MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium thermocellum DSM 1313 chromosome

Total Repeats: 1081

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017304	TGGCCG	2	12	600	611	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	385777387
2	NC_017304	GAAGTT	2	12	5178	5189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777392
3	NC_017304	GCCGAT	2	12	6276	6287	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385777392
4	NC_017304	TAAAAA	2	12	10424	10435	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385777396
5	NC_017304	GGAAAA	2	12	10670	10681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777396
6	NC_017304	TGGAAC	2	12	11447	11458	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385777397
7	NC_017304	AAGGAA	2	12	14235	14246	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777398
8	NC_017304	AAAAAT	2	12	14457	14468	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385777398
9	NC_017304	AGGTTG	2	12	16118	16129	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385777400
10	NC_017304	ATTTTC	2	12	18366	18377	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385777402
11	NC_017304	TTAAAT	2	12	19511	19522	50 %	50 %	0 %	0 %	385777403
12	NC_017304	TCATTA	2	12	19548	19559	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385777403
13	NC_017304	AATGCC	2	12	21145	21156	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385777404
14	NC_017304	TATTAA	2	12	28016	28027	50 %	50 %	0 %	0 %	385777413
15	NC_017304	TGAAAA	2	12	36744	36755	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777420
16	NC_017304	TGAAAC	2	12	41154	41165	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385777426
17	NC_017304	GTAAAA	2	12	43429	43440	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777427
18	NC_017304	TGGATT	2	12	44317	44328	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385777428
19	NC_017304	TGAAAA	2	12	44885	44896	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777428
20	NC_017304	AAGGAA	2	12	45685	45696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777429
21	NC_017304	CTGCCG	2	12	53460	53471	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	385777433
22	NC_017304	ATAGGT	2	12	53498	53509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777433
23	NC_017304	TTTTTC	2	12	54750	54761	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385777435
24	NC_017304	ATAAAG	2	12	57526	57537	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777436
25	NC_017304	GTTCCA	2	12	59163	59174	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777438
26	NC_017304	TGTCAT	2	12	61317	61328	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385777439
27	NC_017304	GAAGGA	2	12	61961	61972	50 %	0 %	50 %	0 %	385777439
28	NC_017304	CTTTGG	2	12	71872	71883	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385777448
29	NC_017304	ATGGCT	2	12	77720	77731	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385777456
30	NC_017304	ACCGGT	2	12	81078	81089	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385777459
31	NC_017304	GTTAAA	2	12	82831	82842	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385777461
32	NC_017304	ATTGGC	2	12	85325	85336	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385777462
33	NC_017304	TTGTCA	2	12	90926	90937	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385777465
34	NC_017304	TGGTAC	2	12	96017	96028	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385777468
35	NC_017304	ACCGGA	2	12	103233	103244	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777473
36	NC_017304	CCGACG	2	12	103509	103520	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385777473
37	NC_017304	CGACAC	2	12	103612	103623	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385777473
38	NC_017304	ACCGGA	2	12	103760	103771	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777473
39	NC_017304	GCCGGA	2	12	103790	103801	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	385777473
40	NC_017304	GCTTTG	2	12	108783	108794	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385777476
41	NC_017304	TGCCAT	2	12	111490	111501	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777479
42	NC_017304	TTGGAA	2	12	113542	113553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777482
43	NC_017304	CAAGGA	2	12	118314	118325	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385777485
44	NC_017304	CGAAGA	2	12	119148	119159	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385777487
45	NC_017304	ATTAAG	2	12	119610	119621	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385777488
46	NC_017304	ATCGAG	2	12	124213	124224	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385777493
47	NC_017304	GTTCAA	2	12	124487	124498	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385777493
48	NC_017304	TGACAA	2	12	127158	127169	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385777495
49	NC_017304	AAACAA	2	12	129670	129681	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385777497
50	NC_017304	GATTGT	2	12	138158	138169	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385777506
51	NC_017304	TAAGTT	2	12	138971	138982	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385777507
52	NC_017304	AAAATT	2	12	141188	141199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385777509
53	NC_017304	TTTCCA	2	12	148590	148601	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385777518
54	NC_017304	TTCACC	2	12	157729	157740	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385777526
55	NC_017304	AGCATA	2	12	169107	169118	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385777534
56	NC_017304	TTTATC	2	12	169822	169833	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385777536
57	NC_017304	ATTGTC	2	12	169957	169968	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385777536
58	NC_017304	TTGATT	2	12	177747	177758	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385777543
59	NC_017304	AACCGG	2	12	178087	178098	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777543
60	NC_017304	GATTGT	2	12	189115	189126	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385777554
61	NC_017304	CCGGTG	2	12	196225	196236	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	385777561
