MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2c chromosome

Total Repeats: 282

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015744	TATCCA	2	12	1305	1316	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625374
2	NC_015744	TATTGA	2	12	17199	17210	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	339625384
3	NC_015744	TGTGAT	2	12	25498	25509	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625391
4	NC_015744	GGGAAG	2	12	38455	38466	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625406
5	NC_015744	GGAAGA	2	12	42113	42124	50 %	0 %	50 %	0 %	339625409
6	NC_015744	ATGCAA	2	12	44425	44436	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625413
7	NC_015744	GAGAAA	2	12	44654	44665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625413
8	NC_015744	TATATT	2	12	50094	50105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625418
9	NC_015744	TTTCCA	2	12	56917	56928	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339625424
10	NC_015744	ATGAAG	2	12	63530	63541	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339625427
11	NC_015744	ATTAGG	2	12	69314	69325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625433
12	NC_015744	CCCTGA	2	12	72310	72321	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339625436
13	NC_015744	AGAATT	2	12	75243	75254	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339625439
14	NC_015744	AAGCTC	2	12	75482	75493	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339625439
15	NC_015744	TTTCTT	2	12	78345	78356	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339625441
16	NC_015744	AGAAAT	2	12	81535	81546	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339625444
17	NC_015744	GAAATT	2	12	83149	83160	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339625446
18	NC_015744	TAGCCT	2	12	86778	86789	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339625447
19	NC_015744	CACCTA	2	12	101339	101350	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	339625458
20	NC_015744	AGCTAC	2	12	105307	105318	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339625460
21	NC_015744	AAGAGG	2	12	107178	107189	50 %	0 %	50 %	0 %	339625462
22	NC_015744	GAAAGG	2	12	112055	112066	50 %	0 %	50 %	0 %	339625468
23	NC_015744	AGCTTC	2	12	113509	113520	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339625469
24	NC_015744	ATCACA	2	12	117615	117626	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339625474
25	NC_015744	GATCCG	2	12	122224	122235	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339625478
26	NC_015744	TTATGC	2	12	129162	129173	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339625484
27	NC_015744	ATGGGG	2	12	132196	132207	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	339625487
28	NC_015744	AAAGAA	2	12	132675	132686	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	339625487
29	NC_015744	GGCTAG	2	12	133058	133069	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339625487
30	NC_015744	GAGAAA	2	12	133105	133116	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625487
31	NC_015744	CTTTTT	2	12	140971	140982	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339625490
32	NC_015744	GACCTG	2	12	145933	145944	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339625494
33	NC_015744	GAAGAG	2	12	166397	166408	50 %	0 %	50 %	0 %	339625506
34	NC_015744	TTTTCT	2	12	168787	168798	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339625507
35	NC_015744	CTGTTC	2	12	169100	169111	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339625507
36	NC_015744	GTTTTT	2	12	169754	169765	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	339625508
37	NC_015744	GTGTAT	2	12	170666	170677	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625509
38	NC_015744	TATTGG	2	12	174745	174756	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625513
39	NC_015744	CCAACG	2	12	177073	177084	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	339625513
40	NC_015744	TCCAGA	2	12	179711	179722	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339625517
41	NC_015744	TTTTGG	2	12	184908	184919	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625521
42	NC_015744	CAATTT	2	12	185575	185586	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339625524
43	NC_015744	ATCGCC	2	12	185846	185857	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339625524
44	NC_015744	GACATA	2	12	198326	198337	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625533
45	NC_015744	GACGGC	2	12	200825	200836	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339625537
46	NC_015744	CTTCTC	2	12	201734	201745	0 %	50 %	0 %	50 %	339625540
47	NC_015744	GAGCAA	2	12	204337	204348	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339625544
48	NC_015744	ATAGGG	2	12	225087	225098	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	339625561
49	NC_015744	CGGAGG	2	12	225409	225420	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	339625562
50	NC_015744	GGATTA	2	12	235277	235288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625569
51	NC_015744	GAAAAA	2	12	235823	235834	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	339625569
52	NC_015744	TTAAAA	2	12	239711	239722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625573
53	NC_015744	GCTATT	2	12	247332	247343	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339625581
54	NC_015744	CAAATG	2	12	249866	249877	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625582
55	NC_015744	GGCTGG	2	12	260976	260987	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	339625591
56	NC_015744	ACAGGA	2	12	261088	261099	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339625591
57	NC_015744	TTAAGC	2	12	262137	262148	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339625592
58	NC_015744	CCAGAA	2	12	265738	265749	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339625595
59	NC_015744	CAGGGA	2	12	271110	271121	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339625600
