MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii CE isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 349

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018414	GTTTT	2	10	184	193	0 %	80 %	20 %	0 %	400403788
2	NC_018414	AACAA	2	10	753	762	80 %	0 %	0 %	20 %	400403788
3	NC_018414	ATATT	2	10	886	895	40 %	60 %	0 %	0 %	400403788
4	NC_018414	ATTTA	2	10	906	915	40 %	60 %	0 %	0 %	400403788
5	NC_018414	AATAA	2	10	952	961	80 %	20 %	0 %	0 %	400403788
6	NC_018414	TGAAT	2	10	1140	1149	40 %	40 %	20 %	0 %	400403788
7	NC_018414	ATTAT	2	10	1633	1642	40 %	60 %	0 %	0 %	400403789
8	NC_018414	ACAAT	2	10	2623	2632	60 %	20 %	0 %	20 %	400403789
9	NC_018414	AAAAT	2	10	2676	2685	80 %	20 %	0 %	0 %	400403789
10	NC_018414	ATTTT	2	10	3007	3016	20 %	80 %	0 %	0 %	400403790
11	NC_018414	TTAAT	2	10	3086	3095	40 %	60 %	0 %	0 %	400403790
12	NC_018414	ATAAA	2	10	3368	3377	80 %	20 %	0 %	0 %	400403790
13	NC_018414	AAATA	2	10	4103	4112	80 %	20 %	0 %	0 %	400403792
14	NC_018414	ATTTT	2	10	4196	4205	20 %	80 %	0 %	0 %	400403792
15	NC_018414	ATTTT	2	10	4451	4460	20 %	80 %	0 %	0 %	400403794
16	NC_018414	ATATA	2	10	4462	4471	60 %	40 %	0 %	0 %	400403794
17	NC_018414	TTAAA	2	10	5760	5769	60 %	40 %	0 %	0 %	400403794
18	NC_018414	AAAAT	2	10	5825	5834	80 %	20 %	0 %	0 %	400403795
19	NC_018414	ATATT	2	10	6095	6104	40 %	60 %	0 %	0 %	400403795
20	NC_018414	AAAAT	2	10	6497	6506	80 %	20 %	0 %	0 %	400403795
21	NC_018414	ATTTA	2	10	6552	6561	40 %	60 %	0 %	0 %	400403795
22	NC_018414	AATAA	2	10	8096	8105	80 %	20 %	0 %	0 %	400403797
23	NC_018414	TATAA	2	10	8687	8696	60 %	40 %	0 %	0 %	400403798
24	NC_018414	TAAAA	2	10	8786	8795	80 %	20 %	0 %	0 %	400403799
25	NC_018414	ATTTT	2	10	8871	8880	20 %	80 %	0 %	0 %	400403799
26	NC_018414	TAAAA	2	10	9551	9560	80 %	20 %	0 %	0 %	400403799
27	NC_018414	ATTAA	2	10	9636	9645	60 %	40 %	0 %	0 %	400403799
28	NC_018414	TAAAA	2	10	10009	10018	80 %	20 %	0 %	0 %	400403799
29	NC_018414	ATTAT	2	10	12150	12159	40 %	60 %	0 %	0 %	400403800
30	NC_018414	TTATT	2	10	12288	12297	20 %	80 %	0 %	0 %	400403801
31	NC_018414	AATAT	2	10	13849	13858	60 %	40 %	0 %	0 %	400403803
32	NC_018414	AATTT	2	10	13991	14000	40 %	60 %	0 %	0 %	400403803
33	NC_018414	TGAAA	2	10	14322	14331	60 %	20 %	20 %	0 %	400403804
34	NC_018414	ATTTA	2	10	14522	14531	40 %	60 %	0 %	0 %	400403804
35	NC_018414	AATTT	2	10	15611	15620	40 %	60 %	0 %	0 %	400403806
36	NC_018414	AAATT	2	10	15776	15785	60 %	40 %	0 %	0 %	400403806
37	NC_018414	ATTTT	2	10	15851	15860	20 %	80 %	0 %	0 %	400403806
38	NC_018414	TAAAA	2	10	16291	16300	80 %	20 %	0 %	0 %	400403807
39	NC_018414	TTTAA	2	10	16364	16373	40 %	60 %	0 %	0 %	400403807
40	NC_018414	AATGA	2	10	17412	17421	60 %	20 %	20 %	0 %	400403808
41	NC_018414	TATAA	2	10	17538	17547	60 %	40 %	0 %	0 %	400403808
42	NC_018414	TTATT	2	10	18679	18688	20 %	80 %	0 %	0 %	400403808
43	NC_018414	TTATT	2	10	19191	19200	20 %	80 %	0 %	0 %	400403808
44	NC_018414	TAAAT	2	10	20558	20567	60 %	40 %	0 %	0 %	400403809
45	NC_018414	TATTT	2	10	20848	20857	20 %	80 %	0 %	0 %	400403810
