328460
6239	NC_020511	T	6	6	326261	326266	0 %	100 %	0 %	0 %	471328460
6240	NC_020511	CCCCT	2	10	326271	326280	0 %	20 %	0 %	80 %	471328460
6241	NC_020511	CTT	2	6	326391	326396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328460
6242	NC_020511	TCC	2	6	326440	326445	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328460
6243	NC_020511	TCT	2	6	326471	326476	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328460
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6494	NC_020511	CCA	2	6	338418	338423	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	471328472
6495	NC_020511	CT	3	6	338464	338469	0 %	50 %	0 %	50 %	471328472
6496	NC_020511	AAG	2	6	338858	338863	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328472
6497	NC_020511	AAG	2	6	338874	338879	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328472
6498	NC_020511	ATCT	2	8	338940	338947	25 %	50 %	0 %	25 %	471328472
6499	NC_020511	TCCAA	2	10	338963	338972	40 %	20 %	0 %	40 %	471328472
6500	NC_020511	CTT	2	6	338991	338996	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328472

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