MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis G/9768 chromosome

Total Repeats: 283

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017429	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385239514
2	NC_017429	TAGCAA	2	12	10828	10839	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385239520
3	NC_017429	AAAGCT	2	12	10959	10970	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385239520
4	NC_017429	TAGTGA	2	12	12105	12116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239521
5	NC_017429	GTTCCT	2	12	19390	19401	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385239527
6	NC_017429	CTTTTT	2	12	21544	21555	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385239530
7	NC_017429	GTGAGG	2	12	25474	25485	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385239531
8	NC_017429	GGATTT	2	12	35951	35962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239543
9	NC_017429	AATTAG	2	12	37372	37383	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385239544
10	NC_017429	TTCCTG	2	12	37671	37682	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385239544
11	NC_017429	TTTTGA	2	12	44980	44991	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385239552
12	NC_017429	TGAACG	2	12	52281	52292	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385239559
13	NC_017429	GTGATT	2	12	52300	52311	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239559
14	NC_017429	GATCTG	2	12	54915	54926	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385239561
15	NC_017429	GTGTAA	2	12	54963	54974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239561
16	NC_017429	GGTTCA	2	12	55052	55063	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385239561
17	NC_017429	TGAAAA	2	12	59048	59059	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385239564
18	NC_017429	TCCTAA	2	12	59387	59398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385239564
19	NC_017429	GTTCTT	2	12	63307	63318	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385239566
20	NC_017429	CTATTT	2	12	71629	71640	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385239573
21	NC_017429	ACTCTT	2	12	72758	72769	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385239574
22	NC_017429	TTTCTG	2	12	73308	73319	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385239575
23	NC_017429	GATCAT	2	12	73438	73449	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385239575
24	NC_017429	TAGTAC	2	12	76432	76443	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385239576
25	NC_017429	GGTTTA	2	12	80083	80094	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239580
26	NC_017429	TTTAGT	2	12	81856	81867	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385239582
27	NC_017429	GTCTGT	2	12	83127	83138	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385239583
28	NC_017429	TTCTGA	2	12	88741	88752	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385239587
29	NC_017429	AGCTGT	2	12	95898	95909	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385239594
30	NC_017429	TCTTTT	2	12	96563	96574	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385239596
31	NC_017429	GGGGCT	2	12	97511	97522	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385239596
32	NC_017429	TTTGAG	2	12	99715	99726	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239598
33	NC_017429	TCAGAA	2	12	106356	106367	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385239603
34	NC_017429	CATAAC	2	12	109400	109411	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385239606
35	NC_017429	TGTTCT	2	12	112164	112175	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385239608
36	NC_017429	ACTTCG	2	12	115448	115459	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385239610
37	NC_017429	TTGCCA	2	12	118987	118998	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385239614
38	NC_017429	TTGGTA	2	12	120527	120538	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239616
39	NC_017429	AGGATC	2	12	120906	120917	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385239616
40	NC_017429	AAGGGT	2	12	122713	122724	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385239617
41	NC_017429	GGGTTT	2	12	123676	123687	0 %	50 %	50 %	0 %	385239618
42	NC_017429	TTGCAT	2	12	123958	123969	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385239618
43	NC_017429	AAGAGA	2	12	124327	124338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385239618
44	NC_017429	TTAAAA	2	12	133261	133272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385239624
45	NC_017429	AGGTTG	2	12	134503	134514	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385239625
46	NC_017429	CTGTTT	2	12	135198	135209	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385239626
47	NC_017429	GAGTTA	2	12	139552	139563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239634
48	NC_017429	TGGAAA	2	12	142105	142116	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385239637
49	NC_017429	TGGAAT	2	12	142980	142991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239638
50	NC_017429	ATGGTT	2	12	143224	143235	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239638
51	NC_017429	TGCTCT	2	12	145415	145426	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385239641
52	NC_017429	GAAAGG	2	12	149153	149164	50 %	0 %	50 %	0 %	385239643
53	NC_017429	GCTTTG	2	12	149396	149407	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385239643
54	NC_017429	TGTGCG	2	12	153518	153529	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385239647
55	NC_017429	CCTCAT	2	12	154816	154827	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385239648
56	NC_017429	TGGAGA	2	12	156274	156285	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385239650
