MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydophila pneumoniae LPCoLN chromosome

Total Repeats: 399

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017285	ATGCAT	2	12	3436	3447	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384448992
2	NC_017285	CTAAGA	2	12	3791	3802	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384448992
3	NC_017285	ATTACT	2	12	4608	4619	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384448992
4	NC_017285	GGAGAA	2	12	7173	7184	50 %	0 %	50 %	0 %	384448994
5	NC_017285	TAAAAA	2	12	7837	7848	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384448995
6	NC_017285	TATGGA	2	12	14899	14910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384448997
7	NC_017285	TTGATG	2	12	16602	16613	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384448999
8	NC_017285	TGACAA	2	12	16690	16701	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384448999
9	NC_017285	CTTTGG	2	12	20629	20640	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384449004
10	NC_017285	AGATAA	2	12	21793	21804	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384449005
11	NC_017285	AAATAC	2	12	22307	22318	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384449005
12	NC_017285	TGTAAT	2	12	26099	26110	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384449007
13	NC_017285	TTTTTA	2	12	41554	41565	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384449022
14	NC_017285	AAAAAC	2	12	43689	43700	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384449024
15	NC_017285	TGCTGG	2	12	46881	46892	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384449028
16	NC_017285	CAAAAA	2	12	49008	49019	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384449030
17	NC_017285	AGGAAC	2	12	53239	53250	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384449033
18	NC_017285	AACCCC	2	12	56137	56148	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384449035
19	NC_017285	AGGACA	2	12	56188	56199	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384449035
20	NC_017285	CCTTAT	2	12	56226	56237	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384449035
21	NC_017285	TGAACA	2	12	61927	61938	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384449041
22	NC_017285	GGATAC	2	12	64076	64087	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384449041
23	NC_017285	ATGAAA	2	12	64892	64903	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384449041
24	NC_017285	AGGTTG	2	12	67411	67422	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384449044
25	NC_017285	CAAATA	2	12	69267	69278	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384449046
26	NC_017285	ATTTCT	2	12	69675	69686	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384449046
27	NC_017285	CAGAGG	2	12	69868	69879	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384449046
28	NC_017285	AGCACG	2	12	75730	75741	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384449055
29	NC_017285	CAGAAA	2	12	76214	76225	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384449055
30	NC_017285	TCCTGA	2	12	76275	76286	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384449055
31	NC_017285	CACCTC	2	12	80503	80514	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	384449060
32	NC_017285	CACCTC	2	12	81289	81300	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	384449061
33	NC_017285	TCAAAG	2	12	88771	88782	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384449069
34	NC_017285	GATAGT	2	12	88858	88869	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384449069
35	NC_017285	AAAACT	2	12	91421	91432	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384449072
36	NC_017285	TTTAGT	2	12	91570	91581	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384449072
37	NC_017285	CTTTTT	2	12	92037	92048	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384449072
38	NC_017285	GTATTT	2	12	96317	96328	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384449073
39	NC_017285	TTGAAG	2	12	98764	98775	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384449076
40	NC_017285	CCTTTG	2	12	99288	99299	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384449076
41	NC_017285	AACAGA	2	12	100588	100599	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384449077
42	NC_017285	AACGAG	2	12	101809	101820	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384449079
43	NC_017285	ATCAAT	2	12	104037	104048	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384449083
44	NC_017285	GTTAAT	2	12	110361	110372	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384449090
45	NC_017285	TGCTGG	2	12	110472	110483	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384449090
46	NC_017285	AAAAGG	2	12	111474	111485	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384449091
47	NC_017285	GCCTAA	2	12	112070	112081	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384449092
48	NC_017285	ATCAAT	2	12	112365	112376	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384449092
49	NC_017285	GTAAAG	2	12	115289	115300	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384449098
50	NC_017285	CTGGAA	2	12	118920	118931	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384449107
51	NC_017285	GTGGTC	2	12	119194	119205	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384449108
52	NC_017285	TTGTTT	2	12	120271	120282	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384449109
53	NC_017285	CTAAAG	2	12	123046	123057	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384449113
54	NC_017285	ATATGA	2	12	130607	130618	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384449121
55	NC_017285	TATTTA	2	12	136159	136170	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384449126
56	NC_017285	GGATTT	2	12	140324	140335	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384449129
57	NC_017285	AATATT	2	12	145679	145690	50 %	50 %	0 %	0 %	384449135
58	NC_017285	CGATGG	2	12	151146	151157	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384449141
59	NC_017285	TTCCGT	2	12	151195	151206	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384449141
60	NC_017285	TGCAAA	2	12	152000	152011	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384449142
