MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia psittaci MN chromosome

Total Repeats: 355

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018627	CTGTGG	2	12	4817	4828	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406594534
2	NC_018627	GAGAAA	2	12	8589	8600	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594531
3	NC_018627	AGGAAG	2	12	11319	11330	50 %	0 %	50 %	0 %	406594948
4	NC_018627	AAGAGT	2	12	12922	12933	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406594948
5	NC_018627	ATAGTT	2	12	13144	13155	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406594948
6	NC_018627	AAAAGC	2	12	17200	17211	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	406594379
7	NC_018627	TCAAGC	2	12	22573	22584	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406594213
8	NC_018627	TAGAAA	2	12	27589	27600	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406594343
9	NC_018627	TAAGTG	2	12	29026	29037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594343
10	NC_018627	TTTTTA	2	12	39390	39401	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406594382
11	NC_018627	CGATTT	2	12	40260	40271	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406594506
12	NC_018627	GATAAA	2	12	40411	40422	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406594506
13	NC_018627	TGCTGG	2	12	44633	44644	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406594316
14	NC_018627	CTTATC	2	12	54345	54356	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406594222
15	NC_018627	AAATTT	2	12	55113	55124	50 %	50 %	0 %	0 %	406594381
16	NC_018627	TTATGG	2	12	62241	62252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406594291
17	NC_018627	ATTTGG	2	12	62625	62636	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406594291
18	NC_018627	AAGTTG	2	12	65582	65593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594863
19	NC_018627	TAGGGC	2	12	72917	72928	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	406594734
20	NC_018627	CCTGAT	2	12	72942	72953	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406594734
21	NC_018627	TGTTTC	2	12	74998	75009	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406593968
22	NC_018627	CACCTC	2	12	78322	78333	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	406594136
23	NC_018627	GCTGAT	2	12	80152	80163	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406594007
24	NC_018627	TCAAAA	2	12	85885	85896	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406594383
25	NC_018627	GATATC	3	18	90707	90724	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406594160
26	NC_018627	CATTTC	2	12	90938	90949	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406594160
27	NC_018627	TTGGGG	2	12	91290	91301	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406594160
28	NC_018627	CTTTTG	2	12	91987	91998	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406594160
29	NC_018627	ACCACA	2	12	98178	98189	50 %	0 %	0 %	50 %	406594965
30	NC_018627	TGAATA	2	12	102274	102285	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406594571
31	NC_018627	CTCTTC	2	12	103787	103798	0 %	50 %	0 %	50 %	406594743
32	NC_018627	AAATTA	2	12	107046	107057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406594593
33	NC_018627	TAAAGG	2	12	108831	108842	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406594311
34	NC_018627	GTAAAG	2	12	112627	112638	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406594552
35	NC_018627	ATTCCT	2	12	115362	115373	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406594332
36	NC_018627	TGCATT	2	12	124572	124583	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406594550
37	NC_018627	TATACT	2	12	124779	124790	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	406594319
38	NC_018627	ATATGA	2	12	127968	127979	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406594549
39	NC_018627	AGCAAC	2	12	129739	129750	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	406594047
40	NC_018627	TTTCTT	2	12	131890	131901	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	406594808
41	NC_018627	TGATTC	2	12	134336	134347	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406594898
42	NC_018627	TGTTTT	2	12	145523	145534	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406594802
43	NC_018627	ATAGGC	2	12	146925	146936	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406594811
44	NC_018627	AAGTAA	2	12	147807	147818	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406594516
45	NC_018627	CTCTAT	2	12	152293	152304	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406594273
46	NC_018627	TGGATT	2	12	160812	160823	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406594027
47	NC_018627	AAGAGA	2	12	166631	166642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406593973
48	NC_018627	TAAAGA	2	12	173134	173145	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406594036
49	NC_018627	GTTTTT	2	12	173472	173483	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406594712
50	NC_018627	TGCTGG	2	12	174167	174178	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406594011
51	NC_018627	GATAGA	2	12	174455	174466	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406594011
52	NC_018627	ACCAAC	2	12	182865	182876	50 %	0 %	0 %	50 %	406594471
53	NC_018627	TCCCTG	2	12	183859	183870	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	406594587
54	NC_018627	AAGGAG	2	12	188849	188860	50 %	0 %	50 %	0 %	406594112
