MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Cupriavidus necator N-1 plasmid BB2p

Total Repeats: 263

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015724	TGGCG	2	10	1054	1063	0 %	20 %	60 %	20 %	339323775
2	NC_015724	GCTTG	2	10	5392	5401	0 %	40 %	40 %	20 %	339323778
3	NC_015724	TGGCG	2	10	7997	8006	0 %	20 %	60 %	20 %	339323779
4	NC_015724	CGATG	2	10	8177	8186	20 %	20 %	40 %	20 %	339323779
5	NC_015724	GCTTG	2	10	9867	9876	0 %	40 %	40 %	20 %	339323780
6	NC_015724	CCGGG	2	10	12425	12434	0 %	0 %	60 %	40 %	339323782
7	NC_015724	TGCCG	2	10	15849	15858	0 %	20 %	40 %	40 %	339323785
8	NC_015724	CGGAT	2	10	17351	17360	20 %	20 %	40 %	20 %	339323786
9	NC_015724	GCCGG	2	10	18767	18776	0 %	0 %	60 %	40 %	339323786
10	NC_015724	GGCCG	2	10	20739	20748	0 %	0 %	60 %	40 %	339323788
11	NC_015724	GCGCA	2	10	21773	21782	20 %	0 %	40 %	40 %	339323791
12	NC_015724	CCTGG	2	10	22803	22812	0 %	20 %	40 %	40 %	339323792
13	NC_015724	CCGAG	2	10	22875	22884	20 %	0 %	40 %	40 %	339323792
14	NC_015724	GCGCC	2	10	23016	23025	0 %	0 %	40 %	60 %	339323792
15	NC_015724	GTCCA	2	10	23138	23147	20 %	20 %	20 %	40 %	339323792
16	NC_015724	AGGTC	2	10	23736	23745	20 %	20 %	40 %	20 %	339323792
17	NC_015724	GCGCC	2	10	26004	26013	0 %	0 %	40 %	60 %	339323794
18	NC_015724	GCCAT	2	10	31173	31182	20 %	20 %	20 %	40 %	339323798
19	NC_015724	CGGCC	2	10	31809	31818	0 %	0 %	40 %	60 %	339323799
20	NC_015724	GTGGA	2	10	32732	32741	20 %	20 %	60 %	0 %	339323800
21	NC_015724	CGGCA	2	10	35242	35251	20 %	0 %	40 %	40 %	339323804
22	NC_015724	GCCCA	2	10	36429	36438	20 %	0 %	20 %	60 %	339323805
23	NC_015724	GACGC	2	10	37134	37143	20 %	0 %	40 %	40 %	339323805
24	NC_015724	AGCGC	2	10	37150	37159	20 %	0 %	40 %	40 %	339323805
25	NC_015724	TGACG	2	10	39441	39450	20 %	20 %	40 %	20 %	339323806
26	NC_015724	CGGCG	2	10	40044	40053	0 %	0 %	60 %	40 %	339323807
27	NC_015724	CCGCA	2	10	41659	41668	20 %	0 %	20 %	60 %	339323808
28	NC_015724	GCGCG	2	10	42106	42115	0 %	0 %	60 %	40 %	339323809
29	NC_015724	GTACT	2	10	42365	42374	20 %	40 %	20 %	20 %	339323809
30	NC_015724	CCTGG	2	10	42703	42712	0 %	20 %	40 %	40 %	339323809
31	NC_015724	AAACG	2	10	44597	44606	60 %	0 %	20 %	20 %	339323811
32	NC_015724	GCGTT	2	10	45032	45041	0 %	40 %	40 %	20 %	339323811
33	NC_015724	AACCC	2	10	45107	45116	40 %	0 %	0 %	60 %	339323811
34	NC_015724	CGCGG	2	10	46284	46293	0 %	0 %	60 %	40 %	339323812
35	NC_015724	CGGCG	2	10	46822	46831	0 %	0 %	60 %	40 %	339323812
36	NC_015724	CGACC	2	10	47411	47420	20 %	0 %	20 %	60 %	339323812
