MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-EC chromosome

Total Repeats: 643

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017434	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	385243211
2	NC_017434	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	385243212
3	NC_017434	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	385243212
4	NC_017434	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	385243212
5	NC_017434	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	385243212
6	NC_017434	GTCTT	2	10	5219	5228	0 %	60 %	20 %	20 %	385243213
7	NC_017434	TGGTA	2	10	7691	7700	20 %	40 %	40 %	0 %	385243215
8	NC_017434	CGAAA	2	10	9099	9108	60 %	0 %	20 %	20 %	385243216
9	NC_017434	GGCTG	2	10	9733	9742	0 %	20 %	60 %	20 %	385243217
10	NC_017434	CCTCT	2	10	10525	10534	0 %	40 %	0 %	60 %	385243218
11	NC_017434	AAAGG	2	10	10684	10693	60 %	0 %	40 %	0 %	385243218
12	NC_017434	AAGAA	2	10	11804	11813	80 %	0 %	20 %	0 %	385243219
13	NC_017434	AAAGA	2	10	13202	13211	80 %	0 %	20 %	0 %	385243220
14	NC_017434	GGTGT	2	10	13306	13315	0 %	40 %	60 %	0 %	385243220
15	NC_017434	GATTT	2	10	15049	15058	20 %	60 %	20 %	0 %	385243222
16	NC_017434	CGTTC	2	10	16160	16169	0 %	40 %	20 %	40 %	385243223
17	NC_017434	GCTTC	2	10	16533	16542	0 %	40 %	20 %	40 %	385243223
18	NC_017434	GAAGG	2	10	16904	16913	40 %	0 %	60 %	0 %	385243223
19	NC_017434	GTTGT	2	10	20330	20339	0 %	60 %	40 %	0 %	385243226
20	NC_017434	AAGAT	2	10	21442	21451	60 %	20 %	20 %	0 %	385243227
21	NC_017434	TTTGC	2	10	22053	22062	0 %	60 %	20 %	20 %	385243227
22	NC_017434	GGAAA	2	10	23807	23816	60 %	0 %	40 %	0 %	385243227
23	NC_017434	AGAGG	2	10	25532	25541	40 %	0 %	60 %	0 %	385243228
24	NC_017434	GGAGA	2	10	27311	27320	40 %	0 %	60 %	0 %	385243229
25	NC_017434	GGATA	2	10	27337	27346	40 %	20 %	40 %	0 %	385243229
26	NC_017434	ATCCG	2	10	28062	28071	20 %	20 %	20 %	40 %	385243231
27	NC_017434	AGGGT	2	10	28580	28589	20 %	20 %	60 %	0 %	385243231
28	NC_017434	CCTAT	2	10	29620	29629	20 %	40 %	0 %	40 %	385243232
29	NC_017434	GAAGG	2	10	30419	30428	40 %	0 %	60 %	0 %	385243233
30	NC_017434	GAGCT	2	10	31459	31468	20 %	20 %	40 %	20 %	385243234
31	NC_017434	CTATT	2	10	36133	36142	20 %	60 %	0 %	20 %	385243240
32	NC_017434	TCCTA	2	10	36180	36189	20 %	40 %	0 %	40 %	385243240
33	NC_017434	ACGAT	2	10	38096	38105	40 %	20 %	20 %	20 %	385243241
34	NC_017434	TTTGA	2	10	38461	38470	20 %	60 %	20 %	0 %	385243241
35	NC_017434	AGCAA	2	10	42112	42121	60 %	0 %	20 %	20 %	385243243
36	NC_017434	CGATG	2	10	42169	42178	20 %	20 %	40 %	20 %	385243243
37	NC_017434	TTTAT	2	10	44243	44252	20 %	80 %	0 %	0 %	385243247
38	NC_017434	CTTTC	2	10	46339	46348	0 %	60 %	0 %	40 %	385243249
39	NC_017434	AGTTT	2	10	46878	46887	20 %	60 %	20 %	0 %	385243249
40	NC_017434	GAAGA	2	10	48011	48020	60 %	0 %	40 %	0 %	385243249
41	NC_017434	CTTTT	2	10	50041	50050	0 %	80 %	0 %	20 %	385243252
42	NC_017434	CCGTA	2	10	53816	53825	20 %	20 %	20 %	40 %	385243255
43	NC_017434	TTATC	2	10	55219	55228	20 %	60 %	0 %	20 %	385243256
44	NC_017434	GAGCA	2	10	59665	59674	40 %	0 %	40 %	20 %	385243259
45	NC_017434	TGTGA	2	10	62114	62123	20 %	40 %	40 %	0 %	385243261
46	NC_017434	AGTGA	2	10	63641	63650	40 %	20 %	40 %	0 %	385243262
