MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Calothrix sp. PCC 6303 plasmid pCAL6303.01

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019727	CATT	2	8	148	155	25 %	50 %	0 %	25 %	428303472
2	NC_019727	TTTG	2	8	513	520	0 %	75 %	25 %	0 %	428303472
3	NC_019727	GCTG	2	8	1275	1282	0 %	25 %	50 %	25 %	428303473
4	NC_019727	TTGA	2	8	1419	1426	25 %	50 %	25 %	0 %	428303473
5	NC_019727	AATG	2	8	2236	2243	50 %	25 %	25 %	0 %	428303474
6	NC_019727	GCTC	2	8	2602	2609	0 %	25 %	25 %	50 %	428303474
7	NC_019727	TATT	2	8	2719	2726	25 %	75 %	0 %	0 %	428303474
8	NC_019727	GGTT	2	8	3441	3448	0 %	50 %	50 %	0 %	428303475
9	NC_019727	CCAT	2	8	3519	3526	25 %	25 %	0 %	50 %	428303475
10	NC_019727	GTTG	2	8	3535	3542	0 %	50 %	50 %	0 %	428303475
11	NC_019727	GAAG	2	8	3607	3614	50 %	0 %	50 %	0 %	428303475
12	NC_019727	TGTT	2	8	3795	3802	0 %	75 %	25 %	0 %	428303475
13	NC_019727	TGTA	2	8	4695	4702	25 %	50 %	25 %	0 %	428303476
14	NC_019727	TCCT	2	8	5658	5665	0 %	50 %	0 %	50 %	428303477
15	NC_019727	TATG	2	8	5891	5898	25 %	50 %	25 %	0 %	428303477
16	NC_019727	AACC	2	8	6166	6173	50 %	0 %	0 %	50 %	428303478
17	NC_019727	CAAT	2	8	7594	7601	50 %	25 %	0 %	25 %	428303479
18	NC_019727	ATCC	2	8	8585	8592	25 %	25 %	0 %	50 %	428303480
19	NC_019727	ACTT	2	8	9838	9845	25 %	50 %	0 %	25 %	428303480
20	NC_019727	CCAA	2	8	9890	9897	50 %	0 %	0 %	50 %	428303480
21	NC_019727	CAAG	2	8	9998	10005	50 %	0 %	25 %	25 %	428303480
22	NC_019727	TCGC	2	8	10986	10993	0 %	25 %	25 %	50 %	428303481
23	NC_019727	AGCA	2	8	11061	11068	50 %	0 %	25 %	25 %	428303481
24	NC_019727	AACT	2	8	11172	11179	50 %	25 %	0 %	25 %	428303481
25	NC_019727	ACTA	2	8	11403	11410	50 %	25 %	0 %	25 %	428303481
26	NC_019727	TGTT	2	8	11829	11836	0 %	75 %	25 %	0 %	428303481
27	NC_019727	CCAG	2	8	11837	11844	25 %	0 %	25 %	50 %	428303481
28	NC_019727	TTTA	2	8	12393	12400	25 %	75 %	0 %	0 %	428303481
29	NC_019727	TCTT	2	8	12529	12536	0 %	75 %	0 %	25 %	428303481
30	NC_019727	AAGT	2	8	12786	12793	50 %	25 %	25 %	0 %	428303481
31	NC_019727	CAGT	2	8	13210	13217	25 %	25 %	25 %	25 %	428303481
32	NC_019727	TTGT	2	8	13363	13370	0 %	75 %	25 %	0 %	428303481
33	NC_019727	TTGT	2	8	14465	14472	0 %	75 %	25 %	0 %	428303481
34	NC_019727	AACT	2	8	14627	14634	50 %	25 %	0 %	25 %	428303481
35	NC_019727	CATT	2	8	14698	14705	25 %	50 %	0 %	25 %	428303481
36	NC_019727	TCAA	2	8	15979	15986	50 %	25 %	0 %	25 %	428303482
37	NC_019727	GCGT	2	8	16182	16189	0 %	25 %	50 %	25 %	428303482
38	NC_019727	CAAT	2	8	16500	16507	50 %	25 %	0 %	25 %	428303483
39	NC_019727	CAAA	2	8	16549	16556	75 %	0 %	0 %	25 %	428303483
40	NC_019727	AGGT	2	8	16754	16761	25 %	25 %	50 %	0 %	428303483
41	NC_019727	AAAT	2	8	17091	17098	75 %	25 %	0 %	0 %	428303483
42	NC_019727	CCAA	2	8	17527	17534	50 %	0 %	0 %	50 %	428303483
43	NC_019727	ACCC	2	8	17562	17569	25 %	0 %	0 %	75 %	428303483
44	NC_019727	AATA	2	8	17631	17638	75 %	25 %	0 %	0 %	428303483
45	NC_019727	ATAA	2	8	17666	17673	75 %	25 %	0 %	0 %	428303483
46	NC_019727	TGGG	2	8	18084	18091	0 %	25 %	75 %	0 %	428303484