61	NC_017285	GTGGTT	2	12	157836	157847	0 %	50 %	50 %	0 %	384449146
62	NC_017285	TTGCTT	2	12	159678	159689	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384449147
63	NC_017285	ATGGAT	2	12	161635	161646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384449149
64	NC_017285	ACCATT	2	12	161674	161685	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384449149
65	NC_017285	TTTCTT	2	12	164607	164618	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384449153
66	NC_017285	GAAAAA	2	12	167027	167038	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384449154
67	NC_017285	AGAGCA	2	12	167545	167556	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384449154
68	NC_017285	CAAGAG	2	12	169005	169016	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384449156
69	NC_017285	GTTCCC	2	12	177194	177205	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384449166
70	NC_017285	TTCCTG	2	12	177261	177272	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384449166
71	NC_017285	TTGTGG	2	12	177370	177381	0 %	50 %	50 %	0 %	384449166
72	NC_017285	AGGTGT	2	12	177448	177459	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384449166
73	NC_017285	TTCCTG	2	12	184284	184295	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384449170
74	NC_017285	TAAAAA	2	12	184986	184997	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384449171
75	NC_017285	TAAAAA	2	12	186469	186480	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384449174
76	NC_017285	GCTTTG	2	12	187835	187846	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384449177
77	NC_017285	CTCAAG	2	12	189849	189860	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384449177
78	NC_017285	CATTGA	2	12	190893	190904	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384449177
79	NC_017285	CCTTTA	2	12	191154	191165	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384449177
80	NC_017285	AGGCGT	2	12	192692	192703	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384449178
81	NC_017285	CAGGTA	2	12	196927	196938	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384449181
82	NC_017285	AACAGG	2	12	201250	201261	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384449185
83	NC_017285	AAAAAC	2	12	205660	205671	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384449189
84	NC_017285	GATTAC	2	12	206658	206669	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384449191
85	NC_017285	TTGGGC	2	12	210439	210450	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384449194
86	NC_017285	AGGAAA	2	12	211973	211984	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384449197
87	NC_017285	GAAAAC	2	12	214941	214952	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384449199
88	NC_017285	TGAGGT	2	12	215699	215710	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384449200
89	NC_017285	AGGTGA	2	12	218349	218360	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384449200
90	NC_017285	GGAGCC	2	12	219470	219481	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384449200
91	NC_017285	AAAATC	2	12	220120	220131	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384449200
92	NC_017285	TGAAAA	2	12	226209	226220	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384449205
93	NC_017285	AGAAAA	2	12	229070	229081	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384449210
94	NC_017285	CTCTTT	2	12	229922	229933	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384449211
95	NC_017285	GATGTC	2	12	232841	232852	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384449213
96	NC_017285	GGTTGT	2	12	234154	234165	0 %	50 %	50 %	0 %	384449214
97	NC_017285	CTAAAG	2	12	236916	236927	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384449217
98	NC_017285	TGGGTA	2	12	239708	239719	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384449220
99	NC_017285	TCGAAT	2	12	241752	241763	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384449223
100	NC_017285	AGAAAC	2	12	241992	242003	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384449223
101	NC_017285	AAGAGC	2	12	245343	245354	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384449225
102	NC_017285	TTCCTG	2	12	245457	245468	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384449225
103	NC_017285	CAATAG	2	12	252888	252899	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384449233
104	NC_017285	TTTCAT	2	12	257509	257520	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384449236
105	NC_017285	ACTTTA	2	12	257956	257967	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384449237
106	NC_017285	GTATAG	2	12	261337	261348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384449239
107	NC_017285	GTTATG	2	12	274594	274605	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384449252
108	NC_017285	TCTTTA	2	12	278113	278124	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384449255
109	NC_017285	AGAGGC	2	12	279826	279837	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384449255
110	NC_017285	GCCTTG	2	12	285021	285032	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384449261
111	NC_017285	CTTTAG	2	12	285615	285626	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384449261
112	NC_017285	TTTGTC	2	12	290741	290752	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384449265
113	NC_017285	GATGTG	2	12	292443	292454	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384449265
114	NC_017285	CAGGTG	2	12	296124	296135	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384449267
115	NC_017285	GTTGGA	2	12	300525	300536	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384449269
116	NC_017285	TTTTCA	2	12	301313	301324	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384449269
117	NC_017285	GGTGTT	2	12	304862	304873	0 %	50 %	50 %	0 %	384449270
118	NC_017285	GATTGT	2	12	307343	307354	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384449271
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347	NC_017285	TCTTTT	2	12	1070426	1070437	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384449944
348	NC_017285	TTCAAG	2	12	1070847	1070858	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384449944
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.