MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia psittaci NJ1 plasmid pcpNJ1

Total Repeats: 129

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018637	T	7	7	272	278	0 %	100 %	0 %	0 %	406598911
2	NC_018637	TAG	2	6	295	300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598911
3	NC_018637	T	7	7	376	382	0 %	100 %	0 %	0 %	406598911
4	NC_018637	TG	3	6	436	441	0 %	50 %	50 %	0 %	406598911
5	NC_018637	TTTC	2	8	525	532	0 %	75 %	0 %	25 %	406598911
6	NC_018637	TAA	2	6	577	582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598911
7	NC_018637	TTG	2	6	583	588	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598911
8	NC_018637	AC	3	6	595	600	50 %	0 %	0 %	50 %	406598911
9	NC_018637	TGT	2	6	656	661	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598911
10	NC_018637	GAA	2	6	697	702	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598911
11	NC_018637	ATA	2	6	757	762	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598911
12	NC_018637	TGA	2	6	834	839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598911
13	NC_018637	ATT	2	6	858	863	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598911
14	NC_018637	TTAG	2	8	888	895	25 %	50 %	25 %	0 %	406598911
15	NC_018637	AT	3	6	898	903	50 %	50 %	0 %	0 %	406598911
16	NC_018637	TGC	2	6	908	913	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598911
17	NC_018637	AC	3	6	941	946	50 %	0 %	0 %	50 %	406598911
18	NC_018637	TGT	2	6	985	990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598911
19	NC_018637	TTCT	2	8	1042	1049	0 %	75 %	0 %	25 %	406598911
20	NC_018637	AGA	2	6	1097	1102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598911
21	NC_018637	AGAA	2	8	1172	1179	75 %	0 %	25 %	0 %	406598911
22	NC_018637	GTT	2	6	1196	1201	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598911
23	NC_018637	CA	4	8	1262	1269	50 %	0 %	0 %	50 %	406598911
24	NC_018637	AGA	3	9	1382	1390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598912
25	NC_018637	T	6	6	1413	1418	0 %	100 %	0 %	0 %	406598912
26	NC_018637	ATT	2	6	1438	1443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598912
27	NC_018637	TGT	3	9	1457	1465	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598912
28	NC_018637	CAC	2	6	1482	1487	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598912
29	NC_018637	AT	3	6	1510	1515	50 %	50 %	0 %	0 %	406598912
30	NC_018637	CAATAT	2	12	1552	1563	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406598912
31	NC_018637	AGA	2	6	1587	1592	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598912
32	NC_018637	ATC	2	6	1666	1671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598912
33	NC_018637	GATT	2	8	1949	1956	25 %	50 %	25 %	0 %	406598912
34	NC_018637	TTC	2	6	1982	1987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598912
35	NC_018637	CAT	2	6	2003	2008	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598912
36	NC_018637	TGT	2	6	2027	2032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598912
37	NC_018637	TGC	2	6	2036	2041	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598912
38	NC_018637	CAAAT	2	10	2143	2152	60 %	20 %	0 %	20 %	406598912
39	NC_018637	AG	3	6	2156	2161	50 %	0 %	50 %	0 %	406598912
40	NC_018637	CTT	2	6	2185	2190	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598912
41	NC_018637	A	6	6	2397	2402	100 %	0 %	0 %	0 %	406598912
42	NC_018637	GAG	2	6	2518	2523	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598912
43	NC_018637	TGT	2	6	2536	2541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598912
44	NC_018637	TAT	2	6	2610	2615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598912
45	NC_018637	TAG	2	6	2650	2655	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598912
46	NC_018637	CAA	2	6	2683	2688	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598912
47	NC_018637	AAG	2	6	2731	2736	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598912
48	NC_018637	GGA	2	6	2799	2804	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598913
49	NC_018637	AGA	2	6	2818	2823	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598913
50	NC_018637	AGC	2	6	2911	2916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598913
51	NC_018637	CAA	2	6	2937	2942	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598913
52	NC_018637	TTAT	2	8	2968	2975	25 %	75 %	0 %	0 %	406598913
53	NC_018637	A	7	7	3061	3067	100 %	0 %	0 %	0 %	406598913
54	NC_018637	AAG	2	6	3105	3110	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598913
55	NC_018637	GAA	2	6	3194	3199	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598913
56	NC_018637	TC	3	6	3222	3227	0 %	50 %	0 %	50 %	406598913
57	NC_018637	GAA	2	6	3290	3295	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598913
58	NC_018637	A	6	6	3317	3322	100 %	0 %	0 %	0 %	406598913
59	NC_018637	TCA	2	6	3333	3338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598913
60	NC_018637	TAG	2	6	3357	3362	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598913
61	NC_018637	A	8	8	3487	3494	100 %	0 %	0 %	0 %	406598913
62	NC_018637	AAATAG	2	12	3528	3539	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406598913
63	NC_018637	AT	3	6	3577	3582	50 %	50 %	0 %	0 %	406598913
64	NC_018637	A	7	7	3599	3605	100 %	0 %	0 %	0 %	406598913
65	NC_018637	AAAC	2	8	3658	3665	75 %	0 %	0 %	25 %	406598913
