MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCIT chromosome

Total Repeats: 229

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015736	TGCC	2	8	993	1000	0 %	25 %	25 %	50 %	339478130
2	NC_015736	GAGG	2	8	1161	1168	25 %	0 %	75 %	0 %	339478130
3	NC_015736	GGCT	2	8	1191	1198	0 %	25 %	50 %	25 %	339478130
4	NC_015736	GCAG	2	8	1301	1308	25 %	0 %	50 %	25 %	339478130
5	NC_015736	CGCT	2	8	1352	1359	0 %	25 %	25 %	50 %	339478130
6	NC_015736	AGGC	2	8	1412	1419	25 %	0 %	50 %	25 %	339478131
7	NC_015736	CATC	2	8	1753	1760	25 %	25 %	0 %	50 %	339478131
8	NC_015736	TGTC	2	8	2561	2568	0 %	50 %	25 %	25 %	339478132
9	NC_015736	CTTC	2	8	2788	2795	0 %	50 %	0 %	50 %	339478132
10	NC_015736	CCAT	2	8	2851	2858	25 %	25 %	0 %	50 %	339478132
11	NC_015736	GGAG	2	8	5197	5204	25 %	0 %	75 %	0 %	339478134
12	NC_015736	GTGC	2	8	5523	5530	0 %	25 %	50 %	25 %	339478135
13	NC_015736	GTGG	2	8	5758	5765	0 %	25 %	75 %	0 %	339478135
14	NC_015736	GCAT	2	8	5869	5876	25 %	25 %	25 %	25 %	339478135
15	NC_015736	GGCT	2	8	5936	5943	0 %	25 %	50 %	25 %	339478135
16	NC_015736	TGCA	2	8	6312	6319	25 %	25 %	25 %	25 %	339478135
17	NC_015736	ACGA	2	8	6595	6602	50 %	0 %	25 %	25 %	339478136
18	NC_015736	AGGC	2	8	6767	6774	25 %	0 %	50 %	25 %	339478136
19	NC_015736	AGCC	2	8	7326	7333	25 %	0 %	25 %	50 %	339478136
20	NC_015736	GCCT	2	8	7642	7649	0 %	25 %	25 %	50 %	339478136
21	NC_015736	TGCC	2	8	7944	7951	0 %	25 %	25 %	50 %	339478137
22	NC_015736	CGGT	2	8	9589	9596	0 %	25 %	50 %	25 %	339478138
23	NC_015736	GTCG	2	8	11213	11220	0 %	25 %	50 %	25 %	339478139
24	NC_015736	AGGG	2	8	11915	11922	25 %	0 %	75 %	0 %	339478140
25	NC_015736	CTGC	2	8	13016	13023	0 %	25 %	25 %	50 %	339478141
26	NC_015736	CTGG	2	8	13087	13094	0 %	25 %	50 %	25 %	339478141
27	NC_015736	GCCG	2	8	13100	13107	0 %	0 %	50 %	50 %	339478141
28	NC_015736	GGTA	2	8	14097	14104	25 %	25 %	50 %	0 %	339478142
29	NC_015736	TCCT	2	8	14194	14201	0 %	50 %	0 %	50 %	339478142
30	NC_015736	GTCT	2	8	14805	14812	0 %	50 %	25 %	25 %	339478142
31	NC_015736	CCTG	2	8	14883	14890	0 %	25 %	25 %	50 %	339478142
32	NC_015736	GCCT	2	8	14902	14909	0 %	25 %	25 %	50 %	339478142
33	NC_015736	TGCG	2	8	15963	15970	0 %	25 %	50 %	25 %	339478143
34	NC_015736	CAGC	2	8	16204	16211	25 %	0 %	25 %	50 %	339478143
35	NC_015736	TGGA	2	8	16313	16320	25 %	25 %	50 %	0 %	339478143
36	NC_015736	GCAC	2	8	16497	16504	25 %	0 %	25 %	50 %	339478143
37	NC_015736	TGGG	2	8	16979	16986	0 %	25 %	75 %	0 %	339478143
38	NC_015736	GAGC	2	8	17398	17405	25 %	0 %	50 %	25 %	339478144
39	NC_015736	GCCT	2	8	18250	18257	0 %	25 %	25 %	50 %	339478145
40	NC_015736	GCCA	2	8	18426	18433	25 %	0 %	25 %	50 %	339478145
41	NC_015736	GTAT	2	8	18619	18626	25 %	50 %	25 %	0 %	339478145
42	NC_015736	ACGA	2	8	18948	18955	50 %	0 %	25 %	25 %	339478145
43	NC_015736	CCAT	2	8	19039	19046	25 %	25 %	0 %	50 %	339478145
44	NC_015736	GCCT	2	8	19120	19127	0 %	25 %	25 %	50 %	339478145
45	NC_015736	CTGC	2	8	19317	19324	0 %	25 %	25 %	50 %	339478145
46	NC_015736	CTGA	2	8	19486	19493	25 %	25 %	25 %	25 %	339478145