47	NC_019727	GCCA	2	8	18109	18116	25 %	0 %	25 %	50 %	428303484
48	NC_019727	ACGA	2	8	19045	19052	50 %	0 %	25 %	25 %	428303486
49	NC_019727	GTAA	2	8	19601	19608	50 %	25 %	25 %	0 %	428303487
50	NC_019727	CCAA	2	8	20176	20183	50 %	0 %	0 %	50 %	428303488
51	NC_019727	TGGG	2	8	20260	20267	0 %	25 %	75 %	0 %	428303488
52	NC_019727	ATGG	2	8	20556	20563	25 %	25 %	50 %	0 %	428303488
53	NC_019727	AGAA	2	8	20623	20630	75 %	0 %	25 %	0 %	428303488
54	NC_019727	AAAC	2	8	21544	21551	75 %	0 %	0 %	25 %	428303488
55	NC_019727	GAGT	2	8	22234	22241	25 %	25 %	50 %	0 %	428303489
56	NC_019727	CAAC	2	8	22564	22571	50 %	0 %	0 %	50 %	428303489
57	NC_019727	TAAT	2	8	25229	25236	50 %	50 %	0 %	0 %	428303490
58	NC_019727	CTTT	2	8	25624	25631	0 %	75 %	0 %	25 %	428303490
59	NC_019727	CTGG	2	8	25754	25761	0 %	25 %	50 %	25 %	428303490
60	NC_019727	AATT	2	8	26127	26134	50 %	50 %	0 %	0 %	428303490
61	NC_019727	TGCT	2	8	26183	26190	0 %	50 %	25 %	25 %	428303490
62	NC_019727	CATT	2	8	27980	27987	25 %	50 %	0 %	25 %	428303492
63	NC_019727	GCTA	2	8	28808	28815	25 %	25 %	25 %	25 %	428303494
64	NC_019727	GCTC	2	8	28840	28847	0 %	25 %	25 %	50 %	428303494
65	NC_019727	ACTC	2	8	28930	28937	25 %	25 %	0 %	50 %	428303494
66	NC_019727	TTGT	2	8	29348	29355	0 %	75 %	25 %	0 %	428303494
67	NC_019727	CAAT	2	8	29360	29367	50 %	25 %	0 %	25 %	428303494
68	NC_019727	TGGC	2	8	29961	29968	0 %	25 %	50 %	25 %	428303495
69	NC_019727	AGCC	2	8	30053	30060	25 %	0 %	25 %	50 %	428303495
70	NC_019727	AAAT	2	8	30317	30324	75 %	25 %	0 %	0 %	428303496
71	NC_019727	TTGC	2	8	30792	30799	0 %	50 %	25 %	25 %	428303497
72	NC_019727	CAGT	2	8	30807	30814	25 %	25 %	25 %	25 %	428303497
73	NC_019727	AATA	2	8	31049	31056	75 %	25 %	0 %	0 %	428303498
74	NC_019727	ACCC	2	8	31276	31283	25 %	0 %	0 %	75 %	428303498
75	NC_019727	AAGA	2	8	31915	31922	75 %	0 %	25 %	0 %	428303499
76	NC_019727	GGTT	2	8	32167	32174	0 %	50 %	50 %	0 %	428303499
77	NC_019727	TTGG	2	8	32546	32553	0 %	50 %	50 %	0 %	428303499
78	NC_019727	ATTG	2	8	33384	33391	25 %	50 %	25 %	0 %	428303500
79	NC_019727	ATGG	2	8	34563	34570	25 %	25 %	50 %	0 %	428303500
80	NC_019727	ATAC	2	8	34575	34582	50 %	25 %	0 %	25 %	428303500
81	NC_019727	AGTT	2	8	35213	35220	25 %	50 %	25 %	0 %	428303500
82	NC_019727	TTTA	2	8	35899	35906	25 %	75 %	0 %	0 %	428303501
83	NC_019727	AGCA	2	8	36354	36361	50 %	0 %	25 %	25 %	428303501
84	NC_019727	CGAG	2	8	36556	36563	25 %	0 %	50 %	25 %	428303501
85	NC_019727	ATCG	2	8	36574	36581	25 %	25 %	25 %	25 %	428303501
86	NC_019727	TAAA	2	8	37446	37453	75 %	25 %	0 %	0 %	428303502
87	NC_019727	CAGC	2	8	38000	38007	25 %	0 %	25 %	50 %	428303502
88	NC_019727	CCAA	2	8	39006	39013	50 %	0 %	0 %	50 %	428303503
89	NC_019727	CAAC	2	8	39262	39269	50 %	0 %	0 %	50 %	428303503
90	NC_019727	TTGT	2	8	39727	39734	0 %	75 %	25 %	0 %	428303503
91	NC_019727	ATCC	2	8	39862	39869	25 %	25 %	0 %	50 %	428303503
92	NC_019727	TTTA	2	8	39962	39969	25 %	75 %	0 %	0 %	428303503
93	NC_019727	ATCC	2	8	40977	40984	25 %	25 %	0 %	50 %	428303505
94	NC_019727	TCGC	2	8	42585	42592	0 %	25 %	25 %	50 %	428303505