55	NC_018627	GCCTTG	2	12	190268	190279	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406594112
56	NC_018627	ACAATC	2	12	194578	194589	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	406594178
57	NC_018627	TGCAGA	2	12	202258	202269	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406594582
58	NC_018627	AAAGAC	2	12	205388	205399	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	406594302
59	NC_018627	TATTAC	2	12	206390	206401	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	406594438
60	NC_018627	AGGAAA	2	12	207776	207787	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594438
61	NC_018627	CAGGAA	2	12	209299	209310	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	406594031
62	NC_018627	AATGGT	2	12	221544	221555	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594971
63	NC_018627	AGTAGA	2	12	222273	222284	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406594971
64	NC_018627	CAGGAG	2	12	222554	222565	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	406594971
65	NC_018627	GCCAAC	2	12	226308	226319	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	406594157
66	NC_018627	AAGACC	2	12	227303	227314	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	406594632
67	NC_018627	ATATTT	2	12	228643	228654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406594347
68	NC_018627	AATTGA	2	12	230830	230841	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	406593984
69	NC_018627	ATTTTG	2	12	232872	232883	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406594707
70	NC_018627	TGCGAA	2	12	235262	235273	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	406594234
71	NC_018627	TAGGAA	2	12	235789	235800	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406594234
72	NC_018627	TTTCCT	2	12	244833	244844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594082
73	NC_018627	TTTAGG	2	12	245440	245451	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	406594838
74	NC_018627	TAAAAG	2	12	245532	245543	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406594838
75	NC_018627	GTTAAT	2	12	257063	257074	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406594452
76	NC_018627	TTTCAT	2	12	257578	257589	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406594452
77	NC_018627	GACTTT	2	12	258041	258052	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406594118
78	NC_018627	AATTTA	2	12	258662	258673	50 %	50 %	0 %	0 %	406594941
79	NC_018627	GTGTAA	2	12	261431	261442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594890
80	NC_018627	TATTTC	2	12	271269	271280	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406594829
81	NC_018627	TGAAAA	2	12	272443	272454	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406594681
82	NC_018627	TCTAGA	2	12	273364	273375	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406594439
83	NC_018627	CTGTTT	2	12	275559	275570	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406594889
84	NC_018627	TTTTAT	2	12	276259	276270	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406594889
85	NC_018627	CTAAGT	2	12	279102	279113	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406594989
86	NC_018627	AGCACG	2	12	284109	284120	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406594858
87	NC_018627	GGATTA	2	12	290139	290150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594670
88	NC_018627	ATAGAA	2	12	290679	290690	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	406594670
89	NC_018627	TCTTTT	2	12	294433	294444	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	406594757
90	NC_018627	TTTTTG	2	12	297919	297930	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406594771
91	NC_018627	ATTTGT	2	12	300900	300911	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	406594928
92	NC_018627	GCTGCA	2	12	305895	305906	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	406594826
93	NC_018627	TTTTTC	2	12	306584	306595	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	406594826
94	NC_018627	GCAATC	2	12	312551	312562	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406594676
95	NC_018627	GGCTCC	2	12	312836	312847	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	406594676
96	NC_018627	AGAACC	2	12	320672	320683	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	406594033
97	NC_018627	AGAACC	2	12	323352	323363	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	406594238
98	NC_018627	GTCTTT	2	12	325259	325270	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	406594152
99	NC_018627	CCGTTG	2	12	326921	326932	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406594231
100	NC_018627	ACCAAT	2	12	329014	329025	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	406594097
101	NC_018627	TGTTGC	2	12	334569	334580	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	406594730
102	NC_018627	AGCAAT	2	12	339250	339261	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406594149
103	NC_018627	TTGACT	2	12	345248	345259	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406594079
104	NC_018627	ATGTTC	2	12	347589	347600	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406594415
105	NC_018627	TATTAA	2	12	349806	349817	50 %	50 %	0 %	0 %	406594427
106	NC_018627	ATGATC	2	12	351434	351445	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406594427
107	NC_018627	GCTAAA	2	12	352132	352143	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406594424