57	NC_017429	CTCCAT	2	12	157641	157652	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385239651
58	NC_017429	TCCTTG	2	12	158237	158248	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385239652
59	NC_017429	AAGTTT	2	12	158322	158333	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385239652
60	NC_017429	AACAGC	2	12	160873	160884	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385239655
61	NC_017429	AAAAAG	2	12	173460	173471	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385239662
62	NC_017429	ACTTCT	2	12	189630	189641	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385239674
63	NC_017429	ATTTGC	2	12	192323	192334	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385239675
64	NC_017429	AAACAT	2	12	193413	193424	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385239679
65	NC_017429	AGCAAC	2	12	193748	193759	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385239679
66	NC_017429	TTGCCT	2	12	196461	196472	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385239683
67	NC_017429	TCTGGA	2	12	199711	199722	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385239687
68	NC_017429	CTGGAT	2	12	215302	215313	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385239700
69	NC_017429	GAAATA	2	12	215625	215636	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385239700
70	NC_017429	GATGCA	2	12	222515	222526	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385239707
71	NC_017429	ACTCCA	2	12	223405	223416	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385239708
72	NC_017429	CTGCTT	2	12	223637	223648	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385239708
73	NC_017429	ATTGCT	2	12	226946	226957	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385239711
74	NC_017429	TCCTAG	2	12	227236	227247	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385239711
75	NC_017429	GCAACG	2	12	227724	227735	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385239712
76	NC_017429	CTTAGC	2	12	230357	230368	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385239714
77	NC_017429	TTCCTT	2	12	237189	237200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385239719
78	NC_017429	TCTCCT	2	12	240070	240081	0 %	50 %	0 %	50 %	385239720
79	NC_017429	AAACCA	2	12	240645	240656	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385239721
80	NC_017429	CCTGCA	2	12	256036	256047	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385239740
81	NC_017429	ACCTTT	2	12	261231	261242	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385239745
82	NC_017429	TCATAA	2	12	269078	269089	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385239752
83	NC_017429	AAGTGT	2	12	269804	269815	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239752
84	NC_017429	ATCTAA	2	12	273082	273093	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385239755
85	NC_017429	TGGAAT	2	12	275280	275291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239757
86	NC_017429	GGAACA	2	12	279167	279178	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385239759
87	NC_017429	CACGCG	2	12	281540	281551	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385239761
88	NC_017429	TTTCTT	2	12	281719	281730	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385239761
89	NC_017429	CTCCTA	2	12	285881	285892	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385239764
90	NC_017429	GCAATG	2	12	292000	292011	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385239770
91	NC_017429	CGACAT	2	12	292679	292690	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385239771
92	NC_017429	CCCTTA	2	12	294133	294144	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385239773
93	NC_017429	AAAATA	2	12	296231	296242	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385239775
94	NC_017429	ACCACT	2	12	298586	298597	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385239777
95	NC_017429	CATTGC	2	12	301832	301843	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385239780
96	NC_017429	CCAAAA	2	12	303011	303022	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385239781
97	NC_017429	TCTTTT	2	12	304896	304907	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385239783
98	NC_017429	CAAGAC	2	12	305987	305998	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385239784
99	NC_017429	AGCTTA	2	12	307268	307279	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385239786
100	NC_017429	CAAAGA	2	12	312640	312651	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385239791
101	NC_017429	ATGGCT	2	12	313256	313267	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385239792
102	NC_017429	TACAAA	2	12	317446	317457	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385239795
103	NC_017429	TTAATT	2	12	319125	319136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385239797
104	NC_017429	AAAACA	2	12	322612	322623	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385239800
105	NC_017429	CAGAAC	2	12	344576	344587	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385239818
106	NC_017429	ATTCAA	2	12	349553	349564	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385239823
107	NC_017429	TTCTTA	2	12	361530	361541	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385239831
108	NC_017429	CAGCCT	2	12	373611	373622	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385239844
109	NC_017429	AGCTGA	2	12	373661	373672	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385239844
110	NC_017429	ATGCTA	2	12	377528	377539	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385239846
111	NC_017429	CAATAG	2	12	384134	384145	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385239849
112	NC_017429	ACTGAA	2	12	384275	384286	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385239849