95	NC_019727	TATC	2	8	42630	42637	25 %	50 %	0 %	25 %	428303505
96	NC_019727	AGCC	2	8	43390	43397	25 %	0 %	25 %	50 %	428303506
97	NC_019727	AATT	2	8	43460	43467	50 %	50 %	0 %	0 %	428303506
98	NC_019727	GGTT	2	8	44182	44189	0 %	50 %	50 %	0 %	428303507
99	NC_019727	TCAA	2	8	44468	44475	50 %	25 %	0 %	25 %	428303507
100	NC_019727	CATC	2	8	44643	44650	25 %	25 %	0 %	50 %	428303507
101	NC_019727	AGCC	2	8	44754	44761	25 %	0 %	25 %	50 %	428303507
102	NC_019727	ACTT	2	8	45236	45243	25 %	50 %	0 %	25 %	428303508
103	NC_019727	CGAT	2	8	46649	46656	25 %	25 %	25 %	25 %	428303509
104	NC_019727	CTTT	2	8	47262	47269	0 %	75 %	0 %	25 %	428303510
105	NC_019727	AACC	2	8	48405	48412	50 %	0 %	0 %	50 %	428303511
106	NC_019727	TTCC	2	8	48945	48952	0 %	50 %	0 %	50 %	428303511
107	NC_019727	GCTT	2	8	49064	49071	0 %	50 %	25 %	25 %	428303511
108	NC_019727	GCGA	2	8	51462	51469	25 %	0 %	50 %	25 %	428303514
109	NC_019727	ATTA	2	8	53454	53461	50 %	50 %	0 %	0 %	428303515
110	NC_019727	TTGT	2	8	53512	53519	0 %	75 %	25 %	0 %	428303515
111	NC_019727	TTCA	2	8	53796	53803	25 %	50 %	0 %	25 %	428303515
112	NC_019727	AGAA	2	8	53955	53962	75 %	0 %	25 %	0 %	428303515
113	NC_019727	CCAT	2	8	54474	54481	25 %	25 %	0 %	50 %	428303515
114	NC_019727	TTGT	2	8	54711	54718	0 %	75 %	25 %	0 %	428303515
115	NC_019727	AGTA	2	8	54827	54834	50 %	25 %	25 %	0 %	428303515
116	NC_019727	GTTC	2	8	55517	55524	0 %	50 %	25 %	25 %	428303516
117	NC_019727	AAAT	2	8	55527	55534	75 %	25 %	0 %	0 %	428303516
118	NC_019727	TAAA	2	8	55691	55698	75 %	25 %	0 %	0 %	428303516
119	NC_019727	ACCA	2	8	57729	57736	50 %	0 %	0 %	50 %	428303517
120	NC_019727	ATTA	2	8	58389	58396	50 %	50 %	0 %	0 %	428303517
121	NC_019727	CTGG	2	8	58811	58818	0 %	25 %	50 %	25 %	428303517
122	NC_019727	GCAA	2	8	58870	58877	50 %	0 %	25 %	25 %	428303517
123	NC_019727	TGAT	2	8	60031	60038	25 %	50 %	25 %	0 %	428303518
124	NC_019727	ATGG	2	8	60280	60287	25 %	25 %	50 %	0 %	428303518
125	NC_019727	TAAT	2	8	60416	60423	50 %	50 %	0 %	0 %	428303518
126	NC_019727	CTAT	2	8	62161	62168	25 %	50 %	0 %	25 %	428303519
127	NC_019727	TCAA	2	8	64254	64261	50 %	25 %	0 %	25 %	428303520
128	NC_019727	AATC	2	8	65711	65718	50 %	25 %	0 %	25 %	428303520
129	NC_019727	GTTG	2	8	65970	65977	0 %	50 %	50 %	0 %	428303520
130	NC_019727	AGTT	2	8	66427	66434	25 %	50 %	25 %	0 %	428303521
131	NC_019727	CTTT	2	8	66721	66728	0 %	75 %	0 %	25 %	428303521
132	NC_019727	TGCT	2	8	66874	66881	0 %	50 %	25 %	25 %	428303521
133	NC_019727	AATT	2	8	67228	67235	50 %	50 %	0 %	0 %	428303521
134	NC_019727	TCTT	2	8	67468	67475	0 %	75 %	0 %	25 %	428303521
135	NC_019727	TAAA	2	8	67608	67615	75 %	25 %	0 %	0 %	428303521
136	NC_019727	AATA	2	8	67739	67746	75 %	25 %	0 %	0 %	428303521
137	NC_019727	AATT	2	8	67842	67849	50 %	50 %	0 %	0 %	428303521
138	NC_019727	CCAT	2	8	68359	68366	25 %	25 %	0 %	50 %	428303522
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140	NC_019727	ATAA	2	8	69074	69081	75 %	25 %	0 %	0 %	428303522
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.