60	NC_015744	CTCCAT	2	12	273635	273646	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339625601
61	NC_015744	TCAGTA	2	12	274823	274834	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339625602
62	NC_015744	CAGAAT	2	12	276096	276107	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625605
63	NC_015744	TACTAG	2	12	276609	276620	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339625605
64	NC_015744	AGAATA	2	12	283588	283599	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339625614
65	NC_015744	AATTAA	2	12	286334	286345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625618
66	NC_015744	GCAATA	2	12	287280	287291	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625618
67	NC_015744	CTTTAT	2	12	290668	290679	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339625621
68	NC_015744	AGCTGG	2	12	291096	291107	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339625621
69	NC_015744	TTGTAA	2	12	293965	293976	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	339625624
70	NC_015744	TTTCTT	2	12	308843	308854	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339625635
71	NC_015744	TTTGCG	2	12	311063	311074	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339625635
72	NC_015744	GCGGAG	2	12	315261	315272	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	339625637
73	NC_015744	ACCATC	2	12	315892	315903	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	339625637
74	NC_015744	GAAGGA	2	12	322930	322941	50 %	0 %	50 %	0 %	339625642
75	NC_015744	AAAGCT	2	12	327111	327122	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625646
76	NC_015744	TAGCAA	2	12	333001	333012	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625654
77	NC_015744	AAAGCT	2	12	333132	333143	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625654
78	NC_015744	TAGTGA	2	12	334278	334289	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625655
79	NC_015744	ATATAC	2	12	338145	338156	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339625658
80	NC_015744	GTTCCT	2	12	341563	341574	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339625661
81	NC_015744	CTTTTT	2	12	343717	343728	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339625664
82	NC_015744	GTGAGG	2	12	347646	347657	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	339625665
83	NC_015744	GGATTT	2	12	358123	358134	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625677
84	NC_015744	AATTAG	2	12	359543	359554	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339625678
85	NC_015744	TTCCTG	2	12	359842	359853	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339625678
86	NC_015744	TTTTGA	2	12	367079	367090	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	339625686
87	NC_015744	TGAACG	2	12	374275	374286	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339625694
88	NC_015744	GTGATT	2	12	374294	374305	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625694
89	NC_015744	GGTTCA	2	12	377064	377075	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339625696
90	NC_015744	GAAAAG	2	12	378320	378331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625697
91	NC_015744	AGTTGT	2	12	379516	379527	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625698
92	NC_015744	AGTTGT	2	12	379660	379671	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625698
93	NC_015744	CTTGTT	2	12	380573	380584	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	339625698
94	NC_015744	TCCTAA	2	12	381384	381395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625699
95	NC_015744	GTTCTT	2	12	385298	385309	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	339625702
96	NC_015744	CTATTT	2	12	393608	393619	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339625713
97	NC_015744	ACTCTT	2	12	394737	394748	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339625714
98	NC_015744	TTTCTG	2	12	395287	395298	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	339625715
99	NC_015744	GATCAT	2	12	395417	395428	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339625715
100	NC_015744	TAGTAC	2	12	398411	398422	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339625716
101	NC_015744	GGTTTA	2	12	402064	402075	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625719
102	NC_015744	GTCTGT	2	12	405108	405119	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339625722
103	NC_015744	TTCTGA	2	12	410722	410733	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339625726
104	NC_015744	AAAAGA	2	12	415786	415797	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	339625732
105	NC_015744	AGCTGT	2	12	417879	417890	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339625733
106	NC_015744	TCTTTT	2	12	418544	418555	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339625735
107	NC_015744	GGGGCT	2	12	419492	419503	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	339625735
108	NC_015744	TTTGAG	2	12	421691	421702	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625737
109	NC_015744	TCAGAA	2	12	428332	428343	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625742
110	NC_015744	CATAAC	2	12	431376	431387	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339625746
111	NC_015744	TGTTCT	2	12	434143	434154	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	339625748
112	NC_015744	ACTTCG	2	12	437436	437447	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339625750
113	NC_015744	TTGCCA	2	12	440977	440988	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339625755
114	NC_015744	TTGGTA	2	12	442591	442602	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625757
115	NC_015744	AGGATC	2	12	442970	442981	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339625757
116	NC_015744	AAGGGT	2	12	444777	444788	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	339625758
117	NC_015744	GGGTTT	2	12	445740	445751	0 %	50 %	50 %	0 %	339625759