47	NC_017434	CCTTC	2	10	63915	63924	0 %	40 %	0 %	60 %	385243262
48	NC_017434	AGGAG	2	10	66143	66152	40 %	0 %	60 %	0 %	385243264
49	NC_017434	GTTAA	2	10	66273	66282	40 %	40 %	20 %	0 %	385243264
50	NC_017434	CAAGC	2	10	68651	68660	40 %	0 %	20 %	40 %	385243266
51	NC_017434	GCGAT	2	10	69711	69720	20 %	20 %	40 %	20 %	385243267
52	NC_017434	CTCTT	2	10	70065	70074	0 %	60 %	0 %	40 %	385243267
53	NC_017434	AGGGG	2	10	70711	70720	20 %	0 %	80 %	0 %	385243267
54	NC_017434	AAGAA	2	10	70753	70762	80 %	0 %	20 %	0 %	385243267
55	NC_017434	ATTGG	2	10	72043	72052	20 %	40 %	40 %	0 %	385243269
56	NC_017434	GAAAA	2	10	73115	73124	80 %	0 %	20 %	0 %	385243269
57	NC_017434	TGGGA	2	10	73532	73541	20 %	20 %	60 %	0 %	385243270
58	NC_017434	TATTT	2	10	76059	76068	20 %	80 %	0 %	0 %	385243271
59	NC_017434	TGTCT	2	10	79851	79860	0 %	60 %	20 %	20 %	385243274
60	NC_017434	TTACT	2	10	80358	80367	20 %	60 %	0 %	20 %	385243274
61	NC_017434	AGAAA	2	10	81748	81757	80 %	0 %	20 %	0 %	385243276
62	NC_017434	GGAAG	2	10	82261	82270	40 %	0 %	60 %	0 %	385243276
63	NC_017434	GATCC	2	10	85812	85821	20 %	20 %	20 %	40 %	385243279
64	NC_017434	TTTTC	2	10	90879	90888	0 %	80 %	0 %	20 %	385243282
65	NC_017434	GGATG	2	10	91139	91148	20 %	20 %	60 %	0 %	385243283
66	NC_017434	CAACA	2	10	92678	92687	60 %	0 %	0 %	40 %	385243284
67	NC_017434	ACAGC	2	10	93723	93732	40 %	0 %	20 %	40 %	385243286
68	NC_017434	CTTTT	2	10	94097	94106	0 %	80 %	0 %	20 %	385243287
69	NC_017434	GGAAC	2	10	94435	94444	40 %	0 %	40 %	20 %	385243288
70	NC_017434	GGATT	2	10	95335	95344	20 %	40 %	40 %	0 %	385243288
71	NC_017434	AGCAT	2	10	95356	95365	40 %	20 %	20 %	20 %	385243288
72	NC_017434	CAATC	2	10	96437	96446	40 %	20 %	0 %	40 %	385243290
73	NC_017434	TTTGC	2	10	96571	96580	0 %	60 %	20 %	20 %	385243290
74	NC_017434	ATTCA	2	10	96835	96844	40 %	40 %	0 %	20 %	385243290
75	NC_017434	GATCC	2	10	97094	97103	20 %	20 %	20 %	40 %	385243290
76	NC_017434	GTTTT	2	10	97515	97524	0 %	80 %	20 %	0 %	385243290
77	NC_017434	AAGCT	2	10	98718	98727	40 %	20 %	20 %	20 %	385243291
78	NC_017434	AGGGG	2	10	99077	99086	20 %	0 %	80 %	0 %	385243291
79	NC_017434	ATAGC	2	10	99776	99785	40 %	20 %	20 %	20 %	385243292
80	NC_017434	AGCGA	2	10	102704	102713	40 %	0 %	40 %	20 %	385243295
81	NC_017434	TTTCT	2	10	103062	103071	0 %	80 %	0 %	20 %	385243295
82	NC_017434	ATCAT	2	10	104268	104277	40 %	40 %	0 %	20 %	385243296
83	NC_017434	GGCAT	2	10	104976	104985	20 %	20 %	40 %	20 %	385243296
84	NC_017434	AAAGC	2	10	108702	108711	60 %	0 %	20 %	20 %	385243299
85	NC_017434	GCATT	2	10	109862	109871	20 %	40 %	20 %	20 %	385243301
86	NC_017434	GCTCT	2	10	113915	113924	0 %	40 %	20 %	40 %	385243303
87	NC_017434	TGTTT	2	10	114539	114548	0 %	80 %	20 %	0 %	385243304
88	NC_017434	CATGT	2	10	114917	114926	20 %	40 %	20 %	20 %	385243304
89	NC_017434	TATCG	2	10	115621	115630	20 %	40 %	20 %	20 %	385243304
90	NC_017434	TTTCT	2	10	116137	116146	0 %	80 %	0 %	20 %	385243305
91	NC_017434	AAAGA	2	10	118383	118392	80 %	0 %	20 %	0 %	385243308
92	NC_017434	GCTTC	2	10	122373	122382	0 %	40 %	20 %	40 %	385243311
93	NC_017434	TACAA	2	10	126161	126170	60 %	20 %	0 %	20 %	385243315
94	NC_017434	ATCCA	2	10	128566	128575	40 %	20 %	0 %	40 %	385243318
95	NC_017434	GAAGA	2	10	130116	130125	60 %	0 %	40 %	0 %	385243318