46	NC_018414	ATTAT	2	10	20921	20930	40 %	60 %	0 %	0 %	400403810
47	NC_018414	TAAAA	2	10	21270	21279	80 %	20 %	0 %	0 %	400403810
48	NC_018414	ATTTT	2	10	22183	22192	20 %	80 %	0 %	0 %	400403810
49	NC_018414	TTTTG	2	10	22292	22301	0 %	80 %	20 %	0 %	400403810
50	NC_018414	TTAAT	2	10	22382	22391	40 %	60 %	0 %	0 %	400403810
51	NC_018414	ATATA	2	10	22527	22536	60 %	40 %	0 %	0 %	400403810
52	NC_018414	TTTTA	2	10	24385	24394	20 %	80 %	0 %	0 %	400403814
53	NC_018414	AAAAT	2	10	24509	24518	80 %	20 %	0 %	0 %	400403814
54	NC_018414	TAAAT	2	10	24997	25006	60 %	40 %	0 %	0 %	400403815
55	NC_018414	TAATA	2	10	25585	25594	60 %	40 %	0 %	0 %	400403815
56	NC_018414	TTTAT	2	10	26552	26561	20 %	80 %	0 %	0 %	400403816
57	NC_018414	AATTT	2	10	27213	27222	40 %	60 %	0 %	0 %	400403816
58	NC_018414	TTAAT	2	10	27374	27383	40 %	60 %	0 %	0 %	400403817
59	NC_018414	ATTAA	2	10	29209	29218	60 %	40 %	0 %	0 %	400403819
60	NC_018414	ATATT	2	10	29794	29803	40 %	60 %	0 %	0 %	400403820
61	NC_018414	AATTT	2	10	30052	30061	40 %	60 %	0 %	0 %	400403820
62	NC_018414	TAAAA	2	10	30302	30311	80 %	20 %	0 %	0 %	400403820
63	NC_018414	TATAA	2	10	30452	30461	60 %	40 %	0 %	0 %	400403820
64	NC_018414	ATTTT	2	10	30591	30600	20 %	80 %	0 %	0 %	400403821
65	NC_018414	TTTAA	2	10	32669	32678	40 %	60 %	0 %	0 %	400403823
66	NC_018414	AAATT	2	10	32975	32984	60 %	40 %	0 %	0 %	400403823
67	NC_018414	ATTAA	2	10	33005	33014	60 %	40 %	0 %	0 %	400403823
68	NC_018414	ATTAA	2	10	33029	33038	60 %	40 %	0 %	0 %	400403823
69	NC_018414	ATTTT	2	10	34500	34509	20 %	80 %	0 %	0 %	400403825
70	NC_018414	ATTTA	2	10	34645	34654	40 %	60 %	0 %	0 %	400403825
71	NC_018414	AAATA	2	10	34884	34893	80 %	20 %	0 %	0 %	400403825
72	NC_018414	AAATT	2	10	35854	35863	60 %	40 %	0 %	0 %	400403827
73	NC_018414	AAATA	2	10	35897	35906	80 %	20 %	0 %	0 %	400403827
74	NC_018414	ATATT	2	10	37140	37149	40 %	60 %	0 %	0 %	400403828
75	NC_018414	TAAAA	2	10	37809	37818	80 %	20 %	0 %	0 %	400403829
76	NC_018414	TATAA	2	10	38538	38547	60 %	40 %	0 %	0 %	400403830
77	NC_018414	ATTTT	2	10	39271	39280	20 %	80 %	0 %	0 %	400403831
78	NC_018414	ATTTT	2	10	39542	39551	20 %	80 %	0 %	0 %	400403831
79	NC_018414	TAAAA	2	10	40447	40456	80 %	20 %	0 %	0 %	400403832
80	NC_018414	TTTTA	2	10	40486	40495	20 %	80 %	0 %	0 %	400403832
81	NC_018414	AAATT	2	10	41160	41169	60 %	40 %	0 %	0 %	400403833
82	NC_018414	AAATT	2	10	41815	41824	60 %	40 %	0 %	0 %	400403834
83	NC_018414	ATTTT	2	10	42710	42719	20 %	80 %	0 %	0 %	400403835
84	NC_018414	AATTA	2	10	43183	43192	60 %	40 %	0 %	0 %	400403835
85	NC_018414	ATTTT	2	10	43397	43406	20 %	80 %	0 %	0 %	400403835
86	NC_018414	ATTTT	2	10	43695	43704	20 %	80 %	0 %	0 %	400403835
87	NC_018414	TAAAA	2	10	43798	43807	80 %	20 %	0 %	0 %	400403836
88	NC_018414	TAAAA	2	10	43955	43964	80 %	20 %	0 %	0 %	400403837
89	NC_018414	AAAAT	2	10	44119	44128	80 %	20 %	0 %	0 %	400403837
90	NC_018414	ATATT	2	10	44521	44530	40 %	60 %	0 %	0 %	400403838
91	NC_018414	AATTT	2	10	44879	44888	40 %	60 %	0 %	0 %	400403838
92	NC_018414	TAAAT	2	10	46049	46058	60 %	40 %	0 %	0 %	400403840