118	NC_015744	TTGCAT	2	12	446022	446033	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339625759
119	NC_015744	AAGAGA	2	12	446391	446402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625759
120	NC_015744	TTAAAA	2	12	455326	455337	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625767
121	NC_015744	AGGTTG	2	12	456568	456579	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	339625768
122	NC_015744	GAGTTA	2	12	461617	461628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625777
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124	NC_015744	TGGAAT	2	12	465045	465056	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625781
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141	NC_015744	CTGGAT	2	12	532953	532964	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339625845
142	NC_015744	GAAATA	2	12	533276	533287	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339625845
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152	NC_015744	CCTGCA	2	12	573698	573709	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339625886
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209	NC_015744	ATCGGC	2	12	784968	784979	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339626083
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215	NC_015744	TTCTTT	2	12	810398	810409	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339626099
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220	NC_015744	AAGAAA	2	12	820894	820905	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	339626110
221	NC_015744	GGTAAT	2	12	825696	825707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339626115
222	NC_015744	AGTTTT	2	12	826704	826715	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	339626117
223	NC_015744	GGTTGT	2	12	828832	828843	0 %	50 %	50 %	0 %	339626119
224	NC_015744	GCTGTT	2	12	831190	831201	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339626121
225	NC_015744	CTCTAT	2	12	834683	834694	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339626124
226	NC_015744	TGAACT	2	12	835190	835201	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339626124
227	NC_015744	TAATTC	2	12	836512	836523	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339626125
228	NC_015744	ACTCCT	2	12	836781	836792	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339626125
229	NC_015744	GATGAA	2	12	837301	837312	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339626125
230	NC_015744	CAAAGC	2	12	841661	841672	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339626126
231	NC_015744	CAGGAA	2	12	844640	844651	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339626130
232	NC_015744	ACTGTA	2	12	849425	849436	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339626134
233	NC_015744	AGCCAC	2	12	849460	849471	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	339626134
234	NC_015744	ATGTCA	2	12	850911	850922	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339626134
235	NC_015744	CAAATC	2	12	853011	853022	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339626136
236	NC_015744	AGGGAA	2	12	857452	857463	50 %	0 %	50 %	0 %	339626142
237	NC_015744	CTTCCT	2	12	859958	859969	0 %	50 %	0 %	50 %	339626146
238	NC_015744	ACAAGA	2	12	861461	861472	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	339626147
239	NC_015744	TAATTG	2	12	863506	863517	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	339626150
240	NC_015744	ATTACA	2	12	868565	868576	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339626154
241	NC_015744	CGGAAA	2	12	874051	874062	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339626159
242	NC_015744	ATATAG	2	12	874522	874533	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339626159
243	NC_015744	GCATAG	2	12	877554	877565	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339626163
244	NC_015744	TTTCAA	2	12	878726	878737	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339626166
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249	NC_015744	TGGAGA	2	12	896589	896600	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	339626182
250	NC_015744	CTCCAT	2	12	897112	897123	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339626183
251	NC_015744	TTCAAA	2	12	903458	903469	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339626191
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253	NC_015744	CTGATA	2	12	918596	918607	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339626218
254	NC_015744	CTGCTC	2	12	918644	918655	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339626218
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256	NC_015744	CAAAGA	2	12	924337	924348	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	339626224
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258	NC_015744	CGATAT	3	18	931956	931973	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339626231
259	NC_015744	ACTGTA	2	12	937210	937221	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339626235
260	NC_015744	CACTCT	2	12	937526	937537	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339626235
261	NC_015744	GAAAAA	2	12	945497	945508	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	339626242
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263	NC_015744	CTCGAG	2	12	955497	955508	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339626255
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270	NC_015744	GCTTCT	2	12	968060	968071	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339626267
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280	NC_015744	AAATGC	2	12	1022206	1022217	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339626312
281	NC_015744	GAAAGA	2	12	1024324	1024335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339626313
282	NC_015744	TCTTGA	2	12	1029434	1029445	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339626317

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.