37	NC_015724	ACCCG	2	10	50981	50990	20 %	0 %	20 %	60 %	339323817
38	NC_015724	GCGCC	2	10	51735	51744	0 %	0 %	40 %	60 %	339323817
39	NC_015724	CCACG	2	10	53689	53698	20 %	0 %	20 %	60 %	339323819
40	NC_015724	AGGCC	2	10	54646	54655	20 %	0 %	40 %	40 %	339323820
41	NC_015724	GGAGC	2	10	55678	55687	20 %	0 %	60 %	20 %	339323821
42	NC_015724	GCTCG	2	10	56284	56293	0 %	20 %	40 %	40 %	339323822
43	NC_015724	CTGGG	2	10	56564	56573	0 %	20 %	60 %	20 %	339323822
44	NC_015724	GAAGA	2	10	57559	57568	60 %	0 %	40 %	0 %	339323823
45	NC_015724	CGGCG	2	10	58299	58308	0 %	0 %	60 %	40 %	339323823
46	NC_015724	CGTGG	2	10	58984	58993	0 %	20 %	60 %	20 %	339323824
47	NC_015724	AGGCG	2	10	60482	60491	20 %	0 %	60 %	20 %	339323825
48	NC_015724	GGCCT	2	10	60635	60644	0 %	20 %	40 %	40 %	339323826
49	NC_015724	AGCTG	2	10	62015	62024	20 %	20 %	40 %	20 %	339323827
50	NC_015724	GAATG	2	10	64137	64146	40 %	20 %	40 %	0 %	339323829
51	NC_015724	CGGCC	2	10	64982	64991	0 %	0 %	40 %	60 %	339323831
52	NC_015724	TGCCG	2	10	65356	65365	0 %	20 %	40 %	40 %	339323831
53	NC_015724	GGCGA	2	10	65587	65596	20 %	0 %	60 %	20 %	339323831
54	NC_015724	TGGCG	2	10	69030	69039	0 %	20 %	60 %	20 %	339323837
55	NC_015724	GTGGG	2	10	71305	71314	0 %	20 %	80 %	0 %	339323839
56	NC_015724	CGGGC	2	10	71966	71975	0 %	0 %	60 %	40 %	339323840
57	NC_015724	CAGGC	2	10	74250	74259	20 %	0 %	40 %	40 %	339323842
58	NC_015724	GGCCA	2	10	74417	74426	20 %	0 %	40 %	40 %	339323842
59	NC_015724	ATTTC	2	10	74552	74561	20 %	60 %	0 %	20 %	339323842
60	NC_015724	GCGTC	2	10	76044	76053	0 %	20 %	40 %	40 %	339323844
61	NC_015724	TCGGC	2	10	77579	77588	0 %	20 %	40 %	40 %	339323846
62	NC_015724	GCCAG	2	10	77727	77736	20 %	0 %	40 %	40 %	339323846
63	NC_015724	CCGTC	2	10	77785	77794	0 %	20 %	20 %	60 %	339323846
64	NC_015724	GGTCG	2	10	77837	77846	0 %	20 %	60 %	20 %	339323846
65	NC_015724	GCCGG	2	10	83210	83219	0 %	0 %	60 %	40 %	339323852
66	NC_015724	ATCGG	2	10	83312	83321	20 %	20 %	40 %	20 %	339323852
67	NC_015724	ACCCT	2	10	86193	86202	20 %	20 %	0 %	60 %	339323855
68	NC_015724	GCGCG	2	10	86651	86660	0 %	0 %	60 %	40 %	339323856
69	NC_015724	CGCGC	2	10	87556	87565	0 %	0 %	40 %	60 %	339323857
70	NC_015724	GCGCC	3	15	87578	87592	0 %	0 %	40 %	60 %	339323857
71	NC_015724	CCGCA	2	10	89522	89531	20 %	0 %	20 %	60 %	339323859
72	NC_015724	GCTCG	2	10	89733	89742	0 %	20 %	40 %	40 %	339323859
73	NC_015724	CGGGC	2	10	91370	91379	0 %	0 %	60 %	40 %	339323860
74	NC_015724	CGCGC	2	10	93271	93280	0 %	0 %	40 %	60 %	339323862