93	NC_018414	AAATT	2	10	46221	46230	60 %	40 %	0 %	0 %	400403840
94	NC_018414	ATTAA	2	10	47377	47386	60 %	40 %	0 %	0 %	400403842
95	NC_018414	TAAAT	2	10	49875	49884	60 %	40 %	0 %	0 %	400403844
96	NC_018414	AAAAT	2	10	49952	49961	80 %	20 %	0 %	0 %	400403844
97	NC_018414	AAATT	2	10	50762	50771	60 %	40 %	0 %	0 %	400403845
98	NC_018414	TTTCT	2	10	50804	50813	0 %	80 %	0 %	20 %	400403845
99	NC_018414	AAATA	2	10	51050	51059	80 %	20 %	0 %	0 %	400403845
100	NC_018414	ATTTT	2	10	51644	51653	20 %	80 %	0 %	0 %	400403845
101	NC_018414	ATTTT	2	10	51888	51897	20 %	80 %	0 %	0 %	400403846
102	NC_018414	TTTAA	2	10	53030	53039	40 %	60 %	0 %	0 %	400403848
103	NC_018414	ATTAT	2	10	53321	53330	40 %	60 %	0 %	0 %	400403849
104	NC_018414	TAAAT	2	10	53910	53919	60 %	40 %	0 %	0 %	400403849
105	NC_018414	AAAAT	2	10	54459	54468	80 %	20 %	0 %	0 %	400403850
106	NC_018414	TAAAA	2	10	54598	54607	80 %	20 %	0 %	0 %	400403850
107	NC_018414	TAAAA	2	10	54673	54682	80 %	20 %	0 %	0 %	400403850
108	NC_018414	CATTT	2	10	55092	55101	20 %	60 %	0 %	20 %	400403852
109	NC_018414	AAATA	2	10	56991	57000	80 %	20 %	0 %	0 %	400403854
110	NC_018414	AAATA	2	10	57148	57157	80 %	20 %	0 %	0 %	400403854
111	NC_018414	TTTTA	2	10	57236	57245	20 %	80 %	0 %	0 %	400403854
112	NC_018414	ATATT	2	10	57487	57496	40 %	60 %	0 %	0 %	400403854
113	NC_018414	ATTTA	2	10	57818	57827	40 %	60 %	0 %	0 %	400403854
114	NC_018414	ATTTA	2	10	58722	58731	40 %	60 %	0 %	0 %	400403856
115	NC_018414	ATTTT	2	10	58921	58930	20 %	80 %	0 %	0 %	400403856
116	NC_018414	ATTTT	2	10	58960	58969	20 %	80 %	0 %	0 %	400403856
117	NC_018414	TAAAA	2	10	60037	60046	80 %	20 %	0 %	0 %	400403858
118	NC_018414	ATTTA	2	10	62409	62418	40 %	60 %	0 %	0 %	400403861
119	NC_018414	AAATA	2	10	62686	62695	80 %	20 %	0 %	0 %	400403861
120	NC_018414	TAAAA	2	10	63500	63509	80 %	20 %	0 %	0 %	400403861
121	NC_018414	ATTTA	2	10	64011	64020	40 %	60 %	0 %	0 %	400403863
122	NC_018414	TTAAT	2	10	64094	64103	40 %	60 %	0 %	0 %	400403863
123	NC_018414	TAATT	2	10	64104	64113	40 %	60 %	0 %	0 %	400403863
124	NC_018414	ATTTT	2	10	64898	64907	20 %	80 %	0 %	0 %	400403864
125	NC_018414	TAAAA	2	10	64908	64917	80 %	20 %	0 %	0 %	400403864
126	NC_018414	ATATT	2	10	65866	65875	40 %	60 %	0 %	0 %	400403864
127	NC_018414	ATAAA	2	10	66330	66339	80 %	20 %	0 %	0 %	400403865
128	NC_018414	TAAAT	2	10	66678	66687	60 %	40 %	0 %	0 %	400403866
129	NC_018414	TTTAT	2	10	67689	67698	20 %	80 %	0 %	0 %	400403867
130	NC_018414	ATTTT	2	10	68043	68052	20 %	80 %	0 %	0 %	400403867
131	NC_018414	AAATA	2	10	70990	70999	80 %	20 %	0 %	0 %	400403870
132	NC_018414	AAAAT	2	10	71253	71262	80 %	20 %	0 %	0 %	400403870
133	NC_018414	AAAAT	2	10	71614	71623	80 %	20 %	0 %	0 %	400403871
134	NC_018414	ATTTT	2	10	71764	71773	20 %	80 %	0 %	0 %	400403871
135	NC_018414	ATATT	2	10	71951	71960	40 %	60 %	0 %	0 %	400403871
136	NC_018414	ATATA	2	10	72535	72544	60 %	40 %	0 %	0 %	400403871
137	NC_018414	TTTAT	2	10	73080	73089	20 %	80 %	0 %	0 %	400403872
138	NC_018414	AATAA	2	10	73157	73166	80 %	20 %	0 %	0 %	400403872
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.