MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Sweden2

Total Repeats: 280

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017441	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	386262358
2	NC_017441	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262358
3	NC_017441	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386262362
4	NC_017441	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386262368
5	NC_017441	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386262368
6	NC_017441	GTTCCT	2	12	19980	19991	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386262374
7	NC_017441	CTTTTT	2	12	22134	22145	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386262376
8	NC_017441	GTGAGG	2	12	26064	26075	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386262377
9	NC_017441	GGATTT	2	12	36541	36552	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386262389
10	NC_017441	AATTAG	2	12	37962	37973	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386262390
11	NC_017441	TTCCTG	2	12	38261	38272	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386262390
12	NC_017441	TTTTGA	2	12	45568	45579	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386262397
13	NC_017441	TGAACG	2	12	52809	52820	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386262404
14	NC_017441	GTGATT	2	12	52828	52839	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386262404
15	NC_017441	GATCTG	2	12	55467	55478	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386262406
16	NC_017441	GGTTCA	2	12	55604	55615	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386262406
17	NC_017441	AGTTGT	2	12	58145	58156	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386262408
18	NC_017441	TTGTTC	2	12	59065	59076	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386262408
19	NC_017441	TCCTAA	2	12	59875	59886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386262409
20	NC_017441	GTTCTT	2	12	63789	63800	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386262411
21	NC_017441	CTATTT	2	12	72111	72122	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386262418
22	NC_017441	ACTCTT	2	12	73240	73251	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386262419
23	NC_017441	TTTCTG	2	12	73790	73801	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386262420
24	NC_017441	GATCAT	2	12	73920	73931	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386262420
25	NC_017441	TAGTAC	2	12	76914	76925	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386262421
26	NC_017441	GGTTTA	2	12	80565	80576	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386262424
27	NC_017441	GTCTGT	2	12	83609	83620	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386262427
28	NC_017441	TTCTGA	2	12	89223	89234	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386262431
29	NC_017441	AAAAGA	2	12	94286	94297	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386262437
30	NC_017441	AGCTGT	2	12	96380	96391	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386262438
31	NC_017441	TCTTTT	2	12	97039	97050	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386262440
32	NC_017441	GGGGCT	2	12	97987	97998	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386262440
33	NC_017441	TTTGAG	2	12	100191	100202	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386262442
34	NC_017441	TCAGAA	2	12	106832	106843	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386262447
35	NC_017441	CATAAC	2	12	109876	109887	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386262450
36	NC_017441	TGTTCT	2	12	112640	112651	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386262452
37	NC_017441	ACTTCG	2	12	115924	115935	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386262454
38	NC_017441	TTGCCA	2	12	119463	119474	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386262458
39	NC_017441	TTGGTA	2	12	121003	121014	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386262460
40	NC_017441	AGGATC	2	12	121382	121393	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386262460
41	NC_017441	AAGGGT	2	12	123189	123200	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386262461
42	NC_017441	GGGTTT	2	12	124152	124163	0 %	50 %	50 %	0 %	386262462
43	NC_017441	TTGCAT	2	12	124434	124445	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386262462
44	NC_017441	AAGAGA	2	12	124803	124814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386262462
45	NC_017441	TTAAAA	2	12	133740	133751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386262468
46	NC_017441	AGGTTG	2	12	134982	134993	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386262469
47	NC_017441	GAGTTA	2	12	140033	140044	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262477
48	NC_017441	TGGAAT	2	12	143461	143472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262481
49	NC_017441	ATGGTT	2	12	143705	143716	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386262481
50	NC_017441	TGCTCT	2	12	145896	145907	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386262484
51	NC_017441	GAAAGG	2	12	149634	149645	50 %	0 %	50 %	0 %	386262486
52	NC_017441	GCTTTG	2	12	149877	149888	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386262486
53	NC_017441	TGTGCG	2	12	153999	154010	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386262489
54	NC_017441	CCTCAT	2	12	155297	155308	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386262490
55	NC_017441	TGGAGA	2	12	156755	156766	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386262492
56	NC_017441	CTCCAT	2	12	158125	158136	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386262493
57	NC_017441	TCCTTG	2	12	158721	158732	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386262494
58	NC_017441	AAGTTT	2	12	158806	158817	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386262494
59	NC_017441	AACAGC	2	12	161359	161370	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386262497
60	NC_017441	AAAAAG	2	12	173946	173957	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386262504
61	NC_017441	ACTTCT	2	12	189684	189695	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386262516
62	NC_017441	ATTTGC	2	12	192377	192388	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386262517
63	NC_017441	AAACAT	2	12	193467	193478	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386262520
64	NC_017441	AGCAAC	2	12	193802	193813	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386262520
65	NC_017441	TCTGGA	2	12	200072	200083	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386262527
66	NC_017441	CTGGAT	2	12	215665	215676	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386262540
67	NC_017441	GAAATA	2	12	215988	215999	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386262540
68	NC_017441	ACTCCA	2	12	223734	223745	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386262548