47	NC_015736	TGCA	2	8	19842	19849	25 %	25 %	25 %	25 %	339478145
48	NC_015736	AGCC	2	8	20095	20102	25 %	0 %	25 %	50 %	339478145
49	NC_015736	GCAT	2	8	20270	20277	25 %	25 %	25 %	25 %	339478145
50	NC_015736	TAGT	2	8	22431	22438	25 %	50 %	25 %	0 %	339478146
51	NC_015736	CAAG	2	8	22723	22730	50 %	0 %	25 %	25 %	339478146
52	NC_015736	GTCT	2	8	22813	22820	0 %	50 %	25 %	25 %	339478146
53	NC_015736	GCGG	2	8	23672	23679	0 %	0 %	75 %	25 %	339478147
54	NC_015736	TTGC	2	8	23737	23744	0 %	50 %	25 %	25 %	339478147
55	NC_015736	GGAT	2	8	26045	26052	25 %	25 %	50 %	0 %	339478148
56	NC_015736	TCTG	2	8	26615	26622	0 %	50 %	25 %	25 %	339478150
57	NC_015736	CTCG	2	8	27183	27190	0 %	25 %	25 %	50 %	339478151
58	NC_015736	CCTG	2	8	27282	27289	0 %	25 %	25 %	50 %	339478151
59	NC_015736	CTAC	2	8	28003	28010	25 %	25 %	0 %	50 %	339478151
60	NC_015736	AGGG	2	8	28220	28227	25 %	0 %	75 %	0 %	339478151
61	NC_015736	GTGC	2	8	29647	29654	0 %	25 %	50 %	25 %	339478152
62	NC_015736	CTGC	2	8	30144	30151	0 %	25 %	25 %	50 %	339478153
63	NC_015736	GCTG	2	8	30482	30489	0 %	25 %	50 %	25 %	339478153
64	NC_015736	ATGC	2	8	30596	30603	25 %	25 %	25 %	25 %	339478153
65	NC_015736	CCAT	2	8	30734	30741	25 %	25 %	0 %	50 %	339478153
66	NC_015736	AGAT	2	8	31317	31324	50 %	25 %	25 %	0 %	339478154
67	NC_015736	CCAG	2	8	31598	31605	25 %	0 %	25 %	50 %	339478154
68	NC_015736	GCTG	2	8	32293	32300	0 %	25 %	50 %	25 %	339478154
69	NC_015736	CTAC	2	8	32349	32356	25 %	25 %	0 %	50 %	339478154
70	NC_015736	GGCA	2	8	33022	33029	25 %	0 %	50 %	25 %	339478155
71	NC_015736	TAAC	2	8	33343	33350	50 %	25 %	0 %	25 %	339478155
72	NC_015736	AGGC	2	8	34072	34079	25 %	0 %	50 %	25 %	339478156
73	NC_015736	CGCA	2	8	34279	34286	25 %	0 %	25 %	50 %	339478156
74	NC_015736	CATC	2	8	34475	34482	25 %	25 %	0 %	50 %	339478157
75	NC_015736	GAAC	2	8	35624	35631	50 %	0 %	25 %	25 %	339478159
76	NC_015736	AACT	2	8	37237	37244	50 %	25 %	0 %	25 %	339478160
77	NC_015736	CCTG	2	8	37968	37975	0 %	25 %	25 %	50 %	339478160
78	NC_015736	CCAT	2	8	38546	38553	25 %	25 %	0 %	50 %	339478160
79	NC_015736	GGAG	2	8	40504	40511	25 %	0 %	75 %	0 %	339478162
80	NC_015736	ACGC	2	8	41022	41029	25 %	0 %	25 %	50 %	339478162
81	NC_015736	CTGC	2	8	41735	41742	0 %	25 %	25 %	50 %	339478162
82	NC_015736	TATC	2	8	42241	42248	25 %	50 %	0 %	25 %	339478162
83	NC_015736	TGCA	2	8	42298	42305	25 %	25 %	25 %	25 %	339478163
84	NC_015736	CTAT	2	8	42489	42496	25 %	50 %	0 %	25 %	339478163
85	NC_015736	TAAC	2	8	43050	43057	50 %	25 %	0 %	25 %	339478164
86	NC_015736	CTGC	2	8	43302	43309	0 %	25 %	25 %	50 %	339478164
87	NC_015736	CGAG	2	8	44326	44333	25 %	0 %	50 %	25 %	339478165
88	NC_015736	TCGT	2	8	44849	44856	0 %	50 %	25 %	25 %	339478165
89	NC_015736	ATGC	2	8	44983	44990	25 %	25 %	25 %	25 %	339478165
90	NC_015736	GGCT	2	8	45925	45932	0 %	25 %	50 %	25 %	339478166
91	NC_015736	TGCA	2	8	46144	46151	25 %	25 %	25 %	25 %	339478166
92	NC_015736	GCAT	2	8	46304	46311	25 %	25 %	25 %	25 %	339478166
93	NC_015736	GGCT	2	8	46366	46373	0 %	25 %	50 %	25 %	339478166