62	NC_017304	GCTTTG	2	12	197953	197964	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385777563
63	NC_017304	ATTGGA	2	12	199271	199282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777565
64	NC_017304	TGTATT	2	12	204244	204255	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385777570
65	NC_017304	GAAGCC	2	12	204954	204965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777572
66	NC_017304	AAAGGT	2	12	221542	221553	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385777581
67	NC_017304	AAAAGG	2	12	227885	227896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777587
68	NC_017304	TTGATA	2	12	230304	230315	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385777589
69	NC_017304	TGGCAA	2	12	232393	232404	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385777592
70	NC_017304	TGTGGT	2	12	239707	239718	0 %	50 %	50 %	0 %	385777598
71	NC_017304	TGCCTA	2	12	243846	243857	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777600
72	NC_017304	ATGTAA	2	12	244121	244132	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385777600
73	NC_017304	TTGAAA	2	12	246457	246468	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385777603
74	NC_017304	TGCCAG	2	12	247947	247958	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385777605
75	NC_017304	GCCAAT	2	12	266031	266042	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385777622
76	NC_017304	AAAAGG	2	12	268383	268394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777625
77	NC_017304	AATATG	2	12	277784	277795	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385777635
78	NC_017304	CCTTGA	2	12	287346	287357	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777644
79	NC_017304	TAGAAT	2	12	290822	290833	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385777646
80	NC_017304	TTGGTT	2	12	302948	302959	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385777655
81	NC_017304	CGGTCA	2	12	305751	305762	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385777657
82	NC_017304	AGGGGA	2	12	307391	307402	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385777658
83	NC_017304	ATTTTA	2	12	309193	309204	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385777661
84	NC_017304	TTGCAA	2	12	312226	312237	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385777664
85	NC_017304	GATATT	2	12	313888	313899	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385777665
86	NC_017304	ACTTTG	2	12	316940	316951	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385777669
87	NC_017304	GTTCCA	2	12	317661	317672	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777670
88	NC_017304	ATGGGA	2	12	320483	320494	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385777671
89	NC_017304	GACAGG	2	12	321282	321293	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	385777672
90	NC_017304	GTATAT	2	12	324038	324049	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385777674
91	NC_017304	GTAACG	2	12	326868	326879	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385777677
92	NC_017304	GAACTT	2	12	336159	336170	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385777685
93	NC_017304	GTTTGA	2	12	337182	337193	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385777687
94	NC_017304	ATTTAA	2	12	340151	340162	50 %	50 %	0 %	0 %	385777690
95	NC_017304	TGAGGC	2	12	341765	341776	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385777690
96	NC_017304	TATATG	2	12	342480	342491	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385777690
97	NC_017304	AAAAGT	2	12	346261	346272	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777691
98	NC_017304	GGCTCT	2	12	347973	347984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777694
99	NC_017304	ACAGGA	2	12	348387	348398	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385777695
100	NC_017304	AGTTGA	2	12	348492	348503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777695
101	NC_017304	GGCATT	2	12	349152	349163	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385777695
102	NC_017304	CATTCC	2	12	354290	354301	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385777700
103	NC_017304	CAGCGA	2	12	357538	357549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385777703
104	NC_017304	TTGAAG	2	12	359524	359535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385777705
105	NC_017304	TTTTTG	2	12	367529	367540	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385777711
106	NC_017304	GGAAAG	2	12	375597	375608	50 %	0 %	50 %	0 %	385777721
107	NC_017304	CTTGAA	2	12	377232	377243	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385777722
108	NC_017304	ACAATG	2	12	377271	377282	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385777722
109	NC_017304	TCCGAC	2	12	382363	382374	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385777725
110	NC_017304	CGGTGA	2	12	383673	383684	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385777726
111	NC_017304	TGCCAA	2	12	389731	389742	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385777729
112	NC_017304	CTGTGG	2	12	393774	393785	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385777733
113	NC_017304	AAAGGA	2	12	406084	406095	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385777748
114	NC_017304	AGAGGA	2	12	409116	409127	50 %	0 %	50 %	0 %	385777751
115	NC_017304	CCGATG	2	12	409502	409513	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385777751
116	NC_017304	ATGAAA	2	12	411286	411297	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385777753
117	NC_017304	CCTGAC	2	12	412186	412197	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385777753
118	NC_017304	TTGCCA	2	12	412823	412834	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777754
119	NC_017304	TGCCAT	2	12	413710	413721	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385777755
120	NC_017304	TTCCGG	2	12	422561	422572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385777765
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341	NC_017304	TGTTGA	2	12	1050684	1050695	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385778255
342	NC_017304	ATTATA	2	12	1052946	1052957	50 %	50 %	0 %	0 %	385778258
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