MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.03

Total Repeats: 187

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019758	CAT	2	6	86	91	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
2	NC_019758	TAC	2	6	116	121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
3	NC_019758	ATC	2	6	284	289	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
4	NC_019758	TGA	2	6	422	427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408148
5	NC_019758	AGT	2	6	741	746	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408148
6	NC_019758	TGA	2	6	786	791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408148
7	NC_019758	TAC	2	6	915	920	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
8	NC_019758	GGA	2	6	930	935	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	434408148
9	NC_019758	CAT	2	6	945	950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
10	NC_019758	GGA	2	6	1023	1028	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	434408148
11	NC_019758	CAT	2	6	1086	1091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
12	NC_019758	CTG	2	6	1162	1167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408148
13	NC_019758	ATG	2	6	1217	1222	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408148
14	NC_019758	CGT	2	6	1302	1307	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408148
15	NC_019758	TCC	2	6	1339	1344	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	434408148
16	NC_019758	TGA	2	6	1350	1355	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408148
17	NC_019758	ATT	2	6	1509	1514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408148
18	NC_019758	CAA	2	6	1685	1690	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408148
19	NC_019758	TGG	2	6	1722	1727	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	434408148
20	NC_019758	ATT	2	6	1741	1746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408148
21	NC_019758	AAT	2	6	1837	1842	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408148
22	NC_019758	ACT	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408148
23	NC_019758	GAA	2	6	1965	1970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408148
24	NC_019758	CAA	2	6	2034	2039	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408148
25	NC_019758	TTG	2	6	2051	2056	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	434408148
26	NC_019758	AAT	2	6	2134	2139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408148
27	NC_019758	TAG	2	6	2378	2383	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408149
28	NC_019758	ACC	2	6	2403	2408	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434408149
29	NC_019758	ATT	2	6	2426	2431	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408149
30	NC_019758	TAG	2	6	2444	2449	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408149
31	NC_019758	ATG	2	6	2504	2509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408149
32	NC_019758	GAA	2	6	2620	2625	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408149
33	NC_019758	TTC	2	6	2636	2641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408150
34	NC_019758	TAT	2	6	2675	2680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408150
35	NC_019758	TAT	2	6	2756	2761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408150
36	NC_019758	GTA	2	6	2798	2803	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408150
37	NC_019758	CGA	2	6	2821	2826	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408150
38	NC_019758	ACA	2	6	2941	2946	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408151
39	NC_019758	TAT	2	6	3134	3139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408151
40	NC_019758	TCT	2	6	3851	3856	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408152
41	NC_019758	CGG	2	6	4057	4062	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	434408152
42	NC_019758	ATT	2	6	4073	4078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408152
43	NC_019758	GCA	2	6	4115	4120	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408152
44	NC_019758	CAG	2	6	4142	4147	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408152
45	NC_019758	TGA	2	6	4320	4325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408152
46	NC_019758	GCG	3	9	4342	4350	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	434408152
47	NC_019758	TGT	2	6	4358	4363	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	434408152
48	NC_019758	GGA	2	6	4374	4379	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	434408152
49	NC_019758	GAT	2	6	4441	4446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408152
50	NC_019758	GCT	3	9	4474	4482	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408153
51	NC_019758	CAG	2	6	4545	4550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408153
52	NC_019758	AGA	2	6	4606	4611	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408153
53	NC_019758	AAC	2	6	4748	4753	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408154
54	NC_019758	TAA	2	6	4784	4789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408154
55	NC_019758	GGA	2	6	4876	4881	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	434408154
56	NC_019758	TGA	2	6	4947	4952	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408154
57	NC_019758	TAA	2	6	4953	4958	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408154
58	NC_019758	CAA	2	6	4963	4968	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408154
59	NC_019758	ATT	2	6	5029	5034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408154
60	NC_019758	ATT	2	6	5083	5088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408154
61	NC_019758	GCT	2	6	5275	5280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408154
62	NC_019758	TAA	2	6	5361	5366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408154
63	NC_019758	GAA	2	6	5758	5763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408154
64	NC_019758	TAA	2	6	5983	5988	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408155
65	NC_019758	TTA	2	6	6213	6218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408155
66	NC_019758	TCA	2	6	6221	6226	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408155
67	NC_019758	CTA	2	6	6308	6313	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408155
68	NC_019758	ACT	2	6	6328	6333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408155
69	NC_019758	ACG	2	6	6715	6720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408156
70	NC_019758	GAT	2	6	6945	6950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408156
71	NC_019758	AGA	2	6	7107	7112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408156