66	NC_018637	A	6	6	3695	3700	100 %	0 %	0 %	0 %	406598913
67	NC_018637	TATTT	2	10	3705	3714	20 %	80 %	0 %	0 %	406598913
68	NC_018637	CAA	2	6	3741	3746	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598913
69	NC_018637	ACA	2	6	3764	3769	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598913
70	NC_018637	CAA	2	6	3930	3935	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598914
71	NC_018637	ACA	2	6	3948	3953	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598914
72	NC_018637	CAG	2	6	3964	3969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598914
73	NC_018637	CCA	2	6	4030	4035	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598914
74	NC_018637	ATT	2	6	4146	4151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598914
75	NC_018637	AAT	2	6	4157	4162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598914
76	NC_018637	A	6	6	4216	4221	100 %	0 %	0 %	0 %	406598914
77	NC_018637	TTTA	2	8	4235	4242	25 %	75 %	0 %	0 %	406598914
78	NC_018637	CTG	2	6	4333	4338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598914
79	NC_018637	CAT	2	6	4340	4345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598914
80	NC_018637	TTC	2	6	4397	4402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598914
81	NC_018637	TCA	2	6	4428	4433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598914
82	NC_018637	TGTT	2	8	4445	4452	0 %	75 %	25 %	0 %	406598914
83	NC_018637	ACA	2	6	4471	4476	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598914
84	NC_018637	TC	3	6	4498	4503	0 %	50 %	0 %	50 %	406598914
85	NC_018637	TGG	2	6	4511	4516	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598914
86	NC_018637	GTG	2	6	4525	4530	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598914
87	NC_018637	AT	3	6	4591	4596	50 %	50 %	0 %	0 %	406598914
88	NC_018637	ACA	2	6	4613	4618	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598914
89	NC_018637	TAA	2	6	4629	4634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598914
90	NC_018637	ATGA	2	8	4725	4732	50 %	25 %	25 %	0 %	406598915
91	NC_018637	A	6	6	4825	4830	100 %	0 %	0 %	0 %	406598915
92	NC_018637	T	6	6	4835	4840	0 %	100 %	0 %	0 %	406598915
93	NC_018637	ACTT	2	8	4888	4895	25 %	50 %	0 %	25 %	406598915
94	NC_018637	ATA	2	6	4957	4962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598915
95	NC_018637	A	7	7	4973	4979	100 %	0 %	0 %	0 %	406598915
96	NC_018637	GGT	2	6	5094	5099	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598916
97	NC_018637	AAC	2	6	5108	5113	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598916
98	NC_018637	GTA	2	6	5131	5136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598916
99	NC_018637	A	7	7	5156	5162	100 %	0 %	0 %	0 %	406598916
100	NC_018637	AAG	2	6	5224	5229	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598916
101	NC_018637	CATA	2	8	5279	5286	50 %	25 %	0 %	25 %	406598916
102	NC_018637	ATG	2	6	5416	5421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598916
103	NC_018637	CCT	2	6	5439	5444	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406598916
104	NC_018637	AAG	2	6	5464	5469	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598916
105	NC_018637	TG	3	6	5495	5500	0 %	50 %	50 %	0 %	406598916
106	NC_018637	CAA	2	6	5557	5562	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598916
107	NC_018637	T	6	6	5593	5598	0 %	100 %	0 %	0 %	406598916
108	NC_018637	GAAA	2	8	5610	5617	75 %	0 %	25 %	0 %	406598916
109	NC_018637	CAA	2	6	5620	5625	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598916
110	NC_018637	CAG	2	6	5705	5710	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598916
111	NC_018637	TTA	2	6	5715	5720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598916
112	NC_018637	ATC	2	6	5726	5731	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598916
113	NC_018637	TAA	2	6	5734	5739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598916
114	NC_018637	AGC	2	6	5759	5764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598916
115	NC_018637	TGA	2	6	5813	5818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598916
116	NC_018637	AAG	2	6	5856	5861	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598917
117	NC_018637	T	7	7	5869	5875	0 %	100 %	0 %	0 %	406598917
118	NC_018637	TAG	2	6	5982	5987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598917
119	NC_018637	GAA	2	6	6011	6016	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598917
120	NC_018637	TCT	2	6	6032	6037	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598917
121	NC_018637	TACT	2	8	6045	6052	25 %	50 %	0 %	25 %	406598917
122	NC_018637	ACA	2	6	6076	6081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598917
123	NC_018637	GA	3	6	6096	6101	50 %	0 %	50 %	0 %	406598917
124	NC_018637	A	6	6	6127	6132	100 %	0 %	0 %	0 %	406598917
125	NC_018637	ACA	2	6	6149	6154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598917
126	NC_018637	CCT	2	6	6398	6403	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406598917
127	NC_018637	TCT	2	6	6410	6415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598917
128	NC_018637	GT	3	6	6427	6432	0 %	50 %	50 %	0 %	406598917
129	NC_018637	TTC	2	6	6493	6498	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598917

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.