MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Clostridium thermocellum DSM 1313 chromosome

Total Repeats: 2056

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017304	GGAAA	2	10	860	869	60 %	0 %	40 %	0 %	385777387
2	NC_017304	TTCAA	2	10	2804	2813	40 %	40 %	0 %	20 %	385777388
3	NC_017304	CCATA	2	10	5069	5078	40 %	20 %	0 %	40 %	385777392
4	NC_017304	AGTTG	2	10	6575	6584	20 %	40 %	40 %	0 %	385777392
5	NC_017304	TCTTG	2	10	7757	7766	0 %	60 %	20 %	20 %	385777393
6	NC_017304	GAAAA	2	10	10014	10023	80 %	0 %	20 %	0 %	385777395
7	NC_017304	ATTGT	2	10	10485	10494	20 %	60 %	20 %	0 %	385777396
8	NC_017304	AATAT	2	10	11038	11047	60 %	40 %	0 %	0 %	385777396
9	NC_017304	CTTTT	2	10	15324	15333	0 %	80 %	0 %	20 %	385777399
10	NC_017304	TGCTT	2	10	21021	21030	0 %	60 %	20 %	20 %	385777404
11	NC_017304	TTTGC	2	10	22760	22769	0 %	60 %	20 %	20 %	385777407
12	NC_017304	AATAT	2	10	25782	25791	60 %	40 %	0 %	0 %	385777411
13	NC_017304	TTGAT	2	10	26745	26754	20 %	60 %	20 %	0 %	385777412
14	NC_017304	TTGGA	2	10	26953	26962	20 %	40 %	40 %	0 %	385777412
15	NC_017304	GTTAT	2	10	29239	29248	20 %	60 %	20 %	0 %	385777414
16	NC_017304	TTTGC	2	10	31787	31796	0 %	60 %	20 %	20 %	385777416
17	NC_017304	TATAA	2	10	33371	33380	60 %	40 %	0 %	0 %	385777417
18	NC_017304	TGCAG	2	10	35243	35252	20 %	20 %	40 %	20 %	385777419
19	NC_017304	GTATA	2	10	43726	43735	40 %	40 %	20 %	0 %	385777427
20	NC_017304	AAAAG	2	10	46011	46020	80 %	0 %	20 %	0 %	385777429
21	NC_017304	ATAGC	2	10	56459	56468	40 %	20 %	20 %	20 %	385777436
22	NC_017304	GCTTT	2	10	57945	57954	0 %	60 %	20 %	20 %	385777436
23	NC_017304	GTTTT	2	10	59090	59099	0 %	80 %	20 %	0 %	385777438
24	NC_017304	TCTTT	2	10	59310	59319	0 %	80 %	0 %	20 %	385777438
25	NC_017304	AATGC	2	10	60992	61001	40 %	20 %	20 %	20 %	385777439
26	NC_017304	AGTAA	2	10	62383	62392	60 %	20 %	20 %	0 %	385777439
27	NC_017304	CGGAA	2	10	63419	63428	40 %	0 %	40 %	20 %	385777440
28	NC_017304	CAGAG	2	10	63563	63572	40 %	0 %	40 %	20 %	385777440
29	NC_017304	GAGAA	2	10	64337	64346	60 %	0 %	40 %	0 %	385777441
30	NC_017304	CAAAC	2	10	73910	73919	60 %	0 %	0 %	40 %	385777451
31	NC_017304	AACGG	2	10	77515	77524	40 %	0 %	40 %	20 %	385777456
32	NC_017304	AATTT	2	10	77877	77886	40 %	60 %	0 %	0 %	385777456
33	NC_017304	TGCAA	2	10	78549	78558	40 %	20 %	20 %	20 %	385777457
34	NC_017304	CATAT	2	10	79640	79649	40 %	40 %	0 %	20 %	385777457
35	NC_017304	TTGCA	2	10	84019	84028	20 %	40 %	20 %	20 %	385777462
36	NC_017304	CGGTT	2	10	84151	84160	0 %	40 %	40 %	20 %	385777462
37	NC_017304	CTTTA	2	10	89353	89362	20 %	60 %	0 %	20 %	385777465
38	NC_017304	GGGTT	2	10	91844	91853	0 %	40 %	60 %	0 %	385777466
39	NC_017304	TTCCA	2	10	94459	94468	20 %	40 %	0 %	40 %	385777468
40	NC_017304	ATTTG	2	10	94474	94483	20 %	60 %	20 %	0 %	385777468
41	NC_017304	CATAC	2	10	94907	94916	40 %	20 %	0 %	40 %	385777468
42	NC_017304	CAGTG	2	10	96732	96741	20 %	20 %	40 %	20 %	385777468
43	NC_017304	GCAAA	2	10	98548	98557	60 %	0 %	20 %	20 %	385777470
44	NC_017304	ACGGT	2	10	98855	98864	20 %	20 %	40 %	20 %	385777470
