MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-EC plasmid pCTDEC1

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017435	TTG	2	6	249	254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244079
2	NC_017435	TGT	2	6	1207	1212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244080
3	NC_017435	AGA	2	6	1213	1218	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244080
4	NC_017435	AGG	2	6	1229	1234	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244080
5	NC_017435	ATG	2	6	1255	1260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244080
6	NC_017435	TTC	2	6	1297	1302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244080
7	NC_017435	AGA	2	6	1557	1562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244080
8	NC_017435	GTT	2	6	1600	1605	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244080
9	NC_017435	GAG	2	6	1606	1611	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244080
10	NC_017435	AAG	2	6	1662	1667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244080
11	NC_017435	TCT	2	6	1726	1731	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244080
12	NC_017435	TTC	2	6	1740	1745	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244080
13	NC_017435	AAT	2	6	1774	1779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244080
14	NC_017435	TCT	2	6	1844	1849	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244080
15	NC_017435	CTT	2	6	1898	1903	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244080
16	NC_017435	TCT	2	6	1995	2000	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244081
17	NC_017435	TCT	2	6	2037	2042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244081
18	NC_017435	AAG	2	6	2045	2050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244081
19	NC_017435	CGA	2	6	2073	2078	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244081
20	NC_017435	ATC	2	6	2153	2158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244081
21	NC_017435	TTC	3	9	2189	2197	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244081
22	NC_017435	CAA	2	6	2293	2298	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244081
23	NC_017435	CTT	2	6	2302	2307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244081
24	NC_017435	TAT	2	6	2339	2344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244081
25	NC_017435	GTT	2	6	2393	2398	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244081
26	NC_017435	ATG	2	6	2446	2451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244081
27	NC_017435	AGA	2	6	2570	2575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244081
28	NC_017435	GTT	2	6	2661	2666	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244081
29	NC_017435	TCC	2	6	2675	2680	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244081
30	NC_017435	AAT	2	6	2847	2852	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244082
31	NC_017435	TTG	2	6	2870	2875	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244082
32	NC_017435	TAA	2	6	3010	3015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244082
33	NC_017435	GTT	2	6	3252	3257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244083
34	NC_017435	TGA	2	6	3314	3319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244083
35	NC_017435	AAC	2	6	3374	3379	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244083
36	NC_017435	GCC	2	6	3380	3385	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385244083
37	NC_017435	AAT	2	6	3401	3406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244083
38	NC_017435	CTG	2	6	3409	3414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244083
39	NC_017435	TCC	2	6	3473	3478	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244083
40	NC_017435	TAA	2	6	3479	3484	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244083
41	NC_017435	TTA	2	6	3528	3533	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244083
42	NC_017435	GTT	2	6	3545	3550	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244083
43	NC_017435	CAA	2	6	3560	3565	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244083
44	NC_017435	TGT	2	6	3581	3586	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244083
45	NC_017435	CAA	2	6	3619	3624	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244083
46	NC_017435	TGA	2	6	3725	3730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244083
47	NC_017435	ATT	2	6	3731	3736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244083
48	NC_017435	ATT	2	6	3807	3812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244083
49	NC_017435	TTC	2	6	4020	4025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244084
50	NC_017435	AGA	2	6	4071	4076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244084
51	NC_017435	TCT	2	6	4098	4103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244084
52	NC_017435	TAA	2	6	4233	4238	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244084
53	NC_017435	GCT	2	6	4291	4296	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244084
54	NC_017435	TTC	2	6	4497	4502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244084
55	NC_017435	CTA	2	6	4565	4570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244084
56	NC_017435	CTT	2	6	4661	4666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244084
57	NC_017435	AAC	2	6	4800	4805	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244084
58	NC_017435	GCT	2	6	4855	4860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244084
59	NC_017435	TCT	2	6	4956	4961	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244084
60	NC_017435	TGA	2	6	4997	5002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244084
61	NC_017435	AGA	2	6	5129	5134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244085
62	NC_017435	TCT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244085
63	NC_017435	CTT	2	6	5497	5502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244085
64	NC_017435	AAT	2	6	5511	5516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244085
65	NC_017435	TCT	2	6	5517	5522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244085
66	NC_017435	CAA	2	6	5575	5580	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244085
67	NC_017435	CAA	2	6	5587	5592	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244085
68	NC_017435	GCT	2	6	5703	5708	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244085
69	NC_017435	ATC	2	6	5747	5752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244085
70	NC_017435	GCT	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244085
71	NC_017435	TTC	2	6	6026	6031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244085
72	NC_017435	ATC	2	6	6050	6055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244085
73	NC_017435	CAT	2	6	6103	6108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244085
74	NC_017435	ACG	2	6	6149	6154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244085
75	NC_017435	ATG	2	6	6239	6244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244085
76	NC_017435	AAC	2	6	6321	6326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244085
77	NC_017435	GCA	2	6	6498	6503	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244086
78	NC_017435	TTA	2	6	6605	6610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244086
79	NC_017435	CAA	2	6	6630	6635	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244086
80	NC_017435	CTT	2	6	6779	6784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244086
81	NC_017435	AGC	2	6	6810	6815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244086
82	NC_017435	AGG	2	6	7029	7034	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244086
83	NC_017435	CTC	2	6	7041	7046	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244086
84	NC_017435	CAA	2	6	7084	7089	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244086
85	NC_017435	ATT	2	6	7138	7143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244086
86	NC_017435	TGG	2	6	7232	7237	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385244086
87	NC_017435	GAT	2	6	7401	7406	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244086
88	NC_017435	AGA	2	6	7448	7453	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244086

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.