72	NC_019758	CAT	2	6	7247	7252	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408156
73	NC_019758	TTA	2	6	7296	7301	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408156
74	NC_019758	CGT	2	6	7362	7367	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408156
75	NC_019758	AGT	2	6	7385	7390	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408156
76	NC_019758	CAA	2	6	7415	7420	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408156
77	NC_019758	GAA	2	6	7449	7454	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408156
78	NC_019758	GCA	2	6	7519	7524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408156
79	NC_019758	CGC	2	6	7544	7549	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	434408156
80	NC_019758	ATG	2	6	7585	7590	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408156
81	NC_019758	ACT	2	6	7611	7616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408156
82	NC_019758	GTA	2	6	7635	7640	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408156
83	NC_019758	AGA	2	6	7715	7720	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408156
84	NC_019758	CAA	2	6	7758	7763	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408156
85	NC_019758	TTA	2	6	7768	7773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408156
86	NC_019758	TAG	2	6	7780	7785	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408156
87	NC_019758	ATA	2	6	7882	7887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408156
88	NC_019758	AAT	2	6	8154	8159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408156
89	NC_019758	GAA	2	6	8196	8201	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408156
90	NC_019758	AGA	2	6	8208	8213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408156
91	NC_019758	AAC	2	6	8238	8243	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408156
92	NC_019758	CTA	2	6	8420	8425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408156
93	NC_019758	CAA	2	6	8426	8431	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408156
94	NC_019758	CTG	2	6	8717	8722	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408157
95	NC_019758	TAG	2	6	8826	8831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408157
96	NC_019758	TGT	2	6	9175	9180	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	434408158
97	NC_019758	GAA	2	6	9188	9193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	434408158
98	NC_019758	ATT	2	6	9323	9328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408158
99	NC_019758	AAC	2	6	9336	9341	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408158
100	NC_019758	TAT	2	6	9448	9453	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	434408158
101	NC_019758	CTA	2	6	9504	9509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408158
102	NC_019758	TCA	2	6	9838	9843	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408159
103	NC_019758	TTG	2	6	9907	9912	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	434408159
104	NC_019758	TCT	2	6	9913	9918	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408159
105	NC_019758	CTG	2	6	10043	10048	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408159
106	NC_019758	AAT	2	6	10068	10073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408159
107	NC_019758	TAA	2	6	10127	10132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408159
108	NC_019758	ACA	2	6	10144	10149	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408159
109	NC_019758	CAC	3	9	10420	10428	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434408160
110	NC_019758	CAA	2	6	10438	10443	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408160
111	NC_019758	GAT	2	6	10534	10539	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408160
112	NC_019758	CAA	2	6	13624	13629	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408161
113	NC_019758	GCT	2	6	13706	13711	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	434408161
114	NC_019758	TCA	2	6	13718	13723	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408161
115	NC_019758	GTA	2	6	13839	13844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408161
116	NC_019758	TTC	2	6	13954	13959	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408161
117	NC_019758	TTC	2	6	14020	14025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408161
118	NC_019758	CTA	2	6	14211	14216	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408161
119	NC_019758	GTT	2	6	14350	14355	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	434408161
120	NC_019758	ATC	2	6	14566	14571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408161
121	NC_019758	TTC	2	6	14584	14589	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408161
122	NC_019758	ATC	2	6	14704	14709	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408161
123	NC_019758	GTT	2	6	14717	14722	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	434408161
124	NC_019758	CCT	2	6	14745	14750	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	434408161
125	NC_019758	TTC	2	6	14785	14790	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408161
126	NC_019758	AAT	2	6	14848	14853	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408161
127	NC_019758	CTT	2	6	14859	14864	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408161
128	NC_019758	TGA	2	6	14913	14918	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408161
129	NC_019758	ACC	2	6	14965	14970	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	434408161
130	NC_019758	AGT	2	6	15006	15011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	434408161
131	NC_019758	ATC	2	6	15065	15070	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408161
132	NC_019758	CAT	2	6	15258	15263	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408161
133	NC_019758	CAA	2	6	15339	15344	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408161
134	NC_019758	TCT	2	6	15417	15422	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	434408161
135	NC_019758	AAT	3	9	15437	15445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408161
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142	NC_019758	CAA	2	6	15727	15732	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	434408161
143	NC_019758	AAT	2	6	15766	15771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	434408161
144	NC_019758	ATC	2	6	15883	15888	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	434408161
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187	NC_019758	CAG	2	6	20856	20861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	434408167

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.