45	NC_017304	TCAAT	2	10	98924	98933	40 %	40 %	0 %	20 %	385777471
46	NC_017304	TGTAC	2	10	100656	100665	20 %	40 %	20 %	20 %	385777472
47	NC_017304	GTATT	2	10	100983	100992	20 %	60 %	20 %	0 %	385777472
48	NC_017304	ACTTC	2	10	110981	110990	20 %	40 %	0 %	40 %	385777479
49	NC_017304	ACCTT	2	10	115086	115095	20 %	40 %	0 %	40 %	385777482
50	NC_017304	GCAAA	2	10	116161	116170	60 %	0 %	20 %	20 %	385777484
51	NC_017304	CAAAA	2	10	118328	118337	80 %	0 %	0 %	20 %	385777485
52	NC_017304	TTTCC	2	10	119049	119058	0 %	60 %	0 %	40 %	385777487
53	NC_017304	AGAAA	3	15	119101	119115	80 %	0 %	20 %	0 %	385777487
54	NC_017304	AGAGC	2	10	119418	119427	40 %	0 %	40 %	20 %	385777487
55	NC_017304	AAAAT	2	10	121072	121081	80 %	20 %	0 %	0 %	385777488
56	NC_017304	AAAAT	2	10	123508	123517	80 %	20 %	0 %	0 %	385777491
57	NC_017304	ATAAG	2	10	124099	124108	60 %	20 %	20 %	0 %	385777492
58	NC_017304	AAAGG	2	10	125013	125022	60 %	0 %	40 %	0 %	385777494
59	NC_017304	CCAAA	2	10	125616	125625	60 %	0 %	0 %	40 %	385777494
60	NC_017304	TACAC	2	10	126202	126211	40 %	20 %	0 %	40 %	385777494
61	NC_017304	GAACA	2	10	128310	128319	60 %	0 %	20 %	20 %	385777496
62	NC_017304	TCAAG	2	10	129354	129363	40 %	20 %	20 %	20 %	385777497
63	NC_017304	TGCCC	2	10	130747	130756	0 %	20 %	20 %	60 %	385777498
64	NC_017304	TTGGA	2	10	130804	130813	20 %	40 %	40 %	0 %	385777498
65	NC_017304	CCGAT	2	10	131558	131567	20 %	20 %	20 %	40 %	385777499
66	NC_017304	GTACT	2	10	134522	134531	20 %	40 %	20 %	20 %	385777502
67	NC_017304	TTCCG	2	10	135957	135966	0 %	40 %	20 %	40 %	385777503
68	NC_017304	GCAAA	2	10	136625	136634	60 %	0 %	20 %	20 %	385777503
69	NC_017304	GAAAA	2	10	136692	136701	80 %	0 %	20 %	0 %	385777503
70	NC_017304	TTTAT	2	10	137301	137310	20 %	80 %	0 %	0 %	385777504
71	NC_017304	GGAAA	2	10	137590	137599	60 %	0 %	40 %	0 %	385777505
72	NC_017304	AATGA	2	10	137605	137614	60 %	20 %	20 %	0 %	385777505
73	NC_017304	AGCAG	2	10	138686	138695	40 %	0 %	40 %	20 %	385777507
74	NC_017304	CATTT	2	10	141201	141210	20 %	60 %	0 %	20 %	385777509
75	NC_017304	TTTCA	2	10	141418	141427	20 %	60 %	0 %	20 %	385777510
76	NC_017304	AAATT	2	10	142500	142509	60 %	40 %	0 %	0 %	385777511
77	NC_017304	AAAGA	2	10	145743	145752	80 %	0 %	20 %	0 %	385777515
78	NC_017304	GGCGG	2	10	146005	146014	0 %	0 %	80 %	20 %	385777515
79	NC_017304	GTAAA	2	10	148852	148861	60 %	20 %	20 %	0 %	385777518
80	NC_017304	CATTC	2	10	148891	148900	20 %	40 %	0 %	40 %	385777518
81	NC_017304	CCAAA	2	10	148977	148986	60 %	0 %	0 %	40 %	385777518
82	NC_017304	AACAT	2	10	150845	150854	60 %	20 %	0 %	20 %	385777520
83	NC_017304	CAGGG	2	10	151358	151367	20 %	0 %	60 %	20 %	385777521
84	NC_017304	TATCA	2	10	153681	153690	40 %	40 %	0 %	20 %	385777523
85	NC_017304	CATGG	2	10	155543	155552	20 %	20 %	40 %	20 %	385777524
86	NC_017304	TAAAT	2	10	155806	155815	60 %	40 %	0 %	0 %	385777525
87	NC_017304	AAAAG	2	10	158643	158652	80 %	0 %	20 %	0 %	385777527
88	NC_017304	TCGAA	2	10	159752	159761	40 %	20 %	20 %	20 %	385777527
89	NC_017304	GCATG	2	10	160892	160901	20 %	20 %	40 %	20 %	385777529
90	NC_017304	GTATC	2	10	166125	166134	20 %	40 %	20 %	20 %	385777532