75	NC_015724	GGCGC	2	10	93587	93596	0 %	0 %	60 %	40 %	339323862
76	NC_015724	GCGCC	2	10	94551	94560	0 %	0 %	40 %	60 %	339323864
77	NC_015724	ACGCG	2	10	96851	96860	20 %	0 %	40 %	40 %	339323865
78	NC_015724	CGGCC	2	10	97080	97089	0 %	0 %	40 %	60 %	339323865
79	NC_015724	ACCCG	2	10	97570	97579	20 %	0 %	20 %	60 %	339323866
80	NC_015724	TGGCG	2	10	98775	98784	0 %	20 %	60 %	20 %	339323867
81	NC_015724	GCACT	2	10	99125	99134	20 %	20 %	20 %	40 %	339323867
82	NC_015724	CGGCG	2	10	99606	99615	0 %	0 %	60 %	40 %	339323867
83	NC_015724	AAGCA	2	10	99721	99730	60 %	0 %	20 %	20 %	339323868
84	NC_015724	GCGCT	2	10	100942	100951	0 %	20 %	40 %	40 %	339323868
85	NC_015724	CCGGA	2	10	102769	102778	20 %	0 %	40 %	40 %	339323869
86	NC_015724	TGGTC	2	10	102947	102956	0 %	40 %	40 %	20 %	339323869
87	NC_015724	TCCAT	2	10	103145	103154	20 %	40 %	0 %	40 %	339323870
88	NC_015724	CGGCG	2	10	104510	104519	0 %	0 %	60 %	40 %	339323871
89	NC_015724	ATCTG	2	10	105970	105979	20 %	40 %	20 %	20 %	339323873
90	NC_015724	TGCCG	2	10	109299	109308	0 %	20 %	40 %	40 %	339323876
91	NC_015724	GCTGC	2	10	109384	109393	0 %	20 %	40 %	40 %	339323876
92	NC_015724	CCGCG	2	10	109920	109929	0 %	0 %	40 %	60 %	339323876
93	NC_015724	CATCG	2	10	111912	111921	20 %	20 %	20 %	40 %	339323878
94	NC_015724	CCGGT	2	10	112169	112178	0 %	20 %	40 %	40 %	339323878
95	NC_015724	GCCGT	2	10	113211	113220	0 %	20 %	40 %	40 %	339323879
96	NC_015724	GGACG	2	10	114412	114421	20 %	0 %	60 %	20 %	339323880
97	NC_015724	CGGCC	2	10	114652	114661	0 %	0 %	40 %	60 %	339323880
98	NC_015724	TGCCG	2	10	114736	114745	0 %	20 %	40 %	40 %	339323880
99	NC_015724	GCCGC	2	10	114826	114835	0 %	0 %	40 %	60 %	339323880
100	NC_015724	ATCCA	2	10	120393	120402	40 %	20 %	0 %	40 %	339323887
101	NC_015724	CTGCG	2	10	121777	121786	0 %	20 %	40 %	40 %	339323889
102	NC_015724	GCCGT	2	10	122845	122854	0 %	20 %	40 %	40 %	339323890
103	NC_015724	ATGCG	2	10	123322	123331	20 %	20 %	40 %	20 %	339323891
104	NC_015724	CGCGC	2	10	123655	123664	0 %	0 %	40 %	60 %	339323891
105	NC_015724	TGGCG	2	10	123893	123902	0 %	20 %	60 %	20 %	339323891
106	NC_015724	GTGGC	2	10	127253	127262	0 %	20 %	60 %	20 %	339323896
107	NC_015724	GTGGC	2	10	132194	132203	0 %	20 %	60 %	20 %	339323901
108	NC_015724	ACGCC	2	10	136843	136852	20 %	0 %	20 %	60 %	339323908
109	NC_015724	CAAGT	2	10	137145	137154	40 %	20 %	20 %	20 %	339323908
110	NC_015724	CCAAT	2	10	138493	138502	40 %	20 %	0 %	40 %	339323909
111	NC_015724	TCAAC	2	10	143437	143446	40 %	20 %	0 %	40 %	339323915
112	NC_015724	CCGGA	2	10	143634	143643	20 %	0 %	40 %	40 %	339323916