69	NC_017441	CTGCTT	2	12	223966	223977	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386262548
70	NC_017441	ATTGCT	2	12	227275	227286	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386262551
71	NC_017441	TCCTAG	2	12	227565	227576	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386262551
72	NC_017441	GCAACG	2	12	228053	228064	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386262552
73	NC_017441	CTTAGC	2	12	230682	230693	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386262554
74	NC_017441	TTCCTT	2	12	237514	237525	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386262559
75	NC_017441	TCTCCT	2	12	240395	240406	0 %	50 %	0 %	50 %	386262560
76	NC_017441	AAACCA	2	12	240970	240981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386262561
77	NC_017441	CCTGCA	2	12	256359	256370	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386262580
78	NC_017441	ACCTTT	2	12	261554	261565	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386262585
79	NC_017441	TCATAA	2	12	269398	269409	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386262592
80	NC_017441	AAGTGT	2	12	270124	270135	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262592
81	NC_017441	ATCTAA	2	12	273402	273413	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386262595
82	NC_017441	TGGAAT	2	12	275600	275611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386262597
83	NC_017441	GGAACA	2	12	279487	279498	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386262599
84	NC_017441	CACGCG	2	12	281860	281871	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386262601
85	NC_017441	TTTCTT	2	12	282039	282050	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386262601
86	NC_017441	CTCCTA	2	12	286201	286212	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386262604
87	NC_017441	GCAATG	2	12	292320	292331	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386262610
88	NC_017441	CGACAT	2	12	292995	293006	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386262611
89	NC_017441	CCCTTA	2	12	294449	294460	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386262613
90	NC_017441	AAAATA	2	12	296547	296558	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386262615
91	NC_017441	ACCACT	2	12	298902	298913	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386262617
92	NC_017441	CATTGC	2	12	302148	302159	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386262620
93	NC_017441	CCAAAA	2	12	303327	303338	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386262621
94	NC_017441	TCTTTT	2	12	305212	305223	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386262623
95	NC_017441	CAAGAC	2	12	306303	306314	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386262624
96	NC_017441	AGCTTA	2	12	307584	307595	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386262626
97	NC_017441	CAAAGA	2	12	312969	312980	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386262631
98	NC_017441	ATGGCT	2	12	313585	313596	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386262632
99	NC_017441	TACAAA	2	12	317775	317786	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386262635
100	NC_017441	TTAATT	2	12	319454	319465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386262637
101	NC_017441	AAAACA	2	12	322939	322950	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386262639
102	NC_017441	CAGAAC	2	12	344924	344935	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386262658
103	NC_017441	ATTCAA	2	12	349902	349913	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386262663
104	NC_017441	TTCTTA	2	12	361879	361890	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386262671
105	NC_017441	CAGCCT	2	12	373941	373952	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386262683
106	NC_017441	AGCTGA	2	12	373991	374002	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386262683
107	NC_017441	ATGCTA	2	12	377858	377869	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386262685
108	NC_017441	CAATAG	2	12	384464	384475	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386262688
109	NC_017441	ACTGAA	2	12	384605	384616	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386262688
110	NC_017441	CTGCAC	2	12	384798	384809	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386262688
111	NC_017441	TCCATA	2	12	395157	395168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386262697
112	NC_017441	TTAGGT	2	12	396515	396526	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386262699
113	NC_017441	AGGGAA	2	12	397841	397852	50 %	0 %	50 %	0 %	386262700
114	NC_017441	CTGAAG	2	12	398676	398687	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386262701
115	NC_017441	TAATCT	2	12	404093	404104	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386262704
116	NC_017441	GAACAA	2	12	404595	404606	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386262705
117	NC_017441	CTAAAG	2	12	404978	404989	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386262706
118	NC_017441	CCTTTC	2	12	406142	406153	0 %	50 %	0 %	50 %	386262707
119	NC_017441	ACATGC	2	12	415683	415694	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386262716
120	NC_017441	GGCTCT	2	12	416418	416429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386262717
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129	NC_017441	ATGAAG	2	12	452938	452949	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386262750
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135	NC_017441	ATCGGC	2	12	467630	467641	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386262763
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147	NC_017441	GGTTGT	2	12	511537	511548	0 %	50 %	50 %	0 %	386262797
148	NC_017441	TCTCTA	2	12	517396	517407	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386262803
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229	NC_017441	GCTGAG	2	12	804950	804961	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386263056
230	NC_017441	TAGCCT	2	12	807897	807908	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386263057
231	NC_017441	AAGAGG	2	12	828338	828349	50 %	0 %	50 %	0 %	386263071
232	NC_017441	GAAAGG	2	12	833215	833226	50 %	0 %	50 %	0 %	386263076
233	NC_017441	AGCTTC	2	12	834669	834680	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386263077
234	NC_017441	ATCACA	2	12	838774	838785	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386263082
235	NC_017441	GATCCG	2	12	843383	843394	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386263086
236	NC_017441	TTATGC	2	12	850321	850332	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386263092
237	NC_017441	ATGGGG	2	12	853355	853366	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386263095
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.