113	NC_017429	CTGCAC	2	12	384468	384479	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385239849
114	NC_017429	TCCATA	2	12	394826	394837	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385239858
115	NC_017429	TTAGGT	2	12	396184	396195	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239860
116	NC_017429	AGGGAA	2	12	397510	397521	50 %	0 %	50 %	0 %	385239861
117	NC_017429	CTGAAG	2	12	398345	398356	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385239862
118	NC_017429	TAATCT	2	12	403753	403764	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385239865
119	NC_017429	GAACAA	2	12	404255	404266	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385239866
120	NC_017429	CTAAAG	2	12	404638	404649	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385239867
121	NC_017429	CCTTTC	2	12	405802	405813	0 %	50 %	0 %	50 %	385239868
122	NC_017429	ACATGC	2	12	415345	415356	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385239879
123	NC_017429	GGCTCT	2	12	416080	416091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385239880
124	NC_017429	ATCTTG	2	12	417674	417685	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385239881
125	NC_017429	CCCCCA	2	12	419008	419019	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	385239882
126	NC_017429	TTCCTC	2	12	423073	423084	0 %	50 %	0 %	50 %	385239886
127	NC_017429	CTCTAC	2	12	426322	426333	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385239888
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130	NC_017429	TGATAA	2	12	429134	429145	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385239891
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132	NC_017429	TTCTCC	2	12	443544	443555	0 %	50 %	0 %	50 %	385239904
133	NC_017429	ATGAAG	2	12	452595	452606	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385239912
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137	NC_017429	CCAATA	2	12	461440	461451	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385239917
138	NC_017429	ATCGGC	2	12	467287	467298	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385239925
139	NC_017429	TATTGG	2	12	467880	467891	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239925
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145	NC_017429	CTGAAG	2	12	495771	495782	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385239943
146	NC_017429	TGAGTA	2	12	496225	496236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239943
147	NC_017429	AAACTG	2	12	499672	499683	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385239947
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151	NC_017429	GCTGTT	2	12	513504	513515	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385239963
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185	NC_017429	CTGCTC	2	12	600839	600850	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	385240061
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201	NC_017429	GCTTCT	2	12	650273	650284	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240107
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216	NC_017429	TCTGCA	2	12	745391	745402	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240183
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219	NC_017429	GGAAGA	2	12	762656	762667	50 %	0 %	50 %	0 %	385240200
220	NC_017429	ATGCAA	2	12	764968	764979	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240204
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222	NC_017429	TATATT	2	12	770637	770648	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385240209
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224	NC_017429	ATGAAG	2	12	784065	784076	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385240220
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228	NC_017429	AAGCTC	2	12	796007	796018	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385240232
229	NC_017429	TTTCTT	2	12	798873	798884	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385240234
230	NC_017429	AGAAAT	2	12	802063	802074	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385240237
231	NC_017429	GAAATT	2	12	803676	803687	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385240239
232	NC_017429	TAGCCT	2	12	807305	807316	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240240
233	NC_017429	CACCTA	2	12	821866	821877	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385240251
234	NC_017429	AGCTAC	2	12	825834	825845	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385240253
235	NC_017429	AAGAGG	2	12	827705	827716	50 %	0 %	50 %	0 %	385240255
236	NC_017429	GAAAGG	2	12	832581	832592	50 %	0 %	50 %	0 %	385240260
237	NC_017429	AGCTTC	2	12	834035	834046	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240261
238	NC_017429	ATCACA	2	12	838140	838151	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385240267
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240	NC_017429	TTATGC	2	12	849688	849699	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385240277
241	NC_017429	ATGGGG	2	12	852722	852733	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385240280
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258	NC_017429	CTTCTC	2	12	922276	922287	0 %	50 %	0 %	50 %	385240331
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262	NC_017429	GGATTA	2	12	955873	955884	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240361
263	NC_017429	GAAAAA	2	12	956419	956430	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385240361
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283	NC_017429	ACCATC	2	12	1036560	1036571	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385240426

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.