108	NC_018627	CCTTTT	2	12	355252	355263	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594554
109	NC_018627	CTAAAG	2	12	355724	355735	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406594554
110	NC_018627	GCTGAT	2	12	361483	361494	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406594185
111	NC_018627	CTAAAT	2	12	365253	365264	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406594509
112	NC_018627	GAATGT	2	12	369861	369872	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594544
113	NC_018627	TCTATG	2	12	377036	377047	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406594622
114	NC_018627	GTTTTT	2	12	378111	378122	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	406594930
115	NC_018627	AGAAAA	2	12	378781	378792	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	406594930
116	NC_018627	CTTAGG	2	12	382171	382182	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406593986
117	NC_018627	TAGGTG	2	12	385771	385782	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	406594600
118	NC_018627	TCCTAA	2	12	390939	390950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406594411
119	NC_018627	TAAAAC	2	12	391455	391466	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406594591
120	NC_018627	CGGTAT	2	12	396201	396212	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	406594576
121	NC_018627	ATTTAA	2	12	397038	397049	50 %	50 %	0 %	0 %	406594191
122	NC_018627	AGATGA	2	12	400202	400213	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	406594019
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223	NC_018627	TTCTCA	2	12	734755	734766	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	406593998
224	NC_018627	AATCTG	2	12	734792	734803	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406593998
225	NC_018627	AACCGC	2	12	741797	741808	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	406594350
226	NC_018627	TAGCTA	2	12	742441	742452	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406594634
227	NC_018627	TCTATT	2	12	743226	743237	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406594616
228	NC_018627	TATTTT	2	12	743403	743414	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	406594616
229	NC_018627	TCCGCA	2	12	743807	743818	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	406594616
230	NC_018627	CGGCGC	2	12	745241	745252	0 %	0 %	50 %	50 %	406593985
231	NC_018627	AGCTAC	2	12	746435	746446	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	406594300
232	NC_018627	AGTTTC	2	12	747378	747389	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	406594016
233	NC_018627	CCTTCC	2	12	754865	754876	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406594372
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236	NC_018627	CCATAT	2	12	766691	766702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406594755
237	NC_018627	TGGATG	2	12	766846	766857	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	406594755
238	NC_018627	TCTAAC	2	12	768693	768704	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406594197
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240	NC_018627	GTCACT	2	12	777405	777416	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406594466
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249	NC_018627	GGGTAG	2	12	806669	806680	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	406594788
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335	NC_018627	CATTGC	2	12	1091229	1091240	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406594134
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339	NC_018627	ATGACT	2	12	1107258	1107269	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406594432
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341	NC_018627	TTACAA	2	12	1115246	1115257	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406594077
342	NC_018627	GCTCTT	2	12	1121239	1121250	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	406594175
343	NC_018627	CGATTC	2	12	1126807	1126818	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	406594124
344	NC_018627	CTAACC	2	12	1141859	1141870	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	406594283
345	NC_018627	TATCGA	2	12	1143160	1143171	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	406594463
346	NC_018627	GAGAAG	2	12	1143285	1143296	50 %	0 %	50 %	0 %	406594463
347	NC_018627	AAATAA	2	12	1147215	1147226	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	406594920
348	NC_018627	ACTCAC	2	12	1149040	1149051	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	406594530
349	NC_018627	AAAATC	2	12	1149302	1149313	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	406594530
350	NC_018627	AACGGA	2	12	1149722	1149733	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	406594530
351	NC_018627	GATAAC	2	12	1150615	1150626	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406594585
352	NC_018627	TAATCC	2	12	1153343	1153354	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406594349
353	NC_018627	ATGAAC	2	12	1153742	1153753	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	406594349
354	NC_018627	TAATTT	2	12	1159594	1159605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406594610
355	NC_018627	CACAGG	2	12	1165093	1165104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406594001

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.