113	NC_015724	CGGTG	2	10	149765	149774	0 %	20 %	60 %	20 %	339323921
114	NC_015724	CGGCA	2	10	152531	152540	20 %	0 %	40 %	40 %	339323924
115	NC_015724	GATTC	2	10	152688	152697	20 %	40 %	20 %	20 %	339323924
116	NC_015724	CGCGT	2	10	153440	153449	0 %	20 %	40 %	40 %	339323924
117	NC_015724	GTCCG	2	10	153650	153659	0 %	20 %	40 %	40 %	339323924
118	NC_015724	TGGGC	2	10	155733	155742	0 %	20 %	60 %	20 %	339323925
119	NC_015724	TGCGC	2	10	159443	159452	0 %	20 %	40 %	40 %	339323928
120	NC_015724	CATGC	2	10	162280	162289	20 %	20 %	20 %	40 %	339323930
121	NC_015724	TGACG	2	10	166157	166166	20 %	20 %	40 %	20 %	339323932
122	NC_015724	CATGC	2	10	167116	167125	20 %	20 %	20 %	40 %	339323933
123	NC_015724	GCGGG	2	10	168824	168833	0 %	0 %	80 %	20 %	339323934
124	NC_015724	TGGAG	2	10	170328	170337	20 %	20 %	60 %	0 %	339323935
125	NC_015724	GCCGC	2	10	170611	170620	0 %	0 %	40 %	60 %	339323935
126	NC_015724	GAAGG	2	10	176728	176737	40 %	0 %	60 %	0 %	339323940
127	NC_015724	CACGC	2	10	177085	177094	20 %	0 %	20 %	60 %	339323941
128	NC_015724	CGCAG	2	10	177738	177747	20 %	0 %	40 %	40 %	339323941
129	NC_015724	GCCGG	2	10	178670	178679	0 %	0 %	60 %	40 %	339323942
130	NC_015724	CGTGA	2	10	181946	181955	20 %	20 %	40 %	20 %	339323946
131	NC_015724	CTTCG	2	10	182120	182129	0 %	40 %	20 %	40 %	339323946
132	NC_015724	CGCGG	3	15	184042	184056	0 %	0 %	60 %	40 %	339323948
133	NC_015724	GGCCG	2	10	188704	188713	0 %	0 %	60 %	40 %	339323953
134	NC_015724	CAGCG	2	10	189034	189043	20 %	0 %	40 %	40 %	339323953
135	NC_015724	GACGG	2	10	189830	189839	20 %	0 %	60 %	20 %	339323954
136	NC_015724	AGCGC	2	10	190303	190312	20 %	0 %	40 %	40 %	339323954
137	NC_015724	GGGTC	2	10	190765	190774	0 %	20 %	60 %	20 %	339323954
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139	NC_015724	AGGCC	2	10	195124	195133	20 %	0 %	40 %	40 %	339323958
140	NC_015724	GCGGG	2	10	195207	195216	0 %	0 %	80 %	20 %	339323958
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257	NC_015724	GTCCC	2	10	415637	415646	0 %	20 %	20 %	60 %	339324152
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259	NC_015724	CTGGC	2	10	416296	416305	0 %	20 %	40 %	40 %	339324153
260	NC_015724	GGTTC	2	10	418410	418419	0 %	40 %	40 %	20 %	339324155
261	NC_015724	CGCTT	2	10	419882	419891	0 %	40 %	20 %	40 %	339324156
262	NC_015724	TCAGA	2	10	421569	421578	40 %	20 %	20 %	20 %	339324157
263	NC_015724	CCCAA	2	10	421805	421814	40 %	0 %	0 %	60 %	339324157

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.