MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia psittaci 01DC12

Total Repeats: 352

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019391	CTGTGG	2	12	4819	4830	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	410857992
2	NC_019391	GAGAAA	2	12	8591	8602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410857995
3	NC_019391	AGGAAG	2	12	11321	11332	50 %	0 %	50 %	0 %	410857996
4	NC_019391	AAGAGT	2	12	12924	12935	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410857996
5	NC_019391	ATAGTT	2	12	13146	13157	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	410857996
6	NC_019391	AAAAGC	2	12	17201	17212	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410857999
7	NC_019391	TCAAGC	2	12	22574	22585	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410858003
8	NC_019391	TAGAAA	2	12	27590	27601	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858005
9	NC_019391	TAAGTG	2	12	29027	29038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410858005
10	NC_019391	TTTTTA	2	12	39391	39402	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	410858017
11	NC_019391	CGATTT	2	12	40261	40272	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858019
12	NC_019391	GATAAA	2	12	40412	40423	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858019
13	NC_019391	TTTTAA	2	12	42715	42726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410858021
14	NC_019391	TGCTGG	2	12	44634	44645	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	410858024
15	NC_019391	CTTATC	2	12	54347	54358	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410858031
16	NC_019391	AAATTT	2	12	55115	55126	50 %	50 %	0 %	0 %	410858032
17	NC_019391	TTATGG	2	12	62243	62254	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410858037
18	NC_019391	ATTTGG	2	12	62627	62638	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410858037
19	NC_019391	AAGTTG	2	12	65584	65595	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410858039
20	NC_019391	TAGGGC	2	12	72919	72930	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410858046
21	NC_019391	CCTGAT	2	12	72944	72955	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410858046
22	NC_019391	TGTTTC	2	12	75000	75011	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410858049
23	NC_019391	CACCTC	2	12	78324	78335	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	410858051
24	NC_019391	GCTGAT	2	12	80154	80165	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410858052
25	NC_019391	TCAAAA	2	12	85887	85898	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410858059
26	NC_019391	GATATC	3	18	90709	90726	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410858062
27	NC_019391	CATTTC	2	12	90940	90951	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410858062
28	NC_019391	TTGGGG	2	12	91292	91303	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	410858062
29	NC_019391	CTTTTG	2	12	91989	92000	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410858062
30	NC_019391	ACCACA	2	12	98180	98191	50 %	0 %	0 %	50 %	410858068
31	NC_019391	TGAATA	2	12	102276	102287	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410858073
32	NC_019391	CTCTTC	2	12	103789	103800	0 %	50 %	0 %	50 %	410858074
33	NC_019391	AAATTA	2	12	107048	107059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410858078
34	NC_019391	TAAAGG	2	12	108833	108844	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410858080
35	NC_019391	GTAAAG	2	12	112629	112640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410858087
36	NC_019391	ATTCCT	2	12	115364	115375	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410858094
37	NC_019391	TGCATT	2	12	124574	124585	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858106
38	NC_019391	TATACT	2	12	124781	124792	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410858107
39	NC_019391	ATATGA	2	12	127970	127981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410858110
40	NC_019391	AGCAAC	2	12	129741	129752	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410858111
41	NC_019391	TTTCTT	2	12	131892	131903	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410858113
42	NC_019391	TGATTC	2	12	134338	134349	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858114
43	NC_019391	TGTTTT	2	12	145525	145536	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410858125
44	NC_019391	AAGTAA	2	12	147809	147820	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858127
45	NC_019391	CTCTAT	2	12	152295	152306	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410858129
46	NC_019391	TGGATT	2	12	160814	160825	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410858137
47	NC_019391	AAGAGA	2	12	166633	166644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410858142
48	NC_019391	TAAAGA	2	12	173138	173149	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858149
49	NC_019391	GTTTTT	2	12	173476	173487	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410858150
50	NC_019391	TGCTGG	2	12	174171	174182	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	410858151
51	NC_019391	GATAGA	2	12	174459	174470	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410858151
52	NC_019391	ACCAAC	2	12	182870	182881	50 %	0 %	0 %	50 %	410858158
53	NC_019391	TCCCTG	2	12	183864	183875	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	410858159
54	NC_019391	AAGGAG	2	12	188854	188865	50 %	0 %	50 %	0 %	410858163
55	NC_019391	GCCTTG	2	12	190273	190284	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410858163
56	NC_019391	ACAATC	2	12	194583	194594	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410858165
57	NC_019391	TGCAGA	2	12	202263	202274	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410858171
58	NC_019391	AAAGAC	2	12	205393	205404	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410858174
59	NC_019391	TATTAC	2	12	206395	206406	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410858176
60	NC_019391	AGGAAA	2	12	207781	207792	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410858176
61	NC_019391	CAGGAA	2	12	209304	209315	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	410858178
62	NC_019391	AATGGT	2	12	221549	221560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410858188
63	NC_019391	AGTAGA	2	12	222278	222289	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410858188
64	NC_019391	CAGGAG	2	12	222559	222570	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	410858188
65	NC_019391	GCCAAC	2	12	226314	226325	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	410858190
66	NC_019391	AAGACC	2	12	227309	227320	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410858192
67	NC_019391	ATATTT	2	12	228649	228660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410858193
68	NC_019391	AATTGA	2	12	230836	230847	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410858197
69	NC_019391	ATTTTG	2	12	232879	232890	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410858199
70	NC_019391	TGCGAA	2	12	235269	235280	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410858201
71	NC_019391	TAGGAA	2	12	235796	235807	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410858201
72	NC_019391	TTTCCT	2	12	244840	244851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410858210