94	NC_015736	AGCA	2	8	46613	46620	50 %	0 %	25 %	25 %	339478167
95	NC_015736	TATG	2	8	54221	54228	25 %	50 %	25 %	0 %	339478170
96	NC_015736	ACTT	2	8	54391	54398	25 %	50 %	0 %	25 %	339478170
97	NC_015736	CATC	2	8	54450	54457	25 %	25 %	0 %	50 %	339478170
98	NC_015736	TGAG	2	8	54501	54508	25 %	25 %	50 %	0 %	339478170
99	NC_015736	TCGT	2	8	56607	56614	0 %	50 %	25 %	25 %	339478171
100	NC_015736	TAGC	2	8	57070	57077	25 %	25 %	25 %	25 %	339478171
101	NC_015736	GCTG	2	8	59229	59236	0 %	25 %	50 %	25 %	339478172
102	NC_015736	AGAT	2	8	59314	59321	50 %	25 %	25 %	0 %	339478172
103	NC_015736	CCCT	2	8	59769	59776	0 %	25 %	0 %	75 %	339478173
104	NC_015736	TCGT	2	8	59933	59940	0 %	50 %	25 %	25 %	339478173
105	NC_015736	TAAC	2	8	60054	60061	50 %	25 %	0 %	25 %	339478173
106	NC_015736	GCAG	2	8	60198	60205	25 %	0 %	50 %	25 %	339478173
107	NC_015736	ACGC	2	8	60874	60881	25 %	0 %	25 %	50 %	339478174
108	NC_015736	TGCA	2	8	60953	60960	25 %	25 %	25 %	25 %	339478174
109	NC_015736	TGCG	2	8	61321	61328	0 %	25 %	50 %	25 %	339478174
110	NC_015736	TGCG	2	8	61560	61567	0 %	25 %	50 %	25 %	339478174
111	NC_015736	CAGG	2	8	61610	61617	25 %	0 %	50 %	25 %	339478174
112	NC_015736	GAAG	2	8	61821	61828	50 %	0 %	50 %	0 %	339478174
113	NC_015736	TGCA	2	8	61923	61930	25 %	25 %	25 %	25 %	339478174
114	NC_015736	TGTA	2	8	62366	62373	25 %	50 %	25 %	0 %	339478175
115	NC_015736	AGGC	2	8	62776	62783	25 %	0 %	50 %	25 %	339478175
116	NC_015736	GATG	2	8	64185	64192	25 %	25 %	50 %	0 %	339478178
117	NC_015736	GCGA	2	8	66464	66471	25 %	0 %	50 %	25 %	339478179
118	NC_015736	GGAG	2	8	66655	66662	25 %	0 %	75 %	0 %	339478180
119	NC_015736	AGCG	2	8	67102	67109	25 %	0 %	50 %	25 %	339478180
120	NC_015736	AGTG	2	8	67307	67314	25 %	25 %	50 %	0 %	339478180
121	NC_015736	CTGT	2	8	68032	68039	0 %	50 %	25 %	25 %	339478180
122	NC_015736	CATC	2	8	70652	70659	25 %	25 %	0 %	50 %	339478183
123	NC_015736	TGCC	2	8	71376	71383	0 %	25 %	25 %	50 %	339478184
124	NC_015736	GCCC	2	8	71408	71415	0 %	0 %	25 %	75 %	339478184
125	NC_015736	GGGT	2	8	73144	73151	0 %	25 %	75 %	0 %	339478185
126	NC_015736	TGGT	2	8	73635	73642	0 %	50 %	50 %	0 %	339478186
127	NC_015736	GCTA	2	8	73677	73684	25 %	25 %	25 %	25 %	339478186
128	NC_015736	AGTT	2	8	73907	73914	25 %	50 %	25 %	0 %	339478186
129	NC_015736	AGGC	2	8	74540	74547	25 %	0 %	50 %	25 %	339478187
130	NC_015736	GGTG	2	8	74575	74582	0 %	25 %	75 %	0 %	339478187
131	NC_015736	TCAT	2	8	74787	74794	25 %	50 %	0 %	25 %	339478187
132	NC_015736	AGGG	2	8	75060	75067	25 %	0 %	75 %	0 %	339478187
133	NC_015736	GCAG	2	8	75650	75657	25 %	0 %	50 %	25 %	339478188
134	NC_015736	GTGC	2	8	79200	79207	0 %	25 %	50 %	25 %	339478189
135	NC_015736	ATGC	2	8	80167	80174	25 %	25 %	25 %	25 %	339478190
136	NC_015736	ATGC	2	8	80199	80206	25 %	25 %	25 %	25 %	339478190
137	NC_015736	GCCT	2	8	81740	81747	0 %	25 %	25 %	50 %	339478194
138	NC_015736	GCAT	2	8	83718	83725	25 %	25 %	25 %	25 %	339478195
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.