91	NC_017304	CATTG	2	10	166717	166726	20 %	40 %	20 %	20 %	385777533
92	NC_017304	TCGTT	2	10	166998	167007	0 %	60 %	20 %	20 %	385777533
93	NC_017304	ATTAT	2	10	169330	169339	40 %	60 %	0 %	0 %	385777534
94	NC_017304	CTTTT	2	10	170757	170766	0 %	80 %	0 %	20 %	385777537
95	NC_017304	TAAAA	2	10	173547	173556	80 %	20 %	0 %	0 %	385777539
96	NC_017304	GGAAG	2	10	173765	173774	40 %	0 %	60 %	0 %	385777539
97	NC_017304	CAGTT	2	10	175319	175328	20 %	40 %	20 %	20 %	385777540
98	NC_017304	AAGCT	2	10	176767	176776	40 %	20 %	20 %	20 %	385777541
99	NC_017304	CATGG	2	10	183574	183583	20 %	20 %	40 %	20 %	385777547
100	NC_017304	GTGGA	2	10	183991	184000	20 %	20 %	60 %	0 %	385777548
101	NC_017304	TTATG	2	10	187404	187413	20 %	60 %	20 %	0 %	385777553
102	NC_017304	ACGGT	2	10	187549	187558	20 %	20 %	40 %	20 %	385777553
103	NC_017304	TTGGA	2	10	187663	187672	20 %	40 %	40 %	0 %	385777553
104	NC_017304	TATGA	2	10	188016	188025	40 %	40 %	20 %	0 %	385777553
105	NC_017304	GACTG	2	10	193832	193841	20 %	20 %	40 %	20 %	385777558
106	NC_017304	GAACG	2	10	194017	194026	40 %	0 %	40 %	20 %	385777558
107	NC_017304	GAAGT	2	10	194591	194600	40 %	20 %	40 %	0 %	385777559
108	NC_017304	TTGGT	2	10	194868	194877	0 %	60 %	40 %	0 %	385777559
109	NC_017304	TTGAT	2	10	194917	194926	20 %	60 %	20 %	0 %	385777559
110	NC_017304	CGGTT	2	10	195327	195336	0 %	40 %	40 %	20 %	385777560
111	NC_017304	GGCAA	2	10	197178	197187	40 %	0 %	40 %	20 %	385777562
112	NC_017304	TATAA	2	10	198598	198607	60 %	40 %	0 %	0 %	385777563
113	NC_017304	TAAAT	2	10	200287	200296	60 %	40 %	0 %	0 %	385777566
114	NC_017304	ACAAA	2	10	202340	202349	80 %	0 %	0 %	20 %	385777569
115	NC_017304	GAATA	2	10	203898	203907	60 %	20 %	20 %	0 %	385777570
116	NC_017304	TTTAT	2	10	204715	204724	20 %	80 %	0 %	0 %	385777572
117	NC_017304	AAAGC	2	10	204909	204918	60 %	0 %	20 %	20 %	385777572
118	NC_017304	TTATT	2	10	206887	206896	20 %	80 %	0 %	0 %	385777574
119	NC_017304	AATGA	2	10	208960	208969	60 %	20 %	20 %	0 %	385777576
120	NC_017304	AGATA	2	10	210743	210752	60 %	20 %	20 %	0 %	385777578
121	NC_017304	ATTGA	2	10	211086	211095	40 %	40 %	20 %	0 %	385777578
122	NC_017304	AACAA	2	10	211210	211219	80 %	0 %	0 %	20 %	385777578
123	NC_017304	CAAAA	2	10	211220	211229	80 %	0 %	0 %	20 %	385777578
124	NC_017304	GGAAA	2	10	211308	211317	60 %	0 %	40 %	0 %	385777578
125	NC_017304	ACTTG	2	10	211328	211337	20 %	40 %	20 %	20 %	385777578
126	NC_017304	TAAAG	2	10	217075	217084	60 %	20 %	20 %	0 %	385777579
127	NC_017304	TAATA	2	10	217555	217564	60 %	40 %	0 %	0 %	385777580
128	NC_017304	GAGTG	2	10	219845	219854	20 %	20 %	60 %	0 %	385777580
129	NC_017304	CAAAA	2	10	221488	221497	80 %	0 %	0 %	20 %	385777581
130	NC_017304	AATGA	2	10	229735	229744	60 %	20 %	20 %	0 %	385777588
131	NC_017304	GACAA	2	10	238828	238837	60 %	0 %	20 %	20 %	385777597
132	NC_017304	GGGAT	2	10	240852	240861	20 %	20 %	60 %	0 %	385777599
133	NC_017304	GCAAA	2	10	245007	245016	60 %	0 %	20 %	20 %	385777601
134	NC_017304	AAACA	2	10	248568	248577	80 %	0 %	0 %	20 %	385777605
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