73	NC_019391	TTTAGG	2	12	245448	245459	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410858211
74	NC_019391	TAAAAG	2	12	245540	245551	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858211
75	NC_019391	GTTAAT	2	12	257071	257082	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	410858223
76	NC_019391	TTTCAT	2	12	257586	257597	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410858223
77	NC_019391	GACTTT	2	12	258049	258060	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858224
78	NC_019391	AATTTA	2	12	258670	258681	50 %	50 %	0 %	0 %	410858225
79	NC_019391	GTGTAA	2	12	261439	261450	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410858226
80	NC_019391	TATTTC	2	12	271278	271289	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410858234
81	NC_019391	TGAAAA	2	12	272452	272463	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858236
82	NC_019391	TCTAGA	2	12	273373	273384	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410858237
83	NC_019391	CTGTTT	2	12	275568	275579	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410858238
84	NC_019391	TTTTAT	2	12	276268	276279	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	410858238
85	NC_019391	CTAAGT	2	12	279111	279122	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410858240
86	NC_019391	AGCACG	2	12	283938	283949	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410858244
87	NC_019391	GGATTA	2	12	289970	289981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410858248
88	NC_019391	ATAGAA	2	12	290510	290521	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410858248
89	NC_019391	TCTTTT	2	12	294264	294275	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410858250
90	NC_019391	TTTTTG	2	12	297750	297761	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410858251
91	NC_019391	ATTTGT	2	12	300731	300742	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410858252
92	NC_019391	GCTGCA	2	12	305726	305737	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	410858254
93	NC_019391	TTTTTC	2	12	306415	306426	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410858254
94	NC_019391	GCAATC	2	12	312382	312393	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410858255
95	NC_019391	GGCTCC	2	12	312640	312651	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	410858255
96	NC_019391	AGAACC	2	12	320479	320490	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410858258
97	NC_019391	AGAACC	2	12	323163	323174	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410858259
98	NC_019391	GTCTTT	2	12	325070	325081	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410858260
99	NC_019391	CCGTTG	2	12	329414	329425	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410858261
100	NC_019391	ACCAAT	2	12	331507	331518	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410858262
101	NC_019391	TGTTGC	2	12	337062	337073	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	410858264
102	NC_019391	AGCAAT	2	12	341743	341754	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410858268
103	NC_019391	TTGACT	2	12	347742	347753	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858274
104	NC_019391	ATGTTC	2	12	350083	350094	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858275
105	NC_019391	TATTAA	2	12	352302	352313	50 %	50 %	0 %	0 %	410858277
106	NC_019391	ATGATC	2	12	353930	353941	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410858277
107	NC_019391	GCTAAA	2	12	354628	354639	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410858278
108	NC_019391	CCTTTT	2	12	357748	357759	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410858280
109	NC_019391	CTAAAG	2	12	358220	358231	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410858280
110	NC_019391	GCTGAT	2	12	363979	363990	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410858287
111	NC_019391	CTAAAT	2	12	367749	367760	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410858290
112	NC_019391	GAATGT	2	12	372357	372368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410858294
113	NC_019391	TCTATG	2	12	379534	379545	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858299
114	NC_019391	GTTTTT	2	12	380609	380620	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	410858300
115	NC_019391	AGAAAA	2	12	381279	381290	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410858300
116	NC_019391	CTTAGG	2	12	384669	384680	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410858303
117	NC_019391	TAGGTG	2	12	388269	388280	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410858306
118	NC_019391	TCCTAA	2	12	393437	393448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410858312
119	NC_019391	TAAAAC	2	12	393953	393964	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410858313
120	NC_019391	CGGTAT	2	12	398699	398710	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410858318
121	NC_019391	ATTTAA	2	12	399536	399547	50 %	50 %	0 %	0 %	410858319
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220	NC_019391	TTCTCA	2	12	737262	737273	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410858588
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222	NC_019391	AACCGC	2	12	744304	744315	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	410858594
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227	NC_019391	CGGCGC	2	12	747748	747759	0 %	0 %	50 %	50 %	410858599
228	NC_019391	AGCTAC	2	12	748942	748953	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410858600
229	NC_019391	AGTTTC	2	12	749885	749896	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410858601
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231	NC_019391	AGAAAA	2	12	762166	762177	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410858609
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233	NC_019391	CCATAT	2	12	769198	769209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410858615
234	NC_019391	TGGATG	2	12	769353	769364	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410858615
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341	NC_019391	CTAACC	2	12	1144380	1144391	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	410858915
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343	NC_019391	GAGAAG	2	12	1145806	1145817	50 %	0 %	50 %	0 %	410858916
344	NC_019391	AAATAA	2	12	1149736	1149747	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410858919
345	NC_019391	ACTCAC	2	12	1151561	1151572	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	410858921
346	NC_019391	AAAATC	2	12	1151823	1151834	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410858921
347	NC_019391	AACGGA	2	12	1152243	1152254	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	410858921
348	NC_019391	GATAAC	2	12	1153136	1153147	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410858922
349	NC_019391	TAATCC	2	12	1155864	1155875	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410858925
350	NC_019391	ATGAAC	2	12	1156263	1156274	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410858925
351	NC_019391	TAATTT	2	12	1162115	1162126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	410858931
352	NC_019391	CACAGG	2	12	1167614	1167625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410858936

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.