96	NC_017434	AAAAG	2	10	132029	132038	80 %	0 %	20 %	0 %	385243319
97	NC_017434	GATTC	2	10	132360	132369	20 %	40 %	20 %	20 %	385243319
98	NC_017434	GGATA	2	10	134980	134989	40 %	20 %	40 %	0 %	385243321
99	NC_017434	ATTGG	2	10	135645	135654	20 %	40 %	40 %	0 %	385243322
100	NC_017434	ATTGT	2	10	135678	135687	20 %	60 %	20 %	0 %	385243322
101	NC_017434	TGTTT	2	10	136104	136113	0 %	80 %	20 %	0 %	385243323
102	NC_017434	TCCAG	2	10	139849	139858	20 %	20 %	20 %	40 %	385243329
103	NC_017434	GTACA	2	10	140580	140589	40 %	20 %	20 %	20 %	385243330
104	NC_017434	TAGAT	2	10	140953	140962	40 %	40 %	20 %	0 %	385243330
105	NC_017434	AAAAC	2	10	141845	141854	80 %	0 %	0 %	20 %	385243331
106	NC_017434	TGCTA	2	10	142931	142940	20 %	40 %	20 %	20 %	385243333
107	NC_017434	GGAGC	2	10	142978	142987	20 %	0 %	60 %	20 %	385243333
108	NC_017434	CTGGG	2	10	144393	144402	0 %	20 %	60 %	20 %	385243335
109	NC_017434	GTTTT	2	10	145140	145149	0 %	80 %	20 %	0 %	385243336
110	NC_017434	GAACC	2	10	148874	148883	40 %	0 %	20 %	40 %	385243337
111	NC_017434	ATTCT	2	10	152370	152379	20 %	60 %	0 %	20 %	385243341
112	NC_017434	CTGTG	2	10	152574	152583	0 %	40 %	40 %	20 %	385243341
113	NC_017434	TTCTT	2	10	155048	155057	0 %	80 %	0 %	20 %	385243345
114	NC_017434	AGGAA	2	10	159608	159617	60 %	0 %	40 %	0 %	385243349
115	NC_017434	AGAGA	2	10	162839	162848	60 %	0 %	40 %	0 %	385243352
116	NC_017434	AGCAA	2	10	163274	163283	60 %	0 %	20 %	20 %	385243352
117	NC_017434	CAAAA	2	10	166777	166786	80 %	0 %	0 %	20 %	385243354
118	NC_017434	AAGAG	2	10	167610	167619	60 %	0 %	40 %	0 %	385243354
119	NC_017434	GATTG	2	10	167955	167964	20 %	40 %	40 %	0 %	385243354
120	NC_017434	GTTTT	2	10	174434	174443	0 %	80 %	20 %	0 %	385243358
121	NC_017434	TATTG	2	10	174457	174466	20 %	60 %	20 %	0 %	385243358
122	NC_017434	CAGCA	2	10	174816	174825	40 %	0 %	20 %	40 %	385243358
123	NC_017434	TAGGA	2	10	175123	175132	40 %	20 %	40 %	0 %	385243359
124	NC_017434	TGATT	2	10	177050	177059	20 %	60 %	20 %	0 %	385243360
125	NC_017434	TCAAT	2	10	177691	177700	40 %	40 %	0 %	20 %	385243360
126	NC_017434	TTTTC	2	10	177730	177739	0 %	80 %	0 %	20 %	385243360
127	NC_017434	GGAAT	2	10	179290	179299	40 %	20 %	40 %	0 %	385243361
128	NC_017434	AGAGT	2	10	180248	180257	40 %	20 %	40 %	0 %	385243362
129	NC_017434	TTGAA	2	10	180781	180790	40 %	40 %	20 %	0 %	385243363
130	NC_017434	AGGGG	2	10	181792	181801	20 %	0 %	80 %	0 %	385243363
131	NC_017434	TTGAG	2	10	182355	182364	20 %	40 %	40 %	0 %	385243364
132	NC_017434	GAATG	2	10	182380	182389	40 %	20 %	40 %	0 %	385243364
133	NC_017434	AGAGA	2	10	184465	184474	60 %	0 %	40 %	0 %	385243367
134	NC_017434	ACGAT	2	10	186537	186546	40 %	20 %	20 %	20 %	385243369
135	NC_017434	GGATC	2	10	189627	189636	20 %	20 %	40 %	20 %	385243372
136	NC_017434	CAGAT	2	10	189742	189751	40 %	20 %	20 %	20 %	385243372
137	NC_017434	ACGAT	2	10	190661	190670	40 %	20 %	20 %	20 %	385243373
138	NC_017434	TTGTA	2	10	191639	191648	20 %	60 %	20 %	0 %	385243373
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142	NC_017434	TATCA	2	10	192412	192421	40 %	40 %	0 %	20 %	385243375
143	NC_017434	GATCT	2	10	192558	192567	20 %	40 %	20 %	20 %	385243375
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